Artigo de método

Um Ensaio de Ligação de Alto Rendimento II do MHC para análise quantitativa de Peptide Epitopes

DOI:

10.3791/51308

⸱

25 de março de 2014

 ,  ,  , 
1Thayer School of Engineering, Dartmouth College, 2Institute for Immunology and Informatics, University of Rhode Island, 3Department of Computer Science, Dartmouth College

Neste artigo

Aviso de errata

Important: There has been an erratum issued for this article. View Erratum Notice

Resumo

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Ensaios bioquímicos com moléculas recombinantes humanos MHC II pode proporcionar rápidos, insights quantitativos em identificação epítopo imunogênico, exclusão ou design. Aqui, um ensaio de ligação ao péptido de MHC-II dimensionado para placas de 384 poços é descrito. Este formato de baixo custo deve ser útil nos campos da deimmunization proteína e design e desenvolvimento de vacinas.

Resumo

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Ensaios bioquímicos com moléculas recombinantes humanos MHC II pode proporcionar rápidos, insights quantitativos em identificação epítopo imunogênico, exclusão ou desenho 1,2. Aqui, um ensaio de ligação ao péptido de MHC-II é dimensionado para o formato de 384 poços. O protocolo reduzida reduz o custo dos reagentes de 75% e é mais elevado do que o rendimento descrito anteriormente protocolos de 96 poços 1,3-5. Especificamente, o delineamento experimental permite uma análise robusta e reprodutível de até 15 péptidos contra um alelo de MHC II por 384 poços de placas de ELISA. Utilizando uma única manipulação robô líquido, este método permite que um investigador para analisar aproximadamente noventa péptidos de teste, em triplicado, durante um intervalo de oito concentrações e quatro tipos de alelos do MHC II, em menos de 48 horas. Outros que trabalham nas áreas de deimmunization proteína ou projeto e desenvolvimento de vacinas pode achar o protocolo a ser útil para facilitar o seu próprio trabalho. Em particular, as instruções passo-a-passo eo formato visualde Jove deve permitir que outros usuários para estabelecer de forma rápida e facilmente esta metodologia em seus próprios laboratórios.

Introdução

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

As proteínas são a classe que mais cresce de agentes terapêuticos 6, e da rápida expansão de dutos bioterapêuticos tem se concentrado cada vez mais atenção sobre os desafios associados com o desenvolvimento e uso de drogas de proteína. Uma consideração única deriva do facto de que, em um sistema imunitário saudável e funcionamento, todas as proteínas extracelulares são recolhidos por células apresentadoras de antígenos (APCs). Uma vez internalizado por APCs, uma proteína é clivada em fragmentos de péptidos pequenos, e segmentos imunogénicas putativos são carregados para dentro da ranhura de classe II principais proteínas do complexo de histocompatibilidade (MHC II). Os complexos de péptido-MHC II são, então, exibidos na superfície da APC, e os verdadeiros péptidos imunogénicos, denominados epitopos de células T, receptores de células formar complexos ternários II do MHC-peptídeo T-CD4 com receptores da superfície celular cognato 7. Este evento crítico reconhecimento molecular inicia uma cascata de sinalização complexo, que resulta na activação de células T, a libertação de citocinas, a maturação de células B mediada por células T CD4 e, finalmente, a produção de anticorpos IgG circulantes que se ligam e limpar a proteína exógena ofensivo. Assim, as proteínas imunogénicas pode ser deimmunized por identificar epitopos de células T constituintes e mutando resíduos chave responsáveis ​​pela formação de complexos MHC II. Vale a pena notar, no entanto, que os epitopos de células T podem ser numerosas e amplamente distribuídos em todo proteínas imunogénicas, e a maioria das mutações-exclusão de epitopo são susceptíveis de provocar uma perda inadvertida da função da proteína ou estabilidade. Portanto, engenharia deimmunized bioterapias pode ser um objetivo complexo e tecnicamente difícil, mas existem vários exemplos de sucesso T epitopos de células projetos de eliminação 3,5,8-12. Ao contrário à base de enxerto de "humanização", o qual é restrita a terapêutica do anticorpo, epitopo deleção pode ser aplicado a essencialmente qualquer proteína alvo, independentemente da sequência, estrutura, função ou disponibilidade de homólogonos andaimes humanos. O primeiro passo para implementar tal abordagem é a identificação de epítopos peptídicos principais incorporados dentro da sequência da proteína alvo.

Alto rendimento ensaios bioquímicos, utilizando peptídeos sintéticos e moléculas recombinantes humanos MHC II pode proporcionar rápidas idéias preliminares para identificação e mitigação epítopo 1,3-5. Estes ensaios do tipo ELISA pode ser um poderoso complemento de outros design e desenvolvimento de ferramentas de proteína / vacinas. Por exemplo, uma bem estabelecida abordagem experimental para mapeamento de epítopos depende de tempo, trabalho e recursos intensivos ex vivo ensaios de proliferação celular 15. Resumidamente, a sequência primária de uma proteína-alvo é primeiramente dividido em um painel de péptidos que se sobrepõem, muitas vezes de 15-meros com 12 resíduos de sobreposição entre os péptidos adjacentes. O painel de péptidos quimicamente sintetizados e a imunogenicidade de cada peptídeo é testado em um de vários imunoensaios diferentes que empregam bloo periféricaAs células mononucleares de d (PBMC) isoladas a partir de dadores humanos 13,14. Para proporcionar uma maior confiança nos resultados, os peptídeos são normalmente testadas em replicar com PBMC de 50 ou mais doadores diferentes. Nos casos em que deimmunization é o objetivo final, o trabalho é agravado ainda mais pela necessidade de produzir painéis adicionais de peptídeos mutantes e testar os novos painéis de peptídeos em ensaios de PBMC antes de introduzir quaisquer mutações deimmunizing na proteína de comprimento total para a análise funcional posterior 10. Embora estes ensaios celulares continuam a ser o padrão-ouro para avaliar o potencial imunogênico em pacientes humanos, a eficiência de uma abordagem exaustiva pode ser melhorada através de pré-filtragem epítopos imunogênicos putativos usando uma rápida e alta taxa de transferência ensaio de ligação MHC II-peptídeo.

Da mesma forma, os ensaios de ligação bioquímicas péptido-MHC II pode ser combinado com métodos de previsão em silico para acelerar o processo de identificação radicalmente epitopo.Existem uma variedade de ferramentas computacionais para a predição epitopo de célula T; exemplos incluem ProPred 16, MHCPred 17, SVRMHC 18, ARB 19, SMM-alinhar 20, NetMHCIIpan 21, bem como ferramentas proprietárias, como EpiMatrix por EpiVax 22. Da mesma forma, os preditores de epítopos foram recentemente combinada com outras ferramentas de bioinformática e modelagem molecular para produzir algoritmos deimmunization proteína integrados projetados para reduzir o risco de que as mutações deimmunizing pode afectar a estrutura e função da proteína 23-26. Enquanto vários preditores epitopos têm provado ser razoavelmente precisa 27,28, resultados computacionais invariavelmente necessitam de validação experimental. Rápido, alto rendimento, e de baixo custo métodos experimentais são mais adequados como um filtro preliminar no previsões epítopos silico.

Na mesma linha, os preditores de epítopos pode dirigir seleção antígeno para vaccinolo reversagy 29,30. Por exemplo, os avanços em bioinformática produziram telas genoma inteiro que identifica rapidamente os candidatos de vacina sob a forma de proteínas inteiras ou epitopos peptídicos extraídos do proteoma dos agentes patogénicos. Embora esta tecnologia capacitadora está reformulando a descoberta e desenvolvimento de vacinas protetoras, introduz um novo desafio na forma de intratável grandes listas de candidatos a vacinas imunogênicas. Ensaios de ligação alta capacidade peptídeo-MHC II podem orientar a seleção epítopo quantificando afinidade de ligação de peptídeos e promiscuidade de ligação entre alelos múltiplos MHC II. Tal como acontece com deimmunization proteína, tais métodos experimentais são em última instância é necessária para validar previsão computacional de ligações vacina promissora.

Aqui, um ensaio de ligação ao péptido de MHC-II em escala para o formato de 384 poços é descrito. O protocolo é altamente paralelizado e reduz o custo dos reagentes por 75% em relação ao anteriormente descrito 96 cavidades formatos de placa 1,3-5. Usando um único liquid manuseamento robô, este método permite que um investigador para analisar facilmente aproximadamente noventa péptidos de teste, em triplicado, durante um intervalo de oito concentrações e quatro tipos de alelos do MHC II, em menos de 48 horas. Este artigo descreve a configuração de uma placa de 384 poços de ELISA para análise de sete péptidos experimentais contra um alelo de MHC II, mas calculadoras folha distribuídos são fornecidos como material suplementar, de modo a dimensionar facilmente o experimento de qualquer número de péptidos e / ou MHC desejadas moléculas II.

Acesso restrito. Inicie sessão ou comece um teste para visualizar este conteúdo.

Protocolo

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Quatro principais atividades compreendem o ensaio de ligação peptídeo-MHC II: 1-Encadernação: peptídeos de teste competir com peptídeos de controle marcados para a ligação fase de solução de proteínas MHC II solúveis. A ligação é medida ao longo de uma vasta gama de concentrações de péptidos de teste. 2-Captura: Após a reacção de ligação se aproxima do equilíbrio, complexos de péptido-MHC II são capturadas e separadas a partir do péptido não ligado e proteína de reconhecimento dependente da conformação com um anticorpo imobilizado. 3-Detecção: capturado péptido de controlo é quantitativamente detectados utilizando a fluorescência resolvida no tempo. 4-Análise: Os dados espectroscópicos são processados, traçados e analisados ​​para determinar as propriedades de ligação dependente da dose de péptido de teste e proteínas do MHC II.

Em vários passos no procedimento abaixo, a utilização de um robô de manipulação líquido é recomendada quando se está disponível. Particularmente em um formato de 384 poços, de distribuição automatizada e diluição de líquidos minimiza erros de utilizador, os resultados em maisconsistentes bem aos poços volumes, e produz mais estreitos intervalos de confiança de 95% para os valores de IC50 em comparação com ensaios manuais de 96 poços (dados não mostrados). Se um robô de manipulação de líquidos não estiver disponível, os passos anotados com "(líquido manipulação robô)" pode ser feito à mão. Do mesmo modo, se possível, um lavador automático de placas, que é compatível com o formato de 384 poços é recomendado. Isso efetivamente padroniza o processo de lavagem da placa. Se uma anilha de chapa não está disponível, as etapas anotados com "(placa de lavagem)" pode ser feito à mão.

1. Cubra a placa ELISA (Dia 1)

  1. Dilui-se anticorpo L243 estoque (0,5 mg / ml) em tampão borato a uma concentração de trabalho de 10 ug / ml.
    1. Para revestir uma única placa de 384 poços, adicione 200 mL de anticorpo estoque para 9,8 ml de tampão borato. (Veja calculadora planilha complementar para o dimensionamento alternativa).
  2. Adicionar 25 ul da solução do anticorpo L243 a cada poço de um 384-well alta de ligação placa ELISA branco. (Manipulação de líquidos robô)
  3. Selar a placa com uma película de poliéster e incubar durante a noite a 4 ° C.
    Nota: Cada placa de ELISA de 384 poços podem acomodar até 15 péptidos de teste em oito diluições para um alelo de MHC II, bem como os controlos positivos e negativos. Isto vai dar finalmente medições em triplicado.

2. Adicione o teste de peptídeo diluições (Dia 1)

  1. Começando com um estoque de 10 mM de cada péptido de teste em DMSO, fazer a seguinte diluição em série em tampão de citrato-fosfato, utilizando placas de polipropileno de 384 cavidades (Tabela 1). (Manipulação de líquidos robô)
    Nota: Um prato cheio de polipropileno de 384 cavidades requer três placas de ELISA separados. Um terço de uma placa de polipropileno, exigirão apenas uma placa de ELISA (Figura 1).
Número de diluição Volume to tirar de diluição / estoque antes Volume de tampão citrato para adicionar Conc. de diluição Conc. na reação de ligação Conc. em Neutralized ELISA
(Ul) (Ul) (UM) (UM) (UM)
1 0,7 35.1 195,531 97,765 48,883
2 14,3 14,3 97,765 48,883 24,441
3 7.1 28,7 19,389 9,695 4,847
4 14,3 14,3 9,695 4,847 2.424
5 7.1 28,7 1.923 0,961 0,481
6 14,3 14,3 0,961 0,481 0,24
7 7.1 28,7 0,191 0,095 0,048
8 14,3 14,3 0,095 0,048 0,024
Remova e descarte 7.1 ml de solução de peptídeo a partir do número de diluição 8.

Tabela 1. Preparação do péptido teste da série de diluição.

figure-protocol-1
Figura 1. Placa Mapa do péptido Ensaio de Ligação. (A) Mapa das diluições de peptídeos em placas de polipropileno de 384 cavidades. Cada placa de polipropileno pode acomodar três grupos de 15 peptídeos nas reações de ligação da competição contra a cantar le alelo MHC II. (B) Depois de a reacção de ligação se aproxima do equilíbrio, cada grupo de péptidos são transferidos, em triplicado, numa placa de 384 poços de ELISA separado que foi pré-revestido com um anticorpo anti-MHC de classe II.

3. Prepare o MHC II Master Mix (Dia 1)

  1. Faça o Tampão de reacção
    1. Adicionar 80 ul de 1 mM PEFA bloco e 60 mg de octil-β-D-glucopyranaside a 3920 ul de tampão fosfato citrato. (Veja calculadora planilha complementar para o dimensionamento alternativa).
  2. Diluir as soluções de selecionados MHC II a 101 nm de Tampão de Reacção usando um tubo de 15 ml (Tabela 2).
    Nota: concentração de MHC II será finalmente de 50 nM na reacção de ligação e 25 nM no ensaio ELISA neutralizado. As concentrações de amostra de MHC II irá variar de acordo com o número do lote do fabricante. (Veja calculadora planilha suplementar).
"> MHC da classe II de alelos DRB1 *: 1501 II do MHC da Concentração (mg / ml) 1.3 II do MHC da Concentração (mM) 20 Vol. II MHC Para adicionar (ml) 14.65 Vol. Tampão de reacção para adicionar (ml): 2.885,35 MHC II Mistura Concentração (nM) 101

Tabela 2. Preparação de mistura principal MHC II.

4. Prepare os controles negativo e positivo (dia 1)

  1. Adicionar 21.5 ul de tampão fosfato citrato para o "controlo negativo" poço da placa de polipropileno de 384 cavidades a partir do passo 2.1 (Figura 1A).
  2. Adicionar 21.5 ul de tampão fosfato citrato para o "controlo positivo" poço da placa de polipropileno de 384 cavidades.
    Nota: a "posiçãocontrole tiva "será concluída na seção 5, a seguir.
  3. Remover 49,5 mL da MHC II Master Mix a partir do passo 3.2 e pipeta para um tubo de 1,5 ml Eppendorf.
  4. Adicionar 0,5 mL de tampão citrato para os 49,5 mL do MHC II Master Mix a partir do passo 4.3.
  5. Adicionar 21.5 ul de concentração ajustada MHC II Mistura do passo 4.4 para o "controlo negativo" poço da placa de polipropileno de 384 cavidades (Figura 1A).
    Nota: esta amostra representa o controle negativo do sinal de zero que contém proteína MHC II, NO peptídeo controle, e NÃO peptídeo teste.

5. Adicionar a um controlo adequado Peptide ao MHC II Master Mix (Dia 1)

MHC da classe II de alelos DRB1 * Biotinylated Controle Peptide (Resíduos) Seqüência
0101 Flu-HA-B (306-318) Biotina-(Ahx) (Ahx) PRYVKQNTLKLAT-amida
0301 A mioglobina (137-148) Biotina-(Ahx) - (Ahx)-OH-LFRKDIAAKYKE
0401 YAR-B (1-14) Biotina-(Ahx) (Ahx)-OH YARFQSQTTLKQKT
0701 TetTox-B (830-843) Biotina-(Ahx) (Ahx)-OH QYIKANSKFIGITE
1101 Flu-HA-B (306-318) Biotina-(Ahx) (Ahx)-amida PRYVKQNTLKLAT
1501 MBP-B (84-102) Biotina-(Ahx) (Ahx)-OH NPVVHFFKNIVTPRTPPPS

* Recomendamos 10 mg escala encomendar para a economia.
Tabela 3. Peptídeos de controle para diversas MHC II alelos. *

  1. Dilui-se o péptido de controlo (armazenada a 400 uM em DMSO) a 1:20 em DMSO fresco para produzir um estoque diluído a 20 uM.
    1. Adicionar 25 uL de 400 uM de péptido de controle475 ul de DMSO. Nota: este é um grande excesso, mas permite uma manipulação precisa de soluções em DMSO viscosos.
  2. Além disso diluir o Peptídeo de Controle do passo 5.1 (20 mM) de 1:100 para o MHC II Master Mix a partir do passo 3.2.
    1. Adicionar 28.8 ul de Controlo Peptide diluídas no passo 5.2 para os restantes 2,850.5 ul de MHC II Master Mix.
  3. Adicionar 21.5 ul de MHC II Master Mix com o péptido de controlo (passo 5.2) para o poço de controlo positivo da placa de polipropileno de 384 cavidades (passo 4.2) (Figura 1A). Nota: esta amostra representa o controle positivo de alto sinal contendo proteína MHC II, peptídeo controle, e NÃO peptídeo teste.

6. Faça a reação de ligação (Dia 1)

  1. Adicionar a mistura padrão de MHC II contendo Controlo Péptido (passo 5.2), para cada uma das diluições de teste peptídicos (passo 2.1) em uma proporção de 1:1 para criar a reacção de ligação.
    1. Adicionar 21,5 mL de MHC II Master Mix contendo Control peptídeo do passo 5,2-21,5 ul de cada diluição de teste com peptídeo do passo 2.1. (Manipulação de líquidos robô)
  2. Selar a reacção de ligação com um filme de poliéster e incubar 12-24 horas em um não-CO 2 incubador controlado a 37 ° C sem agitação.

7. Neutralizar e transferir a reação de ligação (dia 2)

  1. Remova a placa de polipropileno de 384 cavidades contendo a reacção de ligação (passo 6.2) da incubadora a 37 ° C.
  2. Diluir a 1:01 reação de ligação com Neutralização Buffer. (Manipulação de líquidos robô)
    1. Adicionar 43 mL do tampão de neutralização para cada reacção de ligação bem.
  3. Remova a placa de ELISA (passo 1.3) a partir de 4 ° C e lavar 3x com 60 mL / poço de PBS-Tween 20 0,05%. (Lavadora)
  4. Transferir 25 uL de cada reacção de ligação neutralizada do passo 7.2 em poços em triplicado de a placa revestida de anticorpo de 384 poços de ELISA a partir do passo 7.3. (Figura 1
  5. Cobrir a placa de ELISA com uma película de poliéster e, em lugar de uma incubadora a 37 ° C durante 2,5 horas ou num frigorífico a 4 ° C durante a noite.

8. Desenvolvimento de ELISA (Dia 2 ou 3)

  1. Remova a placa de ELISA a partir do passo 7.5, lava-se 3 vezes com 60 ul / poço de PBS-Tween a 0,05%. (Lavadora)
  2. Diluir solução Estreptavidina-európio estoque (0,1 mg / ml de estreptavidina, 7 Eu 3 + / estreptavidina) 1000 vezes no tampão de ensaio de DELFIA.
    1. Para uma placa de 384 poços, diluem-se 10 ul de estreptavidina-európio, em 10 ml de Tampão de Ensaio.
  3. Adicionar 25 ul da diluído Estreptavidina-európio a cada poço da placa de 384 poços de ELISA a partir do passo 8.1. (Manipulação de líquidos robô)
  4. Cobrir a placa com uma película de poliéster e lugar no escuro e à temperatura ambiente durante 1 hora. Nota: Durante a incubação de 1 hora, retire a solução Aperfeiçoamento da geladeira e reserve 10 ml / placa no escuro a rotemperatura om.
  5. A seguir à incubação de 1 h, lavar a placa de 384 poços de ELISA a partir do passo 8.3 3x com 60 ul / poço de PBS-Tween a 0,05%. (Lavadora)
  6. Adicionar 25 ul de solução de melhoria para cada poço da placa de 384 poços de ELISA a partir do passo 8.5. (Manipulação de líquidos robô)
  7. Cobrir a placa ELISA de 384 poços com um filme de poliéster e permitir que a placa de sentar-se no escuro à temperatura ambiente por 10-15 min.
  8. Após a incubação de 10-15 min, ler a fluorescência da placa de 384 poços de ELISA a partir do passo 8.7 utilizando um leitor fluorescente resolvida no tempo com as configurações de placa de európio (por exemplo, Start Int.: 200, Pare Int.:. 1,000, Ex 340, Em . 615, Cutoff: Nenhum, PMT: Auto, Lê / Bem: 50).

9. Análise de Dados

  1. Insira os dados em formato de gráfico XY com 3 valores replicar em colunas lado a lado (X = teste de concentração peptídeo; Y = medição de fluorescência).
  2. Entrar transformar os valores de X para todos os dados: X = log (X)
  3. Coloque os tra lognsformed dados com o modelo de ligação competitiva de um local para extrair o valor de IC 50.
  4. Restringir o valor inferior ao valor médio de controlo negativo.
  5. Globalmente ajustar o valor superior e assegurar que o parâmetro global ajuste é inferior ou igual ao do controlo positivo.

Acesso restrito. Inicie sessão ou comece um teste para visualizar este conteúdo.

Resultados

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

A sequência do péptido maduro de Enterobacter cloacae P99 beta-lactamase (BLA) (GenBank ID # X07274.1) foi analisada com ProPred 16 por ligantes peptídicos putativos para MHC II alelo DRB1 * 1501 (Tabela 4). ProPred identificado 117 peptídeos nonâmero com um resíduo P1 âncora obrigatória (isto é, uma M, L, I, V, F, Y ou W na posição 1, que é necessária para MHC II 31 de ligação). Em um limiar de 5%, apenas peptídeos com pontuação maior ou igual a 2,6 são ligantes ...

Acesso restrito. Inicie sessão ou comece um teste para visualizar este conteúdo.

Discussão

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Biotherapeutics se estabeleceram como um dos pilares da medicina moderna, o que representa quatro dos cinco melhores vendendo drogas em 2012 32. O setor biopharmaceutics tem mostrado um crescimento sustentado por vários anos 6, eo desenvolvimento contínuo de novos agentes, bem como o surgimento de biossimilares ampliou pipelines biofarmacêutica. Olhando para o futuro, avaliar e mitigar a imunogenicidade de proteínas terapêuticas vai se tornar parte integrante da fase inicial de desenvolvimento biot...

Acesso restrito. Inicie sessão ou comece um teste para visualizar este conteúdo.

Divulgações

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Leonard Moise é empregado por e possui opções de ações em EpiVax, Inc., uma empresa de biotecnologia de propriedade privada localizada em Providence, RI. O trabalho contidas neste relatório de pesquisa é livre de qualquer preconceito que possa ser associada com as metas comerciais da empresa.

Agradecimentos

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Este trabalho foi financiado pelo NIH concede R01-GM-098977 e R21-AI-098122 a CBK e KEG. RSS foi apoiado em parte por uma Luce Foundation Fellowship e, em parte, por um Fellowship Thayer Programa de Inovação da Escola de Engenharia Thayer.

Acesso restrito. Inicie sessão ou comece um teste para visualizar este conteúdo.

Materiais

Lista de materiais utilizados neste artigo
NomeEmpresaNúmero de catálogoComentários
Tetraborato de sódio decahidratadoSigma221732
ácido cítricoSigmaC1901
Fosfato de sódio dibásicoSigmaS7907
Trizma HClOmniPur9310
Tween-20SigmaP7949
100% DMSOSigmaD8418
Octyl-& beta;-D-GlucopyranasideFischer29836-26-8
Pefa Bloc SCFRoche1158591600
Dulbecco' s 10x Tampão Salino Tampolado com FosfatoInvitrogen14200-166
Tampão de Ensaio DELFIAPerkin Elmer4002-0010
Tampão de Aprimoramento DELFIAPerkin Elmer4001-0010
Estreptavidina Marcada com EurópioPerkin Elmer1244-360
L243 anticorpo anti-HLA-DRBiolegend307602
Biotinilado Peptídeos traçadores21st Century BiochemicalsPedido
Peptídeos de teste (1-4 mg, 85% de pureza)GenscriptCustom Order
Monômeros HLA-DRB1 purificados (não biotinilados)Benaroya Research Institute*Custom Order
Placa EIA/RIA branca de 384 poçosThermo460372
Polipropileno 384 poços placa Costar3656
Filme, AxySeal, 80 µ m, Aplicador ELISA Axygen AscientificPCR-SP
MilliQ WaterN/AN/A
Epimotion Liquid Handler (ou similar)Eppendorf5075
Select TS Plate Washer (ou similar)BioTek405
SpectraMax Gemini Microplate Reader (ou similar)Molecular DevicesN/A
*Moléculas humanas recombinantes de MHC II podem ser obtidas no Benaroya Tetramer Core Laboratory.  Veja: https://www.benaroyaresearch.org/our-research/core-resources/tetramer-core-laboratory
personalizado

Referências

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Steere, A. C., et al. Antibiotic-refractory Lyme arthritis is associated with HLA-DR molecules that bind a Borrelia burgdorferi peptide. J. Exp. Med. 203, 961-971 (2006).
  2. Raddrizzani, L., et al. Different modes of peptide interaction enable HLA-DQ and HLA-DR molecules to bind diverse peptide repertoires. J. Immunol. 159, 703-711 (1997).
  3. Osipovitch, D. C., et al. Design and analysis of immune-evading enzymes for ADEPT therapy. Protein Eng. Design. 25, 613-623 (2012).
  4. Moise, L., et al. In silico-accelerated identification of conserved and immunogenic variola/vaccinia T-cell epitopes. Vaccine. 27, 6471-6479 (2009).
  5. Moise, L., et al. Effect of HLA DR epitope de-immunization of Factor VIII in vitro and in vivo. Clin. Immunol. 142, 320-331 (2012).
  6. Aggarwal, S. R. What's fueling the biotech engine-2011 to 2012. Nat. Biotechnol. 30, 1191-1197 (2012).
  7. Trombetta, E. S., Mellman, I. Cell biology of antigen processing in vitro and in vivo. Ann. Rev. Immunol. 23, 975-1028 (2005).
  8. Warmerdam, P. A. M., et al. Elimination of a human T-cell region in staphylokinase by T-cell screening and computer modeling. Thrombosis Haemostasis. 87, 666-673 (2002).
  9. Jones, T. D., et al. Identification and removal of a promiscuous CD4+T cell epitope from the C1 domain of factor VIII. J. Thrombosis Haemostasis. 3, 991-1000 (2005).
  10. Harding, F. A., et al. A beta-lactamase with reduced immunogenicity for the targeted delivery of chemotherapeutics using antibody-directed enzyme prodrug therapy. Mol. Cancer. 4, 1791-1800 (2005).
  11. Mazor, R., et al. Identification and elimination of an immunodominant T-cell epitope in recombinant immunotoxins based on Pseudomonas exotoxin A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 109, E3597-E3603 (2012).
  12. Cantor, J. R., et al. Therapeutic enzyme deimmunization by combinatorial T-cell epitope removal using neutral drift. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 108, 1272-1277 (2011).
  13. Kern, F., LiPira, G., Gratama, J. W., Manca, F., Roederer, M. Measuring Ag-specific immune responses: understanding immunopathogenesis and improving diagnostics in infectious disease, autoimmunity and cancer. Trends Immunol. 26, 477-484 (2005).
  14. Li Pira, G., Ivaldi, F., Moretti, P., Manca, F. High throughput T epitope mapping and vaccine development. J. Biomed. Biotechnol. 2010, 325720(2010).
  15. Hoffmeister, B., et al. Mapping T cell epitopes by flow cytometry. Methods. 29, 270-281 (2003).
  16. Singh, H., Raghava, G. P. ProPred: prediction of HLA-DR binding sites. Bioinformatics. 17, 1236-1237 (2001).
  17. Guan, P., Doytchinova, I. A., Zygouri, C., Flower, D. R. MHCPred: bringing a quantitative dimension to the online prediction of MHC binding. Appl. Bioinformatics. 2, 63-66 (2003).
  18. Wan, J., et al. SVRMHC prediction server for MHC-binding peptides. BMC Bioinformatics. 7, 463(2006).
  19. Bui, H. H., et al. Automated generation and evaluation of specific MHC binding predictive tools: ARB matrix applications. Immunogenetics. 57, 304-314 (2005).
  20. Nielsen, M., Lundegaard, C., Lund, O. Prediction of MHC class II binding affinity using SMM-align, a novel stabilization matrix alignment method. BMC Bioinformatics. 8, 238(2007).
  21. Nielsen, M., Justesen, S., Lund, O., Lundegaard, C., Buus, S. NetMHCIIpan-2.0 - Improved pan-specific HLA-DR predictions using a novel concurrent alignment and weight optimization training procedure. Immun. Res. 6, 9(2010).
  22. De Groot, A. S., Knopp, P. M., Martin, W. De-immunization of therapeutic proteins by T-cell epitope modification. Dev. Biol. 122, 171-194 (2005).
  23. Choi, Y., Griswold, K. E., Bailey-Kellogg, C. Structure-based redesign of proteins for minimal T-cell epitope content. J. Comput. Chem. 34, 879-891 (2013).
  24. Parker, A. S., Choi, Y., Griswold, K. E., Bailey-Kellogg, C. Structure-guided deimmunization of therapeutic proteins. J. Comput. Biol. 20, 152-165 (2013).
  25. Parker, A. S., Griswold, K. E., Bailey-Kellogg, C. Optimization of therapeutic proteins to delete T-cell epitopes while maintaining beneficial residue interactions. J. Bioinform. Comput. Biol. 9, 207-229 (2011).
  26. Parker, A. S., Zheng, W., Griswold, K. E., Bailey-Kellogg, C. Optimization algorithms for functional deimmunization of therapeutic proteins. BMC Bioinformatics. 11, 180(2010).
  27. De Groot, A. S., Martin, W. Reducing risk, improving outcomes: Bioengineering less immunogenic protein therapeutics. Clin. Immunol. 131, 189-201 (2009).
  28. Wang, P., et al. A systematic assessment of MHC class II peptide binding predictions and evaluation of a consensus approach. PLoS Comput. Biol. 4, e1000048(2008).
  29. Sette, A., Rappuoli, R. Reverse vaccinology: developing vaccines in the era of genomics. Immunity. 33, 530-541 (2010).
  30. Moise, L., Cousens, L., Fueyo, J., De Groot, A. S. Harnessing the power of genomics and immunoinformatics to produce improved vaccines. Expert Opin. Drug Discov. 6, 9-15 (2011).
  31. Sturniolo, T., et al. Generation of tissue-specific and promiscuous HLA ligand databases using DNA microarrays and virtual HLA class II matrices. Nat. Biotechnol. 17, 555-561 (1999).
  32. Biologic drugs set to top 2012 sales. Nat. Med. 18, 636(2012).
  33. Seib, K. L., Zhao, X., Rappuoli, R. Developing vaccines in the era of genomics: a decade of reverse vaccinology. Clin. Microbiol. Infect. 18, 109-116 (2012).
  34. Jiang, W., Boder, E. T. High-throughput engineering and analysis of peptide binding to class II MHC. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 107, 13258-13263 (2010).
  35. Justesen, S., Harndahl, M., Lamberth, K., Nielsen, L. -L. B., Buus, S. Functional recombinant MHC class II molecules and high-throughput peptide-binding assays. Immun. 5, 1-20 (2009).

Acesso restrito. Inicie sessão ou comece um teste para visualizar este conteúdo.

Reimpressões e permissões

Solicitar permissão para reutilizar o texto ou as figuras deste artigo JoVE

Solicitar permissão

Errata

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Formal Correction: Erratum: A High Throughput MHC II Binding Assay for Quantitative Analysis of Peptide Epitopes
Posted by JoVE Editors on 3/18/2019. Citeable Link.

An erratum was issued for: A High Throughput MHC II Binding Assay for Quantitative Analysis of Peptide Epitopes.  There were typos in the Protocol section and Table 2.

Step 3.1.1 in the Protocol was updated from:

Add 80 µl of 1 mM Pefa Bloc and 60 mg of octyl-β-D-glucopyranaside to 3,920 µl of Citrate Phosphate Buffer. (See supplemental spreadsheet calculator for alternative scaling).

to:

Add 80 µl of 1 mM Pefa Bloc and 60 µg of octyl-β-D-glucopyranaside to 3,920 µl of Citrate Phosphate Buffer. (See supplemental spreadsheet calculator for alternative scaling).

Step 5.2 in the Protocol was updated from:

Further dilute the Control Peptide from step 5.1 (20 mM) 1:100 into the MHC II Master Mix from step 3.2.

to:

Further dilute the Control Peptide from step 5.1 (20 µM) 1:100 into the MHC II Master Mix from step 3.2.

Table 2 was updated from:

MHC II Allele DRB1*:1501
MHC II Stock Concentration (mg/ml)1.3
MHC II Stock Concentration (mM)20
Vol. MHC II Stock to Add (ml)14.65
Vol. Reaction Buffer to Add (ml):2885.35
MHC II Master Mix Concentration (nM)101

to:

MHC II Allele DRB1*:1501
MHC II Stock Concentration (mg/ml)1.3
MHC II Stock Concentration (μM)20
Vol. MHC II Stock to Add (μl)14.65
Vol. Reaction Buffer to Add (μl):2885.35
MHC II Master Mix Concentration (nM)101

Etiquetas

An lise de Ep topo Pept dicoELISA de Alto RendimentoCompeti o em Fase Sol velFluorometria Resolvida no TempoComplexo Pept dico MHC IIIdentifica o de Ep topos Imunog nicosDeimuniza o de Prote nasDesign de VacinasRob de Manipula o de L quidos

Artigos relacionados