Estudar a interação entre proteínas é fundamental para entender sua(s) função(ões). Um método muito poderoso que é frequentemente usado para estudar interações de proteínas com outras macromoléculas em uma amostra complexa é chamado de co-imunoprecipitação. O protocolo de co-imunoprecipitação descrito permite demonstrar e investigar ainda mais a interação entre a proteína 1 de resistência ao mixovírus antiviral (Mx1) e um de seus alvos virais, a nucleoproteína (NP) do vírus influenza A. O protocolo começa com células de mamíferos transfectadas, mas também é possível usar células infectadas pelo vírus influenza A como material de partida. Após a lise celular, a proteína NP viral é puxada para baixo com um anticorpo específico e os complexos imunológicos resultantes são precipitados com grânulos de proteína G. A redução bem-sucedida de NP e a co-imunoprecipitação da proteína antiviral Mx1 são subsequentemente reveladas por western blotting. Um pré-requisito para a co-imunoprecipitação bem-sucedida de Mx1 com NP é a presença de N-etilmaleimida (NEM) no tampão de lise celular. Os alquilados NEM liberam grupos tióis. Presumivelmente, essa reação estabiliza a interação NP-Mx1 fraca e / ou transitória, preservando uma conformação específica de Mx1, seu alvo viral ou um terceiro componente desconhecido. Uma limitação importante dos experimentos de co-imunoprecipitação é a redução inadvertida de proteínas contaminantes, causada pela ligação inespecífica de proteínas às esferas de proteína G ou anticorpos. Portanto, é muito importante incluir configurações de controle para excluir resultados falsos positivos. O protocolo de co-imunoprecipitação descrito pode ser usado para estudar a interação de proteínas Mx de diferentes espécies de vertebrados com proteínas virais, qualquer par de proteínas ou de uma proteína com outras macromoléculas. O papel benéfico do NEM para estabilizar interações fracas e/ou transitórias precisa ser testado para cada par de interações individualmente.