As células T são um componente chave do sistema imune adaptativo, possuindo capacidade citolítica direta, capacidade de modular a resposta imune por meio da produção de citocinas, licenciamento de células B e células dendríticas e estabelecimento de memória imunológica1. Eles desempenham papéis críticos no desenvolvimento imunológico, homeostase e vigilância, proteção contra patógenos e prevenção e defesa contra o câncer, bem como alergia e autoimunidade1. As células T possuem uma enorme diversidade de receptores de células T (TCRs) que são gerados por meio da recombinação V(D)J, permitindo que as células T reconheçam uma vasta gama de antígenos e montem respostas imunes eficazes contra vários patógenos 1,2. As células T podem ser geralmente categorizadas em duas categorias, as células T CD4, também conhecidas como células T auxiliares, que auxiliam principalmente outras células imunes, como as células B, na coordenação da resposta imune, e as células T CD8, ou células T citotóxicas, que matam diretamente as células infectadas ou cancerígenas ao reconhecer antígenos específicos presentes em suas superfícies1.
O desenvolvimento de receptores de antígenos quiméricos (CAR) levou a um aumento maciço no interesse na engenharia genômica de células T para imunoterapias. Os CARs são proteínas projetadas que mesclam domínios de ligação ao antígeno derivados de anticorpos com domínios de sinalização de células T, permitindo que as células T identifiquem e direcionem células que expressam o epítopo específico reconhecido pela porção de anticorpos do CAR3. Esses receptores têm sido usados para uma variedade de imunoterapias, incluindo doenças infecciosas e autoimunidade, mas a tecnologia é mais avançada para imunoterapias contra o câncer.
As células CAR-T têm sido extremamente bem-sucedidas no tratamento de leucemias e linfomas, mas têm mostrado eficácia limitada para o tratamento de tumores sólidos 4,5. Isso levou a uma onda de desenvolvimento adicional buscando melhorar a eficácia das células CAR-T para indicações de tumores sólidos. Várias abordagens foram desenvolvidas, incluindo blindagem de citocinas, nocaute de gene de checkpoint, receptores negativos dominantes, receptores de quimiocinas, expressão de vários CARs em uma célula, modificação do CAR para melhorar a sinalização intracelular e integração em loci predeterminados, por exemplo, o locus TRAC, para explorar os mecanismos regulatórios do hospedeiro para prevenir a exaustão 6,7,8. Muitas dessas abordagens requerem maior carga genética e/ou integração específica do local. Abordagens alternativas também incluem o uso de TCRs transgênicos para permitir que as células T tenham como alvo neoantígenos intracelulares 9,10. No entanto, isso tem a desvantagem significativa de exigir que o TCR tenha especificidade tanto para o epítopo do neoantígeno quanto para a molécula de HLA, restringindo o uso do eventual produto terapêutico a pacientes que expressam o HLA cognato. Além disso, muitos tumores alteram ou reduzem a expressão de HLA em resposta à imunoterapia, reduzindo muito a eficácia das células T que expressam TCRs transgênicos11.
A maioria das terapias com células CAR-T ou TCR-T em ensaios clínicos são fabricadas usando vetores retrovirais, como lentivírus ou gamaretrovírus, alcançando alta frequência de integração com cargas de tamanho moderado. No entanto, os vetores virais sofrem com longos prazos de fabricação devido aos requisitos atuais de boas práticas de fabricação (cGMP) e perfis de integração não específicos que criam um risco de mutagênese insercional12,13. Além disso, pode ser difícil produzir retrovírus transgênicos em altos títulos se a carga exceder 5 kb14. Outros vetores, como os derivados do vírus adeno-associado recombinante (rAAV), não se integram naturalmente, mas podem transportar o molde do doador de DNA para o núcleo e podem ser usados em combinação com CRISPR / Cas9 para facilitar a engenharia do genoma mediada por recombinação dirigida por homologia (HDR) tradicional. No entanto, esses vírus também têm fluxos de trabalho de produção longos e complicados e são limitados pelo tamanho da carga (<4,7 kb) e pela necessidade de incluir braços de homologia longos (500-1000 pb)15,16,17,18.
A engenharia do genoma não viral usando transposons ou uma combinação de nucleases direcionadas e um modelo de doador de DNA foi relatada em linfócitos humanos primários 8,19,20. No entanto, essas abordagens são limitadas pela resposta tóxica a moléculas de DNA nuas no citoplasma após o reconhecimento por sensores de DNA citoplasmático expressos em linfócitos21. Tentativas têm sido feitas para usar inibidores de pequenas moléculas dessas vias de detecção de DNA durante a transfecção, mas a redundância dessas vias pode complicar seu uso em protocolos de cGMP22. Notavelmente, os vetores transposons, como Sleeping Beauty, PiggyBac e Tc Buster, permitem a integração de grandes cargas genéticas com alta eficiência, mas têm um perfil de integração não específico23,24. A integração transgênica direcionada não viral usando modelos de DNA de plasmídeo, linear ou de fita simples em combinação com uma nuclease direcionada para HDR é uma alternativa atraente, mas tem sido limitada pela baixa eficiência, especialmente com cargas genéticas cada vez maiores, com menos de 10% de eficiência relatada ao usar carga acima de 1,5 kb 8,19.
Aqui, apresentamos o protocolo passo a passo para inserção de junção final mediada por homologia (HMEJ) não viral de grandes cargas úteis de DNA em células T humanas primárias, conforme descrito em Webber, Johnson et al.25. O HMEJ utiliza braços curtos de homologia de 48 pb flanqueados por locais-alvo de gRNA Cas9 para permitir a integração direcionada de alta eficácia de grandes cargas de DNA quando comparados com o HDR tradicional. Um método para reduzir a citotoxicidade do DNA plasmidial em células T primárias é empregar plasmídeos com backbones minimizados, como minicírculos ou nanoplasmídeos25. Minicírculos são vetores de plasmídeo miniaturizados produzidos por excisão da origem da replicação e do gene de resistência a antibióticos por meio de recombinação após amplificação de plasmídeo; eles demonstraram melhorar a engenharia não viral das células T e reduzir a toxicidade celular23,24. Os nanoplasmídeos também têm um tamanho geral reduzido realizado através do uso de uma origem mínima de replicação e um marcador de seleção não tradicional26. Em nossa experiência, as plataformas de vetores de minicírculo e nanoplasmídeo oferecem melhoria comparável na eficiência e toxicidade reduzida em relação aos plasmídeos tradicionais25.
Aqui, apresentamos um protocolo detalhado que sinergiza a otimização temporal da entrega e composição do reagente, bem como o uso de HMEJ e CRISPR/Cas9 para obter engenharia genômica específica do local de alta eficácia de células T humanas primárias com modelos de DNA multicistrônicos grandes (>6,3 kb para uso em imunoterapias e uma variedade de outras aplicações25. Alcançamos maior integração com HMEJ e braços de homologia de 48 pb do que com HR tradicional usando braços de homologia de 1 kb, particularmente com cargas genéticas >1,5 kb25,27. É importante ressaltar que as células T projetadas por meio do reparo do HMEJ retêm excelente expansão celular, citotoxicidade e produção de citocinas, enquanto retêm um fenótipo25 não esgotado. Este protocolo é prontamente adaptável aos padrões cGMP e é escalável para números de células clinicamente relevantes, permitindo uma rápida transição para uso futuro em uma variedade de ensaios clínicos25.