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As mitocôndrias são organelas altamente dinâmicas e vitais para a sobrevivência de qualquer animal, passando por eventos regulares de fissão e fusão em resposta às necessidades ou estresses do hospedeiro, levando à constante remodelação da rede mitocondrial. Por isso, ser capaz de avaliar a rede mitocondrial em três dimensões, bem como ao longo do tempo, oferece um benefício na compreensão de como o sistema responde a fatores como estresse ou intervenção farmacêutica. A imagem de fluorescência das redes mitocondriais de células permite visualizar e monitorar essas mudanças. No entanto, a rede mitocondrial é frequentemente descrita como uma estrutura bidimensional e estática definida por métricas não padronizadas. Portanto, nos propusemos a descrever um pipeline que permite ao usuário preparar suas imagens para o localizador de eventos mitocondriais (MEL), uma ferramenta plugin do ImageJ que detecta eventos de fissão e fusão na rede mitocondrial ao longo do tempo e de maneira tridimensional, oferecendo assim uma visão sobre as mudanças dinâmicas que essa rede sofre. Além disso, descrevemos os benefícios de entender a fissão e a fusão à luz das mudanças na contagem mitocondrial e nas alterações morfológicas.