O plexo coróide (PC) altamente perfundido, localizado no sistema ventricular do cérebro, consiste em vários componentes estruturais, incluindo um epitélio cúbico e um endotélio fenestrado, e é o local da barreira hematocefalorraquidiana (BCSFB). Para investigar a PC in vitro, são possíveis várias configurações de cultura celular. Um modelo de filtro de cultura celular invertido com forte função de barreira, baseado em células de papiloma epitelial CP humano (HIBCPP), foi estabelecido por nosso laboratório e é amplamente utilizado. Recentemente, conseguimos gerar uma linha celular endotelial CP humana estável e imortalizada (iHCPEnC). Combinando ambas as linhagens celulares, montamos um modelo avançado funcional do tipo duas células que desenvolveu uma função de barreira aumentada em comparação apenas com as células HIBCPP. Como esse modelo representa tanto o epitélio da CP quanto o endotélio, ele permite a investigação da interação entre os dois tipos celulares sob condições selecionadas, como infecção, inflamação ou outras. Neste protocolo, descrevemos métodos para configurar esse modelo do tipo duas células com a separação subsequente das células epiteliais e endoteliais para análises transcricionais. Descrevemos primers de PCR específicos para epitélio e endotélio, que servem para detectar possível contaminação cruzada entre os dois tipos celulares. Para investigar um possível impacto do endotélio da CP no epitélio neste modelo sob condições inflamatórias, os níveis de expressão de genes selecionados no contexto do tratamento com lipopolissacarídeos (LPS) foram analisados na fração celular de HIBCPP. O modelo avançado de PC in vitro e a possibilidade de analisar separadamente respostas epiteliais e endoteliais são de grande interesse para pesquisas sobre processos celulares envolvendo funções biológicas e patológicas da PC.