1. Materiais experimentais
C. oleifera As folhas do 'Dabieshan 1' foram coletadas em três estágios-chave de desenvolvimento: o estágio juvenil, por volta dos 2 anos de idade; O sujeito avança para uma fase inicial de frutificação, por volta dos 6 anos de idade, atingindo eventualmente seu período de pico de frutificação por volta dos 10 anos. Todas as plantas de C. oleifera nos três estágios de desenvolvimento acima foram plantadas usando mudas cultivadas em vaso da mesma especificação de C. oleifera 'Dabieshan 1'. As propriedades físicas e químicas do solo em terras florestais de C. oleifera foram apresentadas na Tabela 1.
2. Visão geral do local de coleção
Materiais experimentais foram coletados na Cidade de Heping, localizada no coração da província de Anhui. O Condado de Shucheng está situado na região central da província, pertencendo à área periférica das Montanhas Dabie. As coordenadas são 31°11′N, 116°47′E, com uma elevação média de 90 m. O solo é classificado como amarelo-marrom. A região possui um padrão climático monção subtropical úmido, que mantém uma temperatura média anual de 15,6 °C e normalmente recebe cerca de 1.100 mm de chuva por ano, desfruta de aproximadamente 1.969 h de sol por ano e possui um período sem geadas que dura 224 dias.
3. Coleta de amostras e pré-tratamento
As amostras foram selecionadas durante o período pré-floração (final de setembro). Para cada estágio de desenvolvimento, foram selecionadas plantas de C. oleifera com crescimento semelhante, consistente e forte. De cada planta, a terceira folha foi removida de cima para baixo, que consistia em brotos de primavera de crescimento moderado vindos das direções leste, oeste, sul e norte da parte externa da coroa de C. oleifera . As amostras foram marcadas com letras e números de série: YAT1, YAS2 e YAT3; para as folhas de C. oleifera no estágio juvenil, o sujeito progride para uma fase inicial de frutificação e o período de frutificação de pico, respectivamente. Esses eram coletados e armazenados em nitrogênio líquido. Cinco árvores amostrais aleatórias foram selecionadas de cada estágio como uma réplica biológica, e três réplicas biológicas foram estabelecidas em todas as etapas. Os espécimes selecionados foram levados no mesmo dia ao laboratório e preservados a -80 °C.
4. Determinação do índice fisiológico
O teor de açúcar solúvel foi determinado pelo método colorimétrico anthrone21. O teor de carbono orgânico foi determinado pelo método de titulação de sulfato de potássiodicromato de potássio - 22. O teor de proteína solúvel foi obtido pelo método Coomassie brilliantblue 23. A concentração total de nitrogênio foi quantificada pelo métodode Kjeldahl 22.
5. Foi realizada a isolação de RNA completo, seguida pela construção de uma biblioteca complementar de DNA (cDNA) e subsequente sequenciamento
O RNA total foi extraído das folhas de C. oleifera em diferentes estágios usando o kit de extração de RNA vegetal. A concentração total de RNA foi determinada por um espectrofotômetro de espectro completo e ultravioleta-visível. A integridade e clareza do RNA foram determinadas por um analisador biológico. Após a construção e validação da biblioteca de cDNA, o sequenciamento transcriptômico foi realizado utilizando uma plataforma de sequenciamento de alto rendimento sequenciação por sequenciamento. O procedimento de sequenciamento produziu leituras individuais, cada uma abrangendo 100 pares de bases24, 25 e 26. Os resultados do alinhamento do processo sequencial passaram por análise estatística usando o softwareRSEM 27. Genes de expressão diferencial (DEGs) em vários estágios de desenvolvimento de C. oleifera foram identificados usando o software de análise diferencialDESeq 28,29.
6. Montagem de novo e anotação UniGene
SeqPrep http://github.com/jstjohn/SeqPrep) e Sickle (http://github.com/najoshi/sickle) foram usados para filtrar os dados brutos, incluindo a remoção de sequências de baixa qualidade e adaptadores contaminados. Em seguida, as leituras limpas obtidas de cada amostra foram montadas usando o softwareTrinity 30,31. Todos os transcritos montados foram submetidos ao alinhamento BLASTX contra o Swiss-Prot, Clusters of orthologus groups for eucariotic complete genomas e bancos de dados KEGG em ordem sequencial. Um valor E típico de corte (valor E <10−5) era definido para recuperar as anotações de suas funções. O KEGG foi aplicado para analisar vias metabólicas relacionadas32.
7. Anotação funcional de genes e análise de genes diferencialmente expressos
Abundâncias de genes e isoformas foram analisadas estatisticamente usando o softwareRSEM 27. Um corte (P < 0,05, FDR < 0,01, |log2FC|>1) foi estabelecido para identificar genes diferencialmente expressos (DEGs). O número esperado de fragmentos por kb de transcrito por milhão de fragmentos mapeados (FPKM) é atualmente o método mais amplamente utilizado para estimar os níveis de expressãogênica 28. Os valores FPKM de todos os genes dos três diferentes estágios de crescimento e desenvolvimento (YAT1, YAS2 e YAT3) foram calculados. Uma análise de agrupamento hierárquico foi realizada para examinar os níveis diferenciais de expressão gênica. Enquanto isso, a via KEGG foi preparada para identificar DEGs significativamente enriquecidos nas vias metabólicas em P corrigido por Bonferroni ≤ 0,05 em comparação com todo o transcriptoma usando KOBAS29.
8. Métodos analíticos
Os dados foram apresentados usando Excel para calcular valores médios e desvios padrão. A análise de variância (ANOVA) foi usada para análise estatística pelo software SPSS, e o teste de múltiplas faixas de Duncan foi usado para avaliar diferenças significativas no conteúdo de nutrientes entre os três estágios. Em seguida, diferenças significativas entre os grupos foram determinadas por meio de comparações múltiplas pós-hoc pelo método da Diferença Mínima Significativa (LSD). Gráficos e gráficos foram gerados usando o software Origin para visualizar achados experimentais e analíticos. Nenhuma significância estatística foi denotada por 'ns' (P > 0,05). Diferenças estatisticamente significativas foram indicadas por '*' (P < 0,05), '**' (P < 0,01), '***' (P < 0,001) e '****' (P < 0,0001), respectivamente.