Este protocolo descreve o desenvolvimento e avaliação de um modelo de aprendizado de máquina em árvore em conjunto interpretável, utilizando dados clínicos coletados rotineiramente para prever o risco de osteoporose em pacientes com diabetes.
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Artigo de investigação
Este protocolo descreve o desenvolvimento e avaliação de um modelo de aprendizado de máquina em árvore em conjunto interpretável, utilizando dados clínicos coletados rotineiramente para prever o risco de osteoporose em pacientes com diabetes.
Diabetes mellitus está associado a aumento da fragilidade esquelética e risco elevado de fraturas; no entanto, a identificação precoce da osteoporose (OP) em populações diabéticas continua sendo desafiadora. Este estudo teve como objetivo desenvolver e comparar múltiplos modelos de aprendizado de máquina (ML) para prever OP entre pacientes com diabetes, avaliando sua utilidade clínica e aumentando a transparência do modelo usando SHapley Additives ExPlanations (SHAP). Utilizando dados demográficos e laboratoriais coletados rotineiramente do banco de dados MIMIC-IV, múltiplos algoritmos de ML, incluindo conjuntos de árvores, aumento de gradiente e linhas de base lineares, foram treinados e validados. O desempenho do modelo foi avaliado de forma abrangente usando métricas de discriminação, incluindo a área sob a curva característica operacional do receptor (AUC) e análise de precisão–recordação, bem como curvas de calibração de probabilidade e análise de curvas de decisão (DCA) para avaliar o benefício clínico líquido. O modelo de melhor desempenho foi ainda interpretado usando SHAP para quantificar e visualizar contribuições de características tanto em nível global quanto individual. Entre todos os modelos avaliados, métodos baseados em árvores de conjunto apresentaram desempenho melhorado. O classificador ExtraTrees alcançou o maior desempenho de validação (AUC = 0,862; precisão média = 0,866). Além disso, o modelo selecionado apresentou excelente calibração de probabilidade (escore Brier = 0,154) e demonstrou benefício clínico líquido substancial em uma ampla gama de limiares de risco no DCA. A análise SHAP identificou gênero e idade como os preditores mais influentes, seguidos por indicadores hematológicos e metabólicos de laboratório rotineiros. Explicações locais forneceram insights clinicamente interpretáveis sobre previsões individuais. Um modelo em árvore em conjunto interpretável prevê efetivamente o risco de OP em pacientes com diabetes utilizando variáveis clínicas rotineiramente disponíveis. A integração do SHAP melhora a transparência clínica, e uma calibração forte, aliada ao benefício líquido positivo para o bem-estar clínico, apoia sua possível implementação como uma ferramenta confiável de apoio à decisão para a estratificação precoce do risco OP em populações diabéticas.
Diabetes mellitus e osteoporose (OP) são condições crônicas altamente prevalentes que coexistem cada vez mais, criando um fardo substancial por meio de fraturas por fragilidade, deficiência e custos de saúde. Em pacientes com diabetes tipo 2 (T2D), o risco de fratura é paradoxalmente elevado mesmo quando a densidade mineral óssea da área (DMO) medida por absorptiometria de raios X de energia dupla (DXA) está preservada ou superior ao esperado, destacando que a "qualidade" óssea e fatores metabólicos sistêmicos contribuem significativamente para a fragilidadeesquelética 1,2. Ap....
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Fonte de dados e declaração de ética
Este estudo retrospectivo utilizou dados do MIMIC-IV (versão 3.1), um banco de dados público e desidentificado de EHR em cuidados críticos hospedado no PhysioNet. O banco de dados inclui informações demográficas, sinais vitais, exames laboratoriais, diagnósticos, procedimentos e medicamentos.
O acesso ao MIMIC-IV requer autorização credenciada e adesão ao acordo de uso de dados e aos requisitos de treinamento da PhysioNet. Os investigadores completaram o treinamento exigido e receberam acesso (número do certificado: 68351548). Como o banco de dados é ....
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Comparação de desempenho de modelos
Para identificar a abordagem preditiva ideal para a OP em pacientes com diabetes, múltiplos modelos de ML foram sistematicamente comparados. Um classificador linear regularizado (regressão logística) foi incluído como modelo de controle de base. A comparação geral de desempenho é resumida nas Figuras 3–6. Em todos os modelos avaliados, os métodos baseados em árvores de conjunto superaram a linha de base linear em te.......
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Neste estudo, múltiplos algoritmos de ML foram sistematicamente comparados para identificar um modelo preditivo ótimo para a OP entre pacientes com diabetes. Métodos baseados em árvores de conjunto, particularmente o modelo ExtraTrees, mostraram discriminação aprimorada, calibração de probabilidade confiável e maior benefício clínico líquido em comparação com linhas de base lineares e outras famílias de algoritmos. Esses achados indicam que interações não lineares e relações complexas de.......
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Os autores afirmam que a pesquisa foi conduzida na ausência de quaisquer relações comerciais ou financeiras que pudessem ser interpretadas como um potencial conflito de interesses.
Os autores agradecem com gratidão o apoio financeiro do Projeto Municipal de Ciência e Tecnologia de Nantong (Grant No. JC2023039) e o Programa de Orientação para o Desenvolvimento Social do Nantong Science and Technology Bureau (Grant No. MSZ2023054).
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| Nome | Empresa | Número de catálogo | Comentários |
|---|---|---|---|
| CatBoost | Yandex | v1.2 (ou aplicável) | Algoritmo de gradient boosting otimizado para características categóricas |
| imbalanced-learn (SMOTE) | Scikit-learn Contrib | v0.11 (ou aplicável) | Biblioteca usada para realizar a Técnica Sintética de Superamostragem de Minorias para balanceamento de classes |
| LightGBM | Microsoft Corporation | v4.0 (ou aplicável) | Framework de gradient boosting baseado em árvores de decisão |
| Matplotlib | Matplotlib Development Team | v3.7 (ou aplicável) | Biblioteca de visualização usada para plotar figuras e curvas de desempenho |
| MIMIC-IV Clinical Database | PhysioNet | v3.1 | Conjunto de dados público de registros eletrônicos de saúde em cuidados críticos usado como fonte de dados |
| Navicat Premium | PremiumSoft CyberTech Ltd. | v17.0 | Ferramenta de gerenciamento de banco de dados usada para extração de dados baseados em SQL |
| NumPy | NumPy Developers | v1.24 (ou aplicável) | Biblioteca de computação numérica usada para operações de matriz e processamento de dados |
| OpenPyXL | Eric Gazoni, Charlie Clark | v3.1 (ou aplicável) | Biblioteca usada para leitura e escrita de arquivos Excel |
| Pandas | Pandas Development Team | v2.0 (ou aplicável) | Biblioteca de manipulação e análise de dados para conjuntos de dados estruturados |
| PostgreSQL | PostgreSQL Global Development Group | v14 (ou aplicável) | Sistema de banco de dados relacional usado para consultar e gerenciar dados MIMIC-IV |
| Python | Python Software Foundation | v3.8+ (ou aplicável) | Linguagem de programação usada para processamento de dados, modelagem e análise |
| Scikit-learn | Scikit-learn Developers | v1.3 (ou aplicável) | Biblioteca de aprendizado de máquina usada para desenvolvimento de modelos, pré-processamento e avaliação |
| SciPy | SciPy Developers | v1.10 (ou aplicável) | Biblioteca de computação científica usada para análise estatística |
| Seaborn | Michael Waskom | v0.12 (ou aplicável) | Biblioteca de visualização de dados estatísticos para saídas gráficas aprimoradas |
| SHAP (SHapley Additive exPlanations) | Scott Lundberg | v0.42 (ou aplicável) | Framework usado para interpretar previsões de modelo usando valores de atribuição de características |
| XGBoost | DMLC (Distributed Machine Learning Community) | v2.0 (ou aplicável) | Algoritmo de gradient boosting amplamente usado para modelagem de dados estruturados |