Cisalhamento da cromatina: um método para gerar fragmentos de cromatina usando digestão enzimática

- Os fatores de transcrição são proteínas que se ligam a um local específico no DNA para regular a expressão gênica. Erros nos fatores de transcrição alteram essa atividade, levando à superexpressão de genes, o que causa câncer. Para entender o papel dos fatores de transcrição e da regulação gênica, podemos realizar o ensaio de imunoprecipitação da cromatina ou CHIP, e o cisalhamento da cromatina é uma etapa importante no fluxo de trabalho do CHIP.

Para cisalhamento da cromatina, estabilize o complexo DNA-proteína adicionando formaldeído. O formaldeído liga proteínas à sequência de DNA associada, formando ligações covalentes. Em seguida, use um tampão de lise adequado para lisar as células para liberar cromatina contendo os complexos DNA-proteína reticulados e centrifugar. Cisalhe a cromatina usando a enzima nuclease microcócica. Esta enzima cliva a cromatina entre os nucleossomos e digere as extremidades soltas do DNA. Centrifugue a mistura e recolha o sobrenadante.

Carregue o sobrenadante no gel de agarose TBE para analisar o tamanho apropriado dos fragmentos de DNA. Aplique um campo elétrico através do gel, o que faz com que o DNA da cromatina carregado negativamente se mova em