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Pegue proteínas da membrana celular do tecido cerebral do camundongo.
Essas proteínas exibem modificação pós-traducional com grupos palmitoil, um ácido graxo, ligado a resíduos de cisteína.
Adicione um tampão redutor e incube em alta temperatura para quebrar as ligações entre cisteínas não palmitoiladas, expondo-as.
Incubar com um reagente bloqueador que se liga às cisteínas expostas, deixando apenas as cisteínas palmitoiladas reativas.
Transfira a solução, misture com clorofórmio, metanol e água deionizada, centrifugue para precipitar as proteínas e remova quaisquer impurezas. Em seguida, adicione metanol, centrifugue e descarte todos os contaminantes restantes.
Adicione um tampão, sonicate para solubilizar o pellet, centrifugue e remova os materiais insolúveis.
Aplique um reagente de clivagem para remover os grupos palmitoila das cisteínas palmitoiladas.
Repita a precipitação de clorofórmio-metanol e remova quaisquer impurezas.
Incubar com um polímero que se liga a cisteínas desbloqueadas, ajudando a identificar as proteínas palmitoiladas.
Repita a precipitação de clorofórmio-metanol e remova quaisquer polímeros não ligados.
Ressuspenda o pellet para análise posterior do estado de palmitoilação das proteínas isoladas.
Primeiro, interrompa as ligações dissulfeto incubando a proteína solubilizada em 25 microlitros de TCEP, por 60 minutos a 55 graus Celsius. Em seguida, bloqueie as cisteínas livres incubando a solução com 12,5 microlitros da solução estoque de NEM por três horas em temperatura ambiente.
Em seguida, inicie o processo de precipitação de clorofórmio-metanol. Transfira a solução de proteína do tubo de 1,5 mililitro para um tubo de polipropileno ou vidro que pode ser centrifugado em um rotor de balde oscilante a uma velocidade modesta. Adicione 2 mililitros de metanol e vortex brevemente. Adicione 1 mililitro de clorofórmio e vortex brevemente. Em seguida, adicione 1,5 mililitros de água deionizada e vortex brevemente novamente.
Se necessário, inverta o tubo para garantir uma mistura completa. Centrifugue as amostras a 3.000 vezes G e 25 graus Celsius por 30 minutos em um rotor de caçamba oscilante. Remova e descarte cuidadosamente a fase superior da solução em um tubo. Adicione 1,5 mililitros de metanol. Misturar delicadamente, mas bem, por inversão suave do tubo, tomando cuidado para não fragmentar a panqueca de proteína opaca.
Centrifugue a amostra a 3.000 vezes G e 25 graus Celsius por 10 minutos em um rotor de caçamba oscilante. Usando uma pipeta sorológica de vidro, remova o máximo possível da fase superior da solução sem perturbar a panqueca de proteína. Enxágue cuidadosamente o pellet com 1 mililitro de metanol e deixe-o secar ao ar por pelo menos 10 minutos.
Com a precipitação de clorofórmio-metanol completa, inicie a clivagem das ligações do tioéster palmitoil ressuspendendo o precipitado de proteína em 125 microlitros de tampão A. Transfira para um novo tubo de 1,5 mililitro. Sonicar o tubo brevemente e, em seguida, centrifugá-lo a 13.000 vezes G ou mais e 25 graus Celsius por 10 minutos para remover o material insolúvel.
Transfira a proteína solubilizada para novos tubos de 1,5 mililitro e adicione 375 microlitros de tampão H ou tampão T. Depois de incubar as amostras durante 60 minutos à temperatura ambiente, repetir a precipitação de clorofórmio-metanol. Para adicionar mPEG a cisteínas desprotegidas, comece ressuspendendo o pellet em 100 microlitros de tampão A contendo 10 TCEP milimolar.
Em seguida, transfira a suspensão para um tubo de 1,5 mililitro. Adicione 25 microlitros de solução mPEG 5k e misture por pipetagem. Incube à temperatura ambiente com rotação de ponta a ponta. Após 60 minutos de incubação, remova o mPEG 5k não incorporado realizando novamente a precipitação de clorofórmio metanol.
Centrifugue a mais de 13.000 vezes G e 25 graus Celsius por 10 minutos. Remova cuidadosamente a fase superior como antes, evitando a panqueca floculante espessa. Adicione 1 mililitro de metanol e misture delicadamente, mas bem. Centrifugue a mais de 13.000 vezes G e 25 graus Celsius por 10 minutos.
Remova cuidadosamente o sobrenadante e lave o pellet com 1 mililitro de metanol. Novamente, centrifugue a mais de 13.000 vezes G e 25 graus Celsius por 10 minutos. Após a secagem ao ar do pellet, ressuspenso em 50 microlitros de tampão A sem TCEP ou qualquer agente redutor.