
Графический обзор: Biomimicry процесса прядения
Biomimicry природных паук производства шелка путь. Маршрут по производству синтетического шелка Это изображение показывает основные железы ampullate с золотой шар ткача, Nephila clavipes и компонентов, используемых для добычи природного шелк (белый текст). Хвост области синтезирует большое количество протеины шелка, которые транспортируются в ампуле, хранение регионе вращающегося допинг. Этот концентрированный наркотик выдавливается через вращающийся канал, где решение испытывает ионного обмена и обезвоживание до волоконно экструзии. Биомиметических процессы, используемые в нашей лаборатории, обозначены красным цветом. Рекомбинантный производства шелка создан с помощью трансгенных бактерий, а затем очистки белков с использованием хроматографии. Затем очищенный белок является субJect для лиофилизации сосредоточиться материала. Наконец, белок повторно растворяется в HFIP и выдавливают из шприца в изопропанол ванну.
1. Плазмиды Строительство и бактериального препарата клеточных культур
- Выполните ПЦР с использованием желаемого шелка паука кДНК и конкретным набором праймеров. Гель-извлечь и перевязывать усиленный кДНК в вектор экспрессии прокариотических например pBAD / TOPO ThioFusion (рис. 1А). Этот вектор имеет N-терминал тиоредоксин теги для облегчения растворения белков шелка и С-концевой 6x свой тег для очистки белков. Преобразование перевязки продуктов в компетентный E. кишечной клетки.
- Выберите колоний, которые содержат рекомбинантный вектор клонирования и использовать одну колонию привить 200 мл стерильного LB дополнить ампициллин (рис. 1б). Рост этой культуры в ночь на насыщение при встряхивании на 200 оборотов в минуту в орбитальном инкубаторе при температуре 37 ° C.
- Смешайте 200 мл saturatред культуры с 800 мл свежего культуры LB. Вызвать шелка паука экспрессии белка в течение 4 часов, добавив 0,2% арабинозы (вес / объем). Убедитесь в том, чтобы сохранить культуру под антибиотик выбора.
- Гранул клеток при 16000 х г в течение 10 минут при температуре 4 ° С (рис. 1в). Для простоты гранул весь объем в одном контейнере. Несколько шагов центрифугирования могут быть необходимы в зависимости от объема емкости центрифугирования труб. При необходимости переливать жидкости объемом после центрифугирования и повторно гранул дополнительный материал для обеспечения всего осадок клеток в одном контейнере. Сотовые гранулы могут храниться при -80 ° C до необходимости.
- Перед утилизацией отработанных питательных сред, добавьте отбеливатель или автоклав для стерилизации.
2. Лизиса клеток
- Добавить 20 мл 1x лизис буфера в 1 л осадок клеток (рис. 2). Убедитесь в том, ресуспендируют осадок клеток полностью.
- Добавить лизоцим до концентрации 1 мг / мл и далее содействоватьлизиса клеток. ДНКазы также могут быть добавлены на этот шаг, чтобы переварить хромосомной ДНК, чтобы снизить вязкость раствора. Поместите образец на орбитальном шейкере и осторожно встряхнуть в течение 20 мин.
- Разрушать ультразвуком решение максимально в течение 1 минуты.
- Для уточнения решения, центрифуги при 16000 х г в течение 10 минут при температуре 4 ° С (рис. 2В).
3. Очистки белков: Ni-NTA Affinity колоночной хроматографии
- Удалить супернатант и перенести его в чистое 25 колоночной хроматографии мл. Убедитесь, что супернатант невязкой и ясно. Если решение вязкой и облачно, добавить ДНКазы или разрушать ультразвуком и / или повторного гранул супернатант (повторите шаги 2.3-2.4).
- Добавить 1 мл Ni-NTA раствора (0,5 мл гранулы) в столбце. Плотно закрыть крышкой и краном, а затем установить на качалку, чтобы уравновесить в течение 1 часа, чтобы связывание 6x свой тег на Ni-NTA бисера (рис. 3А).
- Установка колонки в вертикальном положении настоять и позволять Ni-NTA бисером решить в течение 2 минут. Голубой слой можно увидеть внизу, когда шарики полностью урегулирован.
- Снимите крышку и дайте решение поступать через кран. Соберите это решение для дальнейшего анализа (рис. 3В).
- Добавить 20 мл 1x промывочного буфера и позволяет бисером, чтобы обосноваться. Откройте кран и, чтобы раствор проходит через. Соберите это решение в четыре 5 мл аликвоты для дальнейшего анализа Примечание: дополнительные объемы стирки может быть использован для снижения загрязняющих белков, однако, есть возможность снижения конечный выход белка..
- Добавить 20 мл 1x элюирующего буфера и позволяет смоле отстояться. Откройте кран и, чтобы раствор проходит через. Соберите это решение в четырех 5 мл аликвоты для дальнейшего анализа. Примечание: дополнительные объемы элюирования может быть собрана из Ni-NTA смолы если элюирования не завершена.
- Образцы могут храниться в 4° С или -80 ° С в течение короткого или длительного хранения, соответственно.
- Размер-фракционирования образцов с помощью SDS-PAGE анализа. Визуализируйте белков с серебром или Кумасси Brilliant Blue R-250 (рис. 3в). Только чистые фракции должны быть использованы для следующих шагов. Примечание: Вестерн-блот анализе могут быть использованы для подтверждения личности очищенного белка.
4. Диализа и лиофилизации
- Диализировать образцов с по крайней мере 100 раз объем образца (использование дистиллированной воды) в течение 2 дней. Изменение водного раствора через каждые 6 часов, чтобы удалить все соли. Примечание: размер молекулы вес отсечения на диализе труб зависит от размера рекомбинантного белка шелка.
- Взвесьте шесть 1,5 мл пустой трубы микроцентрифужную и записывать их массы. Это может быть полезно для прокола небольшие отверстия или щели на шапки труб перед взвешиванием для сублимационной сушки для облегчения лиофилизации (рис. 4).
- Мтер диализа, передача 1 мл диализовали образца в каждом из 6 предварительно взвешенные микроцентрифужную труб (рис. 4В). Вспышка заморозить с помощью жидкого азота и высушить образцы до использования замораживания сушки (рис. 4в).
- После высыхания, передача еще 1 мл диализа образец в каждой из шести трубок. Повторяйте, пока весь образец диализ был сушат в микроцентрифужную труб.
- Сублимированные образцы могут храниться при -80 ° C для длительного хранения.
5. Прядильные Dope подготовка
- Взвешивание каждого из микроцентрифужную пробирки, содержащие сухой порошок белка. Вычтите начальной массы пустой трубы для получения общей сухой массы белка. Примечание: В зависимости от выход белка, возможно, потребуется, чтобы очистить дополнительный материал для прядения.
- Рассчитайте объем гексафторизопропанол (HFIP), чтобы добавить в каждую пробирку для получения 200 мг / мл до 500 мг / мл, или 20% до 50% веса на единицу объема. Добавить соотели количество HFIP в каждую пробирку (рис. 4). Примечание: HFIP обладает высокой летучестью и токсичны, пипеткой тщательно и ограничить трубку как можно скорее. HFIP должны быть обработаны под защитный колпак.
- Парафильмом труб и место на качалку для растворения белков. Vortex и центрифуги иногда для облегчения растворения. Это может занять до 2 дней.
6. Подготовка шприца и аппараты установки
- Загрузка по крайней мере 25 мкл растворенного вращающегося допинг в шприц. Убедитесь, что нет агрегатов представить, как она может засорить шприц. Примечание: Этот пример невероятно вязкий, поэтому соблюдайте осторожность при пипетки.
- Нажмите на допинг перед шприц вертикально, удалить все пузырьки воздуха (рис. 5а). Примечание: пузырьки воздуха создают противоречия в волокно.
- Блокировка шприц с насосом. Поднимите 400 мл стакан заполнен на 95% изопропанола так, наконечник шприцапросто разрушение поверхности спиртом (рис. 5б).
- Установить шприцевой насос до 15 мкл / мин и запуска программы. Позвольте в качестве прядения волокна сидеть в изопропанол в течение 20 минут, чтобы полностью уравновешивать. Примечание: Эти волокна могут еще быть использованы MS / MS анализа подтверждают подлинность белков в волокна.
7. Пост-спин Draw и сбора проб
- Применение двусторонней клейкой ленты, чтобы обе стороны гребня на устройство для намотки каната. Устройство для намотки каната был создан из склеивания металла гребни для цифровых суппорта (рис. 6а). Прикрепите устройство для намотки каната на двигатель (рис. 6Б). Мы рекомендуем буферизации темы на 2 мин. Примечание: быстрее буферизации результатов ставок в больших количествах изменение качества волокна и воспроизводимость.
- Используя щипцы нежно схватить одного конца волокна и медленно вытащите его из изопропанола, прикрепив ее к краю одного из гребня руки на катушку (Рис. 6C). Следующие несколько шагов должно быть сделано без остановки, чтобы предотвратить волокна от высыхания.
- Включите двигатель и мягко направлять волокна на устройство для намотки каната. Примечание: Во время буферизации, не позволяют волокна удвоится и складывать друг на друга.
- После всего волокно наматывается, отсоединить катушку от двигателя и нанесите клей на край каждого шелковые волокна на двусторонний скотч (рис. 6). Это ускоряет шелка паука на аппарат. Примечание: Применяя клей на двухсторонний скотч до пост-спин рисунок, он предотвращает все волокна от скольжения и обеспечивает селективное растяжение внутренних слоев волокон в суппорт оружия.
- Установите катушку с линейным приводом (рис. 7а). Запись начальной длины волокон с использованием суппорта Отметим, что это внутренняя длина волокна;. Она не включает длину клееных и завернутый арound катушки.
- Опустите катушку в 75% изопропанола ванну. Позвольте волокон, чтобы уравновесить в течение 10 минут. Примечание: Другие обезвоживания решения могут быть использованы для прядения, такие как сульфат метанола, ацетона и аммиака.
- Установить скорость линейного привода до 1,5 мм / сек. На основе исходной длины, расчет конечной длины для желаемой после спина вытяжки. Сумма растягивается можно контролировать в зависимости от скорости и длины, в зависимости от настройки. Например, с начальной длиной 15 мм и желанный пост-спин вытяжки 3x, окончательная длина должна быть 45 мм. Это также может быть рассчитана как питание линейного привода в течение 20 секунд со скоростью 1,5 мм / сек.
- Как только нужное сообщение ничья спина завершена, медленно поднимите катушку из изопропанола. Дайте капли изопропилового спирта высохнуть в течение 1 минуты, а затем собирать образцы (рис. 7б). Образцы должны быть установлены на картон или фольгу кадров для тестирования PURпозах.
- Если дальнейшие отношения спина после розыгрыша желании снизить катушку обратно в 75% изопропанола ванну. Позвольте волокон, чтобы уравновесить в течение 10 минут, а затем переходите к следующему отношению спина ничья сообщение.
8. Испытание на растяжение
- Позвольте проб, чтобы уравновесить стандартных лабораторных условиях, по крайней мере за 1 час до механических испытаний. Влажности и температуры должны быть зарегистрированы как они могут повлиять на механические свойства волокна. Стандартный влажности и температуры должны быть примерно на 40% и 25 ° C, соответственно.
- Клей края картон или фольгу, чтобы обеспечить волокна на раме. Обратите внимание на размер открытия кадра. Это начальная длина вашего испытания волокна. 1 дюйм (25,4 мм) Открытие кадра показано на рисунке (рис. 8).
- С помощью светового микроскопа с 100x или больше увеличение, принять диаметр измерения вдоль продольной оси волокна.По крайней мере 3 измерения должны быть зарегистрированы. Чем больше увеличение используются и более измерений, тем лучше точность.
- Закрепите рамку кадра тензометр механические нагрузки (рис. 8, б). Сокращение кадров с обеих сторон, так что напряжение только проходит через волокна. Тара тензометр и сбора данных. Стандартный скорости деформации 2% в секунду рекомендуется.
- Используя данные, собранные и среднего диаметра, кривой напряжение-деформация могут быть построены.
- Сломанные волокно может теперь быть установлен на сканирующего электронного микроскопа (SEM) заглушки для морфологического анализа и измерения точки разрыва диаметре. Волокна сегменте от точки останова могут быть использованы для оценки и проверки начальный диаметр измеряется световой микроскоп.
9. Представитель Результаты
В шаге 3, различных фракций должны быть проанализированы SDS-PAGE анализ и визуализация белков с серебромили Кумасси Brilliant Blue R-250. Из стандартных Ni-NTA условиях колонке, элюированием фракций с> 90% чистоты может быть получен (рис. 9). Малый загрязняющих белков могут быть в дальнейшем удалена обширный диализа. Использование 25 мкл спиннинг допинг на 20% (вес / объем), по крайней мере 30 различных образцов волокна могут быть собраны из непрерывного волокна раны на катушку (предполагается, начальная длина 13 мм используется). Механические свойства могут быть проанализированы тензометр испытаний (рис. 10). В зависимости от рекомбинантного белка шелка используется для прядения, максимальное соотношение спина после ничьей должны быть определены эмпирически. В общем, после спина сделать отношения 4.0x может быть достигнуто без разрушения волокон (рис. 10). Spun волокон, до или после того, как сообщение ничья спина, могут быть проанализированы с помощью сканирующего электронного микроскопа для визуализации ультраструктуры (рис. 11а, б). Spun волокна также могут быть использованы для механических испытаний, показывая результатычто при низких изменения в ничью после спин группы образцов отношение (рис. 10).

Рисунок 1. Выражение паучьего шелка кДНК у бактерий. А) pBAD TOPO / Thio вектор, содержащий шелка паука кДНК интерес превращается в компетентный E. кишечной клетки. Б) один колонии засевают в 200 мл LB и выросли до насыщения в одночасье. После прививки, 800 мл свежего LB добавляется и культуры индуцированный для выражения с помощью арабинозы. C) В заключение индукции, культуры центрифугированием. Нажмите здесь, чтобы увеличить рисунок .

Рисунок 2. Лизиса бактериальных клеток после индукции белков паука шелка. А) Двадцать milliliTERS от 1x лизис буфера и ДНКазы добавляется в осадок клеток и помещены на орбитальном шейкере и ультразвуком лизировать клетки. B) Клеточный лизат вращается в центрифуге, чтобы очистить супернатант клеточной мусора, и супернатант собирается. Нажмите здесь, чтобы увеличить рисунок .

Рисунок 3. Очистка шелка паука рекомбинантных белков методом аффинной хроматографии. А) Клеточный лизат супернатант и Ni-NTA шарики добавляют в хроматографии и выдерживают в течение 1 часа. Б) После flowthrough собираются, 20 мл промывочного буфера и 20 мл элюирующего буфера используются в последовательности и собраны в 5 мл фракции. C) различных фракций анализируются SDS-PAGE, чистые образцы, содержащие белка-мишени передается диализа сумку и диализовали против DI водызавершения. Нажмите здесь, чтобы увеличить рисунок .

Рисунок 4. Подготовка шелка пауков очищенного белка для мокрого прядения. А) Диализованный продукт передается предварительно взвешенные пробирки в 1 порции мл. Б) 1 порции мл, заморозки жидким азотом. С) замороженные образцы лиофилизированной и более диализа образец добавляется. D) Сушеные масса рассчитывается и HFIP добавляется в сухую смесь для производства 20% (вес / объем) вращается допинг. Нажмите здесь, чтобы увеличить рисунок .

Рисунок 5. Загрузка спиннинг допинга в стеклянный шприц для мокрого прядения. А) Удерживая СиринGE по вертикали, вращающиеся допинг прижимается к верхней части шприца колонки, удаления пузырьков воздуха. B) загружены шприц прилагается к шприцевой насос и опустить в 95% изопропанола ванну, и наконечник просто разрушение поверхности ванны.

Рисунок 6. Спулинг синтетических волокон шелка пауков на пользовательские устройства шатается. А) устройство для намотки каната изготовлена из цифровых суппорта с прикрепленными металла гребни. Двусторонняя лента наносится на обе стороны гребня приложить концов волокон. Б) катушка крепится к медленной скорости двигателя использовании крокодил. С) волокна медленно вытащили из ванны и алкоголь намотан на катушку. D) клей наносится на край каждого сегмента волокна, чтобы держать их на месте. Показаны два различных волокна нити из различных белков.
Рисунок 7. Сообщение спина привлечь синтетических волокон с использованием самодельного аппарата. А) устройство для намотки каната крепится к линейной установке привода использованием крокодил. Б) После ничьей шаг спина сообщение, катушка поднимается из ванны. Изопропанол капли могут испариться, прежде чем волокно коллекции.

Рисунок 8. Монтаж синтетических волокон шелка на картон для механических исследований. А) Собрание волокна расположены на картон кадры с 1 "х 1" вырез. Волокна изначально удерживается на месте с помощью двухсторонней ленты, а затем фиксируется клеем. B) картон кадров крепится тензометр. Стороны затем разрезать так напряженности только работает, хотя волокна.

Рисунок 9. Размер фракционирования очищенный рекомбинантный MaSp1 Протейн фракций с помощью SDS-PAGE анализа следует визуализации с окрашиванием серебром. Белки лестница изображен на кДа. Два образца мытья показать неспецифическое связывание с бисером, а элюирования образца указывают на необходимость в течение 6 коллекций для обеспечения полного восстановления белков.

Рисунок 10. Стресс деформации кривых волокна нити из рекомбинантных белков TuSp1 8. Цвета показывают волокон, которые подвергались различным спином сообщение ничья отношений, начиная от 2,5 до 6х. Волокна показывают низкий изменения в их отношении группы, как пост спина увеличение ничья отношений, прочность волокна увеличивается в то время как расширения уменьшается.

Рисунок 11. Сканирующей электронной микроскопии изображения волокон кружилась от рекомбинантных белков TuSp1. А) На 500x увеличение, гладкий внешнийповерхности можно увидеть. B) На 5000x, плотное ядро интерьера можно наблюдать из натурального разрыва волокон.