Для просмотра этого контента требуется подписка на JoVE. Войдите или начните свой бесплатный пробный период.

Методическая статья

Всего сотовый Bioreporter подход к оценке переноса и биодоступности органических загрязнителей в ненасыщенных систем водоснабжения

10.2K просмотров

⸱

DOI:

10.3791/52334

⸱

24 декабря 2014 г.

 ,  ,  , 
1Department of Environmental Microbiology, Helmholtz Centre for Environmental Research - UFZ, 2Department of River Ecology, Helmholtz Centre for Environmental Research - UFZ

В этой статье

Краткое содержание

Вся камера bioreporter проба с Burkholderia sartisoli RP037-МКТО был разработан для обнаружения фракции органического загрязнителя (т.е. флуорена) Доступные для бактериального разложения после активного транспорта по мицелия, соединяющих заполненные воздухом поры в ненасыщенной модели водной системы.

Аннотация

Биодоступность загрязнителей является предпосылкой для их эффективной биодеградации в почве. Однако средняя объемная концентрация загрязнителя не является подходящим показателем его наличия; Биодоступность скорее зависит от динамического взаимодействия потенциального массопереноса (потока) соединения к микробной клетке и способности последней разрушать соединение. Было показано, что в ненасыщенных водой частях почвы мицелий преодолевает ограничения биодоступности, активно транспортируя и мобилизуя органические соединения в диапазоне сантиметров. В то время как степень переноса мицелия может быть легко определена химическими средствами, проверка биодоступности загрязняющих веществ для бактериальных клеток требует биологического метода. Чтобы устранить это ограничение, мы выбрали флуорен ПАУ (FLU) в качестве модельного соединения и разработали ненасыщенный водой модельный микромир, связывающий пространственно разделенный точечный источник FLU и разрушающую FLU бактерию Burkholderia sartisoli RP037-mChe мицелиальной сетью Pythium ultimum. Поскольку биорепортер экспрессирует eGFP в ответ на поток ПАУ в клетку, воздействие и деградация бактериального ГРИППа могут контролироваться непосредственно в микромире с помощью конфокальной лазерной сканирующей микроскопии (CLSM). CLSM и анализ изображений показали значительное увеличение экспрессии eGFP в присутствии P. ultimum по сравнению с контрольной группой без мицелия или гриппа, что указывает на биодоступность ГРИПП для бактерий после опосредованного мицелием транспорта. Результаты CLSM были подтверждены химическим анализом в идентичных микромирах. Разработанный микромир оказался пригодным для исследования биодоступности загрязняющих веществ и одновременной визуализации вовлеченных бактериально-мицелиальных взаимодействий.

Введение

Почва густонаселенных от широкого спектра микроорганизмов, таких как 1,2 бактерий. Однако условия в этой среде обитания являются сложными, особенно с точки зрения наличия воды 3. Бактерии постоянно нужно искать оптимальных условий в гетерогенных средах 4, но отсутствие непрерывных водных пленок приводит к ограничению подвижности 5 препятствуя им свободно распространяться. Кроме того, скорость диффузии растворенных веществ (например, питательных веществ) снижены при ненасыщенных условиях 6. Таким образом, бактерии и питательные вещества часто физически разделены и питательных доступность ограничивается 3. Как следствие, транспортный вектор химических соединений, которые не требуют непрерывного водную фазу может помочь преодолеть эти ограничения. В самом деле, многие микроорганизмы, такие как грибы и оомицетов разработали нитевидные формы роста, позволяющее им расти через заполненные воздухом поры, тем самым достигая и MOBIлизинг и физическое отделены питательные вещества 7 и углеродистую 8 веществ на большие расстояния. Они могут даже выступать в качестве биологических векторов транспорта, которые поставляют сахар и другие источники энергии бактерий 9. Поглощение и транспорт в мицелиальных организмов было также показано для гидрофобных органических загрязнителей, таких как полициклические ароматические углеводороды (ПАУ) в Pythium ultimum 10 или в эндомикоризными грибов 11. С ПАУ вездесущие и плохо растворимые загрязнения воды 12 в почве, мицелий-опосредованный транспорт может способствовать увеличению загрязнений биодоступность для потенциальных бактериальных деструкторов. В то время как общее количество переноса загрязняющих веществ может быть определена количественно, непосредственно химическими средствами 10, биодоступность загрязняющих веществ, транспортируемых в мицелии разрушающих бактерий и других организмов не может быть легко оценена.

Следующий протокол представляет собой метод оценки влияния myceЛия на загрязнений биодоступности бактериальных деструкторов в прямом порядке; это позволяет собирать информацию о пространственно-временной воздействия загрязняющих веществ на микробных экосистем. Мы опишем, как создать сложную ненасыщенный систему микрокосм имитации воздух-вода интерфейсы в почве, связывая физически отделены точечный источник ПАУ ПАУ унижающие bioreporter бактерий через мицелия транспортных векторов. Поскольку в воздухе транспортного исключается, эффект мицелия на основе транспорта на ПАУ биодоступность для бактерий могут быть изучены в изолированной образом. Более подробно, три кольца ПАУ флуорена мицелия организм Питиум ultimum и bioreporter бактерии Burkholderia sartisoli RP037-МКТО 13 были применены в описанных микромира установок. Бактерия B. sartisoli RP037-МКТО был первоначально построен для изучения фенантрена потоков в ячейку 14 и выражает усиленный зеленый флуоресцирующий белок (EGFP), в результате потока ПАУ вклетка, в то время как красный флуоресцирующих mCherry выражается конститутивно. Подробная информация о репортера строительства определяется Текон и др. 13 В предварительных испытаний, бактерия не выявлено плавание и только очень медленно способность роения. Было способны мигрировать медленно гифы Pythium ultimum, когда применяется в качестве плотной суспензии в верхней части гиф. Поскольку бактерии были встроены в агарозе в следующей методике, миграция на гиф не происходило.

Использование конфокальной лазерной сканирующей микроскопии (CLSM), то bioreporter бактерии могут быть визуализированы непосредственно в микрокосмах и экспрессия EGFP может быть количественно по отношению к количеству клеток (пропорционального сигналу mCherry) с помощью программного обеспечения ImageJ. Это позволяет сравнивать биологическую качественно различных сценариев (например, выше или ниже). FLU было установлено, что биодоступной после мицелия транспорта П. ultimum (т.е. егобыл выше, чем в отрицательном контроле). Кроме того, протокол описывает, как количественно общее количество мицелия-опосредованного транспорта через химическими средствами и проверить загрязнений биодоступность с использованием кремниевых покрытием стекловолокна (SPME волокна) в идентичных микрокосмах. Результаты использования этой установки микрокосм были опубликованы и обсуждены на комбинации P. ultimum, флуорена и B. sartisoli RP037-МКТО 15. Здесь акцент лежит на подробным описанием метода и выявления потенциальных ловушек протокола, чтобы обеспечить эти знания для возможного дальнейшего применения. Дальнейшие применения могут включать различные грибковые, бактериальные виды (например, с загрязненных участков) и других загрязняющих веществ (например, пестициды) или по загрязнителям питания (например, в возрасте почвы).

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Протокол

1. Подготовка посуды, горки и инкубаторе

  1. Подготовьте следующие материалы для каждого микрокосма: одна большая пластиковая чашка Петри дно (d = 10 см), один модифицированный (см шаг 1,2) маленький пластиковый чашку Петри дно (d = 5 см) с крышками и один Счетной палаты слайд с тремя полостями.
  2. Взять нужное количество чашек Петри нижней части (D = 5 см). Удаление части краев с пилой точно соответствовать слайд (26 мм длиной ребра). Для стерилизации системы, впитать чашку Петри днища и крышки в 70% этаноле O / N и высушить их, по крайней мере, 2 ч в шкафу потока под УФ-светом. Храните чашки Петри в плотно закрывающийся пластиковый контейнер, который также подвергся воздействию УФ-излучения в течение 2 ч.
  3. Протрите необходимое количество слайдов с 70% этанола и воздушно-сухой их. Оберните слайдов в алюминиевую фольгу и поместить их в муфельной печи в течение 5 ч при 450 ° С для удаления возможных загрязнений.
  4. Подготовка стекла инкубаторе с крышками. Очистите с 70% этанола и подвергать открытые камеры УФ-свете, по крайней мере, 2 часа в кабинете потока.
    Примечание: Большие Эксикаторы (диаметр около 30 см) с крышками могут быть использованы для этой цели; каждый эксикатор может вместить до десяти микромира установок.

2. Подготовка информации и культур

  1. Чтобы запустить 20 параллельных микромиры, получаем 100 мл модифицированной триптон-дрожжевой среде (MTY) 14, 150 мл 21C минимальной среде 16 (мм), 5 мл минимальной агаризованной среде (ММА; 0,5%, вес / объем), три картофельный агар с декстрозой (PDA пластины; 1,5%, вес / объем) для Р. ultimum, четыре пустые пластины, одна PDA пластину, содержащую 2 мг L -1 циклогексимид, четыре агарозном пластины (3%, вес / объем), содержащей 0,3 г мл -1 активированный уголь и 40 мг гриппа в 2 мг порциями.
  2. Подготовка Mty, содержащий 50 мг L -1 канамицина (канамицин эксплуатацию комплексред поддерживать EGFP репортерной плазмидой) и ММ, содержащей 10 мМ ацетата для бактериального культивирования. Используйте мм без ацетата подготовить 0,5% ММА для иммобилизации бактерий в микромире и разлить в чашки (каждый 20 мл) 1,5% КПК для выращивания Pythium ultimum и микромира установок.
  3. Привить некоторые гифы P. ultimum на три свежих чашках КДА и инкубировали в темноте при 25 ° С в течение примерно 72 ч. Затем убедитесь, что пластины зарастают полностью свежим и пушистым мицелием.
  4. Начните два культур B. sartisoli RP037-МКТО в 50 мл Mty из глицерина акций. Инкубируют при 30 ° С с 230 оборотов в минуту колбу вращательного движения O / N.
  5. Мера культура оптическая плотность (OD) при 578 нм и центрифуге при 1000 мкг в течение 10 мин (для В. sartisoli RP037-МКТО, как ожидается OD 578 составляет около 1,0 и клетки находятся в экспоненциальной фазе). Удалите супернатант и повторно приостанавливать клеткив соответствующем количестве ММ достичь OD 578 0,4. Посев 20 мл ММ, содержащей 50 мг L -1 канамицина с 400 мкл ресуспендировали клетки. Инкубируют при 30 ° С с 230 оборотов в минуту колбу вращательного движения O / N.
  6. Измерьте OD 578 культуры в мм (для В. sartisoli RP037-МКТО, как ожидается OD 578 составляет около 0,2 и клетки находятся в ранней экспоненциальной фазе). Центрифуга культуры в 2000 мкг в течение 10 мин и повторно приостанавливать клеток в соответствующем количестве ММ достичь OD 0,4. Смешайте 50 мкл клеточной суспензии с 500 мкл теплой жидкости, ММА в 2 мл пробирки и хранят при 50 ° С до использования. Используйте 150 мкл клеток в ММА для каждого микрокосма.
  7. Налейте пластин агарозном геле, содержащем активированный уголь. Расплава агарозы (3%; масса / объем) в дважды дистиллированной воде. Тщательно перемешать с активированным углем (0,3 г мл -1) и залить смесь в пластиковых чашках Петри(D = 10 см).

3. Микромир Монтаж

ПРИМЕЧАНИЕ:. Полный комплект микрокосм схематически на рисунке 1 Пожалуйста, обратитесь к рисунку 1 для всех последующих отдельных шагов. Следующие шаги описывают подготовку образца (SAM) с мицелия транспортных векторов и трех различных установок управления (CON AIR, CON ГПМ, CON POS). Резюме всех различных установок можно найти в таблице 1.

  1. Возьмите нужное количество чашек Петри и слайдов и подвергать их ультрафиолетовым светом под шкафом потока в течение 30 мин.
  2. Поместите небольшую чашку Петри, внутри большой и, подогнав слайд через зазор небольшой чашке Петри. Принимать одну выборку теплой клеточной суспензии в ММА и добавить 150 мкл в средней полости одного слайда. Повторите этот шаг до середины полости всех слайдов незаполнен ММА. Подождите 5 минут для MMA затвердеть.
  3. Используйте 1 см пробки буром выбивать круглых пятен с чистого PDA пластины. Поместите один участок на расстоянии 2 мм, рядом с ММА внутри малой чашке Петри. Добавьте к этому способствовать рост мицелия в настройке (PDA 3 на рисунке 1).
  4. Вырезать фигурные PDA патчи как механические барьеры. Используйте чистую и стерильную небольшой чашке Петри нижнюю часть и нажмите на КПК пластины. Использование шпателя сократить еще один небольшой кольцо на расстоянии 0,5 см в агар, что приводит к PDA-кольца.
    1. Вырежьте кусок, который точно вписывается в зазоре небольшой чашке Петри в настройках микромира и поместите его в щель на верхней части слайда. Убедитесь, что расстояние между ММА и круговой PDA барьера составляет около 2 мм. Закройте крышку небольшой чашке Петри осторожно вдавив ее в КПК барьера.
    2. Повторите шаги 3.4 и 3.4.1 с PDA пластину, содержащую 2 г L -1циклогексимида.
      ПРИМЕЧАНИЕ: Это настройка управления воздушного транспорта (CON AIR) по отношению к bioreporter клеток, так как мицелий ингибирует циклогексимидом и не зарастают ММА.
  5. Используйте 1 см пробки буром пробить круговые участки пустой PDA пластины. Используйте другой 0,5 см пробки буром, чтобы вырезать середину первого патча. Поместите в результате небольшой PDA-кольцо на расстоянии 1 мм, рядом с PDA барьера (PDA 1 на рисунке 1).
  6. Добавить 2 мг гриппа в отверстие PDA 1. Используйте 1 см пробка буром, чтобы вырезать круглые пятна с КПК пластин, заросших P. ultimum и поместите одну заплату (PDA 2 на рисунке 1) дно вниз на КПК кольцо так, чтобы мицелия коврик сталкивается кристаллы гриппа.
    1. Повторите предыдущий шаг, не добавляя кристаллы гриппа.
      ПРИМЕЧАНИЕ: Это отрицательный настройки управления (CON NEG), чтобы определить фонфлуоресценция bioreporter клеток.
  7. Используйте 1 см пробки буром выбивать круглых пятен с агара, содержащего активированный уголь. Поместите четыре пятна в каждой установки микромира дальнейшее снижение газовой концентрации FLU (Рисунок 1).
  8. Подготовка положительного контроля (CON POS). Добавить несколько кристаллов гриппом 200 мкл ММА клеточной суспензии и поместить его в одну полость пустой слайд.
  9. Поместите чашку Петри (d = 10 см) с некоторым порошка активированного угля на нижней части инкубационной камере, чтобы минимизировать концентрацию газообразного гриппа в камере. Кроме того, место 4:56 50 мл стаканы стерильной водой на дне, чтобы поддерживать высокую влажность воздуха в камере.
    1. Передача микромира установок в инкубационных камерах и инкубировать при 25 ° С в течение 96 ч. Образцы Место беспорядочно в различных камерах роста, чтобы исключить эффекты местоположение.
      ПРИМЕЧАНИЕ: Это время AP Инкубационныйкурсирует в оомицетов P. ultimum. Это может быть различным для других организмов.

4. конфокальной лазерной сканирующей микроскопии

  1. В идеале использовать установку CLSM с прямой микроскоп.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Это может быть оснащена обычными лазерами размещения например, 488, 561 и 633 нм линий для возбуждения или с перестраиваемой белого лазерного источника.
  2. Используйте следующие параметры для коллекции изображений возбуждения: 490 нм (EGFP) и 585 нм (mCherry) на соответствующем интенсивности лазерного излучения (одновременное возбуждение); Диапазоны выбросов: от 500 до 550 нм (EGFP) и 605 нм до 650 нм (mCherry); Объектив: 63X NA 0,9 вода погружные (из-за своей долгой рабочей дистанции); шага для Z-стеки: 0,5 мкм.
  3. Открыть настройки микрокосм и использовать скальпель для удаления КПК 1, 2, 3 и барьер PDA. Положите покровным стеклом в верхней части ММА и аккуратно нажмите на него, чтобы удалить воздушные пузыри. Гора слайд на сцене микроскопа. Добавить каплю воды в верхней части гое крышка скольжения и использовать настройки mCherry найти bioreporter клеток в образце.
  4. Получить быстрый обзор образца и оптимизации сигнала к шуму с использованием тлеющего над-под таблицы поиска для красного (mCherry) и зеленый (EGFP), канал. Выберите случайное положение на образце для анализа флуоресценции bioreporter.
    Примечание: гифы может показать аутофлюоресценция в диапазоне bioreporter излучения (например, зеленый автофлуоресцентной) 17. Будьте уверены, чтобы выбрать области без гиф, если это так.
  5. Определить и записать Z-стеки для каждой позиции в зеленый (EGFP) и красный (mCherry) канала. Во избежание обесцвечивание образца при длительном воздействии света или эпифлуоресцентной лазерного света.
    1. Повторите предыдущий шаг для десяти случайных, равномерно распределенных позициях.
  6. Повторите все шаги, используя одни и те же настройки для всех образцов испытательного трека (SAM), Воздушная тюрьма, CON NEG и CON POS.

5. Анализ изображения

ПРИМЕЧАНИЕ: Для анализа красный (mCherry) и зеленый (EGFP), флуоресценцию в Z-стеки, записанных, среди других вариантов свободное программное обеспечение ImageJ 18 (http://rsb.info.nih.gov/ij/download.html) может быть используемый.

  1. Убедитесь в том, чтобы установить плагин logi_tool (http://downloads.openmicroscopy.org/bio-formats/4.4.10/).
  2. Откройте файл в ImageJ. Выберите "Разделить каналы" и закройте зеленый канал. Используйте макрос 'mCherry область ", представленную в качестве дополнительной файл кода для количественного площадь красной флуоресценции в Z-стека. Отрегулируйте предпочтительные настройки в макрос (выделены жирным шрифтом).
    1. Выход стол с измеренным пикселей выше порога (и выше определенного минимального размера) в z-стека.
      ПРИМЕЧАНИЕ: сумма всех значений количество красных точек (область) в стеке.
  3. Откройте файл в ImageJ. Выберите "Разделить каналы" и закройте красный канал. Используйте макрос 216; EGFP INT 'при условии, в качестве дополнительного файла кода для количественной оценки интенсивности зеленой флуоресценции в z-стека. Отрегулируйте предпочтительные настройки в макрос (выделены жирным шрифтом).
    1. Выход стол с средней интенсивности и площади всех зеленых объектов выше порога (и выше определенного минимального размера) в Z-стека. Чтобы вычислить полную интенсивность зеленых пикселей в стеке, умножать каждый, означают интенсивность по соответствующей области.
  4. Рассчитайте относительную EGFP индукции (EGFP REL):
    figure-protocol-1 (1)
    Примечание: С mCherry выражается конститутивно, в результате значение EGFP отн является относительной мерой на сумму EGFP, выраженного определенного количества клеток. Пожалуйста, обратитесь к таблице 3 для получения дополнительной информации по расчету EGFP отн.
TLE "> 6. Химическая Количественное

ПРИМЕЧАНИЕ: микрокосм установок также могут быть использованы для выполнения химической количественное перемещается количествах ГРИППА с или без абиотической загрязнений раковиной.

  1. Обертка 15 мл ампулы 1 мл ГХ / МС флаконы и вставки в алюминиевую фольгу. Заполните испарения блюда с Na 2 SO 4; разместить все в муфельной печи в течение 5 ч при 450 ° С, чтобы удалить возможные загрязнения. Храните Na 2 SO 4 внутри активированного эксикаторе.
  2. Вырезать PDMS стекло с покрытием волокон в 0,5 см в длину. Вымойте волокна путем встряхивания в четыре раза 2 ч в свежей метанола. Повторите промывание шаги еще четыре раза с сверхчистой воды и хранения чистых волокон в сверхчистой воде в закрытой стеклянной пробирке.
  3. Подготовьте 1,5 л толуола / ацетона (3: 1, об / об), содержащей 10 мкг L -1 фенантрен-D 10.
  4. Выполните шаги 1, 2 и 3 протокола. Подготовка микрокосм без BIOReporter клетки для изучения FLU транспорт (SAM (-) и Воздушная тюрьма (-)) и с bioreporter клеток (SAM) для проверки деградации гриппа.
    1. Дополнительные (без bioreporter клеток): Место три PDMS покрытые стекловолокна (обычно используется для SPME экспериментов) как искусственное и количественно загрязнений раковиной внутри ММА SAM (-) с использованием тонких щипцов.
    2. Удалить стекловолокна с использованием тонких щипцов и передавать каждый в ГХ / МС флаконе со вставкой.
    3. Добавить 200 мкл толуола и встряхивают вертикально O / N и анализировать с помощью ГХ / МС. Используйте настройки, предоставленные в таблице 2.
  5. Передача ММА из полости среднего в стекл нный сосудик на 15 мл и добавляют около трех шпателей из Na 2 SO 4. Тщательно перемешать с помощью шпателя и добавить 10 мл растворителя. Vortex смеси и поколебать горизонтально O / N в темноте.
    1. Передача 1001; л образца в GC / MS флакон с вкладышем. Добавить 10 мкл аценафтилену-D 08 (10 мг L -1) и анализировать с помощью ГХ / МС по той же программе, как описано в 6.4.3.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Результаты

Представленные здесь результаты уже опубликованы ранее 15. Пожалуйста, обратитесь к статье для детального механистического и экологической обсуждения.

После записи изображения с помощью CLSM, максимальный выступ интенсивность может быть проведено с использованием соответствующего программного обеспечения микроскопа или ImageJ, чтобы получить первый визуальное впечатление образца и контроля (рисунок 2). Позже, наборы данных могут быть спроектирован по-другому, чтоб...

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Обсуждение

Представлены настройки микрокосм зарекомендовали себя для изучения биодоступности пространственно разделенных химических веществ, унижающему человеческое достоинство организмов после поглощения и транспорта по мицелия. Потенциал в газовой фазе перенос частично летучих соединений предотвращается и бактериальные клетки bioreporter могут быть визуализированы без сложной подготовки проб и, таким образом, с минимальным нарушением чувствительной системы. В то же время, химический анализ образца может быть легко проведена позв...

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Раскрытие информации

Авторы заявляют, что у них нет конкурирующих финансовых интересов.

Благодарности

Финансирование от Немецкого экологического фонда (DBU) подтверждено. Авторы благодарят Уте Кулике за техническую помощь в анализе CLSM, а также Биргит Вюрц, Риту Ремер и Яну Райхенбах за квалифицированную экспериментальную помощь. Авторы хотели бы выразить особую благодарность профессору Яну Рулофу ван дер Мееру и доктору Робину Текону за плодотворную дискуссию и предоставление биорепортерного штамма. Компания вносит свой вклад в исследовательскую программу «Химические вещества в окружающей среде» (CITE) Объединения им. Гельмгольца.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Материалы

Solution 3
Список материалов, использованных в этой статье
ИмяКомпанияКаталожный номерКомментарии
Конфокальный микроскопLeicaTCS SP5X, LAS AF - Version 2.6.1; или эквивалент CLSM
GC HP 7890 Series GC и Agilent 5975C MSDAgilentили эквивалент GC/MS может быть использован
GC капиллярной колонкой J& Ш 121-5522                         Agilent
Пробковый точильщикFisher Scientific12863952или любой другой
Крышка колпачкаMarienfeld107222Высокая производительность, No1.5H
GC/MS instertsWICOMWIC 47080
GC/MS флаконы 2 млWICOMWIC 41150
Крышки/перегородки для флаконов с завинчивающейся крышкойDIONEX49463 / 049464 
Крышки для флаконов с ГХ/МСWICOMWIC 43948/B
Объективные стеклаMenzelобыкновенные
стекловолокна с покрытием PDMSPolymicro Technologies, Inc.V (PDMS) = 13,55  ±   0,02  &микро; l  m-1Petri
Тарелки маленькие/большиеGreiner633-102 / 628-102
Флаконы с завинчивающейся крышкой 40 млDIONEX48783можно использовать другие стеклянные флаконы
Флаконы с завинчивающейся крышкой 60 млDIONEX48784можно использовать другие стеклянные флаконы
Аценафтилен d08Dr. EhrenstorferC 20510100
АцетонКарл Рот9372.2
Активированный угольСигма-Олдрич242276-1 кг
Агароза КарлРот2267.4
ФлуоренаФлюка46880
Канамицина сульфатКарлРот T832.250 мг L-1
МетанолCarl RothP7171
Minimal Medium: 100 мл Solution 1 + 25 мл Solution 2 + 5 мл Solution 3 ad. 1,000 ml aqua dest
Solution 1
Ammonium sulfateCarl Roth3746.15 г L-1 
Магния хлорид x 6  H2OCarl Roth2189.11 г L-1
Нитрат кальция x 4  H2OКарл РотP740.10,5 г L-1
Solution 2
Disodium phosphateКарл РотP030.155,83 г L-1
МонокалийфосфатКарл Рот3904,120 г L-1
Динатрий ЭДТАMERCK10841802500,8 г L-1
Iron(II) хлорид x 4  H2OMERCK10386102500,3 г L-1
Cobalt(II) хлорид x 6  H2OCarl RothT889.34 мг L-1
хлорид марганца(II) x 1  H2OCarl Roth4320.210 мг L-1
Copper (II) сульфат CarlRothP023.11 мг L-1
Молибдат натрия x 2  H2OCarl Roth0274.13 мг L-1
Хлорид цинкаMERCK10881602502 мг L-1
Хлорид литияCarl RothP007.10,5 мг L-1
Оловянный (II) хлорид x 2  H2OCarl Roth4473.10,5 мг L-1
борная кислотаRiedel-de-Haen                         116061 мг L-1
Калия бромид CarlRothA137.12 мг L-1
Йодид калияCarl Roth6750.12 мг L-1
хлорид барияCarl Roth4453.10,5 мг L-1
MMAМинимальная среда + агароза 0,2%
Фенантрен d10Dr. EhrenstorferC 20920100
Картофельная декстроза Агар: 24 г L-1 бульон + бакто-агар 1,5%; pH 6,8
Картофельный бульон с декстрозойDifco/ Beckton Dickinson254920
Бакто-агарDifco/ Beckton Dickinson214040
Ацетат натрия x 3 hydr.Carl Roth6779.1
Сульфат натрияMERCK1066495000
толуолMERCK1083252500
mTY среда: 3 г  L-1 дрожжевой экстракт, 5  Г&нбсп; L-1 бактотриптон и 50 мМ
экстракт дрожжейMerck1037530500
триптонServa4864702
хлоридом натрияCarl Roth3957.1
ImageJ с плагиномhttp://rsb.info.nih.gov/ij/download.html и http://downloads.openmicroscopy.org/bio-formats/4.4.10
штамм Pythium ultimum 67-1Получен из лаборатории доктора Кристофа Киля; Кафедра фундаментальной микробиологии, Лозаннский университет, Швейцария
Burkholderia sartisoli RP037-mCheПолучено из лаборатории профессора Яна Рулофа ван дер Меера; Факультет фундаментальной микробиологии, Лозаннский университет, Швейцария
colspan="4"> (pH 6,0) NaCl logi tool

Ссылки

  1. Holden, P. A., Fierer, N. Microbial processes in the vadose zone. Vadose Zone Journal. 4, 1-21 (2005).
  2. Whitman, W. B., Coleman, D. C., Wiebe, W. J. Prokaryotes: The unseen majority. Proceedings of the National Academy of Sciences. 95, 6578-6583 (1998).
  3. Kieft, T. L., et al. Microbial abundance and activities in relation to water potential in the vadose zones of arid and semiarid sites. Microbial ecology. 26, 59-78 (1993).
  4. Wang, G., Or, D. Aqueous films limit bacterial cell motility and colony expansion on partially saturated rough surfaces. Environ. Microbiol. 12, 1363-1373 (2010).
  5. Griffin, D. M. Water Potential Relations in Soil Microbiology SSSA Special Publication. Parr, J. F., Gardner, W. R., Elliott, L. F. , Soil Science Society of America. 141-151 (1981).
  6. Papendick, R. I., Camprell, G. S. Water Potential Relations in Soil Microbiology SSSA Special Publication. Parr, J. F., Gardner, W. R., Elliott, L. F. , Soil Science Society of America. 1-22 (1981).
  7. Boswell, G. P., Jacobs, H., Davidson, F. A., Gadd, G. M., Ritz, K. Functional consequences of nutrient translocation in mycelial fungi. J. Theor. Biol. 217, 459-477 (2002).
  8. Jennings, D. H. Translocation of solutes in fungi. Biol. Rev. Camb. Philos. Soc. 62, 215-243 (1987).
  9. Bais, H. P., Weir, T. L., Perry, L. G., Gilroy, S., Vivanco, J. M. The role of root exudates in rhizosphere interactions with plants and other organisms. Annu. Rev. Plant Biol. 57, 233-266 (2006).
  10. Furuno, S., et al. Mycelia promote active transport and spatial dispersion of polycyclic aromatic hydrocarbons. Environ. Sci. Technol. 46, 5463-5470 (2012).
  11. Gao, Y., Cheng, Z., Ling, W., Huang, J. Arbuscular mycorrhizal fungal hyphae contribute to the uptake of polycyclic aromatic hydrocarbons by plant roots. Bioresour. Technol. 101, 6895-6901 (2010).
  12. Semple, K. T., Morriss, A. W. J., Paton, G. I. Bioavailability of hydrophobic organic contaminants in soils: fundamental concepts and techniques for analysis. Eur. J. Soil. Sci. 54, 809-818 (2003).
  13. Tecon, R., Binggeli, O., vander Meer, J. R. Double-tagged fluorescent bacterial bioreporter for the study of polycyclic aromatic hydrocarbon diffusion and bioavailability. Environ. Microbiol. 11, 2271-2283 (2009).
  14. Tecon, R., Wells, M., vander Meer, J. R. A new green fluorescent protein-based bacterial biosensor for analysing phenanthrene fluxes. Environ. Microbiol. 8, 697-708 (2006).
  15. Schamfuss, S., et al. Impact of mycelia on the accessibility of fluorene to PAH-degrading bacteria. Environ. Sci. Technol. 47, 6908-6915 (2013).
  16. Smibert, R. M., Krieg, R. M., et al. Manual of methods for general bacteriology. Gerhardt, P., Murray, R. G. E., Costilow, R. N., Nester, E. W., Wood, W. A., Krieg, N. R., Phillips, G. B. 19, American Society for Microbiology. Washington, D.C. 409-443 (1981).
  17. Wu, C. H., Warren, H. L. Natural autofluorescence in fungi and its correlation with viability. Mycologia. 76, 1049-1058 (1984).
  18. Schneider, C. A., Rasband, W. S., Eliceiri, K. W. NIH Image to ImageJ: 25 years of image analysis. Nat. Methods. 9, 671-675 (2012).
  19. Pedersen, C., Sylvia, D. Ch. 8 Concepts in Mycorrhizal Research. Handbook of Vegetation Science. Mukerji, K. G. Vol. 19, Springer. Netherlands. 195-222 (1996).
  20. Furuno, S., et al. Fungal mycelia allow chemotactic dispersal of polycyclic aromatic hydrocarbon-degrading bacteria in water-unsaturated systems. Environ. Microbiol. 12, 1391-1398 (2010).

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Перепечатки и разрешения

Теги

Анализ с использованием биорепортераконфокальная лазерная сканирующая микроскопиятранспорт в мицелиальной сетиBurkholderia sartisoliPythium ultimumбиодоступность флуоренаанализ экспрессии EGFPоценка транспорта загрязнителейпрограммное обеспечение для анализа изображений
Всего сотовый Bioreporter подход к оценке переноса и биодоступности органических загрязнителей в ненасыщенных систем водоснабжения
Связаться с нами
Порекомендовать библиотеке

Конфиденциальность

Условия использования

Политики

© 2026 MyJoVE Corporation. Все права защищены.