Методическая статья

Корректура и ДНК ремонт пробирного анализа единичных нуклеотидных расширение и MALDI-TOF масс-спектрометрии с помощью

DOI:

10.3791/57862

⸱

19 июня 2018 г.

 ,  ,  ,  ,  ,  ,  ,  , 
1Department of Clinical Laboratory Sciences and Medical Biotechnology, College of Medicine, National Taiwan University, 2Department of Laboratory Medicine, National Taiwan University Hospital, 3Center for Microbial Pathogenesis, Nationwide Children's Hospital and the Department of Pediatrics, The Ohio State University

* These authors contributed equally

В этой статье

Краткое содержание

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Не помечены, Радио изотопный метод ДНК-полимеразы корректуры и пробирного ремонта ДНК была разработана с помощью стратегии расширения единичных нуклеотидных и разрешением MALDI-TOF масс-спектрометрии. Assay доказал, чтобы быть очень конкретные, простой, быстрый и легко выполнять проверки правописания и ремонт патчи короче, чем 9-нуклеотидов.

Аннотация

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Поддержание генома и его верным репликации имеет первостепенное значение для сохранения генетической информации. Чтобы оценить высокой верности репликации, мы разработали простой-меченых и радио изотопный метод, с помощью матрицы помощь лазерная ионизация десорбции с время полета (MALDI-TOF) массового спектрометрия (МС) анализ для изучения корректура. Здесь, ДНК-полимеразы [например, фрагменты фрагмент ДНК-полимеразы кишечной палочки (KF) я (Поль я) в этом исследовании] присутствии всех четырех dideoxyribonucleotide трифосфаты используется для обработки дуплекс несоответствие грунт шаблон. Несоответствие грунтовка затем корректировать/расширенный и подвергается MALDI-TOF MS. Продукция отличается изменения массы грунта до единичных нуклеотидных вариации. Главное корректура также может определяться для внутреннего одного несоответствия, хотя и в разных эффективности. Несоответствия, расположенный в 2-4-нуклеотидов (nt) от 3' конца были эффективно корректируемый Поль я, и несоответствие в 5 nt от грунтовки terminus показал только частичное исправление. Не корректура произошло для внутренних несоответствий, расположенный на 6-9 nt от грунт 3' конца. Этот метод может также применяться для ремонта анализов ДНК (например, оценки базы поражения ремонт субстратов для ремонта пути Эндо V). Грунты, содержащие 3' предпоследний deoxyinosine (dI) поражения могут быть исправлены путем Поль я. Действительно предпоследний T-I, G-I и A-я субстратов был их последний 2 ди содержащих нуклеотидов подакцизным, Поль я перед добавлением правильный ddN 5'-монофосфат (ddNMP) во время предпоследнего C-я несоответствия были мириться Пол I, позволяя грунт, чтобы быть продлен без ремонт, демонстрируя, что чувствительность и разрешение MS анализа для измерения репарации ДНК.

Введение

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Корректура функции ДНК полимеразы во время репликации ДНК важны для обеспечения высокоточной генетической информации, которая должна быть передана потомству1,2,3,4, 5,6,7. Возможность оценить вклад полимеразы, корректура экзонуклеаз бы уточнить механизмы защиты генетической стабильности.

Радиоизотопные маркировки и гель на основе анализов в сочетании с денситометрических анализ autoradiograms или фосфора изображений8,9,10 традиционно использовались для выявления корректура активность ДНК полимеразы. Хотя функциональные, эти анализы являются трудоемкий, дорого и не поддаются форматов высокой пропускной способности. Кроме того радиоизотопов страдают вопросы безопасности, включая удаление отходов. В качестве альтернативы корректура мероприятия были проанализированы флуориметрический методов. Например 2-aminopurine (2-AP) могут включаться в расширение продуктов во время в vitro полимеразы корректура анализов производить флуоресцентного сигнала11,12. К сожалению эти подходы страдают от низкой специфичности, так как 2-AP можно спарить с тимин и цитозин. Более поздние подходы включают чувствительные основанные на G-четырехместных светящиеся переключатель на зонд для полимеразы 3' - 5' при exonuclease пробирного13 , а также индивидуально меченых флуоресцентного зонда для полимеразы, корректура assay который преодолевает некоторые из вышеупомянутые недостатки14. Энтузиазм для этих методов флуориметрический уменьшается из-за необходимости конкретных маркировки ДНК субстратов.

В противоположность этому, MALDI-TOF MS для анализа ДНК был нанят в assay PinPoint, где грунт расширения реакции с неподписанных 4 ddNTPs может использоваться для идентификации полиморфизмов данного Локус15,16,17 и была широко принята в клинических приложений для обнаружения мутаций и диагнозов рака18. Используя эти основные принципы, мы создали ярлык бесплатно пробирного в vitro определения ДНК-полимеразы, корректура активности, высокое разрешение, высокая специфичность и высок объём потенциал использование MALDI-TOF г-жа е. Коли ДНК-полимеразы, я фрагменты фрагмент как модель фермента, dideoxyribonucleotide трифосфаты (ddNTPs), как подложки могут принимать «моментальных снимков» корректуры продуктов после единичных нуклеотидных расширение через MALDI-TOF MS (рис. 1).

Кроме того этот метод также был разработан для assay ремонта ДНК где грунты, содержащий 3' предпоследний ди поражения подвергаются ГСМ, которую я ремонт assay который имитирует Эндо V порезал ремонт интермедиатов. Хотя не поняты, путь ремонт Эндо V является единственной системой ремонт известный нанимать Пол я корректура деятельность при exonuclease для поражения иссечение19,20. С помощью MALDI-TOF MS, мы показываем патч четко определенные ремонт где ди может быть подакцизным, Поль я когда происходящих в последние 2 nt грунтовки перед добавлением правильно дополняет нуклеотидов.

Для изучения корректуры и репарации ДНК этот метод быстрее и менее трудоемким, чем предыдущие методы и предоставляет дополнительную информацию к механизму и функции.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Протокол

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. Подготовка грунт/шаблон

  1. Грунты/шаблоны со сбалансированным содержанием G + C между 40% и 60% как в последовательности или конструкции праймера PCR дизайна. Используйте праймеры от 18 до 21 nt лучше MS сигналов и соответствующие отжига.
  2. Дизайн шаблона, установив 50 ° C как минимум плавления температура для региона дуплекс с по крайней мере 7 nt 5'-навеса для разделения сигналов между грунтом и шаблон.
    Примечание: например, за P21/T28 в таблице 1субстрата, 21-nt грунт в паре с шаблоном 28-nt. Вариант: использование альтернативных нуклеиновых кислот таких облигаций нуклеиназы устойчивостью фосфоротиоат заменить последние 4 Фосфодиэфирная облигации на 3' концу шаблон может предотвратить возможные помехи неспецифической 3' конца деградация шаблонов ( например, T28S4 в таблице 1), хотя это будет добавить некоторые стоимость подготовки шаблона.
  3. С помощью стандартных олигонуклеотидов обессоленной без каких-либо дальнейших очистки является удовлетворительным для этого исследования. Использование праймеров олигонуклеотида/шаблоны в концентрации 100 пмоль/мкл в H2O как запас и хранить его при-20 ° C. Проверьте качество и чистоту грунтовки и шаблонов, запустив олигонуклеотиды на MALDI-TOF MS (шаги 4-7) для обеспечения уникальных пик сигналов и хорошее соотношение сигнал-шум.
  4. Определите относительную интенсивность сигнала MALDI-TOF MS (шаг 7) праймеров одинаковый молярный соответствующих последовательностей в реакции для калибровки и концентрации нормализации (рис. 2).

2. корректура реакции

Примечание: Же корректура реакция состояния и Протокол применяется к репарации ДНК а-I, G-I, C-I и T-я.

  1. С помощью T-G несоответствие субстрата P21/T28 для корректуры в таблице 1 в качестве примера, разбавляют грунтовка P21 и шаблон T28 12,5 пмоль/мкл с H2O; Затем перенесите 12 мкл разбавленного праймера и 12 мкл разбавленного шаблон стерилизованные microcentrifuge 1,5 мл трубки.
    Примечание: Количество смеси шаблон/грунт достаточно для 2 реакции; пропорционально соответствующим образом увеличить объем реагентов для нескольких реакций.
  2. Плотно закройте трубку. Инкубируйте 30 мин в крытой 65 ° C водяной бане, следуют 30 мин на водяной бане 37 ° C и наконец на льду для обеспечения надлежащего отжига.
  3. Стерилизованные microcentrifuge 1,5 мл пробирку 8 мкл грунтовка и шаблон микс (50 пмоль), 2 мкл 10 x корректура буфер реакции, 4 мкл 4 ddNTPs смеси (2 мм каждая 4 дНТФ) и H2O до 18 мкл. Флик трубки смешивать.
    Примечание: 1 x корректура реакции буфер содержит 50 мм NaCl, MgCl 10 мм2, Дитиотреитол 1 мм и 10 мм трис-HCl (рН 7,9 при 25 ° C). Смотрите Таблицу материалов для коммерческого источника 10 x корректура реакции буфера. Конечная концентрация каждого ddNTP в реакции составляет 0,1 мм.
  4. Разбавить ДНК-полимеразы в ледяной 1 x корректура буфер реакции к желаемой концентрации [например, microcentrifuge 1,5 мл пробирку, мкл 4 1 x корректура буфер реакции и 1 мкл полимеразы фрагменты 5-U от коммерческого источника (таблицы из Materials)]. Храните разбавленные фермента на льду во все времена.
    Примечание: Объем разреженных ДНК-полимеразы достаточно для 2 реакции; пропорционально соответствующим образом увеличить объем ферменты для нескольких реакций. Объем 2.0 мкл, содержащий 2.0 единицы полимеразы фрагменты, можно корректировать более половины 50 пмоль T-G терминала несоответствие P21/T28 в 5 мин.
  5. Prewarm microcentrifuge трубка с субстрата микс из шага 2.3 до требуемой реакции температуры (например, обычно 37 ° C для фрагменты полимеразы и 25 ° C для T4 ДНК-полимеразы). Затем передача 2.0 мкл разбавленного полимеразы дна от шаг 2.4 в подогретую субстрата смесь и Флик трубки смешать ее содержимое.
  6. Центрифуга трубки с фермента и субстрата на несколько секунд на 3200 x g при температуре окружающего воздуха в спину вниз компоненты реакции. Сразу передача реакция на Отопление блока или на водяной бане при температуре инкубации желаемого как шаг 2,5.
  7. Прекратить реакции
    1. Добавить одинаковый объем буферизации фенола, смешать его с vortexing на несколько секунд и центрифуги в microcentrifuge на 3200 x g при комнатной температуре в течение 5 мин.
      1. Перенесите водяной участок чистой microcentrifuge трубки и добавить равное количество метилхлороформа, смешать его с vortexing за несколько секунд и центрифуги в отцентрифугировать на 3200 x g на 3 мин при температуре окружающего воздуха для передачи водяной участок чистой отцентрифугировать трубки и в cubate он на 95 ° C за 5 мин; затем поместите его на льду.
        Предупреждение: Фенола и хлороформа являются опасными химическими веществами. Обработка и удаление отходов утилизации должны следовать институциональные правила.
    2. Кроме того использование кислоты, закалки протокол. Для этого добавьте 2 мкл HCl 1 M, остановки реакции на льду за 6 минут, а затем 0,64 мкл 1 М Диэтаноламина (DEA) для нейтрализации рН реакционной смеси и Инкубируйте на 95 ° C за 5 мин; затем поместите его на льду.

3. смола дополнение к ликвидации загрязнения соли

  1. С помощью смолы совок из коммерческих обессоливания комплекта (см. Таблицу материалы), принять достаточно смолы для покрытия ямочки пластину ямочка 384-ямка, 6 мг смолы.
  2. Равномерно распределите все ямочки смолы (6 мг/ямка) соскабливания в верхней части плиты. Восстановить любые излишки смолаа и заменить его в бутылки.
  3. Перенесите продукты окончательной реакции от шага 2.7 из трубок отцентрифугировать 384-ну пластины. Лунки 16 мкл H2O разбавить окончательной реакции продуктов в каждой скважине печать пластину и центрифуги его, чтобы удалить любые пузыри.
  4. Удалить уплотнение, поверните пластину 384-колодец с продуктов реакции вверх дном, чтобы крышка смолы заполнены лунки.
  5. Переверните хорошо ямка пластин сэндвич и тщательно пусть падение в пластину 384-ну смолы (убедитесь, что плита 384-ну заподлицо с металлической колышек на пластину смолы заполнены ямочка).
  6. Удалить пластину ямочка на вершине, печать пластину 384-Ну, содержащие смеси продуктов реакции и смолы, кратко центрифуги на 3200 x g, чтобы удалить любые пузыри и поместите его на вращателе по крайней мере 15 минут при комнатной температуре для обессоливания его содержимое.
  7. После очистки смолы центрифуга 384-ну пластины на 3200 x g за 5 мин до компактных смолы в нижней части скважины.

4. Передача продуктов реакции матрицы микросхемы

  1. Установить пластины образца в дозатор nanoliter (nanodispenser, см. Таблицу материалов).
  2. Положите матрица чип (см. Таблицу материалы) и 384-ну пластина из раздел 3.7 в соответствующий лоток.
  3. Действуют nanodispenser на месте продуктов реакции на чип; на сенсорном экране nanodispenser чтобы начать, нажмите кнопку запустить .
  4. Проверьте автоматизированная образ образца пятна, содержащие насыщения информацию на экране, чтобы обеспечить общий объем пятнистый на чипе около 5-10 nL. Повторите образца, кровянистые выделения, если объем недостаточен.

5. Установка Assay информацию о масс-спектрометрия

  1. Подготовьте файл в формате xls, содержащий сведения о ожидаемого сигнала для импорта. Например используйте параметр «P21_T28.xls» (Таблица 2) для корректуры реакции P21/T28 в шагах 2, 3 и 4.
  2. Создание и определение новых пробирного в прикладной программе (см. Таблицу материалы), щелкните правой кнопкой мыши Группу Assay импорта в формате конструктор и выберите xls-файл (например, «P21_T28.xls» от шага 5.1).
  3. Установить целевой пробирного плита через Клиента: проект: плита параметр дерево в левой части экрана, щелкните правой кнопкой мыши в верхней части дерева и давая ему имя файла (например, «CTT20171201» представляет код пробирного и дата).
  4. Выберите тип 384-ну пластины и нажмите OK; появится пустая печатная форма.
  5. Выберите соответствующую пробу (например, P21_T28) в левой части экрана.
  6. Назначьте выбранный пробу (например, P21_T28) для каждого образца, пятнистый образца позиции на фишку, выделив колодец и щелкнув правой кнопкой мыши, выберите Добавить Plex.
  7. Подготовьте рабочий список всех тестов на чип в формате XLSX без заголовка (например, 1201.xlsx в таблице 3). Импорт рабочих список через параметр Добавление нового образца проекта .
  8. Назначить тест в списке рабочие (например, от 1201.xlsx) для каждой позиции P21_T28 пробирного и выбрать, щелкнув правой кнопкой.

6. MALDI-TOF MS операция

  1. Ссылка масс-спектрометр на чип с помощью прикладной программы (см. Таблицу материалов).
  2. Выберите параметр по умолчанию в правой части экрана.
  3. Заполните имя пробирного из шага 5.3 (например, CTT20171201), ID чипа на углу чип и сохранить настройки.
  4. Запустить программу управления MS (см. Таблицу материалов).
  5. Нажмите на кнопку In/Out и вынуть пластину разведчик. Место пятнистый чип от шага 4.4 на пластину разведчик и нажмите на кнопку In/Out для пятнистый чип, чтобы войти в масс-спектрометр.
  6. Нажмите кнопку получить прикладной программы (см. Таблицу материалы), чтобы начать масс-спектрометрии и получения данных.

7. анализ данных

  1. Откройте программу для анализа данных (см. Таблицу материалы).
  2. Просмотр дерева базы данных в левом верхнем углу и выберите чип идентификатор шага 6.3. Откройте файл данных на правой стороне экрана.
  3. Щелкните значок для отображения массовых спектр спектра. Чтобы обрезать определенного диапазона m/z, щелкните правой кнопкой мыши выберите Диалоговое окно настройки и в новом окне нажмите на оси x и задать требуемый верхний и нижний предел и нажмите OK для отображения указанного диапазона спектра.
  4. Экспортируйте спектра для учета, щелкнув правой кнопкой Экспорт.
    Примечание: Используя шкалу блока ширины/1200 1600 это подходящий размер для проверки данных на экране компьютера.
    1. Выберите тип файла JPEG, нажмите на пункт назначения, выберите Просмотр диска (например, флэш-диск E:), введите имя файла (например, 1201-1.jpg) и затем нажмите на Экспорт.
  5. Для данных количественный используйте курсор и нажмите на пик Показать пик высотой в верхнем левом углу.
    1. Кроме того распечатывать экспортированном файле JPEG и измерить высоту пика с правителем вручную.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Результаты

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Шаблоны и грунты:

С помощью процедуры, представленные здесь, равное Молярная синтетических олигонуклеотида шаблоны и грунтовки соответствующих последовательностей, получены из коммерческих источников были проверены на предмет их чистоты и качества (Рисунок 3А; Примечание сигналы соответствуют назначенный масса и низким фоном) а также для взаимоотношений между пиковой интенсивности и...

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Обсуждение

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Это исследование описано пошаговое корректура деятельности пробирного анализируемой выбранного коммерческого инструмента (см. Таблицу материалы) с использованием MALDI-TOF MS. Основные преимущества включают, что грунт и шаблон, лейбл бесплатно и легко выполнять, позволяя большую гибкость в проектировании экспериментов. Полная обработка 30 корректура тестов будет принимать 4 ч, в том числе 3 h для выполнение вручную корректура реакций и их очистки, во время анализа MALDI-TOF MS, с использованием вышеупомя...

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Раскрытие информации

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Авторы не имеют ничего сообщать.

Благодарности

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Мы благодарим NCFPB комплексной основной объект для функциональной геномики (Тайбэй, Тайвань) и в NRPB Фармакогеномика лаборатории (Тайбэй, Тайвань) за их техническую поддержку. Эта работа была поддержана научно-исследовательских грантов от министерства науки и технологии, Тайбэй, Тайвань, РПЦ [наиболее 105-2320-B-002-047] для Ху Вэй-Яо, Тайваньский фонд здоровья (L-и.л.) [наиболее 105-2628-B-002-051-MY3] для Су Кан-Йи и [ Most-105-2320-B-002-051-MY3] для Линь Лян в.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Материалы

Список материалов, использованных в этой статье
ИмяКомпанияКаталожный номерКомментарии
Миссия олигонуклеотидовBiotech (Тайвань)
фосфоротиоат модифицированных олигонуклеотидовIntegrated DNA Technologies (Тайвань)ДНК-полимераза
I, большой (Кленоу) фрагментNew England Biolabs, MAM0210L
фрагмент Кленоу (3'→ 5' exo-)New England Biolabs, MAM0212L
NEBuffer 2.1 (10X)New England Biolabs, MAB7202S
2', 3' ddATPTrilink Biotechnologies, CAN4001
2', 3' ddGTPTrilink Biotechnologies, CAN4002
2', 3' ddTTPTrilink Biotechnologies, CAN4004
2', 3' ddCTPTrilink Biotechnologies, CAN4005
dATP, dGTP, dCTP, набор dTTP Clubio, ТайваньCB-R0315
SpectroCHIP arrayAgena Bioscience, CA#01509
MassARRAYAgena Bioscience, CA
Typer 4.0 программное обеспечениеAgena Bioscience, CA#10145
Набор инструментов для очистки смолыAgena Bioscience, CA#08040

Ссылки

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Loeb, L. A., Kunkel, T. A. Fidelity of DNA synthesis. Annual Review of Biochemistry. 51, 429-457 (1982).
  2. Kornberg, A., Baker, T. DNA replication. , W.H. Freeman. Oxford, UK. (1992).
  3. Carroll, S. S., Benkovic, S. J. Mechanistic aspects of DNA polymerases: Escherichia coli DNA polymerase I (Klenow fragment) as a paradigm. Chemical Reviews. 90 (7), 1291-1307 (1990).
  4. Echols, H., Goodman, M. F. Fidelity Mechanisms in DNA Replication. Annual Review of Biochemistry. 60 (1), 477-511 (1991).
  5. Johnson, K. A. The kinetic and chemical mechanism of high-fidelity DNA polymerases. Biochimica et Biophysica Acta. 1804 (5), 1041-1048 (2010).
  6. Reha-Krantz, L. J. DNA polymerase proofreading: Multiple roles maintain genome stability. Biochimica et Biophysica Acta. 1804 (5), 1049-1063 (2010).
  7. Fidalgo da Silva, E., Reha-Krantz, L. J. DNA polymerase proofreading: active site switching catalyzed by the bacteriophage T4 DNA polymerase. Nucleic Acids Research. 35 (16), 5452-5463 (2007).
  8. Petruska, J., Goodman, M. F. Influence of neighboring bases on DNA polymerase insertion and proofreading fidelity. The Journal of Biological Chemistry. 260 (12), 7533-7539 (1985).
  9. Mendelman, L. V., Petruska, J., Goodman, M. F. Base mispair extension kinetics. Comparison of DNA polymerase α and reverse transcriptase. The Journal of Biological Chemistry. 265 (4), 2338-2346 (1990).
  10. Lutz, S., Burgstaller, P., Benner, S. A. An in vitro screening technique for DNA polymerases that can incorporate modified nucleotides. Pseudothymidine as a substrate for thermostable polymerases. Nucleic Acids Research. 27 (13), 2792-2798 (1999).
  11. Da Silva, E. F., Mandal, S. S. S., Reha-Krantz, L. J. Using 2-aminopurine fluorescence to measure incorporation of incorrect nucleotides by wild type and mutant bacteriophage T4 DNA polymerases. The Journal of Biological Chemistry. 277 (43), 40640-40649 (2002).
  12. Frey, M. W., Sowers, L. C., Millar, D. P., Benkovic, S. J. The nucleotide analog 2-aminopurine as a spectroscopic probe of nucleotide incorporation by the Klenow fragment of Escherichia coli polymerase I and bacteriophage T4 DNA polymerase. Biochemistry. 34 (28), 9185-9192 (1995).
  13. Leung, K. H., et al. A highly sensitive G-quadruplex-based luminescent switch-on probe for the detection of polymerase 3'-5' proofreading activity. Methods. 64 (3), 224-228 (2013).
  14. Song, C., Zhang, C., Zhao, M. Rapid and sensitive detection of DNA polymerase fidelity by singly labeled smart fluorescent probes. Biosensors and Bioelectronics. 26 (5), 2699-2702 (2011).
  15. Haff, L. A., Smirnov, I. P. Single-nucleotide polymorphism identification assays using a thermostable DNA polymerase and delayed extraction MALDI-TOF mass spectrometry. Genome Research. 7 (4), 378-388 (1997).
  16. Haff, L. A., Smirnov, I. P. Multiplex genotyping of PCR products with MassTag-labeled primers. Nucleic Acids Research. 25 (18), 3749-3750 (1997).
  17. Blondal, T., et al. A novel MALDI-TOF based methodology for genotyping single nucleotide polymorphisms. Nucleic Acids Research. 31 (24), e155(2003).
  18. Su, K. Y., et al. Pretreatment Epidermal Growth Factor Receptor (EGFR) T790M mutation predicts shorter EGFR tyrosine kinase inhibitor response duration in patients with non-small-cell lung cancer. Journal of Clinical Oncology. 30 (4), 433-440 (2012).
  19. Lee, C. C., et al. Endonuclease V-mediated deoxyinosine excision repair in vitro. DNA Repair. 9, 1073-1079 (2010).
  20. Lee, C. C., et al. The excision of 3' penultimate errors by DNA polymerase I and its role in endonuclease V-mediated DNA repair. DNA Repair. 12 (11), 899-911 (2013).
  21. Kucera, R. B., Nichols, N. M. DNA-Dependent DNA Polymerases. Current Protocols in Molecular Biology. 84 (1), 3.5.1-3.5.19 (2008).
  22. Tabor, S., Richardson, C. C. A single residue in DNA polymerases of the Escherichia coli DNA polymerase I family is critical for distinguishing between deoxy- and dideoxyribonucleotides. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 92 (14), 6339-6343 (1995).
  23. Weiss, B. Removal of deoxyinosine from the Escherichia coli chromosome as studied by oligonucleotide transformation. DNA Repair. 7 (2), 205-212 (2008).
  24. Cao, W. Endonuclease V: an unusual enzyme for repair of DNA deamination. Cellular and Molecular Life Sciences. 70 (17), 3145-3156 (2013).
  25. Su, K. Y., et al. Application of single nucleotide extension and MALDI-TOF mass spectrometry in proofreading and DNA repair assay. DNA Repair. 61, 63-75 (2018).
  26. Carver, T. E., Hochstrasser, R. A., Millar, D. P. Proofreading DNA: recognition of aberrant DNA termini by the Klenow fragment of DNA polymerase I. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 91 (22), 10670-10674 (1994).
  27. Santa Lucia, J. Jr, Hicks, D. The thermodynamics of DNA structural motifs. Annual Review of Biophysics and Biomolecular Structure. 33, 415-440 (2004).
  28. Su, K. Y., et al. DNA polymerase I proofreading exonuclease activity is required for endonuclease V repair pathway both in vitro and in vivo. DNA Repair. 64, 59-67 (2018).

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Перепечатки и разрешения

Запросить разрешение на повторное использование текста или иллюстраций этой статьи JoVE

Запросить разрешение

Теги

Похожие статьи