Методическая статья

TurboID-на основе Близость маркировки для в Planta идентификации белково-белковых взаимодействий сетей

DOI:

10.3791/60728

⸱

17 мая 2020 г.

 ,  ,  ,  ,  , 
1State Key Laboratory of Agro-Biotechnology and Ministry of Agriculture Key Laboratory of Soil Microbiology, College of Biological Sciences, China Agricultural University, 2Department of Plant Biology, College of Biological Sciences, University of California, Davis, 3Genome Center, College of Biological Sciences, University of California, Davis

* These authors contributed equally

В этой статье

Краткое содержание

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Описано здесь метод маркировки близости для идентификации партнеров взаимодействия области TIR иммунного рецептора NLR в ткани листьев Nicotiana benthamiana. Также предусмотрен подробный протокол для выявления взаимодействий между другими белками, представляющими интерес с использованием этой техники в Никотина и других видов растений.

Аннотация

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Методы маркировки близости (PL) с использованием сконструированного аскорбата пероксидаза (APEX) или Escherichia coli biotin ligase BirA (известный как BioID) были успешно использованы для идентификации белково-белковых взаимодействий (PPIs) в клетках млекопитающих. Тем не менее, требования токсичной перекиси водорода (H2O2) в APEX основе PL, больше времени инкубации с биотином (16-24 ч), и более высокая температура инкубации (37 градусов по Цельсию) в BioID основе PL серьезно ограничить их применение в растениях. Недавно описанный TurboID основе PL рассматриваются многие ограничения BioID и APEX. TurboID позволяет быстро маркировать близость белков всего за 10 минут при комнатной температуре (RT). Хотя полезность TurboID была продемонстрирована в животных моделях, мы недавно показали, что TurboID основе PL работает лучше в растениях по сравнению с BioID для маркировки белков, которые проксимальны для белка интерес. Приведенный здесь пошаговый протокол для идентификации партнеров взаимодействия протеина используя N-терминальный Toll/interleukin-1 пренициальное устройство (TIR) домена нуклеотид-связывающего лейцина-богатого повтора (NLR) протеинового семейства (NLR) в качестве модели. Метод описывает векторную конструкцию, агроининсредуификацию конструкций экспрессии белка, лечение биотином, экстракцию белка и опреснение, количественную оценку и обогащение биотинилатированных белков сродством очищения. Описанный здесь протокол может быть легко адаптирован для изучения других белков, представляющих интерес у Никотинианы и других видов растений.

Введение

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

ИЦП являются основой различных клеточных процессов. Традиционные методы выявления ИЦП включают скрининг дрожжей-двух гибридов (Y2H) и иммунопрецитивввву в сочетании с масс-спектрометрией (IP-MS)1. Тем не менее, оба страдают от некоторых недостатков. Например, скрининг на 200 00 лет требует наличия библиотеки 2000-х растений-мишеней или видов животных. Строительство этих библиотек является трудоемким и дорогостоящим. Кроме того, подход Y2H осуществляется в гетерологических одноклеточных дрожжах эукариотического организма, которые не могут представлять клеточный статус высших эукариотических клеток.

В отличие от этого, IP-MS показывает низкую эффективность в захвате переходных или слабых ИЦП, и это также не подходит для тех белков с низким изобилием или высокой гидрофобичностью. Многие важные белки, участвующие в растительной сигнальных путей, таких как рецептороподобные киназы (RLKs) или NLR семьи иммунных рецепторов выражаются на низких уровнях и часто взаимодействуют с другими белками переходно. Таким образом, это значительно ограничивает понимание механизмов, лежащих в основе регулирования этих белков.

В последнее время методы маркировки близости (PL) на основе инженерных аскорбат перекиснида (APEX) и мутант Escherichia coli биотина ligase BirAR118G (известный как BioID) были разработаны и использованы для изучения ИЦП2,3,4. Принцип PL заключается в том, что интересуемый целевой белок сливается с ферментом, который катализает образование лабийского биотинила-AMP (био-AMP). Эти бесплатные био-AMP высвобождаются ферментами PL и диффундируют в непосредственной близости от целевого белка, что позволяет биотиниляцию проксимальных белков в первичных аминах в пределах предполагаемого радиуса 10 нм5.

Этот подход имеет значительные преимущества по сравнению с традиционными подходами Y2H и IP-MS, такими как способность фиксировать переходные или слабые ИЦП. Кроме того, PL позволяет маркировки проксимальных белков целевого белка в их родной клеточной среде. Различные ферменты PL имеют уникальные недостатки при применении их к различным системам. Например, хотя APEX предлагает более высокую пометку кинетики по сравнению с BioID и успешно применяется в системах млекопитающих, требование токсичного перекиси водорода (H2O2) в этом подходе делает его непригодным для исследований PL в растениях.

В отличие от этого, BioID основе PL избегает использования токсичных H2O2, но скорость маркировки медленно (требуя 18-24 ч для завершения биотинилаации), что делает захват переходных ИЦП менее эффективным. Кроме того, более высокая температура инкубации (37 градусов по Цельсию), необходимая для эффективного Pl by BioID, вводит внешний стресс для некоторых организмов, таких как растения4. Таким образом, ограниченное развертывание BioID основе PL в растениях (т.е. рис протопластов, arabidopsis, и Н. benthamiana) было сообщено6,,7,8,9. Недавно описанный фермент TurboID преодолевает недостатки APEX и BioID на основе PL. TurboID показал высокую активность, которая позволяет достижение PL в течение 10 минут на RT10. TurboID основе PL была успешно применена в клетках млекопитающих, мух, и червей10. Недавно мы и другие исследовательские группы независимо оптимизировали и расширили использование TurboID на основе PL для изучения ИЦП в различных системах растений, в том числе Н. бентамиана и Арабидопсис растений и томатные волосатые корни11,12,13,14. Сравнительный анализ показал, что TurboID работает лучше для PL в растениях по сравнению с BioID11,14. Он также продемонстрировал надежность TurboID основе PL в плантиве, определив ряд новых взаимодействий с иммунным рецептором NLR11, белок, взаимодействие партнеров которого, как правило, трудно получить с помощью традиционных методов.

Этот протокол иллюстрирует TurboID основе PL в плану, описывая определение взаимодействия белков N-терминала TIR домена NLR иммунного рецептора в N. benthamiana растений. Метод может быть распространен на любые белки, представляющие интерес у N. benthamiana. Что еще более важно, он обеспечивает важную ссылку для исследования ИЦП в других видов растений, таких как Arabidopsis, помидоры, и другие.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Протокол

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

ПРИМЕЧАНИЕ: Обзор метода показан на рисунке 1.

1. Подготовка материала завода

  1. Выращивайте семена N. benthamiana во влажной почве при высокой плотности и поддерживайте их в климатической камере с 16 ч светом (около 75 моль/м2с) и 8 ч темным фотопериодом при 23–25 градусах Цельсия.
  2. Примерно через 1 неделю тщательно перенесите каждую молодую рассаду в кастрюли 4' x 4 и держите саженцы в одной камере.
  3. Поддерживайте растения в камере около 4 недель, пока они не вырастут до листа стадии 4-8 для последующего агроининфильтрации15.

2. Строительство турбодиджейсинтеза

  1. Используйте стандартный метод молекулярного клонирования для генерации синтеза целевого белка с TurboID (PCR TurboID от Addgene plasmid #107177). Здесь мы использовали N-терминальный tIR домен иммунного рецептора NLR в качестве целевого белка интереса и построили TIR слитый с TurboID под контролем вируса мозаики цветной капусты 35S промоутер (p35S::TIR-TurboID).
    ПРИМЕЧАНИЕ: Слияние фермента TurboID в карбоксил-терминус или амино-терминус целевого белка будет зависеть от интересуемого белка. Как правило, для цитоплазмического белка, оба термини должны быть приемлемыми, до тех пор, как Fusion TurboID не влияет на функцию белка цели. Однако для мембранного локализованного белка топология белка должна быть охарактеризована заранее до определения того, какой термин лучше всего подходит для синтеза TurboID.
  2. Постройте цитрин с турбоидированным под тем же промоутером, чтобы служить в качестве контроля для последующего количественного протеомного анализа.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Важно построить контроль TurboID для идентификации проксимального протеома к целевому белку. Контроль синтеза TurboID должен показывать уровень экспрессии, аналогичный уровню срастированного в TurboID целевого белка. Это может быть эмпирически определено путем корректировки концентрации агробактерий во время агроининфильтрации. Кроме того, важно, чтобы контрольный белок имеет субклеточное логово локализации, аналогичное модели целевой белка, представляющих интерес.

3. Агроинфильтрация

  1. Преобразование плазмидов в агробактерию
    1. Добавьте 0,5 мкг плазмидов, генерируемых из шагов 2.1 и 2.2 до 50 ЗЛ штамма agrobacterium tumefaciens GV3101 компетентных клеток, подготовленных как описано ранее16.
      ПРИМЕЧАНИЕ: Другие штаммы агробактерий, такие как GV2260, также могут быть использованы.
    2. Инкубировать на льду 30 мин.
    3. Тепловой шок в водяной бане при температуре 42 градусов по Цельсию в течение 60 с.
    4. Добавьте в агробактерию 400 кЛ среды LB (10 г/л триптона, 5 г/л дрожжевого экстракта, и 10 г/л NaCl; рН 7,0) в агробактерию и инкубировать при 28 градусах По цельсии в течение 90 мин.
    5. Плита все содержимое в трубке на LB агар дополнен соответствующими антибиотиками для выбора плазмиды, а также для агробактерий (для GV3101: 50 мг/ л гентамицин и 50 мг / л рифампицин).
    6. Инкубировать пластины при 28 градусах по Цельсию для 36-48 h, пока отдельные колонии не видны.
  2. Выберите и полоса несколько отдельных колоний на свежий LB агар пластины с антибиотиками (см. шаг 3.1.5) и расти на 28 градусов по Цельсию в одночасье.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Это более оптимально для выполнения колонии ПЦР, чтобы подтвердить наличие конкретной двоичной конструкции в Агробактерии. По нашему опыту, более 95% колоний содержат введенные двоичные конструкции.
  3. Прививать 3 мл среднего LB плюс соответствующие антибиотики (см. шаг 3.1.4) с колонией агробактерий укрывательство конструкции интерес, и инкубировать, встряхивая ночь на 28 градусов по Цельсию до ОД600 культуры агробактерий достигает 2.0.
  4. Центрифуги ячеек на 3000 х г и повторно их od600 и 1,0 в буфере агроинфильтрации (10 мм MgCl2, 10 мм MES »pH 5,6 »,, 250 мкм acetosyringone).
    ПРИМЕЧАНИЕ: Хотя оптимально инкубировать инокулум для 2 ч на RT до агроинфильтрации, по нашему опыту с штаммом GV3101, не было большой разницы между выражением белка цели с против без инкубации.
  5. Используйте 1 мл шприца без иглы, чтобы проникнуть в инокулум в (афаксиальное) эпидермис полностью зрелых листьев N. benthamiana.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Для подготовки достаточного количества листовых материалов для трех биологических репликатов: весь лист, как правило, проникают, три листа проникают на растение, и три-четыре растения используются для каждой конструкции. Для каждого листа достаточно 1,5-2,0 мл взвешенных агробактерий.
  6. После 36 ч после инфильтрации (hpi), проникнуть 200 мкм биотин (в 10 мМ MgCl2 раствор) в листья х предварительно проникли с TurboID конструкций.
  7. Поддерживайте растение в течение дополнительных 3-12 ч до сбора урожая листовой ткани, как описано в разделе 4.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Причина для выбора 36 hpi для инфильтрации биотина является то, что цель выражение белка пики в этой точке времени в соответствии с предыдущими исследованиями11. Рекомендуется определить время, необходимое для оптимального выражения целевого белка интереса. Инкубационное время после биотина инфильтрации зависит от экспериментальной конструкции и целевого белка в исследовании. Как правило, 3-12 ч лечения биотина позволяет маркировки большинства белков проксимальна к целевому белку Fusions TurboID.

4. Сбор образцов листьев

ПРИМЕЧАНИЕ: Для последующей обработки образцов листьев, носить стерильные перчатки, чтобы избежать кератина загрязнения образцов. Все реагенты также должны быть максимально бескерогенными.

  1. Вырезать проникнутые листья в основании петиола, удалить вену листьев, а затем флэш-заморозить ткань листьев в жидком азоте.
  2. Измельчить ткань листьев с помощью пестика и раствора и хранить лист порошок в 15 мл или 50 мл сокол атрубы при -80 градусов по Цельсию для последующего использования.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Возьмите от трех до четырех кусочков листьев для каждого из трех биологических репликации из разных растений. Протокол можно приложить здесь. Перед последующими шагами рекомендуется оценивать экспрессию белка и биотиниляцию целевого белка с помощью иммуноблотных анализов. Типичные западные помарки показаны на рисунке 2.

5. Извлечение листа общего белка

  1. Перенесите около 0,35 г листового порошка в трубку 2 мл. Подготовьте две трубки для каждого образца.
    ВНИМАНИЕ: Носите перчатки при прикосновении к любому объекту, охлажденный жидким азотом.
  2. Добавить 700 л из буфера лиза RIPA (50 мм Tris-HCl (pH) 7,5, 500 мМ NaCl, 1 мМ EDTA, 1% NP40 "v/v", 0,1% SDS (w/v), 0,5% дезоксихолат натрия ,w/v, 1 мМ DTT, 1 таблетка ингибитора протеазы коктейль) до 0,35 г листового порошка.
  3. Вихрь труб в течение 10 мин.
  4. Оставьте образцы на льду на 30 мин.
  5. Смешайте содержимое каждые 4-5 минут, перевернув трубки вверх дном несколько раз.

6. Удаление свободного биотина путем опреснения

ПРИМЕЧАНИЕ: Этот раздел занимает около 50 минут.

  1. Равновесие опреснительной колонки.
    1. Снимите герметик в нижней части опреснительной колонны и поместите колонну в трубку 50 мл.
    2. Удалите раствор для хранения путем центрифугирования при 1000 х г и 4 кв кв 2 мин и убедитесь, что крышка ослаблена.
    3. Поместите опреснительную колонку в трубку 50 мл. Уравновесите столбец 3x с 5 мл буфера лиза RIPA, каждый раз центрифугирование на 1000 х г и 4 КК в течение 2 мин и отбрасывая проточного.
    4. Перенесите опреснительную колонку в новую трубку 50 мл и временно храните при 4 градусах Цельсия для последующего использования.
  2. Спин трубки от шага 5.4 на 16500 х г и 4 КК в течение 10 минут и передать супернатант из двух труб в новую трубку 2 мл.
  3. Добавьте 1500 л экстракта белка в верхнюю часть миски равновесной опреснительной колонки (от шага 6.1.4). Когда экстракт белка попадает в селину, добавьте еще 100 л буфера лиза RIPA.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Хотя 1400 л буфера лиза RIPA использовалось для извлечения белка из листьев, общий объем после извлечения белка и опреснения неизменно увеличивался в некоторой степени по сравнению с первоначальным объемом. Таким образом, сочетание образцов из каждой группы, как описано в шагах 5.1 и 5.4 может привести к по крайней мере 1500 л экстракта белка на образец.
  4. Центрифуге при 1000 х г и 4 кв 2 мин и оставьте опресненные образцы на льду временно.

7. Количественная оценка экстрактов опресненого белка с использованием брэдфордского анализа

  1. Приготовьте 50 л каждого градиентного раствора BSA: 0 мг/мл, 0,2 мг/мл, 0,4 мг/мл, 0,6 мг/мл, 0,8 мг/мл и 1 мг/мл.
  2. Разбавить экстракт опреснения белка, смешивая образец 5 л с 45 л дДГ2O.
  3. Подготовка 1x Брэдфорд регента путем разбавления 5x Брэдфорд регент (100 мг Coomassie блестящий синий G250, 47 мл метанола, 100 мл 85% фосфорной кислоты, 53 мл ddH2O).
  4. Добавьте 50 кл.л каждого градиентного раствора BSA и 50 л разбавленного белкового экстракта в 2,5 мл 1x-регента Брэдфорда.
  5. Инкубировать на RT в течение 10 мин.
  6. Добавьте 200 л раствора каждого образца к одной скважине пластины ELISA (три технических репликана на образец).
  7. Измерьте OD595 с помощью микроплитного считывателя.
  8. Нарисуйте стандартную кривую на основе значения градиентного раствора BSA и вычислите концентрацию образцов опресненных белков. Как правило, общая концентрация белка, полученная из 0,7 г листьев, колеблется от 3-6 мг/мл.
  9. Приготовьте 6-8 мг экстракта опреснительного белка для последующего очищения сродства.

8. Обогащение биоинтинилатированных белков

  1. Возьмите 200 л стрептавидна-C1-конъюгированных магнитных бусин в трубку 2 мл.
  2. Уравновешить стрептавидн-C1-конъюгированные магнитные бусы с 1 мл буфера лиза RIPA в течение 1 мин на RT.
  3. После каждой стирки используйте магнитную стойку, чтобы адсорбировать бусы в течение 3 минут и аккуратно удалите раствор путем пайпетирования.
  4. Повторите шаги 8.2 и 8.3.
  5. Перенесите экстракт опреснения белка в уравновешенные стрептавид-C1-конъюгированные магнитные бусы.
  6. Инкубировать трубку при 4 градусах по Цельсию на 12 ч (или на ночь) на ротаторе, чтобы сродни-очистить биоинтинилатированные белки.
  7. Захват бусины на магнитной стойке в течение 4 минут на RT, пока бусы собирают на одной стороне трубки, а затем осторожно удалить супернатант пипеткой.
  8. Добавьте 1,7 мл буфера для мытья I (2% SDS в воде) в трубку и держите его на ротаторе на RT в течение 8 мин. Повторите шаг 8.3.
  9. Добавьте 1,7 мл буфера для мытья II (50 мМ HEPES: рН 7,5, 500 мМ NaCl, 1 мМ EDTA, 0,1% дезоксихолевой кислоты ,w/v, 1% Triton X-100) в трубку и держите его на ротаторе на РТ в течение 8 мин. Повторите шаг 8.3.
  10. Добавьте 1,7 мл буфера для мытья III (10 мм Tris-HCl: рН 7,4, 250 мМ LiCl, 1 мМ EDTA, 0,1% дезоксихолевой кислоты ,w/v, 1% NP40 "v/v") в трубку и держите его на ротаторе на RT в течение 8 мин. Повторите шаг 8.3.
  11. Добавьте 1,7 мл 50 мм Tris-HCl (pH 7.5), чтобы удалить моющее средство, а затем повторите шаг 8.3.
  12. Перенесите бисер на новую трубку 1,5 мл и повторите шаги 8.11 и 8.3.
  13. Вымойте бисер 6x в течение 5 минут каждый с 50 мм бикарбонат буфера аммония бикарбонат на RT.
  14. Добавьте 1 мл 50 мМ буфера бикарбоната аммония в магнитные бусы и хорошо перемешайте.
  15. Удалите 100 л бусиндляов для анализа иммуноблота, чтобы подтвердить обогащение биотинилатированных белков. Типичная западная поместье показана на рисунке 3.
  16. Флэш-заморозить остальные образцы белка и храниться при -80 градусах по Цельсию или немедленно отправить их для LC-MS/MS анализа на сухом льду.
    ПРИМЕЧАНИЕ: Типичные результаты MS отображаются в предыдущей публикации (Чжан и др. 2019; Рисунок 2, Дополнительные данные 1 и дополнительные данные 2)11. Все наборы данных доступны на MassIVE (найдено на lt;http://massive.ucsd.edu'gt;) с помощью идентификатора: MSV000083018 и MSV000083019.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Результаты

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Репрезентативные данные, иллюстрирующие ожидаемые результаты, основанные на описанном протоколе, адаптированы из «Чжан идр.11». Рисунок 1 обобщает процедуры выполнения TurboID на основе PL в Н. benthamiana. На рисунке 2 показано выражение белка и биотиниляция в проникнутых листьях Н. Бентамиана. На рисунке 3 показано, что биотинилаповые белки в проникнутых листьях были эффективно обогащены д...

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Обсуждение

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

TurboID биотин лигаза генерируется дрожжей дисплей основе направленной эволюции BioID10. Он имеет много преимуществ по сравнению с другими ферментами PL. TurboID позволяет применять PL к другим модельным системам, включая мух и червей, оптимальная температура роста которых составляет около 25 градусов по Цельсию10. Хотя подход PL широко используется в системах животных, его применение в растениях ограничено. Описанный здесь протокол предусматривает пошаговую процедуру созда...

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Раскрытие информации

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Авторам нечего раскрывать.

Благодарности

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Эта работа была поддержана грантами От Национальной трансгенной научно-технической программы (2019-X08010-003 до Y.З.), Национального фонда естественных наук Китая (31872637 до Y.З.), а также фундаментальных научно-исследовательских фондов для центральных университетов (2019TC028 к Y.) и NSF-IOS-13544444, NSF-IOS-1339185, и NIH-GM132582-01 до S.P.D.K.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Материалы

Список материалов, использованных в этой статье
ИмяКомпанияКаталожный номерКомментарии
721 СпектрофотометрМеташ, сделано в КитаеQ/SXFZ6Для измерения наружного диаметра<суб>600
Бикарбонат аммонияСигмаA6141-500G
БиотинСигмаB4639-1G50 мМ Стоковая
центрифугаЭппендорфЦентрифуга 5702
ЦентрифугаЭппендорф5417R
cOmplete Ингибитор протеазы КоктейльRoche11697489001
дезоксихолевая кислотаSigmaD2510-100G
DL-дитиотреитол (DTT)VWR Life Science0281-25G
Dynabeads MyOne Streptavidin C1Invitrogen65001Для аффинной очистки
EDTASigmaE6758-500G
ИФА пластинаCorningCostar 3590
HEPESSigmaH3375-1KG
Соляная кислота (HCl)Fisher ScientificA144S-212
Immobilon-P PVDF мембранаMilliporeIPVH00010Для вестерн-блоттинга
Раствор хлорида лития (LiCl), 8MSigmaL7026-500ML
Низкоскоростной охлаждаемый центрифугаZonkia, производства КитайKDC-2046Для обессоливания
хлорида магния, гексагидрата (MgCl2· 6H2O)SigmaM9272-500G
Магнитный штативInvitrogen123.21DДля адсорбции
шариков Multiskan FC Микропланшетный фотометрThermo Fisher ScientificN07710Для измерения OD595
NP-40 (IGEPAL CA-630)SigmaI8896-100ML
Rat anti-HARoche 11867423001
Ротационный смесительKylin-Bell Lab InstrumentWH-986Для инкубатора IP
ShockLabotery, made in ChinaZQPZ-228
Sodium Chloride (NaCl)Fisher ScientificS271-3
Sodium deoxycholateSigmaD2510-100G
Sodium dodecyl sulfate(SDS)SigmaL4390-1KG
Стрептавидин-HRPAbcamab7403
Triton X-100Fisher ScientificBP151-100
Тризма базаSigmaT1503-1KG
VortexScientific IndustriesG-560E
Инкубатор с водяной рубашкой Bluepard, made in ChinaGHP-9080Для инкубации
AgrobacteriumОбессоливающая колонна Zeba SpinThermo Fisher Scientific89893Для удаления биотина

Ссылки

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Berggård, T., Linse, S., James, P. Methods for the detection and analysis of protein-protein interactions. Proteomics. 7 (16), 2833-2842 (2007).
  2. Kim, D. I., Roux, K. J. Filling the void: proximity-based labeling of proteins in living cells. Trends in Cell Biology. 26 (11), 804-817 (2016).
  3. Li, P., Li, J., Wang, L., Di, L. J. Proximity labeling of interacting proteins: Application of BioID as a discovery tool. Proteomics. 17 (20), (2017).
  4. Roux, K. J., Kim, D. I., Raida, M., Burke, B. A promiscuous biotin ligase fusion protein identifies proximal and interacting proteins in mammalian cells. Journal of Cell Biology. 196 (6), 801-810 (2012).
  5. Kim, D. I., et al. Probing nuclear pore complex architecture with proximity-dependent biotinylation. Proceedings of the National Academy of Sciences. 111 (24), 2453-2461 (2014).
  6. Lin, Q., et al. Screening of proximal and interacting proteins in rice protoplasts by proximity-dependent biotinylation. Frontiers in Plant Science. 8 (749), (2017).
  7. Khan, M., Youn, J. Y., Gingras, A. C., Subramaniam, R., Desveaux, D. In planta proximity dependent biotin identification (BioID). Scientific Reports. 8 (1), 9212(2018).
  8. Conlan, B., Stoll, T., Gorman, J. J., Saur, I., Rathjen, J. P. Development of a rapid in planta BioID system as a probe for plasma membrane-associated immunity proteins. Frontiers in Plant Science. 9 (1882), (2018).
  9. Macharia, M. W., Tan, W. Y. Z., Das, P. P., Naqvi, N. I., Wong, S. M. Proximity-dependent biotinylation screening identifies NbHYPK as a novel interacting partner of ATG8 in plants. BMC Plant Biology. 19 (1), 326(2019).
  10. Branon, T. C., et al. Efficient proximity labeling in living cells and organisms with TurboID. Nature Biotechnology. 36 (9), 880-887 (2018).
  11. Zhang, Y., et al. TurboID-based proximity labeling reveals that UBR7 is a regulator of N NLR immune receptor-mediated immunity. Nature Communications. 10 (1), 3252(2019).
  12. Arora, D., et al. Establishment of proximity-dependent biotinylation approaches in different plant model systems. bioRxiv. , (2019).
  13. Kim, T. W., et al. Application of TurboID-mediated proximity labeling for mapping a GSK3 kinase signaling network in Arabidopsis. bioRxiv. , (2019).
  14. Mair, A., Xu, S. L., Branon, T. C., Ting, A. Y., Bergmann, D. C. Proximity labeling of protein complexes and cell-type-specific organellar proteomes in Arabidopsis enabled by TurboID. eLife. 8, 47864(2019).
  15. Yuan, C., et al. A high throughput Barley stripe mosaic virus vector for virus induced gene silencing in monocots and dicots. PLoS ONE. 6 (10), 26468(2011).
  16. McCormac, A. C., Elliott, M. C., Chen, D. F. A simple method for the production of highly competent cells of Agrobacterium for transformation via electroporation. Molecular Biotechnology. 9 (2), 155-159 (1998).
  17. Gingras, A. C., Abe, K. T., Raught, B. Getting to know the neighborhood: using proximity-dependent biotinylation to characterize protein complexes and map organelles. Current Opinion in Chemical Biology. 48, 44-54 (2019).
  18. Firat-Karalar, E. N., Rauniyar, N., Yates, J. R., Stearns, T. Proximity Interactions among centrosome components identify regulators of centriole duplication. Current Biology. 24 (6), 664-670 (2014).
  19. Shen, J., et al. Organelle pH in the Arabidopsis endomembrane system. Molecular Plant. 6 (5), 1419-1437 (2013).
  20. Bally, J., et al. The rise and rise of Nicotiana benthamiana: a plant for all reasons. Annual Review of Phytopathology. 56 (1), 405-426 (2018).

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Перепечатки и разрешения

Запросить разрешение на повторное использование текста или иллюстраций этой статьи JoVE

Запросить разрешение

Теги

TurboIDNLRNicotiana benthamiana

Похожие статьи