Методическая статья

Пространственное профилирование экспрессии белка и РНК в тканях: подход к тонкой настройке виртуальной микродиссекции

DOI:

10.3791/62651

⸱

6 июля 2022 г.

 ,  ,  ,  ,  , 
1Department of Pathology, Genentech, 2Department of Microchemistry, Proteomics, Lipidomics & Next Generation Sequencing (MPL-NGS), Genentech, 3NanoString Technologies

В этой статье

Краткое содержание

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Здесь мы описываем протокол для тонкой настройки областей интереса (ROI) для технологий пространственной омики, чтобы лучше охарактеризовать микроокружение опухоли и идентифицировать конкретные клеточные популяции. Для анализов протеомики автоматизированные настраиваемые протоколы могут направлять выбор ROI, в то время как анализы транскриптомики могут быть точно настроены с использованием ROI размером до 50 мкм.

Аннотация

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Мультиплексирование позволяет оценить несколько маркеров на одной и той же ткани, обеспечивая при этом пространственный контекст. Технологии пространственной омики позволяют мультиплексировать как белки, так и РНК, используя фоторасщепляемые олиго-помеченные антитела и зонды соответственно. Олиго расщепляются и количественно определяются из определенных областей по всей ткани, чтобы прояснить основную биологию. Здесь исследование показывает, что автоматизированные пользовательские протоколы визуализации антител могут быть использованы для управления выбором ROI в сочетании с пространственными протеомическими анализами. Этот специфический метод не показал приемлемой производительности с пространственными транскриптомическими анализами. Протокол описывает разработку 3-плексного иммунофлуоресцентного (ПЧ) анализа для визуализации маркеров на автоматизированной платформе с использованием амплификации тирамидного сигнала (TSA) для усиления флуоресцентного сигнала от заданной белковой мишени и увеличения пула антител на выбор. Протокол визуализации был автоматизирован с использованием тщательно проверенного 3-плексного анализа для обеспечения качества и воспроизводимости. Кроме того, был оценен обмен DAPI на красители SYTO, чтобы позволить визуализировать анализы ПЧ на основе TSA на платформе пространственного профилирования. Кроме того, мы проверили способность выбора небольших ROI с использованием пространственного транскриптомического анализа, чтобы позволить исследовать высокоспецифичные области, представляющие интерес (например, области, обогащенные для данного типа клеток). Были собраны ROI диаметром 50 мкм и 300 мкм, что соответствует примерно 15 клеткам и 100 клеткам соответственно. Образцы были собраны в библиотеки и секвенированы для изучения способности обнаруживать сигналы от небольших ROI и профильных областей ткани. Мы определили, что технологии пространственной протеомики извлекают большую выгоду из автоматизированных, стандартизированных протоколов для управления выбором ROI. Хотя этот автоматизированный протокол визуализации не был совместим с пространственными транскриптомическими анализами, мы смогли протестировать и подтвердить, что конкретные популяции клеток могут быть успешно обнаружены даже при небольших ROI со стандартным протоколом ручной визуализации.

Введение

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Достижения в методах мультиплексирования продолжают предоставлять лучшие инструменты характеристики для мишеней, присутствующих в опухолях. Микроокружение опухоли (TME) представляет собой сложную систему опухолевых клеток, инфильтрирующих иммунные клетки и стромы, где пространственная информация имеет решающее значение для лучшего понимания и интерпретации механизмов взаимодействия между биомаркерами, представляющими интерес1. С помощью новых методов, таких как GeoMx Digital Spatial Profiler (DSP) и 10x Visium, несколько целей могут быть обнаружены и количественно определены одновременно в их пространственном контексте. Использование протоколов иммунофлуоресценции, которые облегчают визуализацию тканей, может еще больше улучшить возможности пространственного профилирования этих технологий.

Технология пространственной омики, на которой мы сосредоточились для разработки этого метода, состоит из пространственной протеомики и транскриптомики, где олигонуклеотиды прикрепляются к антителам или РНК-зондам через УФ-чувствительный фоторасщепляющийся линкер. Гистологические слайды маркируются этими олигоконъюгированными антителами или зондами, а затем визуализируются на платформе пространственного профилирования. Далее для освещения подбираются ROИ разных размеров и форм, а фоторасщепленные олигонуклеотиды аспирируются и собираются в 96-луночную пластину. Фоторасщепленные олигонуклеотиды готовятся к количественной оценке либо с помощью системы Nanostring nCounter, либо с помощью секвенирования следующего поколения (NGS)2,3 (рисунок 1)4,5.

Распределение клеток варьируется внутри тканей, и способность характеризовать конкретные местоположения клеток с использованием выбранных маркеров и различных размеров ROI имеет большое значение для полного понимания тканевой среды и выявления конкретных особенностей. В технологии Spatial Omics, упомянутой здесь, стандартный протокол визуализации использует непосредственно сопряженные антитела и является ручным протоколом. Стандартными маркерами для различения опухоли и стромы являются панцитокератин (panCK) и CD45 6,7, но дополнительные маркеры необходимы для нацеливания на конкретные клеточные популяции, представляющие интерес. Кроме того, использование непосредственно конъюгированных флуоресцентных антител не сопровождается амплификацией, что ограничивает отбор антител обильными маркерами. Кроме того, ручные анализы подвержены большей изменчивости, чем автоматизированные рабочие процессы8. Поэтому желательно иметь настраиваемый, автоматизированный и усиленный протокол визуализации для выбора ROI.

Здесь исследование показывает, что для пространственных протеомических анализов технология TSA может использоваться для протоколов визуализации на автоматизированной платформе, что приводит к более целенаправленному и стандартизированному анализу. Кроме того, анализы на основе TSA позволяют использовать маркеры с низкой экспрессией, увеличивая диапазон целей, которые могут быть выбраны для визуализации. 3-плексный анализ для panCK, FAP и Antibody X был разработан с использованием автоматизированной платформы, где panCK и FAP использовались для дифференциации опухоли и стромы соответственно. Антитело X является стромальным белком, часто встречающимся в опухолях, но его биология и влияние на противоопухолевый иммунитет до конца не изучены. Характеристика иммунного контекста в областях, богатых антителом X, может прояснить его роль в противоопухолевом иммунитете и терапевтическом ответе, а также его потенциал в качестве лекарственной мишени.

В то время как индивидуальные автоматизированные панели визуализации TSA оказались успешными для пространственных протеомических анализов, применение этих анализов для пространственных транскриптомических анализов не может быть подтверждено. Это, скорее всего, связано с реагентами и протоколом, используемым для автоматизированных протоколов визуализации, которые, по-видимому, ставят под угрозу целостность РНК. Признание того, что автоматизированный протокол маркировки для маркеров визуализации может использоваться для пространственных протеомических анализов, но не для пространственных транскриптомических анализов, дает важное руководство по проектированию технологических анализов пространственной омики.

Кроме того, исследование показывает, что анализ пространственной транскриптомики может быть использован для профилирования целей в областях диаметром до 50 мкм или примерно 15 клеток. Были выбраны два ROI разного размера для проверки способности анализа также обнаруживать транскрипты в небольших ROI. Для каждой интересующей области олиго, соответствующие мишеням 1 800 мРНК, были собраны и превращены в библиотеки в соответствии с протоколом платформы пространственного профилирования. Библиотеки индексировались по отдельности, впоследствии объединялись в пул и секвенировались. Это позволило оценить как эффективность объединения, так и способность идентифицировать конкретные популяции клеток в небольших ROI.

В данной работе показано, что для пространственных протеомических анализов автоматизированный протокол для управления выбором ROI по конкретным маркерам, представляющим интерес, может быть использован для избирательного нацеливания на опрос соответствующих областей ткани и характеристики пространственной среды ткани. Кроме того, мы демонстрируем, что меньшие ROI могут быть использованы для пространственных транскриптомных анализов для обнаружения и характеристики конкретных клеточных популяций.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Протокол

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Все ткани человека были приобретены из коммерческих биобанков или аккредитованных банков тканей на гарантии того, что было получено соответствующее одобрение Институционального наблюдательного совета и информированное согласие.

ПРИМЕЧАНИЕ: Протокол выполняется с использованием Discovery Ultra и GeoMx Digital Spatial Profiler. Смотрите Таблицу материалов для получения подробной информации о реагентах, оборудовании и программном обеспечении, используемых в этом протоколе.

1. Автоматизированный протокол визуализации для анализа пространственной протеомики

  1. Программа автостейнера для применения флуоресцентной визуализации антител
    1. В программном обеспечении autostainer нажмите кнопку «Домой» и выберите «Протоколы». Затем нажмите «Создать/Изменить протоколы» и выберите RUO DISCOVERY Universal в качестве процедуры.
    2. Нажмите на Первую последовательность > депарафинизации > Depar v2. Для средней температуры выберите 72 ° C, затем нажмите « Предварительная обработка» и выберите «Кондиционирование клеток » и резервуар CC1. Для очень высокой температуры выберите 100 ° C, затем нажмите CC1 8 мин и продолжайте нажимать, пока не будет выбран CC1 64 мин .
    3. Нажмите на Ингибитор > Ингибитор DISCOVERY, и для инкубации выберите 8 минут. Затем нажмите на Антитела > высокотемповой инкубации Ab; для низкой температуры выберите 37 ° C; для антитела выберите номер антитела из этикетки дозатора (антитело 6 в этом примере); В поле Время инкубации Plus выберите 32 минуты.
      ПРИМЕЧАНИЕ: Этот протокол имеет три различных номера антител. Первое антитело — FAP, второе — пан-цитокератин, а третье — антитело X.
    4. Нажмите на Multimer HRP > Multimer HRP Blocker, затем для блокировки антител выберите Gt Ig Block, а для времени инкубации выберите 4 минуты. Затем на Multimer HRP Reagent выберите OMap anti-Rb HRP, а в поле Время инкубации выберите 16 минут. Затем нажмите на Cy5 и для длительного времени инкубации выберите 0 часов 8 минут.
    5. Нажмите « Двойная последовательность» и выберите «Денатурация антител», затем выберите «Денатура антител CC2-1», а для «Очень высокой температуры» выберите 100 градусов Цельсия. Убедитесь, что время инкубации составляет 8 мин. Затем нажмите на DS Inhibitor и выберите Нейтрализовать.
    6. Нажмите на DS Antibody, и для очень низкой температуры выберите 37 ° C. Затем в поле Антитело выберите номер антитела на этикетке дозатора (Антитело 3 в этом примере), а для Plus Incubation Time выберите 32 минуты.
    7. Нажмите на DS Multimer HRP и выберите DS Multimer HRP Blocker. Затем для параметра «Блокировка антител» выберите «Блок Ig», а в поле «Время инкубации» выберите «4 минуты». Затем на Multimer HRP Reagent выберите OMap anti-Ms HRP, а в поле Время инкубации выберите 16 минут. Затем нажмите на DS Rhodamine 6G и для длительного времени инкубации выберите 0 часов 8 минут.
    8. Нажмите на Triple Stain и выберите TS Antibody Denaturation, затем выберите Antibody Denature CC2-2, а для Very High Temperature выберите 100 Deg C. Убедитесь, что время инкубации составляет 8 мин. Затем нажмите на ингибитор TS и выберите TS Neutralize.
    9. Нажмите на TS Antibody, и для очень низкой температуры выберите 37 ° C. Затем в поле Антитело выберите номер антитела на этикетке дозатора (Антитело 7 в этом примере), а для Plus Incubation Time выберите 32 минуты.
    10. Нажмите на TS Multimer HRP и выберите TS Multimer HRP Blocker. Затем для параметра «Блокировка антител» выберите «Блок Ig», а в поле «Время инкубации» выберите «4 минуты». Затем на Multimer HRP Reagent выберите OMap anti-Rb HRP, а в поле Время инкубации выберите 16 минут. Затем нажмите на TS FAM, и для длительного времени инкубации выберите 0 часов 8 минут.
    11. Добавьте заголовок в протокол. Выберите номер протокола, добавьте комментарий и нажмите «Активный », а затем «Сохранить».
  2. Подготовка слайдов, печать этикеток и запуск автостинелера
    1. Продавец выпечки закупил FFPE (формалин-фиксированный, парафин-внедренный) участки тканей человека в духовке, установленной на 70 °C в течение 20-60 мин. Во время выпечки слайдов печатайте этикетки, нажав кнопку «Создать этикетку» в программном обеспечении autostainer. Затем нажмите « Протоколы», выберите номер протокола и нажмите « Закрыть/Распечатать». Добавьте соответствующую информацию на этикетку слайда и нажмите «Печать».
    2. Извлеките слайды из духовки и дайте им остыть до комнатной температуры (RT). Примените ранее напечатанные наклейки протокола к соответствующим слайдам.
    3. Загружайте многоразовые диспенсеры антител антителами в соответствии с номером этикетки антитела, присвоенным на этапе 1.1. В этом протоколе используют антитело 6 для FAP при 1 мкг/мл, используют антитело 3 для пан-цитокератина при 0,1 мкг/мл и используют антитело 7 для антитела X при 2,5 мкг/мл. Разводят каждое антитело в указанном разбавителе и праймируют многоразовые дозаторы антител.
    4. Соберите блокирующие, детектирующие и усиливающие предварительно заполненные дозаторы реагентов, упомянутые выше, и поместите их на лоток для реагентов. Загрузите слайды в лотки для слайдов (до 30 слайдов за прогон) и нажмите «Выполняется », а затем « Да». Обратите внимание, что DAPI не используется для ядерного противодействия.
    5. Подтвердите начало запуска, проверив продолжительность выполнения на программном обеспечении autostainer. Протокол занимает ~ 11 ч для завершения и может работать в течение ночи.
    6. На следующий день обеспечьте завершение запуска, наблюдая за зелеными мигающими огнями на слотах лотка для слайдов. Затем снимите слайды с инструмента и энергично промойте их в 1-кратном реакционном буфере до тех пор, пока жидкий раствор крышки не будет полностью удален.
  3. Протокол платформы пространственного профилирования для анализа протеомики
    1. Следуйте протоколу пространственной протеомики, указанному в примечании ниже. Включите следующие изменения в протокол, чтобы включить 3-ступенчатую автоматическую процедуру маркировки.
    2. Выполните шаги 1.2.1-1.2.6 за день до запуска протокола пространственной протеомики и перейдите прямо к этапу извлечения антигена протокола пространственной протеомики после выполнения шага 1.2.6. Пропустите процедуру визуализации, описанную в протоколе протеомики пространственного профилирования.
    3. Замените SYTO 13 на SYTO 64 при 5000 нМ, чтобы обеспечить интеграцию флуорофоров. Развести SYTO 64 в 1x TBS и инкубировать в камере влажности в течение 15 мин.
    4. При настройке параметров сканирования в платформе пространственного профилирования выберите фильтры и каналы фокусировки в соответствии с флуорофорами, используемыми в панели визуализации, чтобы обеспечить интеграцию 3-плексов. Используйте FITC для DISCOVERY FAM и установите экспозицию на 200 мс, используйте Cy3 для DISCOVERY Rhodamine 6G и установите экспозицию на 200 мс, используйте Texas Red для SYTO 64 и установите экспозицию на 50 мс (укажите это в качестве канала фокусировки), и, наконец, используйте Cy5 для DISCOVERY Cy5, установите экспозицию на 200 мс, и сохраните изменения.
      ПРИМЕЧАНИЕ: Подробные инструкции протокола пространственной профилирования протеомики можно найти на вкладке официального сайта Поддержка, выбрав Документация > Руководства пользователя. Здесь ищите белковый протокол для nCounter с использованием Bond RX.

2. Выбор ROI для анализа пространственной транскриптомики

  1. Выпекайте секции гранул FFPE в духовке, установленной на 70 °C в течение 20-60 мин. Следуйте протоколу NGS платформы пространственного профилирования, указанному в примечании ниже, и сканируйте слайды на платформе пространственного профилирования, выбирая размеры 50 мкм и 300 мкм. Для анализа пространственной транскриптомики выделена следующая рекомендация:
    1. При подготовке библиотеки, если были выбраны различные размеры ROI, объедините ROI одинаковых размеров, чтобы создать одну библиотеку на размер. Это необходимо для обеспечения достаточной глубины секвенирования для всех ROI без смещения от размера.
      ПРИМЕЧАНИЕ: Подробные инструкции по платформе пространственного профилирования можно найти на вкладке официального сайта Поддержка, выбрав Документация > Руководства пользователя. Здесь найдите протокол РНК для приложений NGS с использованием Bond RX.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Результаты

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Автоматизированный протокол визуализации для управления выбором ROI
В этой статье мы представляем использование автоматизированного пользовательского протокола IF на основе TSA для визуализации ткани и выбора конкретных ROI. Разработка панели визуализации с использованием меланомы и нормальной кожи человека в качестве контрольных тканей состояла из тестирования стабильности эпитопов, тонкой настройки интенсивности маркеров и сквозной оценки кровотечения через один контроль. Чтобы проверить, влияет ли ...

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Обсуждение

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

На сегодняшний день непосредственно сопряженные флуоресцентные антитела в ручном протоколе чаще всего используются в качестве панелей визуализации для пространственной протеомики или пространственных транскриптомических анализов 9,10. Однако использование непосредственно конъюгированных флуоресцентных антител может быть сложным для менее распространенных маркеров, ограничивая выбор подходящих антител. Этот протокол показывает, что маркировка маркеров визуализации...

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Раскрытие информации

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Вероника Ибарра-Лопес, Сангита Джаякар, Йецин Анджела Янг, Зора Модрусан и Сандра Рост являются сотрудниками и акционерами Genentech, входящей в группу Roche. Другие компании, входящие в состав Рош, производят реагенты и инструменты, используемые в этой рукописи. Сиара Мартин является штатным сотрудником NanoString Technologies Inc, которая производит реагенты и инструменты, используемые в этой рукописи.

Благодарности

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Авторы признают Томаса Ву за обработку файлов NGS. Мы благодарим Джеймса Зиай за обсуждение результатов и рецензирование рукописей, а также Мередит Триплет и Рэйчел Тейлор за внутреннюю редакцию рукописи.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Материалы

Список материалов, использованных в этой статье
ИмяКомпанияКаталожный номерКомментарии
10x Tris buffered salt (TBS)Cell Signaling Technologies12498SРазбавленный до 1x TBS в воде, обработанной DEPC
, антитело X (не разглашается)антитело слепое из-за конфиденциальности
вода, обработанная DEPCThermoFisherAM9922Еще можно использовать
DISCOVERY Cell Conditioning ( CC1)Ventana950-500
DISCOVERY Cy5 KitVentana760-238Обозначен как Cy5
DISCOVERY FAM KitVentana760-243Указан как
FAM DISCOVERY Goat Ig BlockVentana760-6008Обозначен как Gt Ig Block
DISCOVERY OmniMap anti-Ms HRP Ventana760-4310Обозначен как OMap Anti-Ms HRP
DISCOVERY OmniMap anti-Rb HRPVentana760-4311Упоминается как OMap anti-Rb HRP
DISCOVERY Rhodamine 6G KitVentana760-244Упоминается как Rhodamine 6G
DISCOVERY ULTRA Автоматизированная система подготовки предметных стеколVentana05 987 750 001 / N750-DISU-FSУпоминается как автоокрашиватель на манускрипте
FAP [EPR20021] АнтителоAbcamAb207178
GeoMx Цифровой пространственный профилографNanoStringGMX-DSP-1YУпоминается как платформа пространственного профилирования на манускрипте
Камеравлажности SimportM920-2Еще может быть использован
Pan-Cytokeratin [AE1/AE3] АнтителоAbcamAb27988
ProLong Gold Antifade MountantThermoFisherP36934
PythonPythonСтатистический анализ
Реакционный буфер (10x)Ventana950-300
Программное обеспечение для статистического анализаGraphPadPrism 7Статистический анализ
SYTO 64ThermoFisherS11346
ULTRA Cell Conditioning (ULTRA CC2)Ventana950-223
Разбавитель антител Ventana с казеиномVentana760-219Указан как указанный разбавитель в рукописи
Ventana Первичный дозатор антителVentanaКаталожный номер зависит от номера дозатора
,

Ссылки

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Nerurkar, S. N., et al. Transcriptional spatial profiling of cancer tissues in the era of immunotherapy: The potential and promise. Cancers. 12 (9), 2572(2020).
  2. Decalf, J., Albert, M. L., Ziai, J. New tools for pathology: a user's review of a highly multiplexed method for in situ analysis of protein and RNA expression in tissue. Journal of Pathology. 247 (5), 650-661 (2019).
  3. McGinnis, L. M., Ibarra-Lopez, V., Rost, S., Ziai, J. Clinical and research applications of multiplexed immunohistochemistry and in situ hybridization. Journal of Pathology. 254 (4), 405-417 (2021).
  4. NanoString. GeoMx Digital Spatial Profiler. , Available from: https://nanostring.com/products/geomx-digital-spatial-profiler/geomx-dsp-overview (2022).
  5. NanoString. GeoMx Digital Spatial Profiler. , Available from: https://nanostring.com/wp-content/uploads/BR_MK0981_GeoMx_Brochure_r19_FINAL_Single_WEB.pdf (2022).
  6. McCart Reed, A. E., et al. Digital spatial profiling application in breast cancer: a user's perspective. Virchows Arch: An International Journal of Pathology. 477 (6), 885-890 (2020).
  7. McNamara, K. L., et al. Spatial proteomic characterization of HER2-positive breast tumors through neoadjuvant therapy predicts response. Nature Cancer. 2 (4), 400-413 (2021).
  8. Kim, S. W., Roh, J., Park, C. S. Immunohistochemistry for pathologists: Protocols, pitfalls, and tips. Journal of Pathology and Translational Medicine. 50 (6), 411-418 (2016).
  9. Muñoz, N. M., et al. Molecularly targeted photothermal ablation improves tumor specificity and immune modulation in a rat model of hepatocellular carcinoma. Communications Biology. 3 (1), 783(2020).
  10. Coleman, M., et al. Hyaluronidase impairs neutrophil function and promotes Group B Streptococcus invasion and preterm labor in nonhuman primates. mBio. 12 (1), 03115-03120 (2021).
  11. Gupta, S., Zugazagoitia, J., Martinez-Morilla, S., Fuhrman, K., Rimm, D. L. Digital quantitative assessment of PD-L1 using digital spatial profiling. Laboratory Investigation; A Journal of Technical Methods and Pathology. 100 (10), 1311-1317 (2020).
  12. Carter, J. M., et al. Characteristics and spatially defined immune (micro)landscapes of early-stage PD-L1-positive triple-negative breast cancer. Clinical Cancer Research. 27 (20), 5628-5637 (2021).
  13. Busse, A., et al. Immunoprofiling in neuroendocrine neoplasms unveil immunosuppressive microenvironment. Cancers. 12 (11), 3448(2020).
  14. Kulasinghe, A., et al. Profiling of lung SARS-CoV-2 and influenza virus infection dissects virus-specific host responses and gene signatures. European Respiratory Journal. 59 (1), (2021).
  15. Li, X., Wang, C. Y. From bulk, single-cell to spatial RNA sequencing. International Journal of Oral Science. 13 (36), (2021).
  16. Merritt, C. R., et al. Multiplex digital spatial profiling of proteins and RNA in fixed tissue. Nature Biotechnology. 38 (5), 586-599 (2020).
  17. Van, T. M., Blank, C. U. A user's perspective on GeoMxTM digital spatial profiling. Immuno-Oncology Technology. 1, 11-18 (2019).
  18. Introduction to GeoMx Normalization: Protein. White Paper. Nanostring. , Available from: https://nanostring.com/wp-content/uploads/MK2593_GeoMx_Normalization-Protein.pdf (2020).
  19. Bergholtz, H., et al. Best practices for spatial profiling for breast cancer research with the geomx spatial profiler. Cancers. 13 (17), 4456(2021).
  20. Hwang, W. L., et al. Single-nucleus and spatial transcriptomics of archival pancreatic cancer reveals multi-compartment reprogramming after neoadjuvant treatment. BioRxiv. , (2020).
  21. Jerby-Arnon, L., et al. Opposing immune and genetic mechanisms shape oncogenic programs in synovial sarcoma. Nature Medicine. 27 (2), 289-300 (2021).

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Перепечатки и разрешения

Запросить разрешение на повторное использование текста или иллюстраций этой статьи JoVE

Запросить разрешение

Теги

Похожие статьи