В этой работе были проведены эксперименты с 2D и 3D клетками для определения IC50 для «кольцево-замкнутых» и «кольцево-открытых» форм LMB002 (см. рис. 1) в разное время инкубации. Эти значения сравнивали с значениями, полученными для прототипа пептида грамицидина S (используемого в качестве положительного контроля). Типичный набор изображений инкубации в 2D-выращенной культуре LLC после окрашивания показан на рисунке 5. Совместное окрашивание с Hoechst 33342 (синий) и йодидом пропидия (красный), приводящее к различным оттенкам фиолетового в большей части клеток в случае обработки «кольцево-открытой» формой по сравнению с «кольцево-закрытой», указывает на заметную разницу в цитотоксичности между двумя формами, которая может быть легко количественно определена. Продемонстрированный пример успешного эксперимента основан на данных, собранных с использованием формата 96-луночного планшета, куда были добавлены варианты пептидов в различных концентрациях, как показано на рисунке 2. Аналогичные данные могут быть получены с помощью 384-луночных и высокоплотных пластин. Однако, поскольку объемы на скважину уменьшаются, технические и систематические погрешности и, как следствие, точность определения IC50 будут снижаться с увеличением плотности скважины.

Рисунок 5: Репрезентативные изображения из анализа цитотоксичности в ООО, выращенном в монослое. Клетки окрашивали препаратами Hoechst 33342 (синий) и йодид пропидия (красный). Указанное время: 10 мин, 60 мин, 24 ч и 72 ч - время инкубации соединений. Масштабные линейки = 50 мкм. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этого рисунка.
Фотоконверсию LMB002 лазерным световым облучением в модельной ткани – свежем свином фарше – определяли с помощью образца, составленного из фарша, смешанного с растворенной в PBS «кольцево-закрытой» (неактивной) формой LMB002, и измеряли превращение этой неактивной формы в «кольцевую» (активированную) форму LMB002 в направлении распространения излучения. Образец помещали в шприц и облучали с одной стороны плоским пучком лазерного излучения в течение времени экспозиции ~10 мин (обычно используется в экспериментах in vivo ), как показано на рисунке 3. После экспонирования цилиндр образца делили на части, нажимая на поршень шприца и скальпелем разрезая срезы одинаковой высоты. Концентрацию LMB002 «разомкнутое кольцо» в экстрактах из срезов определяли с помощью РП ВЭЖХ.
На рисунке 6 показаны кривые доза-эффект (рисунок 6A-D), полученные в результате анализа данных. Чтобы определить процент мертвых клеток с ядерным совместным окрашиванием красителей Hoechst 33342 и PI, мы использовали встроенный классификатор, который устанавливает числовые пороги по выбранным измеряемым параметрам, чтобы разделить все количество клеток на несколько категорий. Например, когда сигнал красного канала (йодид пропидия) в контроле был на пороге (приблизительно 110-130 единиц), клетки можно было классифицировать как PI-положительные, считающиеся мертвыми, или PI-отрицательные, считающиеся не затронутыми соединениями. Для LMB002 можно увидеть сигмоидальные зависимости процентного содержания йодид-положительных клеток пропидия от концентрации соединения. По этим данным можно определить значения IC50.

Рисунок 6: Анализ цитотоксичности в 2D-культуре. Сигмовидные фити, полученные в культуре LLC, в течение (A) 10 мин, (B) 60 мин, (C) 24 ч и (D) 72 ч - интервалов времени, взятых для инкубации с соединениями. Фитинг позволяет точно определять значения IC50 (не показаны). Полосы погрешностей - SEM. Аббревиатуры: LLC = карцинома легкого Льюиса; PI = йодид пропидия. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этого рисунка.
Рассматривая полученные значения IC50 , можно сделать вывод, что токсичность всех трех соединений увеличивалась со временем инкубации. Наш эксперимент показал, что «кольцевая» форма LMB002 примерно на одну стадию разведения менее токсична, чем прототип пептида, грамицидин S. Тогда как «кольцево-закрытая» форма демонстрирует на три-четыре стадии разведения более низкую токсичность, которая увеличивается со временем инкубации. Разница между двумя стадиями разведения не зависит от увеличения времени инкубации и может быть использована численно в качестве экспериментально определенного фототерапевтического окна6 для сравнения с другими соединениями в потенциальном библиотечном скрининге. Значение IC50 для грамицидина S было установлено в качестве контрольной точки для исправления экспериментальных ошибок или дифференциальных выходов в биологических репликах.
Эксперименты с 3D-клетками дали тот же тип исходных данных - одноразовые изображения сфероида с разрешением одной ячейки. Включение кальцеина в качестве третьего окрашивающего красителя позволяет количественно определить фракцию метаболически активных клеток (наблюдаемую в зеленом канале). Используя 384-луночные планшеты, увеличивая количество технических повторений, исключая избыточные временные точки совместной инкубации и изменяя складку разбавления, мы смогли напрямую сравнить несколько соединений в одном тестовом прогоне (с использованием одной пластины), как показано на карте пластин на рисунке 7.

Рисунок 7: Карта планшетов для эксперимента с 3D-культурой с двумя соединениями. Указаны цветовые коды соединений и контроля. Числа в лунках представляют собой концентрации в мкМ. 10 мин, 24 ч и 72 ч - время инкубации. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этого рисунка.
На рисунке 8 представлены изображения выбранных технических реплик сфероидов LLC, выращенных при плотности 1 сфероид/лунка в присутствии испытуемых соединений и контрольных сфероидов, захваченных после окрашивания.

Рисунок 8: Репрезентативные изображения из анализа цитотоксичности 3D-культуры. На изображениях показаны 48-часовые сфероиды LLC, окрашенные Hoechst 33342 (синий), кальцеин AM (зеленый) и йодид пропидия (красный) после 10-минутной, 24-часовой и 72-часовой совместной инкубации с фотоформами LMB002 и грамицидином S. Масштабные линейки = 100 мкм. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этого рисунка.
С помощью программного обеспечения прибора кривые доза-эффект, как и в 2D-эксперименте, были получены из z-сложенных стопок изображений (рис. 9A). Кроме того, компактные и недеформированные сфероиды в 3D-культурах могут быть охарактеризованы диаметром цельного сфероида (рис. 9B). Было также отмечено, что общий диаметр сфероида изменяется в зависимости от концентрации соединения.

Рисунок 9: Оценка цитотоксичности с помощью 3D-культур. (A) Концентрационно-зависимые кривые цитотоксичности и (B) концентрационно-зависимые графики диаметра сфероида, полученные в 3D-культурах LLC, инкубированных совместно с грамицидином S в течение 10 мин, 24 ч и 72 ч и захваченных перед окрашиванием. Полосы погрешностей - это SEM. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этого рисунка.
Эксперимент на этапе 2 позволяет определить концентрации LMB002 в обеих фотоформах с помощью высокоэффективной жидкостной хроматографии с УФ-детектированием. Эффективность фотоконверсии в модельных тканях была легко оценена и количественно определена с использованием этой установки (рис. 3). Данные были получены в результате количественного анализа хроматограмм экстрактов образцов. В этих тестовых экспериментах хроматограммы LMB002 были обнаружены спектроскопически на длине волны 270 нм и 570 нм. При длине волны 270 нм наблюдалось много дополнительных сигналов, которые приписывались соединениям, совместно извлеченным из модельной ткани (проверено по контрольному экстракту без соединения). Обе фотоформы были достаточно разными по времени удержания и поглощению. Однако сигнал LMB002 «разомкнутое кольцо» был отделен от этих фоновых сигналов базовой линией (см. репрезентативную хроматограмму на рисунке 10A). Поэтому этот сигнал может быть интегрирован без проблем. При длине волны 570 нм хроматограммы содержали только сигнал LMB002 в форме «замкнутого кольца» (рис. 10B). Здесь мы выполнили определение концентрации с помощью RP ВЭЖХ. Тем не менее, еще более высокая точность и более низкие пределы обнаружения могут быть достигнуты с помощью LC/MS в качестве аналитического метода.

Рисунок 10: Репрезентативные хроматограммы LMB002, выделенные из модельных тканей. (A) Образец на расстоянии 2 мм от облученной поверхности, зарегистрированный на длине волны 270 нм (интегрирована «кольцевая» форма LMB002); (B) образец на расстоянии 38 мм от облучаемой поверхности, зарегистрированный на длине волны 570 нм (интегрирован пик LMB002 «замкнутого кольца»). Значения времени удержания (указанные) дополнительно подтвердили идентичность соединения. Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этого рисунка.
Данные, полученные после интегрирования соответствующих сигналов всех собранных образцов, были использованы для построения графиков «концентрация-глубина», как показано на рисунке 11. На основе этих графиков была легко оценена эффективность фотоконверсии на разных глубинах модельной ткани. Это подтверждает, что наш источник красного света индуцирует фотоконверсию LMB002 с «замкнутым кольцом» на глубине до 1 с, в тканевом суррогате, мясном фарше (примерно 103 мВт/см2).

Рисунок 11: Оценка эффективности фотоконверсии. Концентрация (А, мг/кг) ЛКМ002 «кольцево-замкнутых» (неактивированные, синие точки) и «кольцево-открытых» форм (активированные, оранжевые точки) на разном расстоянии от облучаемой поверхности модельной ткани (L, мм). Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этого рисунка.
Результаты эксперимента in vivo - шага 3 нашей методики, выполненного по графику, представленному на рисунке 4, - были представлены графиками, показывающими рост опухоли в зависимости от времени (рис. 12) и кривыми выживаемости Каплана-Мейера (рис. 13).

Рисунок 12: Динамика роста опухоли у животных. Животные, получавшие LMB002, по сравнению с животными, получавшими транспортное средство (подкожная модель аллотрансплантата LLC у мышей C57BL/6NCrl, составная доза 7 мг/кг, внутривенно, инкубация 2 ч 40 мин, затем облучение при 650 нм, 100 мВт/см2, 20 мин). Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этого рисунка.

Рисунок 13: Кривые смертности животных. Животные, получавшие LMB002, по сравнению с животными, получавшими транспортное средство (подкожная модель аллотрансплантата LLC у мышей C57BL/6NCrl, составная доза 7 мг/кг, внутривенно, инкубация 2 ч 40 мин, затем облучение при 650 нм, 100 мВт/см2, 20 мин). Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть увеличенную версию этого рисунка.