Анализ конкурирующей эндогенной сети РНК у крыс с окклюзией средней мозговой артерии на основе экспрессии некодирующих РНК, микроРНК и мРНК

Shuangping Li; Qingping Ye; Yumeng Li; Jingjing Li; Daiyin Peng; Xianchun Duan; Shizhong Hong

doi:10.3791/68876

Для просмотра этого контента требуется подписка на JoVE. Войдите или начните свой бесплатный пробный период.

Методическая статья

Анализ конкурирующей эндогенной сети РНК у крыс с окклюзией средней мозговой артерии на основе экспрессии некодирующих РНК, микроРНК и мРНК

739 просмотров

⸱

DOI:

10.3791/68876

⸱

7 октября 2025 г.

Shuangping Li¹^,² , Qingping Ye¹^,² , Yumeng Li¹^,² , Jingjing Li¹^,² , Daiyin Peng²^,³^,⁴^,⁵ , Xianchun Duan¹^,²^,⁴^,⁵^,⁶ , Shizhong Hong³^,⁴^,⁵^,⁶

¹Department of Pharmacy, The First Affiliated Hospital of Anhui University of Chinese Medicine, ²School of Pharmacy, Anhui University of Chinese Medicine, ³School of Medical Economics Management, Anhui University of Chinese Medicine, ⁴Xin'an Medical Research Institute, ⁵Key Laboratory of Xin'An Medicine, Ministry of Education, ⁶Anhui Province Key Laboratory of Chinese Medicinal Formula

В этой статье

Краткое содержание

В этом исследовании использовался биоинформатический анализ и экспериментальная валидация для систематического изучения регуляторной роли и основных механизмов длинных некодирующих РНК (днРНК), функционирующих в качестве конкурентных эндогенных РНК (цеРНК) при ишемическом инсульте.

Аннотация

Данное исследование направлено на изучение регуляторной роли и основных механизмов некодирующих РНК, действующих как цеРНК при ишемическом инсульте. Основываясь на гипотезе цеРНК, некодирующие РНК, микроРНК и мРНК были идентифицированы как компоненты регуляторной сети, участвующей в инсульте. Для детального анализа были выбраны ключевые некодирующие РНК из полученной подсети. Анализ функционального обогащения с использованием Gene Ontology и картирование путей с помощью Киотской энциклопедии генов и геномов выявили критические взаимодействия внутри сети цеРНК, связанной с lncRNA. Ключевые пути, включая передачу сигналов кальция, передачу сигналов щелевого соединения и взаимодействие нейроактивных лигандных рецепторов, были дополнительно проверены с помощью вестерн-блоттинга. Сконструированная сеть цеРНК состояла из 334 некодирующих РНК, микроРНК и мРНК, при этом анализ функционального обогащения предсказывал их биологическую роль. Для создания репрезентативной подсети цеРНК были выбраны три некодирующие РНК с высокой степенью центральности. Вестерн-блоттинг показал, что по сравнению с фиктивной группой, уровни экспрессии ключевых белков - CaMKII, кальмодулина, CX36, PKC, CX43, GRIA3, GABRA6 и NPY1R были значительно снижены в модельной группе, в то время как экспрессия CaN была значительно повышена (P < 0,05). Эти данные свидетельствуют о том, что некодирующие РНК в значительной степени участвуют в патогенезе инсульта. В заключение следует отметить, что некодирующие РНК, действующие как цеРНК, играют важнейшую регуляторную роль в патогенезе ишемического инсульта.

Введение

Ишемический инсульт, распространенное неврологическое расстройство, приводит к необратимому повреждению головного мозга, долгосрочной инвалидности или смерти 1,2,3,4. МикроРНК (микроРНК или miR), длинные некодирующие РНК (lncRNAs) и матричные РНК (мРНК) образуют РНК-опосредованные регуляторные сети 5,6,7,8. Эти молекулы регулируют клеточные функции с помощью различных сложных механ....