Для просмотра этого контента требуется подписка на JoVE. Войдите или начните свой бесплатный пробный период.

Исследовательская статья

Молекулярные механизмы DBNL при сердечной недостаточности: от иммунометаболизма макрофагов до терапевтических последствий

445 просмотров

DOI:

10.3791/69756

2 января 2026 г.

В этой статье

Краткое содержание

Мы представляем протокол для интеграции мультиомической менделевской рандомизации, одноклеточной транскриптомики и структурного скрининга in silico для систематического определения оси Дребрин-подобного (DBNL)-макрофага при сердечной недостаточности. Мы рекомендуем использовать DBNL как иммунометаболическую мишень, подлежащую лекарству.

Аннотация

Сердечная недостаточность (ГФ) остаётся серьёзной глобальной проблемой для здравоохранения, при этом ограниченное количество эффективных методов лечения направлено на её основные патофизиологические механизмы. В этом исследовании был использован интегрированный мультиомический подход, сочетающий менделевскую рандомизацию (MR) и секвенирование одноклеточной РНК (scRNA-seq), для выявления потенциальных биомаркеров и терапевтических целей для HF. Мы использовали данные из общегеномных ассоциативных исследований (GWAS), количественных признаков экспрессии (eQTL), количественных признаков метилирования (mQTL) и количественных белковых признаков (pQTL) для изучения генетических механизмов HF. Для анализа экспрессии генов в кардиальных макрофагах проводилось секвенирование одноклеточной РНК, а анализ псевдовремени был применён для изучения динамической регуляции DBNL во время дифференцировки макрофагов. Молекулярные стыковки и динамические симуляции выявили пириниксиновую кислоту (WY-14643; PubChem CID: 4594; Синонимы: 50892-23-4; WY-14643) как потенциальный регулятор DBNL. Мультиомический анализ показал, что DBNL (похожий на Дребрина) является ключевым геном, связанным с риском HF. Секвенирование одноклеточной РНК показало, что DBNL экспрессируется преимущественно в кардиальных макрофагах и повышается при патологических условиях. Экспрессия DBNL макрофагами связана с иммунным метаболизмом и профеброзными путями, особенно сигнальными путями IL-6/JAK/STAT3, PI3K/AKT/mTOR и TGF-β. Анализ псевдовремени показал, что DBNL оказывает динамическое регуляторное влияние на дифференциацию макрофагов, особенно при хроническом воспалении. Молекулярные стыковки и динамические моделирования показали, что пиридиновая кислота играет потенциальную роль в регулировании DBNL. В этом исследовании раскрывается роль DBNL в прогрессировании сердечной недостаточности и предполагается его потенциал как терапевтической цели. Важно, что терапевтическая значимость выводится из вычислительных предсказаний. Эти результаты дают новые знания о иммунном метаболизме и межклеточной коммуникации, опосредованной макрофагами, заложивая теоретическую основу для будущих приложений в оптимизации препаратов, нацеленных на DBNL, и функциональных исследований. Тем не менее, для подтверждения клинической эффективности DBNL как терапевтической цели необходимы дополнительные экспериментальные валидации и доклинические исследования.

Введение

Сердечная недостаточность (ГС) представляет собой значительную и растущую глобальную проблему здравоохранения, которая затрагивает миллионы людей по всему миру и создаёт значительную экономическую нагрузку на системыздравоохранения 1. Следовательно, существует острая необходимость в эффективных вмешательствах при лечении сердечной недостаточности (ГФ).

Сложная патофизиология сердечной недостаточности возникает из-за нарушенной сократительности миокарда левого желудочка, что приводит к цепочке системных осложнений, таких как легочная и периферическаязаложенность 2

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Протокол

Скачать данные
Данные экспрессии генов
Данные секвенирования одноклеточных РНК (scRNA-seq), использованные в настоящем исследовании, были получены из репозитория Gene Expression Omnibus (GEO), поддерживаемого Национальным центром биотехнологической информации (NCBI) (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/), а именно из набора данных с номером9 GSE161470 (человеческая сердечная ткань, состоящая из четырёх контрольных образцов и одного патологического образца). Этот набор данных был первоначально опубликован Чжаном и др. в 2022году 10. Основной целью пер....

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Результаты

Идентификация DBNL как гена, связанного с риском сердечной недостаточности с помощью менделевской рандомизации и колокализации анализа
Идентификатор исхода для выборок, связанных с сердечной недостаточностью, GCST90162626, был получен из сводного набора статистики. Причинно-следственные связи между 1 247 парами количественных признаков экспрессии (eQTL) и исходов были определены с использованием функций extract_instruments и extract_outcome_data (Дополнительная таблица 2). Последующий.......

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Обсуждение

Хотя воспаление является фундаментальным аспектом патофизиологии сердечной недостаточности (СН), предыдущие исследования в основном сосредотачивались на генерализованных воспалительных медиаторах и маркерах поверхностиклеток 17,18,24. Этот фокус ограничил разъяснение конкретных клеточных механизмов, участвующих в процессе. Чтобы преодолеть эти ограничения, мы применили интегративный подход, соче.......

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Раскрытие информации

Авторы заявляют, что у них нет конкурирующих интересов.

Благодарности

Эта исследовательская программа была поддержана Чжэцзянским провинциальным фондом естественных наук Китая (LTGY24H020001), Проектом науки и технологий по традиционной китайской медицине в провинции Чжэцзян (2023ZR131, 2023ZL158), Проектом общественного благоустройства Нинбо (2024S030), Программой исследований и разработок ключевых технологий Нинбо (2022Z149), Ключевой лабораторией прецизионной медицины атеросклеротических заболеваний провинции Чжэцзян (2022E10026), и Специальный фонд для клинических медицинских исследований Медицинской ассоциации Чжэцзяна (2021ZYC-A11).

....

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Материалы

Список материалов, использованных в этой статье
ИмяКомпанияКаталожный номерКомментарии
База данных CellMarkerХарбинский медицинский университет (CellMarker 2.0)http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/CellMarker/База данных CellMarker; Для запроса генов маркеров тканей/клеточного типа при аннотации отдельных клеток
Сравнительная база данных токсикогеномики (CTD)CTD (Университет Дьюка и др.)http://ctdbase.org/База данных CTD; Для выявления взаимодействий между химическими веществами, генами, фенотипами и заболеваниями, используемыми для прогнозирования лекарств
deCODE Plasma pQTL Dataset (2021, 4 907 аптамеров, 35 559 европейских образцов)Генетика deCODEhttps://www.decode.com/summarydata/Публикация данных pQTL 2021 года; Используется в качестве данных о воздействии pQTL для МР-анализа
eQTLGen Whole Blood eQTL DataКонсорциум eQTLGenhttps://www.eqtlgen.org/eQTLGen фазы I/II (конкретная версия в зависимости от использования); Используется в качестве данных о воздействии eQTL для анализа МР и колокализации
Набор данных GEO Single-Cell RNA-seq GSE161470 (Человеческая сердечная ткань: 4 контрольных + 1 патологический образец)Омнибус экспрессии генов NCBI (GEO)https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE161470GSE161470; Для получения данных секвенирования одноклеточных РНК в сердечной ткани человека для дальнейшего анализа
Каталог GWASNHGRI– EBIhttps://www.ebi.ac.uk/gwas/Каталог GWAS; Для получения информации, аннотаций и вспомогательного анализа GWAS, связанной с HF
Статистика по сердечной недостаточности GWAS (GCST90162626)NHGRI– Каталог EBI GWAShttps://www.ebi.ac.uk/gwas/studies/GCST90162626Вступление в учебное заведение: GCST90162626; Используется в качестве данных по результатам для анализа МРТ и колокализации
База данных молекулярных сигнатур (MSigDB) v7.0Институт Броудhttps://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdbMSigDB v7.0; Для фоновых наборов генов GSEA / GSVA и аннотаций путей
Данные о структуре пириниксовой кислоты (WY-14643) (PubChem)NCBI PubChemhttps://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/5694PubChem CID: 5694; Используется для получения 3D-структуры лиганда для молекулярного стыковки и динамического моделирования
UniProt Protein Database (DBNL, UniProt ID: Q9UJU6)Консорциум UniProthttps://www.uniprot.org/uniprot/Q9UJU6UniProt: Q9UJU6; Используется для получения аминокислотной последовательности DBNL для прогнозирования структуры и стыковки
Мета-анализ mQTL цельной крови (Ссылка 11, 3 701 европейский образец, 426 636 признаков mQTL)Авторы / Консорциум (согласно вашей ссылке 11)Ожидающий автор для добавления оригинального URL базы данных / DOIReference DOI или Dataset ID; Используется в качестве данных о воздействии mQTL для МР-анализа

Ссылки

  1. Darvish, M., et al. Heart failure: Assessment of the global economic burden. Eur Heart J. 46 (31), 3069-3078 (2025).
  2. Giambartolomei, C., et al. Bayesian test for colocalisation between pairs of genetic association studies using summary statist....

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Перепечатки и разрешения

Теги

DBNLIL 6 JAK STAT3PI3K AKT mTOR
Видео скоро будет доступно