Визуализация и количественная оценка реакции избегания роя на антибиотический стресс у Pseudomonas aeruginosa

Возьмем роящуюся агаровую пластину, которая поддерживает роевую подвижность — скоординированное движение бактерий по полутвердой поверхности, образующее узоры, похожие на усики.

Инокулируйте центр планшета культурой Pseudomonas aeruginosa и поместите смесь той же культуры с антибиотиком в равномерно расположенные сателлитные позиции.

Накройте тарелку крышкой, окрашенной в черный цвет, чтобы свести к минимуму отражения света.

Поместите планшет на планшетный сканер внутри инкубатора, в котором поддерживается оптимальная влажность.

Во время инкубации центральная популяция начинает размножаться и роиться.

По мере того, как рой приближается к колониям, обработанным антибиотиками, он обнаруживает сигналы стресса, выделяемые бактериями, и перенаправляется, чтобы избежать этих областей.

Сканер, управляемый автоматизированным программным обеспечением, делает снимки с высоким разрешением через равные промежутки времени.

Объедините эти изображения в видео, чтобы визуализировать развитие роя и его предотвращение с течением времени.

Количественно оцените уклонение от роя, измерив расстояние от каждой спутниковой колонии до края центрального роя на изображении поздней стадии.

После помещения пластин в сканер откройте файл и сохраните настройки, чтобы задать путь сохранения изображений, и нажмите «Сканировать» и «OK» с 30-минутными интервалами. Чтобы автоматизировать получение изображений, используйте программное обеспечение для создания сценариев.

Выберите сканирование в режиме ожидания и одиночное сканирование и щелкните правой кнопкой мыши по пункту сканирование в режиме ожидания, а затем щелкните левой кнопкой мыши по пункту включено. В конце инкубации импортируйте все отсканированные изображения в ImageJ. В окне настроек последовательности количество изображений будет указывать на количество выбранных изображений.

Продолжайте начинать изображение с единицы, чтобы начать с первого изображения в папке и масштабировать изображения на 100%, чтобы сохранить исходный размер изображений. Нажмите «Преобразовать в RGB», чтобы сохранить цветные изображения. Оставьте опцию «Использовать виртуальный стек» снятой галочкой и нажмите «ОК», чтобы загрузить изображения.

Нажмите «Файл», «Сохранить как» и «AVI», чтобы объединить изображения в файл AVI. Настройте сжатие до JPEG и частоту кадров до пяти кадров в секунду. Затем сохраните таймлапс AVI в соответствующей папке хранения.