Why is null hypothesis testing critical for viable cell count comparisons?

Null hypothesis testing enables objective evaluation of whether observed differences in viable bacterial counts between wild-type and cellulose-deficient strains are statistically significant, supporting robust target validation decisions.

How does independent variable isolation improve root colonization assays?

Isolating variables such as cellulose production allows teams to attribute changes in root colonization directly to specific genetic or biochemical factors, increasing mechanistic clarity in the discovery pipeline.

What do quantitative dependent variable measurements enable in this protocol?

Quantitative measurement of viable cell counts provides reproducible data for comparing bacterial adhesion and colonization, enabling reliable assessment of intervention effects and supporting data-driven advancement decisions.

Why are replication requirements important for cross-functional collaboration?

Replication ensures that viable cell count results are consistent and reproducible across teams, facilitating cross-functional data integration and increasing confidence in portfolio-level decisions.

What statistical analysis capabilities are needed before implementing viable count assays?

Teams require statistical tools to analyze differences in viable counts, assess significance, and control for experimental variability, ensuring that assay outputs support rigorous R&D decision-making.

Оценка колонизации кореней томатов патогенной бактерией с использованием жизнеспособного количества клеток

JoVE Encyclopedia of Experiments

Microbiology

0 views • 2:30 min • February 26th, 2026

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Возьмите контейнеры с рассадами томатов, выращенными на стерильном песке.

Корни саженцев инокулизированы либо дикой дикой формой, производящей целлюлозу, либо мутационным штаммом растительно-патогенной бактерии.

Удалите герметичный материал из одного контейнера, переверните его на стерильной бумаге и постучите, чтобы освободить песочный баллон с растением.

Разделите песочный цилиндр вдоль, чтобы открыть корень.

Затем окуньте корень в стерильный буфер и потрясете, чтобы удалить слабо прикреплённые бактерии.

Повторите процесс для другого корня.

Перенесите вымытые корни в свежий буфер. Соникуйте их, чтобы выпустить плотно прилипшие бактерии.

Используйте эти звуковые суспензии для подготовки последовательных разбавлений, покройте их на агаре и инкубируете, чтобы жизнеспособные бактерии могли формировать колонии.

Более высокие показатели жизнеспособности в штаме дикого типа по сравнению с мутантом с дефицитом целлюлозы подчёркивают критическую роль целлюлозных фибрилл в стимулировании адгезии бактерий к поверхности корня.

Чтобы определить количество жизнеспособных бактерий у растений, выращиваемых в песке, начните с удаления герметичного материала с верхней и нижней части контейнера.

Поставьте контейнер на лист стерильной бумаги и аккуратно постучите ею по поверхности, чтобы разгладить песок, а затем аккуратно поднимите песок с растением из контейнера.

Когда цилиндр песка и растение свободны на бумаге, разделите песок пополам, чтобы показать корень растения. Если хотите, возьмите образцы песка как у края контейнера, так и у корня. Это может быть полезно для определения распространения, накопления и роста бактерий.

Поднимите корень и удалите песок и бактерии, которые слабо прилипли, окунув корень в отмеренный объём воды или буфера и аккуратно встряхнув. Определите жизнеспособное количество клеток бактерий в полученной суспензии, покрывая их подходящим материалом, таким как Luria agar. Это отражает количество бактерий, слабо связанных с корнем. Наконец, удаляйте плотно связанные бактерии с помощью соника и определите их численность.