Электрофоретический анализ сдвига подвижности для обнаружения комплексов транскрипционный фактор-ДНК

Регуляторные белки, такие как факторы транскрипции, распознают и связываются с определенными последовательностями ДНК в промоторных областях, регулируя экспрессию генов.

Чтобы обнаружить специфические взаимодействия транскрипционного фактора и ДНК с помощью электрофоретического анализа сдвига подвижности, начните с пробирки, содержащей желаемый фактор транскрипции и специфические короткие, инфракрасные, флуоресцентные зонды ДНК, меченные красителем, в связывающем буфере. Инкубируйте в темноте, не допуская фотообесцвечивания красителя.

Ионная сила и pH буфера создают подходящие условия для того, чтобы транскрипционный фактор мог идентифицировать и связывать определенные связывающие последовательности на ДНК-зонде. Ионы магния в буфере дополнительно стабилизируют комплексы белок-ДНК.

Добавьте в смесь подходящий загружающий краситель, помогающий визуализировать прогрессирование электрофореза. Загрузите эту смесь и ДНК-зонды в лунки сборного неденатурирующего полиакриламидного геля.

Проводят электрофорез в темное время суток.

Приложенное электрическое поле заставляет низкомолекулярные, несвязанные, отрицательно заряженные зонды ДНК двигаться через гель к положительно заряженным анодам.