Визуализация одномолекулярных соединений для визуализации сборки конденсатов слитых белков на ДНК-занавесках

Химерный онкогенный гибридный белок содержит N-концевой домен низкой сложности, LCD, РНК-связывающего белка, слитого с ДНК-связывающим доменом, DBD, белка-фактора транскрипции. Эти белки образуют белковый конденсат, который рекрутирует РНК-полимеразу-II и управляет онкогенезом.

Чтобы визуализировать сборку белковых конденсатов с помощью одномолекулярной визуализации, начните с проточной ячейки ДНК — предметного стекла из плавленого кварцевого стекла, оснащенного входными и выходными отверстиями для инъекций. Поверхность проточной ячейки покрыта биотинилированным липидным бислоем для защиты поверхности и изготовлена с зигзагообразным барьером.

Подключите его к микрофлюидной системе. Введите раствор стрептавидина, который связывается с его лигандом с высоким сродством связывания, биотином, на липидном слое. Введите меченную биотином двухцепочечную лямбда-ДНК, которая содержит множественные повторы последовательностей, связывающих слитые белки. Стрептавидин липидного бислоя связывается с биотином ДНК и прикрепляет ДНК лямбда к бислою.

Промойте подходящим буфером. Гидродинамическая сила его потока выпрямляет закрепленные молекулы ДНК, позволяя им висеть как занавес ДНК над барьерами.

П