Дифференциальная сканирующая калориметрия для изучения взаимодействия аптамера ДНК с термолабильным лигандом

Дифференциальная сканирующая калориметрия помогает изучать взаимодействие биомолекулы и лиганда путем измерения тепла, необходимого для денатурации биомолекулы в отсутствие и в присутствии лиганда.

Для начала возьмем эталон, содержащий аптамеры свободной ДНК — структурированные одноцепочечные олигонуклеотиды — и образец, содержащий термолабильные лиганд-связанные аптамеры. Лиганды стабилизируют вторичную структуру аптамера.

Выполните прямое сканирование, нагревая растворы. При достижении температуры плавления свободные аптамеры денатурируют.

Стабилизированные лигандом аптамеры диссоциируют от лигандов и денатурируются при относительно более высокой температуре, вызывая повышение температуры плавления по сравнению со свободными аптамерами. При высоких температурах подмножество лигандов приобретает необратимую вторичную форму с низким сродством к связыванию.

Затем выполните обратное сканирование, охладив растворы, чтобы восстановить структуру аптамера. При более низкой температуре исходный и преобразованный лиганды в образце связываются с аптамерами.

Во время второго прямого сканирования аптамеры, связанные со слабым сродством к преобразованным лигандам, диссоциируют и денатурируются