Применение хемининформатики для разработки структуры базы данных аналитических методов с возможностью поиска

Мы хотим создать простой способ для ученых EPA находить аналитические методы из распределенных ресурсов, чтобы наши ученые могли тратить меньше времени на поиск в Интернете, а вместо этого иметь курируемый ресурс, интегрированный в нашу существующую систему химической информатики. То, что мы создали, по сути, является облегченной системой управления документами, которая сопоставляет эти документы с извлеченными химическими веществами. В результате можно осуществлять поиск по тысячам аналитических методов с использованием различных химических идентификаторов, чтобы найти методы, уже примененные для обнаружения этих химических веществ. Не существует другой бесплатной онлайновой базы данных аналитических методов, которую сообщество могло бы искать, чтобы получить либо существующий эталонный аналитический метод для химического вещества, либо хороший набор начальных условий для конкретного метода. Этот протокол учит читателя, как использовать AMOS для сбора полезных данных для поддержки своей работы по разработке метода. Мы многое узнали о том, как собирать и интегрировать данные аналитических методов в нашу базу данных и приложение. Объединив эти тысячи документов и сопоставив их с соответствующими химическими веществами, мы теперь имеем отличный набор данных для изучения использования этих документов и дополнения большой языковой модели искусственного интеллекта, которую ученые могут запрашивать.

[Рассказчик] Для начала перейдите в текстовое поле в верхнем левом углу панели навигации или в поле поиска на главной странице и введите название вещества, регистрационный номер CAS, идентификатор вещества InChKey или идентификатор вещества DSSTox. Нажмите Enter или нажмите на Search, чтобы выполнить поиск. Выберите строку в результирующей таблице, чтобы отобразить связанную запись в правой части страницы. Чтобы выполнить пакетный поиск, введите список идентификаторов веществ DSSTox в поле входных данных, разместив по одному идентификатору в каждой строке. Используйте флажки в разделе Параметры поиска, чтобы отфильтровать результаты или добавить дополнительную информацию в записи. Нажмите на кнопку «Поиск» внизу страницы, чтобы создать и загрузить файл электронной таблицы, в котором перечислена информация обо всех записях в базе данных, связанных с данным списком веществ. Как только поиск будет завершен, нажмите «Дополнительные поиски», а затем «Поиск структуры сходства». Введите идентификатор вещества, установите минимальное сходство вещества фильтра на 0,8 и нажмите «Поиск», чтобы получить таблицу вкладок. Затем выберите строку в таблице, чтобы отобразить структурное сравнение между искомым веществом и выбранным из таблицы. Чтобы выполнить поиск по классификатору, выберите первый уровень классификации с помощью поля в верхней части страницы. Затем нажмите кнопку под полем, чтобы отобразить список классификаций для следующего уровня. Повторите этот процесс для второго и третьего уровней, каждый раз выбирая классификацию и нажимая кнопку для продолжения. После выбора четвертого уровня нажмите кнопку ниже, чтобы запустить поиск и перечислить все вещества, которые относятся к выбранным четырем уровням классификации классификатора. Выполняйте поиск в базе данных по всем информационным бюллетеням и методам, выполняя поиск по списку методов и информационным бюллетеням. После загрузки таблицы результатов используйте поля ввода в верхней части каждого столбца, чтобы отфильтровать данные по определенным полям. Чтобы выполнить масс-спектральный поиск, введите диапазон масс для целевого вещества в дальтонах, а также погрешность в дальтонах или частях на миллион. Установите значение для window for peak similarity равным 0.05 Dalton. Выберите методологию, либо газовую хромато-масс-спектрометрию, либо жидкостную хромато-масс-спектрометрию. Введите масс-спектр в виде списка пар масса-заряд и интенсивность. Заполнив все поля, нажмите кнопку «Поиск», чтобы получить список совпадений массового спектра из базы данных на основе предоставленного пользователем спектра. Выберите строку в результирующей таблице для спектрального отображения. Теперь, чтобы визуализировать классификацию функционального использования, используйте поле Search Classes для поиска по списку классов функционального использования. Наведите указатель мыши на имя класса в списке, чтобы выделить соответствующий узел на графике. При непосредственном изучении графа наведите указатель мыши на узел, чтобы отобразить краткое описание класса и выделить все прямые родительские или дочерние классы для этого узла. Здесь представлен тройной участок почвы, классифицирующий типы текстур на основе пропорций глины, ила и песка с обозначенными зонами, такими как глина, суглинок и супесь. Этот инструмент классификации позволил пользователям AMOS связать типы текстур почвы с соответствующими информационными бюллетенями, аналитическими методами и экспериментальными спектрами, упростив эффективные рабочие процессы от данных о составе до целенаправленного поиска веществ на основе функциональных классификаций.