La criosfera ofrece acceso a los organismos conservados que persistieron en las condiciones ambientales del pasado. Un protocolo se presentará a recoger y descontaminar los núcleos de permafrost de suelos y hielo. La ausencia de colonias exógenos y el ADN sugiere que los microorganismos detectados representan el material, en lugar de la contaminación de la perforación o de procesamiento.
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Artículo de método
La eliminación de materiales exógenos de la parte exterior de congelados Núcleos para Investigar la antigua comunidades biológicas albergaba el interior
En este artículo
Resumen
Resumen
La criosfera ofrece acceso a organismos preservados que persistieron en condiciones ambientales pasadas. De hecho, estos materiales congelados podrían reflejar las condiciones durante vastos períodos de tiempo y la investigación de los materiales biológicos albergados en su interior podría proporcionar información sobre los entornos antiguos. Para analizar adecuadamente estos ecosistemas y extraer información biológica significativa de los suelos congelados y el hielo, es necesario recolectar y procesar adecuadamente las muestras congeladas. Esto es especialmente crítico para los análisis microbianos y de ADN, ya que las comunidades presentes pueden ser muy diferentes de las modernas. Aquí, se presenta un protocolo para recolectar y descontaminar con éxito núcleos congelados. Tanto la ausencia de las colonias utilizadas para dopar la superficie exterior como el ADN exógeno sugieren que descontaminamos con éxito los núcleos congelados y que los microorganismos detectados procedían del material, en lugar de la contaminación de la perforación o el procesamiento de los núcleos.
Introducción
La criosfera (por ejemplo, los suelos de permafrost, características hielo, nieve glacial, firn y hielo) ofrece una visión de qué tipos de organismos persistido en las condiciones ambientales del pasado. Dado que estos sustratos pueden ser de decenas a cientos de miles de años de antigüedad, sus comunidades microbianas, cuando se conservan congeladas desde el depósito, reflejar las condiciones ambientales antiguos. Para analizar adecuadamente estos ecosistemas y extraer información biológica significativa de los suelos congelados y el hielo, la correcta recogida y procesamiento de las muestras congeladas es necesario. Esto es de suma importancia que las proy....
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Protocolo
1. Equipo de Preparación y Core Collection permafrost
- la preparación del equipo y la recogida de muestras de campo y equipo de conservación
- Montar la barrena para la recogida de muestras insertando el adaptador de unidad en la parte superior del barril y la rotación de la palanca para bloquearlo en su sitio. Pin el tubo adaptador en el adaptador de la unidad y el pin del motor sobre el anillo adaptador. Inserte los cortadores en el cañón.
- Llevar trajes ligeros Los guantes de nitrilo, y máscaras para reducir la contaminación de las muestras. Use protección para los oídos y un casco de seguridad al entrar en el túnel del permafrost
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Resultados
El método presentado podría ser utilizado para la descontaminación de muestras congeladas recogidas de varios ambientes criosfera, de hielo glacial a permafrost. A continuación, presentamos los datos recogidos específicamente a partir de muestras de hielo y permafrost recogidos de la Investigación Centro de Ingeniería y Desarrollo - Regiones de Investigación Fría y Laboratorio de Ingeniería (ERDC-CRREL) permafrost túnel situado en Fox, AK (Figura 1A y 1B).
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Discusión
La criosfera ofrece acceso a los organismos conservados que persistieron en las condiciones ambientales del pasado. A pesar de los taxones recuperado puede no representar la comunidad histórica completa, los recuperados a partir del análisis de las muestras de hielo y glaciares de permafrost es posible obtener valiosa información histórica acerca seleccione un intervalo de tiempo de 15-16. Por ejemplo, la información biológica significativa ha sido elaborado a partir de estudios que investigan la actividad an.......
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Divulgaciones
Los autores no tienen nada que revelar.
Agradecimientos
Este trabajo fue financiado a través del Centro de Investigación y Desarrollo de Ingenieros del Ejército de EE. UU., Oficina del Programa de Investigación Básica. El permiso para publicar esta información ha sido concedido por el Jefe de Ingenieros.
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Materiales
| Nombre | Empresa | Número de catálogo | Comentarios |
|---|---|---|---|
| Establecimiento de | Investigación de Nieve, Hielo y Permafrost (SIPRE), Fairbanks, AK | ||
| 70% de isopropanol | Walmart | 551116880 | |
| 95% de alcohol etílico (desnaturalizado) | Fisher Scientific, Pittsburgh, PA | A407-4 | |
| Solución de descontaminación de ADN, DNA Away | Molecular Bio-Products, Inc., San Diego, CA | 7010 | |
| Solución de descontaminación de RNasa, RNase Away | Molecular Bio-Products, Inc., San Diego, CA | 7002 | |
| Trajes de trabajo ligero | Kimberly-Clark Professional, Roswell, GA | 10606 | |
| Guantes de nitrilo | Fisher Scientific, Pittsburgh, PA | FFS-700 | |
| Curad, Walgreens | CUR3845 | ||
| Bolsas de muestras estériles | Nasco, Fort Atkinson, WI | B01445 | |
| Hoja de micrótomo de acero | B-Sharp Microknife, Wake Forest, NC | ||
| Estante de metal | fabricado en CRREL, Hanover, NH | ||
| Tray | Handy Paint Products, Chanhassen, MN | 7500-CC | |
| Papel de aluminio | Western Plastics, Temecula, CA | ||
| Botella de 500 ml con 0.22 μ m Filtro | Corning, Corning, NY | 430513 | |
| Serratia marcescens | ATCC, Manassas, VA | 17991 | |
| Campana de bioseguridad | NuAire, Plymouth, MN | NU-425-400 | |
| Placa de Petri | Fisher Scientific, Pittsburgh, PA | FB0875712 | |
| ATCC Agar 181- Triptona | Acros Organics, NJ | 61184-5000 | |
| ATCC Agar 181- Glucosa | Fisher Scientific, Pittsburgh, PA | BP381-500 | |
| ATCC Agar 181- Extracto de levadura | Fisher Scientific, Pittsburgh, PA | BP1422-500 | |
| ATCC Agar 181- Fosfato dipotásico | JT Baker, Phillipsburg, NJ | 3252-01 | |
| ATCC Agar 181- Agar | Difco, Sparks, MD | 214530 | |
| NanoDrop 2000 Espectrofotómetro | UV VisThermo Fisher Scientific, Wilmington, DE | ||
| Lightcycler 480 System | Roche Molecular Systems, Inc., Indianápolis, IN | ||
| em>Halobacterium salinarum | American Type Culture Collection (ATCC), Manassas, VA | ||
| em>Pseudomonas fluorescens | American Type Culture Collection (ATCC), Manassas, VA | ||
| Kit de aislamiento de ADN microbiano | MoBio Laboratories, Carlsbad, CA | 12224-50 | |
| Protección auditiva | Elvex | EP-201 | |
| Casco Kimwipes | |||
| Kimberly-Clark Professional, Roswell, GA | 34705 | ||
| Lana de vidrio | Pyrex | 430330 | |
| Regla | |||
| pesaje Lata | Fisher Scientific, Pittsburgh, PA | 08-732-100 | |
| Cloruro de sodio | Sigma Aldrich, St Louis, MO | S-9625 | |
| Cloruro de potasio | JT Baker, Phillipsburg, NJ | 3040-04 | |
| Fosfato de potasio, monobásico | JT Baker, Phillipsburg, NJ | 3246-01 | |
| Fosfato de potasio, dibásico | JT Baker, Phillipsburg, NJ | 3252-01 | |
| Fosfato de sodio dibásico, anhidro | Fisher Scientific, Pittsburgh, PA | BP332-500 | |
| Tubos de centrífuga de 50 ml Corning | , Corning, NY | 4558 | |
| Tubos de microcentrífuga de 2 ml MoBio | Laboratories, Carlsbad, CA | 1200-250-T | |
| Tubos de perlas de cerámica de 2 ml (1.4 mm) | MoBio Laboratories, Carlsbad, CA | 13113-50 | |
| Scoopula | Thermo Fisher Scientific, Wilmington, DE | 1437520 | |
| Balance | Ohaus, Parsippany, NJ | E12130 | |
| Dietilpirocarbonato (DEPC) | Sigma Aldrich, St Louis, MO | D5758 | |
| Hexadeciltrimetilammoniabromuro (CTAB) | Acros Organics, NJ | 22716-5000 | |
| Polietilenglicol 8000 | Sigma Aldrich, St Louis, MO | P5413-1KG | |
| Alcohol fenol-cloroformo-isoamílico (25:24:1) (pH 8) | Fisher Scientific, Pittsburgh, PA | BP1752-400 | |
| Centrífuga | Eppendorf, Hauppauge, NY | 5417R | |
| Cloroformo-alcohol isoamílico (24:1) | Sigma Aldrich, St Louis, MO | C0549-1PT | |
| TE Buffer | Ambion (Thermo Fisher), Wilmington, DE | AM9860 | |
| Pipets | Rainin, Woburn, MA | Pipet Lite XLS, 2, 10, 200 y 1,000 µ l pipetas | |
| Puntas de pipeta | Rainin, Woburn, MA | Rainin LTS preesterilizadas, baja retención, puntas filtradas, 10, 20, 200, 1.000 y micro; l | |
| Vortexor | , Bohemia, NY | G-560 | |
| Adaptador de vórtice | MoBio Laboratories, Carlsbad, CA | 13000-V1 | |
| Botella transparente | Corning, Corning, NY | C1395500 | |
| Amber Bottle Corning | , Corning, NY | ||
| Filtros de tapa de botella, 0.22 y micro; m | Corning, Corning, NY 430513 | ||
| Jeringa de 60 ml | Becton, Dickenson and Company, Franklin Lakes, NJ | BD 309653 | |
| Filtros de jeringa Millex, 0,22 μ m | EMD Millipore, Billerica, MA | SLGV033RB 70 | |
| % Etanol | Fisher Scientific, Pittsburgh, PA | BP2818-500 | diluido y esterilizado por filtro |
| Horno Isotemp 100 L | Fisher Scientific, Pittsburgh, PA | 151030511 | |
| Esparcidor de células | Fisher Scientific, Pittsburgh, PA | 08-100-10 | |
| Asas de inoculación desechables | Fisher Científico, Pittsburgh, PA | 22-363-602 |
Referencias
- Intergovernmental Panel on Climate Change. Climate Change 2007: The Physical Science Basis. Solomon, S., et al. , Cambridge University Press. Cambridge, United Kingdom. (2007).
- Marchenko, S., Romanovsky, V., Tipenko, G. Numerical Modeling of Spatial Permafrost Dynamics in Alaska. Proc. Ninth Int. Conferen. Permafr. University of Alaska Fairbanks, 29, 1125-1130 (2008).
- Intergovernmental Panel on Climate Change.
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