Introduction
Protein sentezi, bütün hücreler 1 çok önemli ve enerjik olarak masraflı bir işlemdir. Her şeyden önce, hücreler için makine, ribozom üretiminde enerji yatırım gereklidir. Örneğin bir aktif bölünmesi maya hücre Dakikada kadar 2.000 olarak ribozomlar üretir. Böyle bir üretimi toplam transkripsiyonel aktivitenin% 60 ve hücrenin 2 toplam birleştirme etkinliğinin% 90 kadar gerektirmektedir. Ayrıca, enerji amino asitler, aminoasil-tRNA ve peptid bağlarının sentezi için gereklidir. Bitkilerde, ATP 3 4.5 5.9 moleküllerden bir peptid zinciri maliyetlerine bir amino asit eklenerek. Nedenle, protein mRNA'nın çeviri bunun değişen çevre koşullarına ile ilgili söz konusu, özellikle düzenlemenin önemli bir yer olması şaşırtıcı değildir.
Ribozom bir mRNA'nın birliğidir çeviri başlangıç aşaması, düzenlenmesi ana hedefidirçeviri 4. Bir tercüme düzenlemenin bir sonucu olarak ve diğer transkripsiyon sonrası düzenleme adım olarak, protein konsantrasyonuna varyasyonları sadece% 40 mRNA bolluğu 5,6 ile açıklanabilir. Böylece, toplam mRNA çalışma protein bolluğu hakkında nispeten zayıf bilgi verir. Öte yandan, ribozom ile mRNA'nın dernek çeviri katılanların mRNA erişim sağlayan protein bolluğu içine daha iyi fikir verir. Aktif tercüme mRNAlar polisomlann adlandırılan yapılar çeşitli ribozom ile ilişkilidir. Tersine, kötü çevrilmiş mRNA'ların tek Ribozom (monosome) ile ilişkili olacaktır. Sonuç olarak, bir mRNA'nın translasyon durumu ribozom 7 ile ilişkisi izleyerek değerlendirilebilir.
Bu protokol altı gün eski Arabidopsis thaliana fide, RNA sonraki izolasyonu polizom izolasyonunu ve sonuçların analizini açıklar. polysomes ve monosomes bir sükroz yoğunluk gradyanı ile ayrılmıştır. Gradyanlar altı fraksiyon halinde toplanır. Polisomlar, monosomes ve ribozomlar ile ilişkili olmayan serbest 60S ve 40S ribozomal alt birimleri ve mRNA içeren hafif kısmını (bundan sonra adlandırılan yüzer madde): kesirler Bazı üç iyi ayrılmış kesirler elde etmek için bir araya getirilir. Küresel için etkinliği ve polisomlann profilleri karşılaştırarak eğri altında kalan alan entegrasyonu tarafından belirlenen bir polisom / monosome oranı üretilmesiyle tahmin edilebilir. mRNA ve proteinlerin daha sonra farklı fraksiyonlardan çıkarılır ve RT-PCR, qRT-PCR, Northern blot, mikrodizi, Western blot veya proteomik ile analiz için kullanılmıştır. Bu protokol, diğer bitkiler ve dokular için onaylanmıştır.
Bu protokol gerçekleştirmek için gerekli ekipman yaygın çoğu laboratuvarlarda bulunur: bir degrade üreticisi için gerek yoktur. Bir sonraki önlemek eklemeden önce her katmanı Donmatabakaların herhangi bir karışımını ya da rahatsızlık dan. Resim boru delicisi gradyanı içinde bir cam kılcal tüp daldırma ile elde edilebilmektedir gradyan toplanması için kullanılır. Bu nedenle, yüksek maliyetli ultrasantrifüj borular hasarsız kalır ve birçok kez yeniden kullanılabilmektedir. Topluca, bu mevcut protokol Polizom profil için kolay ve ucuz bir yöntemdir yapar.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Protocol
% 20 ila 50 (ağırlık / hacim) sukroz dereceleri hazırlanması 1.
Not: Gradyan 13,2 ml'lik bir ultra santrifüj tüpüne sükroz 4 kat (% 50,% 35 ve% 20 2 kat) imal edilmiştir. Bizim tecrübelerimize göre, iki ayrı katmanlar halinde% 20 sukroz dökme ölçüde Polizom hazırlıkları kalitesini artırır.
- stok çözümleri hazırlayın. tüm çözümler RNAse ve DNAse serbest olduğundan emin olun.
- 400 mM Tris-HCI pH 8.4, 200 mM KCI, 100 mM MgCl2: 10X tuz solüsyonu.
- 200 ml 1X tuz çözeltisi içinde sakrozun 137 g çözülür: 2 M sukroz çözeltisi hazırlayın.
- gradyanlar hazırlamak için, Tablo 1 'de tarif edildiği gibi, tuz çözeltisi içinde sukroz çözeltisi ile seyreltilir. Verilen miktarlar altı geçişlerini içindir.
| Nihai sakaroz konsantrasyonu | sukroz 2M (mi) | Tuz çözeltisi 1X (mi) | Nihai Vol. (mi) |
| % 50 | 8.8 | 3.2 | 12 |
| % 35 | 12.9 | 12.1 | 25 |
| % 20 | 7.4 | 17.6 | 25 |
| % 20 | 5.8 | 14.2 | 20 |
Tablo Sukroz Çözüm 1. dilüsyonlar altı geçişlerini hazırlamak.
- Tablo 2'deki gibi katmanları dökün.
| sukroz katmanıdır | % 50 | % 35 | % 20 | % 20 |
| Vol. (Mi) | 1.85 | 3.65 | 3.65 | 1.35 |
Katman başına sukroz çözeltisi Tablo 2. Cilt.
- Her katman döküldükten sonra, bir -40 ° C tüpler tutmak veya -80 ° C derin dondurucuda tam donma kadar bir sonraki sakaroz katmanı eklemeden önce. Donma, genellikle -40 ° C de 2 saat sonra elde edilir, ancak bir sonraki tabaka dökülmeden önce yaklaşık 6 saat bekleyen önerilir. Son 20% tabaka donduruldu ve deney gününde taze olarak ilave edilebilir.
Not: Bir sonraki bir eklemeden önce her bir katmanı Donma tabakaların herhangi karıştırma veya rahatsızlık önler. Gradyanlar bir -40 ° C'de saklanır ya edilebilir -80 ° C sıcaklıkta dondurucuya en az altı ay süreyle. - Zaten bitmiş değilse, deney günü degradeler son% 20 katman ekleyin. Sonra, degradeler soğuk bir odada ya da bir buzdolabı çözülme sağlar.
Sitosolik özleri 2. Hazırlık
Not: tavsiyesinebiyolojik numune başına iki gradyanları kullanılarak sona erer. 300 mg 6 günlük, Arabidopsis thaliana fide çalışırken iki gradyan hazırlanması için bitki malzemesi uygun bir miktardır. az translationally aktif dokularda çalışırken, bitki materyali miktarı 600 mg kadar artırılabilir.
- ½ Murashige ve Skoog yetiştirilen Hasat altı gün eski fideler 8 orta sıvı nitrojen içinde hızlı dondurulması ile% 1 sükroz veya eşdeğer medya ile desteklenmiş
- sıvı nitrojen ile önceden soğutulmuş havan ve tokmak taşlama bitki malzemesi.
- önceden soğutulmuş tartım tabağına toz malzemenin 300 mg tartılır. Numunenin çözülme önlemek için hızlı bir şekilde bu adımı gerçekleştirin.
Not: -80 ° C derin dondurucuda en fazla bir hafta dondurulmuş örnekleri tutun. - Dallanmış önceden soğutulmuş polisom tamponu 2.4 ml (Tuz Çözeltisi 4X, 5.26 mM EGTA,% 0.5 (h / h) oktilfenoksi poli (etilenoksi) etanol, 50 μg.ml -1 sikloheksimid, ekleme 50 μg.ml 1kloramfenikol) ve pipet ile karıştırılarak homojenize. iki adet 1,5 ml tüpler içine aktarın. ısınma örnekleri önlemek için hızlı bir şekilde çalışın.
- bir mikrosantrifüj 4 ° C'de 15 dakika boyunca 16,000 x g'de santrifüjleyin yıkıntıları pelet haline getirildi.
Not: Her zaman, RNA bozulmasını önlemek 4 ° C'de örnekleri tutmak için, RNaz / DNaz ücretsiz koşullarda RNaz / DNaz ücretsiz çözümler ve çalışmayı kullanma. Heparin RNA korumasını geliştirmek için, 300 μg.ml -1 nihai konsantrasyona kadar, polisom tampon eklenebilir. Ancak, aşağı analizi engelleyebilir heparin beri, bu lityum klorür yağış yerine etanol yağış (bkz not 4.7) gerçekleştirerek RNA yağış adımı sırasında kaldırılması gerekir.
3. Polizom Profil
- Dikkatle pelet bozmadan süpernatant pipetle. Bitki parçaları pipetle varsa, adımı 2.5 tekrarlayın. hafifçe pipettin tarafından degrade üstünde yüzer yükleyinsabit bir akışı tüpün yan duvar üzerine g. Her 1.5 ml tüp için bir degrade kullanın.
- (A SW41 rotor kullanıldığında, örneğin 32.000 rpm) bir ultrasantrifüjdeki, 4 ° C'de 2 saat 45 dakika süre ile 175,000 x g'de kepçe ve santrifüj soğutulmuş aktarın.
- Şekil 1'de açıklandığı gibi degrade toplama sistemi kurmak. UV küvet 1 mm yol uzunluğuna sahiptir.
Şekil 1. Gradient toplama sistemi. UV küvet degrade altına inen bir cam kılcal tüp polivinil klorür boru ile bağlanır. degrade bir peristaltik pompa sistemi sayesinde yoluyla ilerler. OD 260 sürekli okunur ve 2 ml'lik fraksiyonlar toplanır. Büyük halini görmek için tıklayınızbu figür.
- Oda sıcaklığına fraksiyon toplayıcısı ayarlayın ve 2 mi fraksiyon koleksiyonu sağlayacak bir hızda döner bandı ayarlayın. Önceden soğutulmuş toplama tüpleri kullanın.
- gradyan toplama sistemine polivinil klorür boru ile bağlı bir cam kılcal tüp kullanarak alttan üste doğru kesirler toplayın. polivinil klorür boru ve cam kılcal boru arasındaki bağlantıyı sabitlemek için plastik bir parafin filmi kullanın.
- degrade yukarıya doğru 260 nm'de absorbansı okumak. Tüm gradyanı elde edildiğinde, RNA ekstraksiyonu önce buz üzerinde toplama tüpleri.
4. RNA Ekstraksiyon
- aşağıdaki gibi, santrifüj tüpleri şapkalı 50 ml iki geçişlerini toplanan kesirler, havuz:
Polizom: fraksiyonlar 1-3 (12 mi)
Monosomes: fraksiyon 4 (4 mi)
Süpernatant: fraksiyonlar 5 ve 6 (8 mi) - Her fraksiyon için, 1 vol ekleyin. 8 M guanidin hidroklorür,50 ug akril taşıyıcısı ve 1.5 hac. izopropanol.
Not: Akrilik taşıyıcı alkol çökeltme sırasında, nükleik asitlerin geri kazanımını arttırmak için coprecipitant olarak kullanılan lineer akrilamid vardır. - tüpler ters çevirerek karıştırınız ve -20 ° C 'de O / N hızlandırabilir.
- bir ultrasantrifüjdeki 4 ° C'de 1 saat, (a SW32 rotor içinde 32.000 rpm) 175,000 x g'de santrifüjleyin. Çökeltme aşaması, ultra-santrifüj ile uyumlu olmayan bir tüp içinde gerçekleştirilir, uygun bir tüp aktarın.
- Süpernatant atılır ve 200 mL RNaz içermeyen TE tamponu (10 mM Tris-HCI, pH 7,5-1 mM EDTA) içinde pelet çözülür. yeni bir 1.5 ml'lik tübe transfer edin.
- 1 vol ekleyerek RNA ayıklayın. suyla doyurulmuş fenol (pH 6.6) ve 1 hacim. kloroform: izoamil alkol (24: 1). kuvvetlice karıştırın. 4 ° C'de 20 dakika boyunca 15,000 x g'de santrifüjleyin. yeni bir 1.5 ml'lik tübe sulu faz transfer.
Not: asit fenol (pH 4.5), DNA kontaminasyonu en aza indirmek için de kullanılabilir. - 1/10 vol ekleyerek RNA hızlandırabilir. 3 M sodyum asetat ve 3 hac. % 100 etanol eklenmiştir. -20 ° C'de 20 dakika veya O / N -80 ° C'de çökelmesine izin verin. 4 ° C'de 15 dakika boyunca 15,000 x g'de santrifüjleyin.
Not: polisom tamponu (bakınız Not 2.5) içinde heparin kullanılarak, uygun bir şekilde alt analizi 9 müdahale edebilecek heparin arındırıldı etanol çökeltme yerine lityum klorür (LiCİ) çökelmesini gerçekleştirin. Ekstraksiyon işleminden sonra, 4 ° C'de 20 ° C veya O / N 30 dakika çöktürülmüştür 2.5 M bir son konsantrasyona kadar LiCI ekleyin. 4 ° C'de 15 dakika boyunca 15,000 x g'de santrifüjleyin. - 500 ul% 75 etanol ile pelet yıkayın. Hava pelet kurutulur ve 30 ul TE tampon maddesi içinde çözülür. Bir RNazsız% 1.2 agaroz jeli (100V, 15 dakika) ya da kapiller elektroforez yöntemlerle elektroforez RNA kalitesini değerlendirmek.
5. Veri Analizi
- Bir grafik ve veri analizi yazılımı İhracat ham veriler.
NotŞekil 2A ve B de gösterildiği gibi, ham profil niteliksel bilgileri vermek: görülebileceği polisom tepe sayısı monosome tepe yüksekliği ve serbest ribozom alt birimlerine karşılık gelen bir omuz varlığı. - örnekler arasındaki profillerin karşılaştırılması izin profilleri Birleştirme. Her numune için monosome zirve X değerini belirlemek için ekran okuyucu aracını kullanın ve eğrilerin başında ekstra veri noktaları kaldırarak monosome doruklarına hizalayın. eğrinin en alçak noktası belirlemek ve Y değeri (ekran okuyucu aracını kullanarak) belirler. "Set sütunları değer" fonksiyonunu kullanarak 0'a en alçak noktası Y değerini ayarlayın.
- Ham bulunmaktadır (Şekil 3C) için eğri altındaki alanların integrasyonu ile belirlenmişlerdir polisomlann / monosomes oranını belirler. alanın sınır entegre edilecek tanımlamak için veri seçici aracını kullanın. Sonra entegre fonksiyonu (Analiz-Matematik) kullanın.
- normalleştirmekmonosome tepe zirvesine Y değerine göre bir eğrinin tüm veri noktalarını bölerek monosome zirve eğrileri (ekran okuyucu aracını kullanarak belirlenir). sütunu seçin, ardından Analiz-Matematik altında, Normale seçin ve "belirli bir değere bölünmesi" yöntemleri seçin. Bu adım, polizom göreli seviyesi (Şekil 3D) karşılaştırılmasına olanak sağlar.
Şekil 2. Örnek polisom profilleri., Arabidopsis thaliana, vahşi tip (wt, ekotip col-0) ve mutant fideleri uzun gün fotoperiyodların (16 saat ışık, 8 saat karanlık) altında yarım Murashige ve Skoog ortamı üzerine, altı gün süre ile büyütülmüştür. A: wt fideler ham Polizom profilleri. B: mutant fideler ham Polizom profilleri. C: eğri D altındaki alanın entegrasyonu ile polizom ve monosomes yüzdesinin belirlenmesi: Polizom profiles monosome zirveye normalize. Bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayınız.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Representative Results
Literatürde, polisom profilleri genellikle örneğin, yukarıdan aşağıya doğru, gradyanlar toplanır şeklinin bir sonucu olarak, ağır fraksiyonuna hafif fraksiyondan gösterilmiştir. Burada anlatılan protokolde geçişlerini alttan üste doğru toplanır, biz göstermek profilleri ağır fraksiyon (Polisomlar) ile başlar ve hafif fraksiyon (serbest ribozom alt birimlerinin ve RNA'lar) (Şekil 2A) gidin. Daha sonra, altı, 2 ml fraksiyonlar her gradyanı toplama ancak polisom içeriğine ilişkin daha ayrıntılı bir analizi yapılacak varsa küçük fraksiyonlar toplanabilir.
Birleştirme ve monosome tepe (Şekil 2B) eğrileri normalize farklı çizgiler ya da büyüme koşullarından profillerin karşılaştırılmasına olanak sağlar. Bu da, bağımsız başlatma düzeyi polizom nispi miktarı hakkında bilgi verir. Bir başka bir yolu daprofilleri nalyze, eğri altında kalan alan hesaplamak ve böylece, tek bir monosomes ya polizom (Şekil 2C) ile ya bağlantılı mRNA'nın görece miktarı belirleyebilir. Bu oran, bir bitki büyüme koşulları için geçerlidir. Bununla birlikte, bu yaklaşım, zayıf translasyon aktif dokulardaki durumunda ilgili olmayabilir.
Biz A. için bu yöntemi kullandık thaliana bütün fidanları, genç ve yaşlı rozet yanı N. gibi benthamiana (Şekil 3C), S. lycopersicum (Şekil 3E) ve O. sativa yaprağı (Şekil 3D). profil şekli büyüme koşulları, bitki yaş ve analiz dokularda bağlıdır. Burada A. kullanılan Altı gün eski fidan thaliana. Bu aşamada, translasyon etkinliği yüksektir ve profil iyi şekilli tepe (Şekil 2A ve B) gösterir. Bu da böyledirA. thaliana çiçekler (Şekil 3A) kullanılır. 4 haftalık A. kullanırken thaliana rozetler (Şekil 3B), numuneler çoğunlukla hücreler bölünmeye değil nerede tam gelişmiş yetişkin bırakır içerirler. Bu nedenle, polizom ve monosomes toplam miktarı düşüktür. profil az, ama yine de şekillendirilmiş Polizom doruklarına gösterir. monosome zirve yanında, omuz ücretsiz 60S ribozomal alt birimden büyük miktarını gösterir. bitki veya dokuların diğer tür, Polizom zirveleri zorlukla görülebilir. 30 gün yaşlı O. kullanırken bu durum sativa yaprağı (Şekil 3D). dönüştürülmesiyle ilgi mRNA miktarı, (hiç bir polisom pik profilinde görülebilmektedir) çok düşük olduğu zaman bile, monosome tepe varlığı parçalanması doğru yapılır ve mRNA'ların daha ileri analiz için fraksiyondan ekstre edilebilir olduğunu gösterir . ekstre RNA kalitesini kalitesini agaroz jel elektroforezi ile değerlendirilir (
Şekil farklı bitki materyali ve türlerden 3. Polizom profilleri. (A) Arabidopsis thaliana çiçekler (300mg), (B) Arabidopsis thaliana 4 haftalık rozet (600mg), (C) Nicotiana benthamiana (40 gün eski kısa gün yetiştirilen bitkiler genç yaprakları - 300mg), (D) Oryza sativa ( 30 gün eski bitkilerin yaprakları - 300mg), (E) Solanum likopersikum (35 gün eski kısa gün yetiştirilen bitkiler genç yaprakları - 300mg). monosome tepe oklar ile belirtilmiştir.iles / ftp_upload / 54231 / 54231fig3large.jpg "target =" _ blank "> bu rakamın daha büyük bir versiyonunu görmek için lütfen buraya tıklayınız.
. (- 15 dak 100V) Şekil RNA kalitesinin 4. Değerlendirme RNA belirtilen kısımların bir% 1.2 agaroz jel üzerine yüklendi ve elektroforezi ile ayrıldı (500 6 gün yaşlı, Arabidopsis thaliana fideleri tomurcuklarından ekstre ng). Sitosolik (25S ve 18S) rRNA ok başları ve kloroplast bir braket ile (23S ve 16S) rRNA ile gösterilir. Bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayınız.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Acknowledgments
Bu çalışma Fransız Ulusal Araştırma Ajansı (ANR-14-CE02-0010) tarafından desteklenmiştir. Biz yazının eleştirel okuma Dr Benjamin Field ve Dr. Elodie Lanet teşekkür ederim. Biz video düzenleme ile yaptığı yardım için Bay Michel Terese teşekkür ederim.
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Ultracentrifuge tube, thinwall, polyallomer - 13.2 ml | Beckman Coulter | 331372 | |
| Ultracentrifuge tube, thinwall, polyallomer - 38.5 ml | Beckman Coulter | 326823 | |
| Glass capillary tube | Drummond Scientific | 1-000-1000 | |
| Ultracentrifuge | Beckman Coulter | Optima series | |
| Ultracentrifuge Rotor SW41 | Beckman Coulter | 331362 | |
| Ultracentrifuge Rotor SW32 | Beckman Coulter | 369650 | |
| Peristaltic pump | Any | ||
| Tygon R3607 polyvinyl chloride tubing | Fisher Scientific | 070534-22 | Polyvinyl chloride tubing, 2.29 mm |
| Fraction collector Model 2110 | Bio-Rad | 731-8120 | |
| UV cuvette | Hellma | 170.700-QS | Quartz flow-through cuvette |
| UV Spectrophotometer | Varian | Cary50 | Read every 0.0125 sec |
| All chemicals | Any | Use only Molecular Biology Grade | |
| Murashige and Skoog Basal Salt Mixture (MS) | Sigma-Aldrich | M5524 | |
| Rnase-Free water | Any | ||
| Petri Dishes | Fisher Scientific | 10083251 | |
| Octylphenoxy poly(ethyleneoxy)ethanol, branched (Nonidet P40) | Euromedex | UN3500 | |
| Linear acrylamide (acryl carrier) | ThermoFischer scientific | AM9520 | RNA precipitation carrier |
| OriginPro 8 | OriginLab | Analysis software |
References
- Nelson, C. J., Millar, A. H. Protein turnover in plant biology. Nat Plants. 1 (3), 15017 (2015).
- Warner, J. R. The economics of ribosome biosynthesis in yeast. Trends Biochem Sci. 24 (11), 437-440 (1999).
- Amthor, J. S. The McCree-de Wit-Penning de Vries-Thornley Respiration Paradigms: 30 Years Later. Ann Bot. 86 (1), 1-20 (2000).
- Preiss, T., W Hentze, M. Starting the protein synthesis machine: eukaryotic translation initiation. BioEssays news and reviews in molecular, cellular and developmental biology. 25 (12), 1201-1211 (2003).
- Vogel, C., Marcotte, E. M. Insights into the regulation of protein abundance from proteomic and transcriptomic analyses. Nat Rev Genet. 13 (4), 227-232 (2013).
- Baerenfaller, K., et al. Genome-scale proteomics reveals Arabidopsis thaliana gene models and proteome dynamics. Science. 320 (5878), 938-941 (2008).
- Zanetti, E., Chang, I., Gong, F., Galbraith, D. W., Bailey-Serres, J. Immunopurification of Polyribosomal Complexes of Arabidopsis for Global Analysis of Gene Expression. Plant physiol. 138 (2), 624-635 (2005).
- Murashige, T., Skoog, F. A revised medium for rapid growth and bioassays with tobacco tissue cultures. Physiol plant. 15 (3), 473-497 (1962).
- del Prete, M. J., Vernal, R., Dolznig, H., Müllner, E. W., Garcia-Sanz, J. A. Isolation of polysome-bound mRNA from solid tissues amenable for RT-PCR and profiling experiments. RNA. 13 (3), 414-421 (2007).
- Arabidopsis protocols. Salinas, J., Sanchez-Serrano, J. J. , Methods in molecular biology; 323. Clifton, N.J. (2006).
- Piques, M., et al. Ribosome and transcript copy numbers, polysome occupancy and enzyme dynamics in Arabidopsis. Mol syst biol. 5 (314), 314 (2009).
- Morita, M., Alain, T., Topisirovic, I., Sonenberg, N. Polysome Profiling Analysis. bio-protocol. 3 (14), 3-8 (2013).
- Yángüez, E., Castro-Sanz, A. B., Fernández-Bautista, N., Oliveros, J. C., Castellano, M. M. Analysis of genome-wide changes in the translatome of Arabidopsis seedlings subjected to heat stress. PloS One. 8 (8), (2013).
- Sormani, R., et al. Sublethal cadmium intoxication in Arabidopsis thaliana impacts translation at multiple levels. Cell Physiol. 52 (2), 436-447 (2011).
- Lanet, E., et al. Biochemical evidence for translational repression by Arabidopsis microRNAs. Plant cell. 21 (6), 1762-1768 (2009).
- Jabnoune, M., Secco, D., Lecampion, C., Robaglia, C., Shu, Q., Poirier, Y. A Rice cis-Natural Antisense RNA Acts as a Translational Enhancer for Its Cognate mRNA and Contributes to Phosphate Homeostasis and Plant Fitness. Plant cell. 25 (10), 4166-4182 (2013).
- Ingolia, N. T. Genome-wide translational profiling by ribosome footprinting. Methods Enzymol. 470 (10), Elsevier Inc. (2010).
- Juntawong, P., Girke, T., Bazin, J., Bailey-Serres, J. Translational dynamics revealed by genome-wide profiling of ribosome footprints in Arabidopsis. PNAS. 111 (1), 203-212 (2013).
- Ingolia, N. T. Ribosome profiling: new views of translation, from single codons to genome scale. Nat Rev Genet. 15 (3), 205-213 (2014).
