Mientras que el tejido adiposo blanco (WAT) es especializado para el almacenamiento de energía, el tejido adiposo marrón (BAT) se disipa energía en forma de calor debido a su capacidad de convertir energía térmica via mitocondrial desacoplar1hidratos de carbono y lípidos. Debido a esta función especializada, el depósito BAT es necesario para el mantenimiento de la temperatura corporal en condiciones fisiológicas y en respuesta a la exposición fría. Mientras que los cambios de expresión génica durante la diferenciación de BAT y sobre estrés termogénico han sido extensivamente estudiadas in vivo e in vitro, los mecanismos moleculares subyacentes a estos cambios han sido en su mayoría disecados en líneas celulares inmortalizadas y primaria pre-adipocitos, con la excepción de varios estudios in vivo2,3,4,5.
Reglamento de programas de expresión de genes específicos a través de la regulación transcripcional se logra por cambios coordinados en la cromatina estructura mediante transcripción de diversos factores y factores conjuntamente acciones. Inmunoprecipitación de cromatina (ChIP) es un enfoque valioso biología molecular para investigar la contratación de estos factores al ADN y para perfilar los cambios asociados en el paisaje de la cromatina. Factores clave para el éxito de los experimentos de ChIP incluyen optimizaciones de reticulación condiciones y consistencia corte de cromatina a lo largo de las diferentes muestras, la disponibilidad del material de partida adecuado y, en particular, la calidad de los anticuerpos. Cuando se realiza el ChIP de tejidos todo, también es importante considerar la heterogeneidad de las muestras y optimizar el protocolo para mejorar la eficiencia del aislamiento de los núcleos, el último siendo un paso particularmente sensible cuando se trabaja con el tejido adiposo debido a el contenido de lípidos elevados. De hecho, técnicas de aislamiento molecular de depósitos conjunto adiposos son complicadas por la presencia de niveles altos de triglicéridos, y protocolos deben ser optimizados para aumentar la cantidad de aislamiento de la cromatina. Finalmente, cuando se realiza la secuenciación de alto rendimiento después de ChIP de ADN, la profundidad de la secuencia es fundamental para determinar el número de picos que se detectan con confianza.
Aquí, nos referimos a las normas de trabajo y lineamientos generales para los experimentos de ChIP-seq recomendados por el consorcio ENCODE y modENCODE6 para las mejores prácticas, y nos centramos en una descripción paso a paso de un protocolo optimizado para el ChIP-seq de palo. El protocolo descrito permite eficiente aislamiento de cromatina del tejido adiposo para realizar la secuenciación del genoma para factores de unión al ADN con picos bien definidos así como marcas de histonas con las señales más difusas.