Las enfermedades cardiovasculares son las que más se operando a todas las demás causas de muerte y son responsables de un asombroso 31% de las muertes en todo el mundo. Esta enfermedad se manifiesta en lesiones cardíacas, principalmente en forma de un infarto agudo de miocardio. Con poca resiliencia después de una lesión, el tejido cardíaco una vez sano será reemplazado por tejido cicatricial fibroso, no contráctelo y a menudo será un preludio de la insuficiencia cardíaca. Para identificar nuevas opciones de tratamiento en medicina regenerativa, la investigación se ha centrado en vertebrados con capacidades regenerativas innatas. Uno de estos organismos modelo es el ratón neonatal, que responde a una lesión cardíaca con una sólida regeneración miocárdica. Con el fin de inducir una lesión en el ratón neonatal que es clínicamente relevante, hemos desarrollado una cirugía para ocluir la arteria descendente anterior izquierda (LAD), reflejando un infarto de miocardio desencadenado por la aterosclerosis en el corazón humano. Cuando se combina con la tecnología para realizar un seguimiento de los cambios tanto dentro de las poblaciones de cardiomiocitos como de no miocitos, este modelo nos proporciona una plataforma para identificar los mecanismos que guían la regeneración del corazón. Obtener información sobre los cambios en las poblaciones de células cardíacas después de la lesión una vez se basó en gran medida en métodos como la sección de tejidos y el examen histológico, que se limitan al análisis bidimensional y a menudo dañan el tejido en el proceso. Además, estos métodos carecen de la capacidad de rastrear los cambios en los linajes celulares, sino que proporcionan simplemente una instantánea de la respuesta a la lesión. Aquí, describimos cómo los métodos tecnológicamente avanzados en los modelos de trazado de linaje, la limpieza de órganos enteros y la microscopía tridimensional (3D) de montaje completo se pueden utilizar para dilucidar los mecanismos de reparación cardíaca. Con nuestro protocolo para la cirugía de infarto de miocardio de ratón neonatal, la limpieza de tejidos y la toma de imágenes de órganos enteros en 3D, las complejas vías que inducen la proliferación de cardiomiocitos pueden desentrañarse, revelando nuevas dianas terapéuticas para la regeneración cardíaca.