Drosophila-Hoden sind ein leistungsfähiges Modellsystem zur Untersuchung biologischer Prozesse, einschließlich Stammzellbiologie, Kernarchitektur, Meiose und Spermienentwicklung. Die Immunmarkierung des gesamten Drosophila-Hodens ist jedoch oft mit einer signifikanten Ungleichmäßigkeit der Färbung aufgrund der Antikörperpenetration verbunden. Gequetschte Präparate überwinden das Problem nur teilweise, da sie die 3D-Qualität der Analysen verringern. Hierin beschreiben wir ein Whole-Mount-Protokoll mit NP40 und Heptan während der Fixierung zusammen mit der Immunmarkierung in flüssigen Medien. Es bewahrt das für die konfokale Mikroskopie geeignete Volumen zusammen mit einer reproduzierbaren und zuverlässigen Markierung. Wir zeigen verschiedene Beispiele für die 3D-Rekonstitution von Spermatozytenkernen aus konfokalen Abschnitten. Die Reproduzierbarkeit von Intra- und Inter-Hoden ermöglicht die 3D-Quantifizierung und den Vergleich der Fluoreszenz zwischen einzelnen Zellen verschiedener Genotypen. Wir verwendeten verschiedene Komponenten der intranukleären MINT-Struktur (Mad1-containing Intra Nuclear Territory) sowie zwei Komponenten, die mit dem Kernporenkomplex verbunden sind, um dieses Protokoll und seine Anwendungen auf den größten Zellen des Hodens, den S4-S5-Spermatozyten, zu veranschaulichen.