İnsanlar binlerce yıldır biyolojik organizmaları sınıflandırmış ve organize etmişlerdir. Başlangıçta, öncelikle hayatta kalmak için gerekli nesneleri sipariş etmek. İnsanlık tarihi ilerledikçe, bu sınıflandırmalardaki beceri ve detay da arttı. M.Ö. dördüncü yüzyılda Aristoteles, bitkileri ve hayvanları farklı gruplara ayıran ve daha sonra bunları fiziksel özelliklerine ve işgal ettikleri habitatlar gibi özelliklerine göre daha da bölen resmi sınıflandırmalara öncülük etti. Daha sonra, 1700'lerin ortalarında Linnaeus, Aristoteles'in sistemi üzerine inşa etti. En yüksek gruplandırma seviyesini krallıklar olarak adlandırdı ve oradan, bir dalı bölen tanımlayıcı bir fiziksel özellik olan sinapomorfileri kullanarak grupları böldü. Örneğin, bir hayvan bir omurgaya veya benzer bir yapıya sahipse, filum chordata'ya yerleştirilmelidir. Aksi takdirde, böcekler de dahil olmak üzere büyük bir grup olan arthropoda da dahil olmak üzere, omurgasız hayvanların ayrılabileceği birçok başka filum vardır. Linneaus, organizma gruplarını, genel olarak tür olan nihai atamaya ulaşana kadar, sonraki seviyelerde sınıf, takım, aile ve cins boyunca sinapomorfilerine göre ayırmaya devam etti. Linnaeus'un sınıfl
Evrimsel Bir Hipotez Oluşturma
ul class="lab-items">
NOT: Bir kladogram, evrimsel bir hipotez oluşturmak için önemli bir araçtır. Kladogram, türler arasındaki varsayımsal soy ilişkilerini göstermek için kullanılan ağaç şeklindeki bir çizelgedir. Grafiğin uçları veya yaprakları belirli türleri temsil eder ve ağacın dalları farklı uzunluklardır. Farklı uzunluklar, türlerin her biri arasındaki değişim derecesini temsil eder. Belirli bir çizginin dallandığı tüm türlerin ortak atası, dalların kesiştiği bir düğümde bulunur. Bir düğümü paylaşan türlere kardeş grup denir.
Başlamak için, sağlanan boş kladograma bakın ve atanan hayvanların ağaçta nereye yerleştirilmesi gerektiği hakkında bir hipotez oluşturun. Boş bir kladogram sağlanmamışsa, lütfen buradan bir tane indirin.
Ardından, fosilleşmiş hayvanın görüntüsünü gözlemleyin.
Fosilin morfolojisini veya fiziksel özelliklerini kullanarak, kladogramınızın neresine yerleştirilmesi gerektiğine dair bir hipotez oluşturun. Fosil için önerdiğiniz konumu belirtmek için yeni bir çizgi veya işaret ekleyin.
BLAST Kullanarak Gen Dizilerinin Karşılaştırılması
ul class="lab-items">
NOT: Tarihsel olarak, kladogramlar morfolojinin karşılaştırılması yoluyla oluşturulmuştur. Şimdi, genetik diziler, kladogramlar oluşturmak için ilgilenilen türler arasında da karşılaştırılabilir. DNA dizileri genellikle fosillerde korunmaz, bu nedenle bu laboratuvar için fosille yakından ilişkili canlı türlerinin DNA dizilerini diğer binlerce canlı türüyle karşılaştırmak için BLAST veritabanını kullanacaksınız.
Bu laboratuvara başlamadan önce, eğitmeniniz korunmuş üç gen dizisini masaüstünüzdeki bir klasöre indirmiş olacak.
Eğitmenin tarayıcınızda açık bırakması gereken BLAST ana sayfasına gidin ve sayfanın üst kısmındaki menüden Kayıtlı Stratejiler'e tıklayın.
Ardından, Standart Nucleotide BLAST arama sayfasına gitmek için Görüntüle'ye tıklayın. Ekranın sağ üst köşesindeki Sorgu Dizisi kutusunda DNA dizisini görebilmeniz gerekir.
Ekranın en altına kaydırın ve BLAST düğmesine tıklayın. Not: Verilerin işlenmesi ve analiz edilmesi birkaç dakika sürecektir.
Veriler işlendiğinde, bir grafik özeti görünecektir. NOT: Sorgu sıranız, kutunun üst kısmındaki mavi çizgiyle temsil edilir. Mavi çizginin altındaki satırların her biri, BLAST veritabanında sorgunuzla eşleşen başka bir diziyi temsil eder. Bu çubukların uzunluğu ve konumu, dizinin nerede ve ne kadarının sorguyla eşleştiğini temsil eder. Çubuğun rengi, puanını veya dizinin sorguyla ne kadar aynı olduğunu temsil eder. Grafik özetinin altında, veritabanından alınan ve sorgu cümlesine en yakın şekilde hizalanan DNA dizilerinin açıklamalarını içeren Önemli hizalamalar üreten diziler listesi bulunur. Bunlar, en üstte en benzer olandan en altta en az benzer olana doğru azalan sırada listelenir. Sağ tarafta, her bir veritabanı dizisinin deneysel diziyle ne kadar yakından ilişkili olduğuna dair birkaç istatistik vardır. Maksimum, Toplam, Sorgu Kapsamı ve Kimlik puanları ne kadar yüksekse, sorgu ve alınan diziler birbirine o kadar benzerdir. Benzer şekilde, E değeri sayısı ne kadar düşükse, dizi eşleşmesinin rastgele şans eseri bulunma olasılığı o kadar düşüktür ve daha da önemlisi hizalama doğrudur. 0 E değeri, son derece önemli bir eşleşmeyi gösterir.
Listelenen en benzer hizalamanın açıklamasının adına tıklayın. Bu sizi, alınan dizi ile sorgu dizisi arasındaki tam DNA dizisi hizalamasına sayfanın daha aşağısına götürecektir.
Sıra Kimlik numarasına tıklayın. Bu, alınan gen dizisi hakkında daha spesifik bilgiler içeren yeni bir sekme açacaktır.
Kaynak'ın yanında listelenmesi gereken organizmanın bilimsel ve ortak isimlerini tanımlayın ve kaydedin.
Genin kodladığı, Tanım'ın yanında listelenmesi gereken proteini tanımlayın ve kaydedin.
Sekmeyi kapatın ve Önemli hizalamalar üreten diziler listesine dönmek için Geri tuşuna basın.
Ardından, sonraki en benzer diziler için 7 – 9 arasındaki adımları tekrarlayın.
Birkaç tür adı topladıktan sonra, Önemli hizalamalar üreten diziler listesine dönün ve listelenen her hizalama dizisinin adlarının yanındaki tüm kutuları işaretlemek için Seç: Tümü'ne tıklayın.
Tüm BLAST sonuç gen dizilerinin sorgu gen dizisine benzerliğine dayalı bir filogram oluşturmak için Ağaç sonuçlarının mesafesine tıklayın. Not: Sorgunuz fosil göreli dizisi sarı renkle vurgulanır.
Dizinizin konumunu, ağaçta gösterilen diğer takson gruplarına göre kaydedin.
Son olarak, Kayıtlı Stratejiler sekmesine dönün ve bir sonraki kaydedilen gen dizisini yükleyin.
Daha önce gösterildiği gibi kalan iki fosil göreceli DNA dizisini sorgulayın (adım 1 – 16).
Veri Analizi
ul class="lab-items">
Gen dizisi sonuçlarınıza dayanarak, fosil örneğinizin orijinal kladogramda nereye uyduğuna dair ikinci bir hipotez bulun.
Bu yerleşimi ilk hipotezinizle karşılaştırın.
Ağacınızı sınıf arkadaşlarınızla karşılaştırın. Sınıf arkadaşlarınızdan herhangi biri fosili farklı bir dala koyduysa, onlara bu karara nasıl vardıklarını sorun.