Biz çevre mRNA cDNA üreten için bir yöntem sunuyoruz. Genel olarak, toplam RNA ilk çevreden toplanan, rRNA seçici kaldırılır mRNA seçici yükseltilir ve zenginleştirilmiş mRNA havuzu sentezlenen cDNA dizisi. Kurtarılan dizileri ifade genleri tanımlamak için standart biyoinformatik teknikleri kullanarak açıklamalı olabilir.
Bu içeriği görüntülemek için JoVE aboneliğiniz gereklidir. Giriş yapın veya ücretsiz denemenizi bugün başlatın.
Yöntem makalesi
Çevre transkriptomik kullanarak Deniz Mikrobiyal Toplulukları Gen İfade Analizi
Bu makalede
Özet
Özet
Metagenomics benzer, çevre transkriptomik (metatranscriptomics) alır ve topluluk ifade ne olabilir genler hakkında önceden bilgi sahibi olmadan bir mikrobiyal birleşmesi dizileri çevre mRNA'ların. Böylece toplum gen ekspresyonu en tarafsız bir bakış açısı sağlar
Protokol
RNA ile Çalışmak
RNases her yerde ve mRNA'ların takip edilmeli ve örnekleri işleme ya da kısa sürede mümkün aşağıdaki topluluğu olarak korunması gereken bir Ribonükleaz ortamda çalışmak için, standart önlemlerin hızla düşmeye Çünkü.
Bölüm 1: Çevre RNA Collection (0.2-3.0 mikron boyut fraksiyonunda biyokütle toplamak için tasarlanmış)
Malzemeleri gerekli:
Masterflex boru
Peristaltik Pompa
3 mikron yüksek hacimli pilili kapsül filtre
0.22 mikron Supor veya polikarbonat 142 mm filtre
142 mm filtre kule (Geotech Çevre Ekipmanları) <....
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Tartışma
Gen ekspresyonu doğal mikrobiyal topluluklar tarafından soruşturma mikroorganizmaların ekolojik rolleri ve fonksiyonları keşfetmek için bir araç olarak son yıllarda yaygın hale gelmiştir. Deniz mikroorganizmaların tespiti, ölçme ve karakterizasyonu ile birlikte kullanıldığında, gen ekspresyon analizi, doğal mikrobiyal topluluklar fonksiyonu filogeni bağlantı kullanılabilir. Fonksiyonel gen ekspresyonu hedefleyen için pek çok teknikler dizisi bilinen genler için tasarlanmış spesifik problar veya primer setleri güveniyor........
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Teşekkürler
Finansman Gordon ve Betty Moore Vakfı hibe ve Ulusal Bilim Vakfı Hibe MCB-0702125 tarafından sağlanmıştır.
....Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Malzemeler
| Ad | Şirket | Katalog numarası | Yorumlar | |
|---|---|---|---|---|
| PowerSoil Bead Tüpleri | kit | MoBio | 12866-25-PBT | |
| RNeasy Mini Kit | kit | Qiagen | 74104 | |
| TURBO DNA-free | kit | Ambion | AM1907 | |
| mRNA-ONLY Prokaryotik mRNA İzolasyon Kiti | kit | Epicentre Biotechnologies | MOP51010/MOP51024 | |
| MICROBExpress Bakteriyel mRNA Zenginleştirme Kiti | kit | Ambion | AM1905 | |
| MICROBEnrich kiti | kit | Ambion | AM1901 | |
| MessageAmp II-Bakteri RNA Amplifikasyon Kiti | kit | Ambion | AM1790 | |
| Universal RiboClone cDNA Sentez Sistemi | kit | Promega Corp. | C4360 | |
| Wizard DNA Temizleme Sistemi | kit | Promega Corp. | A7280 |
Kaynaklar
- Liang, P., Pardee, A. B. Science. 257 (5072), 967-967 (1992).
- Belasco, J. G. Control of messenger RNA stability. Belasco, J. G., Brawerman, G. , Academic Press. San Diego. 3-11 (1993).
- Poretsky, R. S., Bano, N., Buchan, A. 71 (7), 4121-4121 (2005).
- Gelder, R. N. V., von Zastrow, M. E., Yool, A. Natl. Acad. Sci. USA. 87 (5), 1663-1663 (1990).
- Margulies, M., Egholm, M., Altman, W. E. Nature. 437 (7057), 376-376 (2005).
- Frias-Lopez, J., Shi, Y., Tyson, G. W. Natl. Acad. Sci. USA. 105 (10), 3805-3805 (2008).
- Poretsk....
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Yeniden basım ve izinler
