Bu video belgeleri küçük hacimli (~ 1 L) su sütunu mikrobiyal biyokütle filtrasyon.
Bu içeriği görüntülemek için JoVE aboneliğiniz gereklidir. Giriş yapın veya ücretsiz denemenizi bugün başlatın.
Yöntem makalesi
Kıyı Deniz suyu Örnekleri Küçük Hacim (1-3L) Filtrasyon
Bu makalede
Özet
Özet
İş akışı downstream mikrobiyal topluluk için kıyı deniz sularında, besin ve iz gaz analizleri toplanması ile başlar. Bugün s gösteri örnekleri için Saanich'dan Giriş HMS John Strickland işletim güverte toplanmıştır. Bu video belgeleri küçük hacimli (~ 1 L) su sütunu mikrobiyal biyokütle filtrasyon. Biyokütle tüm boyut sınıfları 0.22 mikron filtre cut-off toplanır, bu nedenle burada, herhangi bir ön filtrasyon adım vardır: protokolü, büyük hacimli örnekleme protokolü önemli bir fark, daha önce açıklanan bir uzantısı. Örnekler bu şekilde toplanan nükleik asit analizi için idealdir. Set-up, filtrasyon, ve temiz adımlarla, her biri 20-30 dakika sürer. 8 örnekleri aynı zamanda filtre olabilir, aynı anda iki peristaltik pompa kullanıyorsanız. Örnekleme gezileri arasında biyofilm oluşumunu önlemek için tüm filtrasyon ekipmanları seyreltik HCl ve deiyonize su ile durulanır ve kullanımdan hemen sonra otoklava olmalıdır.
Protokol
- Filtrasyon aparatı ayarlayın
- Filtreleme önce, herhangi bir yoğunlaşma ilk tam şişelerden uzak silin ve onları tartmak
- Pompanın bir tarafta diğer tarafta bir otoklav bin, ve atık şişesi koyun.
- Sonra tam bir örnek otoklav bin şişe yerleştirin; ancak, henüz şişe kapağını çıkarmayın.
- Boru luer ucundaki balon olduğunu peristaltik pompa ile boru iletin.
- 25 ml steril bir pipetle cımbız kullanarak, pamuk kaldırmak ve pipet Hortumun diğer ucunu takın.
- Deniz suyu filtre
- Deniz suyu filtreleme başlamak için, şişe ve pipet ekleyin. Pompa açın ve 1 akış hızını ayarlamak. Bu doğru yönde su pompalanan sağlamak için izleyin.
- ~ 100 ml su tüm boru geçmesine izin verin.
- Pompa kapatın ve boru ücretsiz sonunda erkek luer uydurma bir Sterivex filtre takmak.
- Hiç su şişeleri kalana kadar filtreleme devam edin.
- Filtrelerin Depolama
- Filtrelerin saklamak için, ilk defa 30-60 ml şırınga ile kalan suyu dışarı atmak.
- Parafilm Sterivex filtrenin alt Seal. Bir pipet kullanarak, daha sonra ek reaktifler filtre alanı yaklaşık 200 ül tutarak, filtre 1.8ml lizis tamponu ekleyin.
- Sonra, küçük bir parça ile Parafilm Sterivex filtre üst mühür ve tarih ve örnek tanımlama filtreleri etiket.
- Etiketli öncesi 50 ml şahin tüpler filtreler Mağaza -80 ° C
- Temizlemek
- % 0.1 HCl içeren bir balona 25 ml pipet yerleştirin ve pompa açın.
- HCl yıkama sonra tüp, otoklavlanmış su ile durulayın.
Son olarak, ölçmek ve filtre geçen su hacmini hesaplamak için artık boş 1L şişeleri kitle kayıt.
Temsilcisi Sonuçlar: Her 1 L su numunesi 0.22 mm daha fazla biyokütle içeren bir Sterivix filtresi, elde edilebilir . Bu lizis tamponu sonraki DNA ekstraksiyonu ve analiz için saklanır. Nihai sonuç, bir Sterivix lizis tamponu saklanan 1 litrelik şişe başına filtre ve DNA ekstraksiyonu için hazır oluşur. Filtre 0.22 mm daha fazla biyokütle içerir. Filtreler, -80 ° C Edna çıkarma önce saklanabilir.
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Tartışma
Tezgahları ve pompalar, aksi takdirde ekipman paslanmasına neden olur tuzlu su herhangi bir kalıcı izlerini kaldırmak için kullanımdan sonra nemli bir havlu ile temizlemek için şarttır. Işlem basit olmasına rağmen, zaman gereksinimi süzülen örnek biyokütle ya da enkaz konsantrasyonuna bağlı olarak geniş olabilir.
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Açıklamalar
Yazarların beyan edecek herhangi bir çıkar çatışması yoktur.
Teşekkürler
Yenilik, British Columbia Bilgi Kalkınma Fonu ve Ulusal Bilimler ve Mühendislik Araştırma Konseyi (NSERC) Kanada Kanada Vakfı Biz, kıyı ve açık okyanus sularında düşük oksijen bölgelerde devam eden çalışmalar destek için teşekkür etmek istiyorum. DAW NSERC, Killam ve TULA vakıf Mikrobiyal Çeşitlilik ve Evrim finanse Merkezi burs tarafından desteklenmiştir.
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Malzemeler
| Ad | Şirket | Katalog numarası | Yorumlar |
|---|---|---|---|
| Peristaltik pompa | Masterflex (Cole Palmer) | 77913-20, 77200-62, 77200-04 | |
| Tygon LFL hortum | Masterflex (Cole Palmer) | 06429-24 | Filtrasyon düzeneği için |
| Hortum kelepçeleri | Cole-Parmer | 0683204 | Filtrasyon düzeneği için |
| 1/4” x 3/16” boru adaptörleri | Cole-Parmer | 31702-20 | Filtrasyon düzeneği için |
| Polipropilen ön filtre gövdesi | ADVANTEC | 501200 | Filtrasyon düzeneği için |
| Metal luer bağlantı parçası (Hortum ucundan Erkek luer kilidine) | Cole-Parmer | 31507-27 | Filtrasyon düzeneği için |
| 2“ Mıknatıslar | Filtrasyon düzeneği için | ||
| 3 girişli karboy kapakları | Filtrasyon düzeneği için | ||
| GV 0.22 μm STERIVIX filtreler | EMD Millipore | SVGV01R5 | |
| 47 mm çapında 2.7 μm GF/D filtreler | Whatman, GE Healthcare | 1823047 | |
| Lizis tamponu | 0.75 M sükroz, 40 mM EDTA, 50 mM Tris (pH 8.3) | ||
| 0.1 % HCl | Filtrasyon sonrası durulama için | ||
| Otoklavlanmış su | Filtrasyon sonrası durulama için |
Yeniden basım ve izinler
