Biz, gelişimsel olarak düzenlenir genleri potansiyel artırıcı unsurları bulma ve mozaik zebrafish transgenesis fonksiyonu değerlendirmede bizim yaklaşımımız göstermektedir.
Abstract
, Pek çok diğer türler ile birlikte insan genom dizisinin tamamlanması, belirli bir işlevi olmayan kodlama dizileri vermenin zorluk ön plana çıkarmıştır. Bir genomun olmayan kodlama fraksiyonu tarafından yürütülen önemli bir fonksiyonu gen transkripsiyonu düzenleyen, ancak genel olarak birincil DNA dizisi cis-düzenleyici unsurları tahmin etmek için etkili yöntemler vardır. Biz zebrafish transgenesis aracılığıyla potansiyel cis-düzenleyici unsurlar işlevsel değerlendirmek için verimli bir protokol geliştirmiştir. Bizim yaklaşımımız, mekansal ve zamansal gen regülasyonu hakkında bilgi sağlar, gelişimsel olarak önemli genler hücre kültür teknikleri üzerinde önemli avantajlar sunuyor. Tersine, transgenik farelerin benzer deneyler daha hızlı ve daha az pahalı ve rutin insan genomu izole dizileri uygulayabilirsiniz. Burada sıra koruma ve klonlama dizileri için bizim protokol tabanlı ve zebrafish embriyolar içine microinjecting test etmek için eleman seçerken bizim yaklaşım göstermektedir.
Protocol
1. Seçme ve test etmek için korunmuş dizilerinin klonlanması Bir ilk fonksiyonel testleri için potansiyel düzenleyici dizileri tanımlamak gerekir. Biz dizileri seçmek için bir kriter olarak evrimsel bir sıralama koruma güveniyor ve en sık UCSC Genom tarayıcı (http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway) bir parça olarak erişilebilir algoritma PhastCons kullanabilirsiniz. Ancak, türler arasında sırası koruma değerlendirmek için pek çok diğer algoritmaları vardır. Bir kere biz b…
Discussion
Biz potansiyel arttırıcılar zebrafish transgenesis kullanarak etkin bir şekilde analiz için laboratuarda kullanılan yaklaşım göstermiştir. Çoğu zaman, biz insan genleri ile ilişkili doku-spesifik arttırıcılar bakmak için bu yaklaşımı kullanmak. Bariz dizi homoloji olmamasına rağmen çoğu zaman insan ve balık olmayan kodlama dizileri, bu yaklaşım bize ilgi genler için arttırıcılar belirlenmesinde genellikle başarılı olduğunu bulmak. Arasındaki Başarı için kritik faktörler, plazmid D…
Acknowledgements
Mükemmel balık yetiştiriciliği için Bayan Paula Roy ve Steve Ekker pDB600 plazmid tür hediye için teşekkür ederim. Bu çalışmalar NHGRI SF bir hibe ile finanse edilmiştir.