Odaklanmış Işık Aydınlatması Kullanılarak İpliksi Siyanobakterilerin Fototaksi Testi

Bu makalede

Özet

Kaynak: Weber, N. ve diğerleri, İpliksi Siyanobakteri Phormidium lacuna'nın Doğal Dönüşümü, Protein Ekspresyonu ve Kriyopkonservasyonu. J. Vis. Uzm. (2022)

Bu video, filamentli siyanobakterilerde fototaksiyi incelemek için odaklanmış bir LED tabanlı testi göstermektedir. Bakteriler ışık kaynağına doğru göç ederek, aydınlatılan merkezde, yakalanan görüntünün piksel yoğunluğu analizi yoluyla görselleştirilen ve ölçülen yoğun bir birikim oluşturur.

Protokol

Fototaksiler için tahlil
1. Fototaksi deneyleri için, seçilen 5 mm LED'lerin 20^mm2'lik bir alanı aşağıdan yukarıya ışınlamak üzere monte edildiği ışık yayan diyot (LED) tutucular (burada bir 3D yazıcı ile) hazırlayın (Şekil 1). Gerekirse, her bir LED'i bir direnç ve potansiyometre aracılığıyla elektriksel olarak ayarlanabilir bir güç kaynağına bağlayarak birçok LED tutucuyu paralel olarak kullanın. Deneye bağlı olarak LED yoğunluklarını ölçün ve ayarlayın. Tüm ortamın karanlık bir odada veya kapalı, karanlık bir kapta olduğundan emin olun.
2. Phormidium lacuna içeren ortamdan 8 mL'yi 6 cm'lik bir Petri kabına yerleştirin. LED'in ışık yoğunluğunu ayarlayın. Petri kabını kapakla kapatın ve LED Petri kabının ortasında olacak şekilde bir LED tutucunun üzerine yerleştirin.
3. İstenilen süreden sonra (tipik olarak 2 gün), doğrudan ışık tedavisinin konumuna yönelik bir akıllı telefon kamerasıyla Petri kabının bir görüntüsünü yakalayın. Numunenin ışınlanması için beyaz bir LED panel kullanın. Kameranın manuel ayarlarını kullanın; ışık yansımalarından kaçının; Her zaman kamera merceği ile numune arasında aynı mesafeyi elde edecek şekilde ayarlayın. Pozlama ayarlarının ImageJ kullanılarak daha sonraki analizler için uygun bir görüntü verdiğinden emin olun.
4. ImageJ yazılımını kullanarak merkezi filament çemberinin çapını ölçün.
  1. ImageJ'yi açın, Dosya | Açın, istediğiniz dosyayı seçin ve Enter'a tıklayın.
  2. Düz düğmesini seçin (düz bir çizgiyle). Petri kabının bir ucundan diğer ucuna bir çizgi çizmek için farenin sol düğmesine basın. Çizginin filament çemberinin merkezinden geçtiğinden emin olun.
  3. Klavyede Ctrl-K tuşlarına basın veya Analiz | Çizim Profili ImageJ menüsünde. Petri kabının 1 boyutlu profili olan mesafeye karşı piksel yoğunluklarının çizildiği bir xy penceresi arayın. En düşük piksel yoğunluğunun 0'ın biraz üzerinde ve en yüksek değerin 255'in altında olduğundan emin olun.
  4. Dairenin dışındaki piksel yoğunluğu için bir ortalama değer ve dairedeki piksel yoğunluğu için başka bir ortalama değer tahmin edin. Bu değerler arasındaki y konumunda, fareyle bu konumları işaret ederek dairenin her iki tarafının x değerlerini tahmin edin. Her iki değeri de not edin ve farkı hesaplayın.
  5. Fareyi sağdaki y eksenine getirerek en yüksek x değerini elde edin. Bu e değerinin Petri kabının çapını temsil ettiğini unutmayın. Bu çap 5 cm ise merkezi filament çemberinin çapını d/e × 5 cm olarak hesaplayın.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Sonuçlar

Şekil 1: Fototaksi deneyi. Sol: Ayarlanabilir bir güç kaynağına bağlı 4 kırmızı LED'li LED tutucu. Her LED'in üstünde, 8 mL Phormidium lakuna kültürü içeren 6 cm'lik bir Petri kabı vardır. Sağda: Kırmızı LED'de 2 gün sonra P. lacuna içeren Petri kabı (15 ...