Bakteriyel Büyüme ve Teknikler

Kaynak: Cian, M. B. et. al., Acinetobacter baumannii için Teknik Ayarlamalarla Gram Negatif Bakteriler için Hücre Zarfının İç ve Dış Zar Fraksiyonlarına Ayrılması. J. Vis. Uzm. (2020)Bu video, sükroz gradyan ultrasantrifüjleme kullanılarak Gram negatif bakterilerin iç ve dış zar fraksiyonlarının ayrılmasını göstermektedir. Membran fraksiyonları, membrana özgü bileşenlerin hedefli analizi için saflaştırılır ve düşük sıcaklıklarda saklanır.

Kaynak: Mercier, N., et al. Gram-Pozitif Bakterilerde RNA Dizilimi ile Birleştirilmiş MS2-Afinite Saflaştırması. J. Vis. Exp. (2021)Bu video, bakteri hücrelerinin toplanması ve hücre içi içerikleri serbest bırakmak için mekanik olarak parçalanması için adım adım bir prosedürü göstermektedir.

Kaynak: Mercier, N., et al., Gram-Pozitif Bakterilerde RNA Dizilimi ile Birleştirilmiş MS2-Afinite Saflaştırması. J. Vis. Uzm. (2021)Bu video, amiloz reçinesi üzerinde hareketsiz hale getirilmiş bir maltoz bağlayıcı protein (MBP)-MS2 kaplama protein füzyonu ile afinite saflaştırması kullanılarak bakteriyel hedef RNA'sına bağlanan MS2 etiketli küçük düzenleyici RNA'nın (sRNA) izolasyonunu göstermektedir.

Kaynak: Feltwell, T., et.al. süreksiz bir yoğunluk gradyanı kullanarak bakterileri kapsül miktarına göre ayırmak. J. Vis. Uzm. (2019)Bu video, kapsül miktarına göre bakteri suşlarını ayırmak için süreksiz bir yoğunluk gradyanının kullanımını göstermektedir. Bir transpozon mutant kütüphanesini gradyan boyunca santrifüjleyerek, farklı kapsül yoğunluklarına sahip bakteriler farklı katmanlara lokalize olur. Ayrılan fraksiyonlar daha sonra aşağı akış analizi için toplanabilir.

Kaynak: Gupta, S., Marcela Rodriguez, G. Demir Sınırlı Mikobakteriler Tarafından Üretilen Hücre Dışı Veziküllerin İzolasyonu ve Karakterizasyonu. J. Vis. Uzm. (2019)Bu video, konakçı ortamı taklit eden demir sınırlayıcı koşullar altında kültürlenen Mycobacterium tuberculosis'ten hücre dışı veziküllerin (EV'ler) aşamalı izolasyonunu göstermektedir. EV içeren fraksiyonları zenginleştirmek ve tanımlamak için ultrafiltrasyon, diferansiyel santrifüjleme ve yoğunluk gradyanı ayırmanın kullanımını...

Kaynak: Watson, DC, et.al. Escherichia coli ve Diğer Bakterilerden Hücre Dışı Veziküllerin Ölçeklenebilir İzolasyonu ve Saflaştırılması. J. Vis. Uzm. (2021)Bu video, genetiği değiştirilmiş bakterilerin dış zarından türetilen hücre dışı veziküllerin (EV'ler) izolasyonunu ve konsantrasyonunu göstermektedir. İşlem, EV'leri serbest bırakmak için bakterilerin kültürlenmesini, ardından hücreleri ve kalıntıları uzaklaştırmak için sıralı santrifüjleme ve filtreleme adımlarını içerir. Son olarak,...

Kaynak: Watson, D.C., ve diğerleri. Escherichia coli ve Diğer Bakterilerden Hücre Dışı Veziküllerin Ölçeklenebilir İzolasyonu ve Saflaştırılması. J. Vis. Uzm. (2021)Bu video, bakteriyel hücre dışı vezikülleri (EV'ler) bir bakteri kültürü filtratından izole etmek için gözenekli reçine boncukları ile boyut dışlama kromatografisinin kullanımını göstermektedir. Daha büyük EV'ler reçine gözeneklerini atlayarak erken ayrışırken, daha küçük proteinler gözeneklere girer ve daha sonra ayrışır.

Kaynak: Fattahi, N., vd. Bakteri taraması, seçimi ve izolasyonu için ışıkla parçalanabilen hidrojel arayüzleri. J. Vis. Uzm. (2021).Bu video, UV ışığı kullanılarak ışıkla parçalanabilen bir hidrojelden bakteri kolonilerinin ekstraksiyonunu göstermektedir. Belirli bir koloni seçilir ve lokalize hidrojel bozunmasını başlatmak için desenli bir ışığa maruz kalma tasarlanır. Işık yoğunluğunu ve süresini ayarladıktan sonra UV ışığı uygulanarak koloni serbest bırakılır. Koloni daha sonra borulardan...

Kaynak: Ghadigaonkar, D. ve Rath, A. Su Kaynaklı Antibiyotiğe Dirençli Bakterilerin İzolasyonu ve Tanımlanması ve Antibiyotik Direnç Genlerinin Moleküler Karakterizasyonu. J. Vis. Uzm. (2023)Bu video, seçici ortam kullanılarak bir su örneğinden antibiyotiğe dirençli bakterilerin izolasyonunu ve hazırlanmasını göstermektedir. DNA, antibiyotiğe dirençli bakterilerden ekstrakte edilir ve bakteriyel antibiyotiğe dirençli genleri tanımlamak için çoğaltılır.

Kaynak: Kazi, M.I., vd. al., Yüksek Verimli Dizileme için Gram-Negatif Bakterilerde Transpozon Ekleme Kitaplıkları Oluşturma. J. Vis. Uzm. (2020)Bu video, kanamisin direncine dayalı olarak transpozon eklemeleri taşıyan Gram-negatif alıcı bakterilerin seçimini, miktarını ve korunmasını göstermektedir.

Kaynak: Fernández-Coll, L. ve Cashel, M. Escherichia coli (p)ppGpp'nin Çoklu İn Vivo Ölçümleri ve ardından İnce Tabaka Kromatografisi için Mikrotitre Çanak Radyoetiketleme Kullanma. J. Vis. Uzm. (2019)Bu video, ince tabaka kromatografisi (TLC) kullanarak bakteriyel stres tepkisi nükleotidleri ppGpp ve pppGpp'nin seviyelerini ve dinamiklerini ölçmek için yüksek verimli bir protokol sunar. Yöntem, çeşitli stres koşulları altında bakteri kültürlerinde (p)ppGpp'nin miktarının belirlenmesine yönelik...

Kaynak: Streather, B. R., ve diğerleri. E. coli'den Rekombinant Protein Dolu Veziküllerin Optimize Edilmiş Üretimi ve Analizi. J. Vis. Uzm. (2023)Bu video, Vezikül Çekirdekleştirici Peptit (VNp) ile etiketlenmiş rekombinant proteinlerin bakteriyel veziküllerden üretimini ve izolasyonunu göstermektedir. Bir indükleyici, VNp etiketli protein ekspresyonunu tetikler, vezikül oluşumunu ve kapsüllemeyi yönlendirir, ardından hücre lizizi olmadan verimli protein geri kazanımı için santrifüjleme ve...

Kaynak: Shivaiah, K., ve diğerleri. Bitki Yaprak Dokusundan ve Siyanobakterilerden Plastoglobül Lipid Damlacık İzolasyonu. J. Vis. Uzm. (2022).Bu video, sükroz yoğunluk gradyanlı santrifüjleme kullanılarak plastoglobüllerin siyanobakterilerden izolasyonunu göstermekte, lipit açısından zengin, düşük yoğunluklu yapılarını vurgulamakta ve aşağı akış analizi için yapısal korumalarını sağlamaktadır.

Kaynak: Armbruster, K.M., Meredith, T.C. Bakteriyel Lipoproteinlerin Zenginleştirilmesi ve Kütle Spektrometresi ile Yapısal Belirleme için N-terminal Lipopeptitlerin Hazırlanması. J. Vis. Uzm. (2018)Bu video, ısıtıldığında faz ayrımına uğrayan iyonik olmayan bir deterjan kullanılarak bakteriyel lipoproteinlerin zenginleştirilmesini göstermektedir. Sıralı sıcaklık değişimleri ve santrifüjleme adımları yoluyla, lipoproteinler seçici olarak deterjan fazına bölünürken, lipoprotein olmayan...

Kaynak: Leuthold, M.M., ve diğerleri. X-ışını Kristalografisi için E. coli'de İnsan Norovirüs Çıkıntılı Alanlarının Üretimi. J. Vis. Uzm. (2016).Bu video, boyut dışlama kromatografisi kullanılarak rekombinant insan norovirüs P alanının saflaştırılmasını gösterir ve hedef proteinin diferansiyel gözenek erişilebilirliğine dayalı olarak daha yüksek ve daha düşük moleküler ağırlıklı safsızlıklardan ayrılmasını vurgular. Proses, UV absorbansı ile izlenir ve ayrıştırılan fraksiyonların SDS-PAGE...

Kaynak: Kuo, T., ve diğerleri. Helicobacter pylori Nötrofil Aktive Edici Proteinin Toplu Modda Escherichia coli'de Aşırı Eksprese Edilmesinin Tek Adımlı Negatif Kromatografik Saflaştırılması. J. Vis. Uzm. (2016)Video, virülansla ilişkili bir proteini bir bakteri lizatından saflaştırmak için bir negatif kromatografi tekniğini göstermektedir. Tamponlu bir çözeltide pozitif yüklü bir reçine kullanılarak, konakçı hücre proteinleri seçici olarak tutulurken, nötre yakın hedef protein bağlanmadan...

Kaynak: Murata, T., vd. Streptococcus mutans'ta Yüksek Moleküler Kütleli Bir Proteinin Saflaştırılması. J. Vis. Uzm. (2019)Bu video, Streptococcus mutans'tan salgılanan polihistidin etiketli bir proteinin saflaştırılması için adım adım bir prosedürü göstermektedir.

Kaynak: Venuprasad, K., ve diğerleri. Hava Yolu Enflamasyonunu İncelemek İçin Fare Modellerinde Haemophilus influenzae'nin Trakeal İçi Uygulaması. J. Vis. Uzm. (2016)Bu video, aşağı akış analizi için tiplendirilemeyen Haemophilus influenzae ile enfekte ötenazi uygulanmış bir fareden bronkoalveoler lavaj sıvısının toplanmasını ve işlenmesini göstermektedir.

Kaynak: Ginies, C., ve diğerleri. Bacillus cereus'ta Yağ Asitlerinin Tanımlanması. J. Vis. Uzm. (2016)Bu video, biyokütleyi alkali bir çözelti ile işleyerek bakteri örneklerinden yağ asidi metil esterlerinin (FAME'ler) hazırlanması, ardından aşağı akış analizi için faz ayırma ve çözücü buharlaştırma sürecini göstermektedir.

Kaynak: Shivaiah, K., ve diğerleri. Bitki Yaprak Dokusundan ve Siyanobakterilerden Plastoglobül Lipid Damlacık İzolasyonu. J. Vis. Uzm. (2022)Video, plastoglobüllerin siyanobakterilerden izolasyonunu göstermektedir. Bir siyanobakteri kültürü ile başlar ve mekanik kuvvet kullanarak hücre bozulması yoluyla ilerler. Fotosentetik pigmentlerin salınması, başarılı bir lizizi gösterir. Daha sonra hücresel bileşenleri yoğunluğa göre ayırmak için bir sükroz adım gradyanı kullanılır ve düşük yoğunluklu...

Gram-negatif Yersinia türlerinin ve Yersinia olmayan Enterobacteriaceae kültürleriyle başlayın.Steril iğne aşılayıcıları kullanarak, kültürleri hem geleneksel Cefsulodin-Irgasan-Novobiocin veya CIN agar hem de modifiye CIN agar üzerine noktalayın.Bakteri üremesini teşvik etmek için plakaları inkübe edin.Hem geleneksel hem de modifiye CIN agarlar, asidik yan ürünler üretmek için mannitol'ü fermente eden Yersinia ve Yersinia olmayan Enterobacteriaceae'nin büyümesini destekler.Asit üretimi pH'ı...

Bakteri toplulukları içeren sulak alan toprağından elde edilen zenginleştirme kültürüyle başlayın.Kültür, Feammox aktivitesi, ferrik demir indirgemesine bağlı amonyum oksidasyonu sergiler ve bu metabolik süreci gerçekleştirebilen bir bakterinin zenginleşmesini gösterir.Medya kullanarak kültürü seri olarak seyreltin.Seyreltilmiş numuneleri ferrik demir ve amonyum ile desteklenmiş test agar plakalarına çizin.Feammox olmayan yollardan demir azalmasını ekarte etmek için ferrik demir veya amonyum...

Kaynak: Becker, B. ve diğerleri. Mayada Risin Toksin A Zinciri (RTA) kaçakçılığı için gerekli hücresel bileşenleri belirlemek için basit bir floresans tabanlı raporlayıcı testi. J. Vis. Exp. (2017).Bu video, polihistidin etiketli bir rekombinant proteinin nikel bazlı affinite kromatografisi kullanılarak arıtılmasını göstermektedir. Anahtar adımları belirtir; bunlar arasında sonikasyon yoluyla bakteriyel lizizi, lizatın aydınlaştırılması ve filtrasyonu ile imidazol kullanılarak hedef proteinin...

Kaynak: Wunderlin, T. ve diğerleri. Vejetatif Hücrelerin Hedefli Lizisi ile Endosporların Çevresel Örneklerden Fiziksel İzoleti. J. Vis. Exp. (2016)Bu video, hem vejetatif hücreler hem de çeşitli bakteriler içeren çevresel bir örnekten endosporları izole etme yöntemini gösteriyor. Bu işlem, filtreleme, mekanik bozulma ve endosporları koruyarak vejetatif hücreleri zayıflatmak ve lizlemek için seçici kimyasal işlem içerir. Son adım, dirençli endosporları membran filtrasyonu yoluyla izole eder.

Kaynak: Gulla, S. ve diğerleri. Çoklu lokus değişken sayı Tandem tekrarı Balık patojenik bakteri Yersinia ruckeri'nin Multiplex PCR ve Kapiller Elektroforez ile analizi. J. Vis. Exp. (2019).Bu protokol, izole kolonileri ultra saf suda askıya alarak ve hücreleri lizlemek için ısı uygulayarak Yersinia ruckeri'den genomik DNA çıkarır. Santrifüjleme, DNA içeren süpernatantı hücre kalıntılarından ayırır ve PCR tabanlı genotipleme ve epidemiyolojik analiz için uygun şablon DNA elde eder.

Kaynak: Gulla, S. ve diğerleri. Çoklu lokus değişken sayı Tandem tekrarı Balık patojenik bakteri Yersinia ruckeri'nin Multiplex PCR ve Kapiller Elektroforez ile analizi. J. Vis. Exp. (2019).Bu protokol, izole kolonileri ultra saf suda askıya alarak ve hücreleri lizlemek için ısı uygulayarak Yersinia ruckeri'den genomik DNA çıkarır. Santrifüjleme, DNA içeren süpernatantı hücre kalıntılarından ayırır ve PCR tabanlı genotipleme ve epidemiyolojik analiz için uygun şablon DNA elde eder.

Kaynak: Stones, D. H., et al. Bakteri-konak etkileşimlerini karakterize etmek için biyomimetik malzemeler. J. Vis. Uzm. (2015)Bu video, rekabetçi koşullar altında konakçı epitel hücrelerine bakteriyel yapışmayı ölçmek için bakteriyomimetik boncukların kullanımını göstermektedir. Hücrelerin işlenmesi, parçalanması ve koloni oluşturan birimleri ölçmek için seri seyreltmelerin kaplanması ile ilgili adımları ana hatlarıyla belirtir.

Kaynak: Jung, A. L. et. al., Legionella pneumophila Dış Membran Vezikülleri: Makrofajlar Üzerindeki Pro-inflamatuar Potansiyellerinin İzolasyonu ve Analizi. J. Vis. Uzm. (2017)Bu video, bakteri replikasyonu üzerindeki etkilerini incelemek için makrofajların Legionella pneumophila dış zar vezikülleri (OMV'ler) ile ön tedavisini göstermektedir. OMV'ler, konakçı bağışıklık sinyalini değiştirerek makrofajları enfeksiyona karşı daha izin verici hale getirir. Tedavi edilen hücrelerde tedavi edilmeyen...

Kaynak: Jagau, H. ve diğerleri. Sabit akışta birincil insan endotel hücrelerinin pnömokok enfeksiyonu. J. Vis. Uzm. (2019)Bu video, sabit ortam akış koşulları altında endotel hücreleri üzerindeki Von Willebrand Faktörü (VWF) dizilerine pnömokok bağlanmasının gerçek zamanlı görselleştirilmesini göstermektedir. VWF salınımını uyarmak, dizileri etiketlemek ve bakteri bağlanmasını ölçmek için adımları özetlemektedir.

Kaynak: Morrill, S.R., ve diğerleri. Anaerobik olarak yetiştirilen bakteriler tarafından murin vajinal kolonizasyon modelleri. J. Vis. Uzm. (2022)Bu video, antibiyotiğe dirençli anaerobik bakteriler kullanılarak farelerde vajinal kolonizasyonun modellenmesine yönelik bir protokolü göstermektedir. Epitel duyarlılığını artırmak için hormonal tedavi ile başlar, ardından anaerobik koşullar altında vajinal aşılama ve ko-aşılama ile devam eder. Prosedür, bakteri kolonizasyonunu ve biyofilm oluşumunu...

Kaynak: Li, J. ve diğerleri. Clostridioides difficile için Larva Zebra Balığı Enfeksiyon Modelinin Geliştirilmesi. J. Vis. Uzm. (2020)Bu video, floresan etiketli Clostridioides difficile'nin anestezi uygulanmış bir zebra balığı larvasının bağırsak lümenine mikroenjeksiyon bazlı dağıtımını göstermektedir. Larva hazırlama, bakteri enjeksiyonu ve bağırsaktaki bakteri lokalizasyonunun floresan mikroskobu tabanlı doğrulanması ile ilgili adımları özetlemektedir.

Kaynak: Cruz-Adalia, A., ve diğerleri. T Hücreleri, Dendritik Hücrelerden Transenfeksiyon Yoluyla Bakterileri Yakalar. J. Vis. Uzm. (2016).Bu video, antijene özgü T hücresi-dendritik hücre etkileşimleri yoluyla bakteriyel transenfeksiyonu göstermektedir. Ovalbümin peptidi sunan bakteri ile enfekte dendritik hücreler, doğrudan veya bir zarla ayrılmış T hücreleri ile inkübe edilir. Doğrudan temas, immünolojik sinaps oluşumuna izin vererek bakteri transferini sağlarken, zar etkileşimi engeller.

Kaynak: Balczon, R., ve diğerleri. Pulmoner Endotel Hücrelerinin Pseudomonas aeruginosa Tarafından Enfeksiyonunu Takiben Sitotoksik Amiloidleri Saptama Yöntemleri. J. Vis. Deneyim (2018)Bu video, Pseudomonas aeruginosa enfeksiyonunu takiben pulmoner endotel hücrelerinden sitotoksik süpernatant üretme prosedürünü göstermektedir. Bakteriyel efektör proteinlerin konakçı hücre yapısını nasıl bozduğunu ve sitotoksik amiloid oligomerlerinin süpernatana salınmasını nasıl indüklediğini özetlemektedir.

Kaynak: Lee, H. ve diğerleri, Enfeksiyon Sırasında Bakterilerden Verilen Efektörleri Görselleştirmek için Bölünmüş Yeşil Floresan Protein Sistemi. J. Vis. Uzm. (2018)Bu video, konfokal mikroskopi ile birlikte bölünmüş süper klasör yeşil floresan proteini (sfGFP) tamamlama kullanılarak bitki hücrelerinde bakteriyel enfeksiyonu ve efektör protein dağıtımını izlemek için bir yöntem göstermektedir. Yaklaşım, efektör translokasyonunun konakçı hücre sitozolüne hassas bir şekilde görselleştirilmesini...

Kaynak: Islam, A., et al., Neonatal Escherichia coli Bakteriyemi İzolatlarının Bağırsak Transsitozunun Değerlendirilmesi. J. Vis. Uzm. (2023)Bu video, transwell ekleri, elektrik direnci ölçümü ve bakteri ölçümü kullanılarak bağırsak epitel tek tabakaları boyunca yenidoğan Escherichia coli'nin transsitozunu değerlendirme prosedürünü göstermektedir.

Kaynak: Anderson, Q. L., ve diğerleri. Yüksek verimli, Yüksek içerikli, Sıvı bazlı bir C. elegans Patosystem. J. Vis. Uzm. (2018)Video, genetiği değiştirilmiş C. elegans larvalarının bir mikroplakada patojenik bakterilere maruz bırakıldığı sıvı bazlı bir testi göstermektedir. Ortama salgılanan bakteriyel toksinler, konakçı stresine ve ölümüne neden olur. Bir floresan boya, ölü solucanları boyayarak, genetik duyarlılığı veya direnci değerlendirmek için görüntülemeye dayalı ölüm oranının...

Kaynak: Yarringto, K. D., ve diğerleri. Tek Hücreli Türler Arası Bakteri Etkileşimlerinin Kinetik Görselleştirilmesi. J. Vis. Uzm. (2020)Bu video, canlı hücre görüntüleme için bir agaroz pedi altında hareketli ve hareketsiz bakteriler kullanan bir ortak kültür sisteminin hazırlanmasını göstermektedir. Hareketli bakterilerin kimyasal cezbedicileri nasıl tespit ettiğini ve hareketsiz kolonileri nasıl istila ettiğini göstererek bakteri etkileşimlerini ortaya çıkarır.

Kaynak: Sorokulova, I., ve diğerleri. Bacillus subtilis Suşu ile Sıçanlarda Isı Stresi Olumsuz Etkilerinin Önlenmesi. J. Vis. Uzm. (2016)Bu video, faydalı bakteriler veya fosfat tamponlu salin (PBS) ile ön işleme tabi tutulan ve bağırsak bariyeri bütünlüğünü değerlendirmek için ısı stresine maruz bırakılan sıçanları göstermektedir. Kontrol sıçanlarındaki çok sayıda koloninin aksine, tedavi edilen sıçanların karaciğerinden daha az bağırsak kaynaklı bakteri kolonisi, sağlam bir epitel bariyeri ve...

Kaynak: Yi, Y., ve diğerleri. Bitki-Mikrop Etkileşimi: Bacillus Mycoides'in Patates Kökü Eksüdalarına Transkripsiyonel Tepkisi. J. Vis. Uzm. (2018)Bu video, bitki-mikrop etkileşimlerini incelemek için Bacillus mycoides kültürlerinin hazırlanmasını ve işlenmesini göstermektedir. Bir stok kültürünün çizilmesinden ve sıvı ortamda inkübe edilmesinden, bakterilerin çalkalama altında bitki kökü sızıntılarına maruz bırakılmasına kadar olan adımları özetlemektedir. İşlem, eksüdaların neden olduğu gen...

Kaynak: Venuprasad, K., ve diğerleri. Hava Yolu Enflamasyonunu İncelemek İçin Fare Modellerinde Haemophilus influenzae'nin Trakeal İçi Uygulaması. J. Vis. Uzm. (2016)Bu video, alt solunum yolu enfeksiyonunu modellemek için akciğer patojenik bir bakteri inokulumunun anestezi uygulanmış bir fareye intratrakeal olarak verilmesini göstermektedir.

Kaynak: Taylor, M.N., et.al. Caenorhabditis elegans-Bakteriyel Etkileşimlerde Heterojenliği Ölçmek için Tek Solucan Verilerini Kullanma. J. Vis. Uzm. (2022)Bu video, mikropsuz, yaşları uyumlu Caenorhabditis elegans solucanlarının bağırsak kolonizasyonu için bir bakteri suşuna maruz kalmasını göstermektedir. Yapışmamış ve harici bakterilerin seçici olarak uzaklaştırılmasını açıklar ve miktar tayini için bağırsak epiteline yalnızca canlı bakteriler yapışır.

Kaynak: Taylor, M. N. ve diğerleri. Caenorhabditis elegans-Bakteriyel Etkileşimlerde Heterojenliği Ölçmek için Tek Solucan Verilerini Kullanma. J. Vis. Uzm. (2022)Bu video, bireysel Caenorhabditis elegans'ta bağırsak bakteri yükü değişkenliğinin mekanik bozulma yoluyla ölçülmesini göstermektedir. Bireysel solucanlar arasındaki bağırsak bakteri yükündeki farklılıkları değerlendirmek için numune hazırlama, mekanik bozulma, seri seyreltme ve koloni sayımı adımlarını özetlemektedir.

Endofitik bakteriler bitki dokularını kolonize eder ve bitki büyümesini destekler.Tuz stresi altında domates bitkisinin büyümesi üzerindeki etkilerini incelemek için, gelişmekte olan yaprak ve kökleri gösteren steril fidelerle başlayın.Deneysel fidenin köklerini bir endofitik bakteri süspansiyonuna daldırın; kontrolü aşısız bırakın.Dış mikrobiyal müdahaleyi önlemek için her iki grubu da sterilize edilmiş toprağa aktarın ve bir büyüme odasında inkübe edin.Bakteriler topraktan geçici kök...

Fosfatta çözünen bakteri veya PSB ile mor kükürt olmayan bakteri veya PNSB'den oluşan bir aşı karışımı alın.Karışımı gübre ve gübre gübresi ile karıştırılmış toprağa püskürtün.Tohumu ekin ve üzerini toprakla örtün.Bitkinin büyümesine izin verin.Bakteriler, rizosfer adı verilen bir bölgede kökün yakınında lokalize olur.PSB, çözünmeyen toprak fosfatlarını çözünür formlara dönüştürür.Bu arada PNSB, atmosferik nitrojen gazını amonyağa dönüştürerek nitrojeni sabitler.Bitki, büyümesini kolaylaştıran...

Düzgün filizlenmeyi sağlamak için karanlık, aseptik koşullar altında önceden çimlendirilmiş pirinç fideleriyle başlayın.Bu fideleri, bir test bakterisi ile önceden aşılanmış, besin açısından zengin, yarı katı bir ortam içeren bir şişeye aktarın.Bitki büyüdükçe, kökler çevredeki ortama kemotaktik bileşikler salgılar.Bu bileşikler bakteri çoğalmasını uyararak kök yüzeyinde yapışma, çoğalma ve koloni oluşumuna yol açar.Kökler geliştikçe bakteriler bitkiye doğal açıklıklardan ve hücreler arası...

Kaynak:Ocean E. Clarke1, Romy A. Dop1, Tom Hasell1, Joanne L. Fothergill1, Daniel R. Neill21Liverpool Üniversitesi, 2 Dundee ÜniversitesiBu video, kateterle ilişkili idrar yolu enfeksiyonunu simüle etmek için idrar sondalarının iç yüzeyini taklit eden 3D baskılı, silikon kaplı bir cihazın kullanımını göstermektedir.

Kaynak: Arroyo, M. C. ve diğerleri. In vitro bağırsak konak-mikrob arayüzünde sentetik bakteriyel konsorsiyumunun uygulanabilirliğinin değerlendirilmesi. J. Vis. Exp. (2018)Bu video, simüle edilmiş ağız, mide ve bağırsak sindirimi sırasında sentetik ağız mikrobiyal topluluğunun canlılık değerlendirmesini göstermektedir. Her aşamadan sonra bakteriyel hayatta kalma miktarı ölçülür; bu da sindirim stresi nedeniyle kademeli bir azalma ortaya koyar.

Kaynak: Okamoto, A. ve diğerleri. Anoda Soluyan Bakterileri Yerinde Zenginleştirmek İçin Bağımsız Elektrokimyasal Kurulum. J. Vis. Exp. (2018)Bu video, doğal rezervuarlardan anot soluyan bakterileri (ARB) zenginleştirmek için yerinde elektrokimyasal bir sistemin kullanımını gösteriyor. Anotun oksijensiz derin suya, katodun ise oksijenli yüzey suyuna yerleştirilmesiyle redoks gradyanı oluşturulur. ARB, biyofilmler oluşturur ve elektronları anoda aktarır; anoda da oksijen indirgenerek akım oluşur.

Kaynak: Ahmadi, S. ve diğerleri. Girişimsel rejimlerin insan dışkı mikrobiyotası üzerindeki etkilerini tahmin etmek için in vitro toplu kültür modeli. J. Vis. Exp. (2019).Bu video, bağırsak mikrobiyotasının metabolit üretimini incelemek için anaerobik koşullarda diyetle fermente edilebilir lifle fekal örnekleri inkübe yoluyla bağırsak mikrobiyal fermantasyonunu modelleme yöntemini göstermektedir.

Kaynak: Biller, S. J., et al. Siyanobakteriyel hücre dışı veziküllerin izolasyonu ve karakterizasyonu. J. Vis. Uzm. (2022)Bu video, yapısal ve karşılaştırmalı analizler için vezikül morfolojisinin, boyutunun ve saflığının yüksek çözünürlüklü görselleştirilmesini sağlayan, negatif boyama ile transmisyon elektron mikroskobu için siyanobakteriyel hücre dışı veziküllerin hazırlanmasını göstermektedir.

Kaynak: Zhang, Y., et al. Hücre içi bakteriler tarafından endo-lizozomal sistemin yeniden şekillenmesini incelemek için floresan nanopartiküllerin uygulanması. J. Vis. Uzm. (2015)Bu video, hücre içi bakteriler tarafından enfekte edilmiş insan epitel hücrelerinde endo-lizozomal yeniden şekillenmeyi görselleştirmek için floresan nanopartiküllerin kullanımını göstermektedir. Bakteri istilasını takiben, patojenler konak hücre iskeletini ve endo-lizozomal sistemi manipüle ederek, vezikül taşınmasını...

Kaynak: Valentine, M. E., ve diğerleri. Pseudomonas aeruginosa'da Çerçeve İçi Gen Silme Mutantlarının Üretilmesi ve Basit Bir Fare Enfeksiyon Modelinde Virülans Zayıflaması Testi. J. Vis. Uzm. (2020)Bu video, farelerde öldürücü ve zayıflatılmış bakteri suşlarının in vivo davranışını görselleştirmek ve karşılaştırmak için biyolüminesans kullanımını göstermektedir. Biyolüminesans bakteri süspansiyonlarının hazırlanmasını ve bunların farelere intraperitoneal enjeksiyonunu özetlemektedir. Öldürücü...

Kaynak: Guo, S., ve diğerleri. İndükleyici gradyan plakalarında bakteri yüzeyi sürü hareketliliğinin ölçülmesi. J. Vis. Uzm. (2022).Bu video, değişen inhibitör konsantrasyonları altında bakteri sürü davranışını incelemek için çift katmanlı gradyan sürü plakasının kullanımını göstermektedir. Alt tabakada gradyan oluşturan bir inhibitör bulunan bir plaka bakteri ile aşılanır ve inkübe edilir. İnhibitör konsantrasyonunun bakteri sürüsü üzerindeki etkisini analiz etmek için düzenli aralıklarla...

Kaynak: Zhang, X., ve diğerleri. Biyomateryalle İlişkili Staphylococcus aureus Enfeksiyonunun İn Vivo Görselleştirmesi ve İntravital Analizi için Zebra Balığı Embriyo Modeli. J. Vis. Uzm. (2019)Bu video, Staphylococcus aureus enjekte edilen zebra balığı embriyolarının floresan görüntülemesini göstererek, biyomateryal mikrokürelerin in vivo konakçı-patojen etkileşimleri üzerindeki etkisini değerlendirmek için enfeksiyon ilerlemesinin ve bakteri dağılımının ölçülmesini sağlar.

Kaynak: Schlimpert, S. ve ark. Mikroakışkan Bir Cihaz Kullanılarak Tüm S. venezuelae Yaşam Döngüsünün Floresan Hızlandırılmış Görüntülemesi. J. Vis. Uzm. (2016)Bu video, çimlenmeyi, hif büyümesini ve sporlanmayı gerçek zamanlı olarak görselleştirmek için mikroakışkan bir cihaz kullanarak Streptomyces venezuelae bakterisinin tüm yaşam döngüsünün floresan hızlandırılmış görüntülemesini göstermektedir.

Kaynak: Bru, J., et.al. Bakteri Sürülerinin Hızlandırılmış Görüntülemesi ve Toplu Stres Tepkisi. J. Vis. Uzm. (2020)Bu video, bir sürü agar plakası testi kullanılarak Pseudomonas aeruginosa'da sürüden kaçınma davranışının nasıl görselleştirileceğini ve ölçüleceğini gösterir. Kontrollü koşullar altında hızlandırılmış görüntüleme kurulumunu gösterir ve antibiyotik kaynaklı stres sinyallerinin, görüntü analizi yoluyla ölçülen bakteri hareketini nasıl yönlendirdiğini açıklar.

Kaynak: Heering, J., ve diğerleri., Hücresel Farklılaşmanın İndüksiyonu ve Vibrio parahaemolyticus Yüzücü ve Sürü Hücrelerinin Tek Hücre Görüntülemesi. J. Vis. Uzm. (2017).Bu video, floresan görüntüleme için bir Vibrio parahaemolyticus kolonisinden sürü hücrelerinin hazırlanmasını göstermektedir. Bakteriler, yüzücü hücrelerde tek kutuplu ve uzun sürü hücrelerinde iki kutuplu olarak lokalize olan ve görsel farklılaşmalarına izin veren florofor etiketli bir proteini eksprese etmek için genetik...

Kaynak: Bennett, J. A. ve diğerleri. Streptomyces Gelişimsel Mutantlarının Görsel ve Mikroskobik Değerlendirmesi. J. Vis. Uzm. (2018)Bu video, vahşi tip ve mutant Streptomyces coelicolor arasındaki fenotipik farklılıkları incelemek için faz kontrast mikroskobunun kullanımını göstermektedir. Spor oluşumundaki gelişimsel kusurları tespit etmek için hava filamentlerinin hazırlanması ve görüntülenmesiyle ilgili adımları özetlemektedir.

Kaynak: Chu, W. ve Zhuang, X. Bir Renk Reaksiyonuna Dayalı Bakteri Hareketliliğini Görselleştirme. J. Vis. Uzm. (2022)Bu video, hareketli ve hareketsiz suşları görsel olarak ayırt ederek bakteri hareketliliğini değerlendirmek için redoks boya bazlı yarı katı agar testini göstermektedir.

Kaynak: Pioli, R., ve diğerleri, Sıralı Kılcallık Destekli Montaj Yoluyla Mikroorganizmaların ve Mikropartiküllerin Modellenmesi. J. Vis. Uzm. (2021)Bu video, karbonsuz bir süspansiyon ve kontrollü akış kullanarak mikroakışkan tuzaklarda tek floresan etiketli Escherichia coli (E. coli) hücrelerini yakalama yöntemini ve ardından mikrokolonilerin büyümesini ve floresan görüntülemesini tetiklemek için besin ilavesini göstermektedir.

Kaynak: Wen, J., Pasman, vd. al., Bacillus subtilis Sporlarında Mikropların ve İç Zarın Görselleştirilmesi. J. Vis. Uzm. (2019)Bu video, bakteri sporu içindeki çimlenme proteinlerinin organizasyonunu ortaya çıkaran üç boyutlu floresan görüntüleri elde etmek için yapılandırılmış aydınlatma mikroskobunun kullanımını göstermektedir.

Kaynak: Oms, T., ve diğerleri. Escherichia coli'de Antibiyotik Kalıcılığının Popülasyon ve Tek Hücre Analizi. J. Vis. Uzm. (2023)Bu video, mikroakışkan bir sistem içinde floresan etiketli bir DNA bağlayıcı proteini eksprese eden bireysel bakteri hücrelerini izlemek için bir protokol sunar. Antibiyotiklerin çoğu hücreyi nasıl inhibe ettiğini, kalıcı hücrelerin bir alt popülasyonunun tedaviden sağ çıktığını ve antibiyotiğin çıkarılmasının ardından yeniden büyüdüğünü gösterir.

Kaynak: Murata, K. ve diğerleri, Siyanobakterilerde DNA Sıkışmasının Yüksek Voltajlı Kriyo-elektron Tomografisi ile Görselleştirilmesi. J. Vis. Uzm. (2018)Bu video, sirkadiyen tarafından düzenlenen DNA sıkışmasını incelemek için aydınlık-karanlık döngüler altında siyanobakterilerin eşzamanlı olarak yetiştirilmesini göstermektedir. Floresan mikroskobu, tanımlanmış zaman noktalarında yoğunlaştırılmış DNA'yı ortaya çıkararak popülasyon genelinde hücre döngüsü hizalamasını doğrular.

Kaynak: Chetrit, D., ve diğerleri. Legionella pneumophila nokta/icm salgı sisteminin uzay-zamansal özelliklerini çözmek için canlı hücre görüntüleme ve kriyo-elektron tomografisinin uygulanması. J. Vis. Uzm. (2020)Bu video, Legionella pneumophila'daki salgı sistemi bileşenlerinin polaritesini ve dinamiklerini ölçmek için canlı hücre floresan görüntülemenin kullanımını göstermekte ve bakteriyel patogenezin anlaşılması için kritik olan mekansal işe alım ve sitozolik yeniden dağılımın analizine...

Kaynak: Chetrit, D., ve diğerleri. Legionella pneumophila nokta/icm salgı sisteminin uzay-zamansal özelliklerini çözmek için canlı hücre görüntüleme ve kriyo-elektron tomografisinin uygulanması. J. Vis. Uzm. (2020)Videoda bakteri kültürü, altın nanopartikül işaretleme ve vitrifikasyon teknikleri birleştirilerek kriyo-elektron tomografisi için Legionella pneumophila örneklerinin nasıl hazırlanacağı anlatılmaktadır. İşlem, doğal hücresel yapıları korur ve zarla ilişkili salgı sistemi...

Kaynak: Weber, N., ve diğerleri, İpliksi Siyanobakteri Phormidium lacuna'nın Doğal Dönüşümü, Protein Ekspresyonu ve Kriyopkonservasyonu. J. Vis. Uzm. (2022)Bu video, tek tip bir süspansiyon oluşturmak için filament kültürlerini homojenleştirerek, bir mikroskop lamı üzerinde bir Petri plakası tahlili kurulumu hazırlayarak ve filament hareketini görselleştirerek Phormidium lacuna'daki kayma hareketliliğini değerlendirme prosedürünü göstermektedir.

Kaynak: Sorokulova, I. ve diğerleri. Bacillus subtilis Strain ile sıçanlarda ısı stresi olumsuz etkilerinin önlenmesi. J. Vis. Exp. (2016)Bu video, ısı stresine maruz kalan sıçanlarda Bacillus subtilis'in koruyucu etkilerini değerlendirmek için kullanılan histolojik ve kan mikroskopisi analizlerini sunmaktadır.

Kaynak: Chaimovitz, E. A. ve diğerleri. Escherichia coli'de biyolojik gürültünün zaman geçişli mikroskopiyle sürekli ölçümü. J. Vis. Exp. (2021)Bu video, bakteriyel büyüme ve bölünme sırasında GFP floresansındaki dalgalanmaları zaman geçişli mikroskopi kullanarak E. coli'de biyolojik gürültünün gerçek zamanlı görselleştirilmesini göstermektedir.

Kaynak: Fattahi, N., et al. Bakteri taraması, seçimi ve izolasyonu için fotobozunur hidrojel arayüzleri. J. Vis. Uzm. (2021)Bu video, silikon mikrokuyu dizileri içindeki bakteri kolonilerini izole etmek için fotobozunur hidrojellerin kullanımını göstermektedir. Bakteri hücreleri önce mikro kuyulara yüklenir, çapraz bağlı bir hidrojel içinde kapsüllenir ve farklı koloniler halinde kültürlenir. Ultraviyole ışığa maruz kaldığında, hidrojelin hedeflenen bozunması, tek tek kolonilerin seçici olarak...

Kaynak: Feltwell, T., et.al. süreksiz bir yoğunluk gradyanı kullanarak bakterileri kapsül miktarına göre ayırmak. J. Vis. Uzm. (2019)Bu video, değişen kapsül üretimine sahip bakteri suşlarının hazırlanmasını ve karakterizasyonunu göstermektedir. Kapsülle ilişkili genlerde farklı mutasyonlar taşıyan patojenik suşlar kültürlenir, sıvı ortamda büyütülür ve kapsül fenotiplerini pelet yoğunluğuna göre ayırt etmek için santrifüjlemeye tabi tutulur. Tampon işlemi, kapsül yapılarını korurken hücreleri...

Kaynak: Le Nagard, L., et al. Magnetospirillum cinsinin büyüyen manyetotaktik bakterileri: MSR-1, AMB-1 ve MS-1 suşları. J. Vis. Uzm. (2018).Bu video, Magnetospirillum bakterilerinin hem sıvı hem de yarı katı ortamlar kullanılarak mikroaerobik koşullar altında nasıl kültürleneceğini göstermektedir. Oksik-anoksik arayüzde görünür bir bakteri bandının oluşumunu ve oksijen tükendikçe yukarı doğru göçünü vurgular. Video ayrıca, bir manyetik alana tepki olarak yönlü yüzmeyi gözlemleyerek...

Kaynak: Valentine, M. E., ve diğerleri. Pseudomonas aeruginosa'da Çerçeve İçi Gen Silme Mutantlarının Üretilmesi ve Basit Bir Fare Enfeksiyon Modelinde Virülans Zayıflaması Testi. J. Vis. Uzm. (2020).Bu video, plazmit bazlı bir gen silme stratejisi kullanılarak Pseudomonas aeruginosa'da çift çaprazlamalı rekombinantların üretimini göstermektedir. İşlem, tek bir çaprazlama yoluyla genoma entegre edilmiş replikatif olmayan bir plazmidi barındıran bakterilerin seçilmesini ve ardından plazmidi...

Kaynak: Schlimpert, S., ve diğerleri. Mikroakışkan Bir Cihaz Kullanılarak Tüm S. venezuelae Yaşam Döngüsünün Floresan Hızlandırılmış Görüntülemesi. J. Vis. Uzm. (2016)Bu video, Streptomyces venezuelae'den sporların yetiştirilmesini ve izolasyonunu göstermektedir. Bakterilerin stresten kurtulmasına yardımcı olan uyuyan hücreler olan sporlar, besin sınırlaması sırasında üretilir ve santrifüjleme yoluyla toplanır. Yöntem, sonraki uygulamalar için saf, soğukta saklanan bir spor süspansiyonu sağlar.

Kaynak: Heering, J., ve diğerleri. Hücresel Farklılaşmanın İndüksiyonu ve Vibrio parahaemolyticus Yüzücü ve Sürü Hücrelerinin Tek Hücre Görüntülemesi. J. Vis. Uzm. (2017)Bu video, özel olarak hazırlanmış bir agar ortamı kullanılarak Vibrio parahaemolyticus'ta sürü hücre farklılaşmasının indüklenmesini göstermektedir. Demir tükenmesi, kalsiyum takviyesi ve yüzey teması gibi çevresel ipuçlarını manipüle ederek, bakteriler yüzücü formlarından lateral flagellalı uzun sürü hücrelerine geçiş için...

Kaynak: Li, J., vd. al., Clostridioides difficile için Larva Zebra Balığı Enfeksiyon Modelinin Geliştirilmesi. J. Vis. Uzm. (2020)Bu video, Clostridioides difficile bakterilerinin larva zebra balığının bağırsağından izolasyonunu ve kültürlenmesini göstermektedir. Enfekte bağırsak diseke edilir, homojenize edilir ve antibiyotik içeren seçici anaerobik ortamda inkübe edilir. Bu koşullar rakip mikropları baskılar ve canlı hücrelerin büyümesini destekler.

Kaynak: Ayivi, R. ve diğerleri, Laktik Asit Bakterilerinin Yetiştirilmesi, Büyümesi ve Yaşayabilirliği: Bir Kalite Kontrol Perspektifi. J. Vis. Uzm. (2022)Bu video, donmuş bir gliserol stoğundan soğuk stresli laktik asit bakterilerinin geri kazanılması, anaerobik inkübasyon yoluyla bakteri canlılığının geri kazanılması ve kültür genişlemesi için aktif kolonilerin izole edilmesi yöntemini göstermektedir.

Kaynak: Kuo, C., ve diğerleri. Murin Konakçıda Enterohemorajik Escherichia Coli Kolonizasyonunun Non-invaziv İn Vivo Biyolüminesans Sistemi ile Tespiti. J. Vis. Uzm. (2018)Bu video, hayvan modellerinde oral inokulum olarak kullanılmak üzere donmuş stoktan lusiferaz eksprese eden enterohemorajik Escherichia coli süspansiyonunun hazırlanmasını göstermektedir. Bu, in vivo enfeksiyon çalışmaları sırasında bağırsak kolonizasyonunun gerçek zamanlı, biyolüminesans takibini sağlar.

Kaynak: Nathoo, N., ve diğerleri. Bitki/Mikrop Moleküler Etkileşimlerinin ve Sinyallemenin Eşzamanlı ve Sistematik Analizi için Hidroponik Birlikte Yetiştirme Sistemi. J. Vis. Uzm. (2017).Bu video, steril koşullar altında bitki-bakteri etkileşimlerini incelemek için hidroponik bir birlikte yetiştirme sistemini göstermektedir. Bitki fideleri steril, asidik bir büyüme ortamına aktarılır, inkübe edilir ve Agrobacterium ile aşılamadan önce kontaminasyon açısından incelenir. Aktive edilmiş...

Kaynak: Figueroa, D.M., ve diğerleri. Antimikrobiyal peptit lokalizasyonunu karakterize etmek için bakteriyel sferoplastların ve protoplastların üretimi ve görselleştirilmesi. J. Vis. Uzm. (2018)Bu video, Gram pozitif bakteri Bacillus megaterium'dan protoplast üretmek için adım adım bir prosedürü göstermektedir.

Kaynak: Eggers, C. H. Lyme hastalığı spiroketi Borrelia burgdorferi'nin faj aracılı genetik manipülasyonu. J. Vis. Uzm. (2022)Bu video, bir antibiyotik direnç geni taşıyan uyuyan bakteriyofaj DNA'sı ile tasarlanmış genetiği değiştirilmiş bir Borrelia burgdorferi kültürünün hazırlanmasını göstermektedir. Antibiyotik seçimi ve inkübasyonunu takiben, kimyasal bir indükleyici DNA hasarını tetikleyerek direnç genini içeren yeni viryonların eksizyonuna, replikasyonuna ve montajına yol açar. İkinci...

Kaynak: Morales-Soto, N. ve ark., Bakteriyel Yüzey Hareketlilik Testlerinin Hazırlanması, Görüntülenmesi ve Miktarının Belirlenmesi. J. Vis. Uzm. (2015)Bu video, yumuşak agar üzerinde yüzey hareketliliğini gözlemlemek için yeşil floresan proteini eksprese eden bakterileri kullanan bir oğul testini göstermektedir. Hızlandırılmış görüntüleme, koordineli genişlemeyi ve dal oluşumunu yakalayarak bakteriyel yüzey hareketliliğini vurgular.

Kaynak: Anwar, Z., ve diğerleri. Perakende Gıda Örneklerinde Clostridium perfringens Toksinotiplerinin Zenginleştirilmesi ve Tespiti. J. Vis. Uzm. (2019).Bu videoda, sülfit indirgeyen bakteriler, sülfit içeren bir agar ortamında kültürlenir, burada anaerobik olarak büyürler ve sülfiti hidrojen sülfüre indirgeyerek demir iyonları ile siyah çökeltiler oluştururlar. Siyah koloniler, aseptik teknikler kullanılarak agar derinliğinden izole edilir ve sürekli anaerobik inkübasyon için taze ortama...

Kaynak: Morita, M., ve diğerleri. Dev Veziküllerin İçinde Tek Hücre Düzeyinde Bakteriyel Hücre Kültürü. J. Vis. Uzm. (2019).Bu video, desteklenen bir lipid çift tabakasına sabitlenmiş dev veziküller içinde kapsüllenmiş tek tek bakteri hücrelerinin kültürlenmesi ve gözlemlenmesi için bir yöntem göstermektedir. Sistem, sınırlı, fizyolojik olarak ilgili bir mikro ortamda tek hücreli büyüme dinamiklerinin kararlı, uzun süreli görüntülenmesini sağlar.

Kaynak: Tomás, J. M. ve diğerleri. Bakteriyel Glikosiltransferazların Bakteriyel Hareketlilikteki Rolünü Aydınlatmak için Boş Mutantların Üretimi. J. Vis. Uzm. (2022).Bu video, E. coli'de bir intihar plazmitinin başlatıcıya bağlı amplifikasyonunu göstermektedir.Bir antibiyotik direnç geni taşıyan plazmit, yalnızca konakçı tarafından kodlanan bir başlatıcı proteinin varlığında çoğalır. Elektroporasyon ve geri kazanım ortamında inkübasyondan sonra, karışım antibiyotik içeren agar üzerine...

Kaynak: Cafini, F., et.al. Staphylococcus aureus'ta Yatay Gen Transferinin İncelenmesi için Metodoloji. J. Vis. Uzm. (2017)Bu video, doğal dönüşüm yoluyla Staphylococcus aureus'ta yetkinlik kaynaklı DNA alımını göstermektedir. Bir sigma faktörünü yapısal olarak eksprese etmek üzere tasarlanmış kloramfenikol'e duyarlı bir suş, yeterliliği arttırmak için besin sınırlayıcı koşullar altında kültürlenir, daha sonra bir direnç geni taşıyan donör DNA'sı ile inkübe edilir. Başarılı gen transferi,...

Kaynak: Anderson, Q.L., vd., Yüksek verimli, Yüksek içerikli, Sıvı bazlı C. elegans Patosystem. J. Vis. Uzm. (2018)Bu video, hedef gen ekspresyonunu inhibe etmek için plazmit taşıyan RNA interferans (RNAi) bakterilerinin hazırlanmasını göstermektedir. Aşağı akış tahlilleri için dsRNA eksprese eden plakalar üretmek için RNAi bakteri seçimi, büyümesi ve indüksiyon adımlarını ana hatlarıyla belirtir.

Kaynak: Brodl, E., ve diğerleri. Yerinde Biyolüminesans Bakterilerin Hücre Yoğunluğu ve Işık Emisyonunun Ölçümü ve Korelasyonu. J. Vis. Uzm. 1 (2018)Bu video, lüminesans operonunun çekirdek algılama aracılı aktivasyonunu gözlemlemek için deniz biyolüminesans bakterilerinin yetiştirilmesini göstermekte ve mikrobiyal iletişim ve gen regülasyonu çalışmaları için gen ekspresyonunun ve ışık emisyonunun gerçek zamanlı izlenmesini sağlamaktadır.

Kaynak: Gilmore, S.F., ve diğerleri. Aşı Geliştirme için Chlamydia muridarum'dan Rekombinant Majör Dış Membran Proteinine Hücresiz Ölçekli Üretim ve Adjuvan İlavesi. J. Vis. Uzm. (2022)Bu video, çift bölmeli bir sistem kullanılarak nanodisk ile stabilize edilmiş membran protein antijenlerinin hücresiz sentezini göstermektedir. Cihaz, verimli protein sentezi, uygun katlama ve nanodisklere stabil entegrasyon için en uygun koşulları korur.

Kaynak: Bru, J., ve diğerleri, Bakteri Sürülerinin Hızlandırılmış Görüntülemesi ve Toplu Stres Tepkisi. J. Vis. Uzm. (2020)Bu video, bir agar plakası kurulumu ve hızlandırılmış görüntüleme kullanarak, merkezi bir kültürden bir antibiyotikle karıştırılmış aynı kültürü içeren uydu noktalarına doğru bakteri üremesini gözlemleyerek Pseudomonas aeruginosa'nın oğul verme davranışını analiz etme prosedürünü göstermektedir.

Kaynak: Liu, P.C., ve diğerleri. Antibiyotik ilaç seçimi altında bakterilerin adaptif evrimi için düşük maliyetli, otomatik bir morbidostat tasarımı ve kullanımı. J. Vis. Uzm. (2016)Bu video, trimetoprim antibiyotik stresi altında vahşi tip ve trimetoprim dirençli E. coli suşlarının büyümesini ve morfolojisini görselleştirmek ve karşılaştırmak için mikroakışkan bir çipin kullanımını göstermektedir.

Kaynak: Bhaduri, S., ve diğerleri, Sporosarcina pasteurii'nin aracılık ettiği Mikrobiyolojik Olarak İndüklenen Kalsit Çökelmesi. J. Vis. Uzm. (2016)Bu video, üreaz aktivitesini tetiklemek için Sporosarcina pasteurii'yi üre ve kalsiyum klorür ile zenginleştirme yöntemini gösterir ve Mikrobiyolojik Olarak İndüklenen Kalsit Çökeltme veya MICP yoluyla görünür kalsit kristallerinin oluşumuna yol açar.

Kaynak: Figueroa, D.M., et.al. Antimikrobiyal peptit lokalizasyonunu karakterize etmek için bakteriyel sferoplastların ve protoplastların üretimi ve görselleştirilmesi. J. Vis. Uzm. (2018)Bu video, önce filamentasyonu indüklemek için hücre bölünmesini inhibe ederek, ardından hücre duvarının enzimatik sindirimini izleyerek Escherichia coli sferoplastlarının üretimini göstermektedir. İşlem, mikroskobik gözlem için uygun sferoplast oluşumunu ve stabilitesini sağlamak için bir şelatlama maddesi,...

Kaynak: Collins, A.J., ve diğerleri, Ağız Boşluğundan Simbiyotik Sakkaribakterilerin Kararlı İkili Kültürlerinin Oluşturulması. J. Vis. Uzm. (2021)Bu video, Saccharibacteria ve konakçı bakterisinin ikili kültürünün, konakçıya özgü büyüme ortamında sırayla birlikte inkübe edilerek kurulmasını ve sürdürülmesini göstermektedir.

Kaynak: Erdoğan, F., ve diğerleri, Bakteriyel Konjugasyonda Yer Alan Transfer Proteinlerinin Diziye Özgü Analizi için Konjugatif Çiftleşme Deneyleri. J. Vis. Uzm. (2017)Bu video, bir kurtarma plazmidi kullanarak bir F plazmitinin donörden alıcı E. coli hücrelerine aktarılması ve ikili antibiyotik direnci yoluyla transkonjuganların seçilmesi prosedürünü göstermektedir. İşlem, bakteri kültürlerinin karıştırılmasını, çalkalanmadan inkübasyonu, çiftleşme çiftlerinin bozulmasını ve başarılı plazmit...

Kaynak: Cheng, C., ve diğerleri. riboflavin-5′-fosfatın görünür ışık fotolizi yoluyla patojenlerin inaktivasyonu. J. Vis. Uzm. (2022)Bu video, flavin mononükleotidinin (FMN) patojenik bakteriler üzerindeki fototoksik etkilerini değerlendirmek için bir yöntem göstermektedir. Bakteri kültürleri, artan FMN konsantrasyonlarına maruz bırakılır ve hücresel bileşenlere zarar veren reaktif oksijen türleri (ROS) üretmek için görünür ışıkla aydınlatılır. Hayatta kalan bakteriler daha sonra canlılıktaki...

Kaynak: Gupta, S., ve diğerleri. Demir Sınırlı Mikobakteriler Tarafından Üretilen Hücre Dışı Veziküllerin İzolasyonu ve Karakterizasyonu. J. Vis. Uzm. (2019)Bu video, demir stresini indüklemek ve bakterilerin hayatta kalmasını destekleyen sideroforların salgılanmasını teşvik etmek için Mycobacterium tuberculosis'in demir sınırlı koşullar altında kültürlenmesi prosedürünü göstermektedir.

Kaynak: Niu, L., ve diğerleri, Zebra Balığı Embriyolarında Mikobakteriyel Enfeksiyon Sırasında Makrofaj Litik Hücre Ölümünün İntravital Mikroskopi ile Görselleştirilmesi. J. Vis. Uzm. (2019)Bu video, enfeksiyon deneylerinde ve aşağı akış uygulamalarında tutarlı kullanım için bir geç log faz kültüründen bir Mycobacterium marinum tek hücreli süspansiyonun hazırlanmasını göstermektedir.

Kaynak: Paschke, P., ve diğerleri. Bakteriler Üzerinde Seçim ve Büyümeye Dayalı Dictyostelium discoideum Hücrelerinin Genetik Mühendisliği. J. Vis. Uzm. (2019).Bu video, bir hedef gen taşıyan bir plazmidin elektroporasyon yoluyla amip hücrelerine sokulması ve ardından vahşi tip amiplerde verimli gen iletimini sağlamak için bir bakteri takviyesinde geri kazanım prosedürünü göstermektedir.

Kaynak: Gutiérrez, S., vd. al., Makrofajlardan Salmonella typhimurium içeren Fagozomların İzolasyonu. J. Vis. Uzm. (2017)Bu video, deneysel kullanıma uygun temiz, metabolik olarak aktif bir bakteri süspansiyonu elde etmek için Salmonella typhimurium'un kültürlenmesini ve hazırlanmasını göstermektedir.

Kaynak: Lin, P., ve diğerleri. Bakteriyel mineral atılımı yoluyla sodyum tungstat ve sodyum molibdat mikrokapsüllerinin sentezlenmesi. J. Vis. Uzm. (2018).Bu video, bir agar plakası üzerinde seri seyreltme ve koloni izolasyonu yoluyla mineral üretimi için bir monoklonal bakteri kültürünün hazırlanmasını göstermektedir. Plakayı cam boncuklarla sallayarak, tek tek hücreler genetik olarak tekdüze koloniler oluşturmak üzere uzamsal olarak ayrılır ve bunlar daha sonra büyüme için sıvı ortama...

Kaynak: Lin, P., ve diğerleri. Bakteriyel mineral atılımı yoluyla sodyum tungstat ve sodyum molibdat mikrokapsüllerinin sentezlenmesi. J. Vis. Uzm. (2018).Bu video, metal indirgeyici bakterileri metal iyonları ile kültürleyerek sert metal oksit mikrokapsüllerinin sentezlenmesi prosedürünü ve ardından sonikasyon, santrifüjleme ve etanol yıkama yoluyla sıralı saflaştırmayı göstermektedir.

Kaynak: Fuchs, F.M., vd. Düşük Basınçlı Plazma Sterilizasyonunun Bacillus subtilis Sporlarının Hayatta Kalması Üzerindeki Zararlı Etkilerinin Canlı Hücre Mikroskobu Kullanılarak Araştırılması. J. Vis. Uzm. (2017)Bu video, spor çimlenmesinin, canlılığının veya stres tepkisinin mikroskopi tabanlı analizi gibi aşağı akış uygulamalarına olanak tanıyan, tek tip bir tek tabaka oluşturmak için Bacillus subtilis sporlarının üretimini, saflaştırılmasını ve aerosol bazlı biriktirilmesini göstermektedir.

Kaynak: Vieira, J., ve diğerleri. Ek oksijenin kistik fibroz hava yolu mikrobiyomu üzerindeki etkisini incelemek için bir modelin tasarımı ve geliştirilmesi. J. Vis. Uzm. (2021).Bu video, kistik fibroz akciğer balgamının viskozitesini, besin bileşimini ve pH'ını taklit eden yapay bir balgam ortamının hazırlanmasını göstermektedir. Ortaya çıkan ortam, ex vivo çalışmalar için fizyolojik olarak uygun bir platform sağlar.

Kaynak: Maurakis, S. ve Cornelissen, C. N. Metale Duyarlı Genlerin Karakterizasyonu ve Konakçı Ligandlardan Metal Edinimi için Neisseria gonorrhoeae'nin Metalle Sınırlı Büyümesi. J. Vis. Uzm. (2020)Bu video, tanımlanmış, metali tükenmiş bir ortam kullanılarak metal sınırlı koşullar altında Neisseria gonorrhoeae yetiştirme prosedürünü göstermektedir.

Kaynak: Naji, A., ve diğerleri. Caenorhabditis elegans'ta Mit Grubu Streptokokların Neden Olduğu Oksidatif Stresin İncelenmesi. J. Vis. Uzm. (2019).Bu video, konakçı-patojen etkileşim çalışmaları için bakteri kültürleri hazırlamak üzere Todd-Hewitt Maya Ekstraktı veya THY agar ortamı kullanılarak mikroaerofilik koşullar altında Streptococcus mitis'in kültürlenmesine yönelik yöntemi göstermektedir.

Kaynak: Venuprasad, K. ve ark., Hava Yolu Enflamasyonunu İncelemek İçin Fare Modellerinde Haemophilus influenzae'nin Trakeal İçi Uygulaması. J. Vis. Uzm. (2016)Bu video, tiplendirilemeyen Haemophilus influenzae'nin kültürlenmesini ve aşağı akış kolonizasyonu veya enfeksiyon çalışmaları için doz standardize edilmiş bir inokulumun hazırlanmasını göstermektedir.

Kaynak: Stefan, A., ve diğerleri, Escherichia coli'de Protein Birlikte Ekspresyonunun Çok Yönlü Faydaları. J. Vis. Uzm. (2015)Bu video, hücre hazırlama, elektroporasyon, geri kazanım ve transformantların seçimi dahil olmak üzere Escherichia coli'yi antibiyotik direnç geni taşıyan bir plazmit ile dönüştürme prosedürünü göstermektedir.

Kaynak: Jiang, H., Ho, M. Siyanobakterilerde Bozulmamış Fikobilizomun İzolasyonu ve Karakterizasyonu. J. Vis. Uzm.(2021).Bu video, karbondioksit kaynağı ve besin açısından zengin koşullarla sürekli aydınlatma altında hücreleri büyüterek biyokütle elde etmek için siyanobakterilerin kültürlenmesi ve ardından santrifüjleme yoluyla hasat prosedürünü göstermektedir.

Kaynak: Wiegand, D.J., Lee, ve diğerleri, Hızla Büyüyen Bakteri Vibrio natriegens Kullanılarak Hücresiz Protein Ekspresyonu. J. Vis. Uzm. (2019)Bu video, ham ekstrakt üretimi için bakteri peletleri hazırlamak üzere hızlı büyüyen bir bakteri olan Vibrio natriegens'in havalandırılmış koşullar altında yetiştirilmesini ve hasat edilmesini göstermektedir.

Kaynak: Wiegand, D.J., ve diğerleri. Hızla Büyüyen Bakteri Vibrio natriegens Kullanılarak Hücresiz Protein Ekspresyonu. J. Vis. Uzm. (2019).Bu video, yüksek protein sentez hızıyla bilinen, hızla büyüyen bir bakteri olan Vibrio natriegens'ten bir hücre ekstraktının hazırlanmasını göstermektedir. Bakteri peleti, hücresel bozulmayı önlemek için buz üzerinde sonikasyondan önce lizis tamponunda yıkanır ve yeniden süspanse edilir. Lizat, çözünmeyen hücre kalıntılarını ayırmak için santrifüjlenir ve...

Kaynak: Wiegand, D.J., ve diğerleri. Hızla Büyüyen Bakteri Vibrio natriegens Kullanılarak Hücresiz Protein Ekspresyonu. J. Vis. Uzm. (2019).Bu video, birleştirilmiş in vitro transkripsiyon ve translasyon gerçekleştirmek için Vibrio natriegens ham lizatına dayalı bakteriyel hücresiz bir protein ekspresyon sisteminin kullanımını göstermektedir. Temel bileşenlerle bir ana karışımın hazırlanmasını ve bir DNA şablonundan fonksiyonel proteinlerin adım adım sentezini vurgular.

Kaynak: Jian, X., ve diğerleri, Mikrobiyal Mikrodamlacık Kültür Sistemi (MMC) Kullanılarak Otomatik Mikrobiyal Yetiştirme ve Uyarlanabilir Evrim. J. Vis. Uzm. (2022).Bu video, bakterilerin metanol toleransına doğru adaptif evrimini yönlendirmek için mikrobiyal bir mikro damlacık kültür sisteminin kullanımını göstermektedir. Sistem, tasarlanmış bakteri kültürlerini yüksek metanol stres ortamıyla karıştırarak ve bunları mikro damlacıklara bölerek, metanol stresi altında gelişmiş büyüme sergileyen...

Kaynak: Weber, N., ve diğerleri, İpliksi Siyanobakteri Phormidium lacuna'nın Doğal Dönüşümü, Protein Ekspresyonu ve Kriyopkonservasyonu. J. Vis. Uzm. (2022)Bu video, homolog rekombinasyon yoluyla stabil GFP ekspresyonu ve antibiyotik direnci elde etmek için plazmit DNA kullanarak filamentli siyanobakterilerde doğal dönüşüm gerçekleştirmeye yönelik bir prosedürü açıklamaktadır.

Kaynak: Wagner, A. O., ve diğerleri, Kesinlikle Anaerobik / Anoksik Koşullar Altında Mikroorganizmaların Yetiştirilmesi için Ortam Hazırlığı. J. Vis. Uzm. (2019)Bu video, sıkı bir şekilde kontrol edilen, oksijeni giderilmiş koşullar altında oksijensiz çamur kullanılarak anaerobik kültürlerin hazırlanmasını ve aşılanmasını göstermektedir.

Kaynak: Lea-Smith, D.J., ve diğerleri. Model Siyanobakteriyel Türlerde İşaretli ve İşaretsiz Mutantların Üretimi. J. Vis. Uzm. (2016)Video, siyanobakterilerde antibiyotik işaretli mutantlar üretmek için bir yöntem göstermektedir. Protokol, siyanobakterilerin kültürlenmesiyle başlar, ardından yüzey pililerini koruyan santrifüjleme ve yıkama adımları gelir. Daha sonra homolog dizilerle çevrili bir antibiyotik direnç geni taşıyan bir plazmit eklenir. İnkübasyon sırasında, plazmit pili yoluyla...

Atık sudaki çökelmiş katıları taklit eden sentetik bir çamurla tohumlanmış, sızdırmaz, oksijensiz bir reaktör olan anaerobik bir çürütücü ile başlayın.Çamur, karışık bir mikrobiyal topluluk olan mezofilik anaerobik mikropları içerir.Bu mikroplar orta sıcaklıklarda gelişir ve çamurun organik maddesinin sindirimini sağlar.Bakteri aktivitesini sürdürmek ve sindirimi teşvik etmek için çamuru sürekli karıştırın.Daha sonra biyolojik olarak parçalanabilen polimerler olan biyoplastikleri çamurun içine...

Kültürde sabit bir hücre yoğunluğunu koruyan bir cihaz olan bir türbidostat ile başlayın.Cihaz, karıştırılarak sürekli olarak havalandırılan ve sabit bir sıcaklıkta tutulan bakteri kültürüne sahip bir kap içerir.Bir lazer diyot, iki yola bölünmüş bir ışık demeti yayar.Yollardan biri, lazer yoğunluğu dalgalanmalarını izlemek için bir referans sensörüne yönlendirilirken, diğeri kültürden geçer.Bakteri hücreleri ışığı dağıtır ve emer, ikinci bir sensör tarafından algılanan iletilen yoğunluğu...

Bir nitrojen kaynağı ve karbon kaynağı olarak fazla yemeklik yağ içeren bir ortamda, petrolle kirlenmiş topraktan izole edilen bir Pseudomonas aeruginosa bakteri türü ile başlayın.Bu tür, biyoplastik üretiminde yararlı olan uzun zincirli bir polimer olan polihidroksialkanoatı (PHA) sentezler.Havalandırmayı kolaylaştırmak ve bakteri üremesini teşvik etmek için çalkalama altında inkübe edin.Başlangıçta ortam, bakteri çoğalmasını desteklemek ve yüksek biyokütle üretmek için hem karbon hem de...

Gram negatif, tuza dayanıklı bir bakteri olan Alishewanella kültürüyle başlayın.Daha sonra, değişen seviyelerde salin stresini simüle etmek için kültürü artan konsantrasyonlarda sodyum klorür içeren agar plakalarına çizin.Oksijen difüzyonunu önlemek ve kültürü oksijenle sınırlı bir ortamda tutmak için her plakayı katılaşmamış bir ortam tabakası ile kaplayın.Bakteri üremesini desteklemek için plakaları optimum sıcaklıkta kapatın ve inkübe edin.İnkübasyon sırasında bakteri, farklı sodyum klorür...

Kaynak: Arias, S. L. ve diğerleri. Demir Oksit Nanopartikülleriyle Fonksiyonel Manyetik Bakteriyel Nanoselülozun Üretimi. J. Vis. Exp. (2016).Bu video, mannitol içeren bir besin ortamında selüloz üreten bakterilerin kültürlenmesiyle nanoselüloz üretimini göstermektedir. Bakteriler, mannitol'ü glikoza metabolize eder; glikoz polimerize edilip selüloz tabakalarına kristalleşen glukan zincirleri olarak ekstrüze edilir ve hava-sıvı arayüzünde üç boyutlu bir matriks oluşturur. Ortaya çıkan...

Kaynak: Brumfield, K. D. ve diğerleri, Vibrio cholerae Klinik ve Çevresel İzolat Biyotiplerinin Korunması ve Ayırt Edilmesi İçin Laboratuvar Teknikleri. J. Vis. Exp. (2017)Bu video, sıvı ortamda bakteriyel kültürlerin büyümesini gösteriyor. Sallama, havalandırmayı destekler ve besinleri eşit şekilde dağıtır; böylece üstel büyümeyi destekler ve aşağı akış uygulamaları için uygun düzgün, metabolik olarak aktif bir süspansiyon elde eder.

Kaynak: Schumacher, D. ve diğerleri. Yavaş büyüyen sosyal bakteri Myxococcus xanthus'un tam vejetatif hücre döngüsünün floresans canlı hücre görüntülemesi. J. Vis. Exp. (2018)Bu video, yavaş büyüyen bir toprak bakterisi olan Myxococcus xanthus'un hazırlanma ve görüntülemesini gösteriyor. Kültür, floresan mikrokürelerle örtülü bir örtü üzerine uygulanır ve hidrasyon ile besin tedarikini desteklemek için önceden ısıtılmış agaroz yastığı ile örtülür. Bu düzen, bakteriyel hücre bölünmesi sırasında...

Kaynak: Yang, Z. ve diğerleri. Salmonella türleri/Shigella türlerinin taraması için yüksek verimli bir platform. J. Vis. Exp. (2018)Bu video, ksiloz, lizin deoksikolat (XLD) ve kromojenik agar kullanılarak Salmonella'nın seçici zenginleştirilmesini ve tanımlanmasını göstermektedir. Selenit suyu Salmonella büyümesini desteklerken, XLD agar hidrojen sülfür üretimiyle siyah merkezli koloniler ortaya çıkarır. Kromojenik agar, enzim aracılı pigment oluşumu yoluyla kimliği doğrular ve tür düzeyinde...

Kaynak: Jeong, H. ve diğerleri. Kemostat kullanarak mikroorganizmaların uyarlanabilir laboratuvar evrimi prosedürü. J. Vis. Exp. (2016).Bu video, uzun süreli stres koşullarına maruz kalan bir kültürden strese uyum sağlamış bakterilerin seçici izolasyonu ve büyümesini göstermektedir. Kültür, stresör içeren agar üzerine örtülenir ve strestör ile sıvı ortamı aşılamak için tek bir koloni seçilir. Soğukkanlılık, büyümeyi izlemek ve strese uyum sağlamış bakterilerin başarılı izolasyonu doğrulamak...

Kaynak: Villela, H. D. M . ve diğerleri. Metaorganizma Araştırması ve Koruma için Biyoremediasyon ve Probiyotik Geliştirme için Mikrobiyal Suşların Araştırılması. J. Vis. Exp. (2019).Bu video, EE2 içeren ortamda kirletici bozucu deniz bakterilerinin seri seyreltme, koloni seçimi ve büyüme yoluyla izole edilmesini göstermektedir. Protokol, tek karbon kaynağı olarak EE2'yi kullanarak, bu çevresel kirletiyi metabolize edebilen bakteri suşlarını tanımlar.

Kaynak: Villela, H. D. M . ve diğerleri. Metaorganizma Araştırması ve Koruma için Biyoremediasyon ve Probiyotik Geliştirme için Mikrobiyal Suşların Araştırılması. J. Vis. Exp. (2019)Bu video, petrol bazlı ortamda deniz suyu örneklerinin zenginleştirilmesiyle petrol bozucu deniz bakterilerinin seçici izolasyonunu gösteriyor; bu da ham petrol biyoremediasyonu ve çevresel temizlikte potansiyel uygulamalara sahip saf suşların geri kazanılmasını sağlıyor.

Kaynak: Berens, C. ve diğerleri. Bakteriyel virülans faktörlerinin hücre içi sinyal ile girişimini incelemek için indüklenebilir bir ifade sistemi uygulamak. J. Vis. Exp. (2015)Bu video, bakteriyel efektör protein CaeB'nin konak apoptotik kaskadını nerede bozduğunu belirlemek için indüklenebilir bir ekspresyon sisteminin kullanımını göstermektedir. Tetrasiklin-tepkili bir sistemle CaeB-eksprese eden hücrelerin transfekte edilmesi, pro-apoptotik gen ekspresyonunu indüke etmek ve zincir içindeki...

Kaynak: Wei, D. ve diğerleri, Klebsiella pneumoniae tarafından hammadde olarak bambu hidrolizatı kullanarak kimyasal üretimi. J. Vis. Exp. (2017)Bu video, Klebsiella pneumoniae'nin mikroaerobik ve hafif asidik koşullarda hidrolizat bazlı ortamda kültürlenerek bambu kökenli şekerlerin mikrobiyal olarak 2,3-butandiol'e dönüştürülmesini göstermektedir.

Kaynak: Hemmerich, J. ve diğerleri. Otomatik Mikrobiyoreaktör Teknolojisi Kullanarak Heterolog Protein Üretiminin Optimizasyonu İçin Protokol. J. Vis. Exp. (2017).Bu video, farklı ortam formülasyonlarına yanıt olarak bakteriyel büyüme ve floresan protein salgısını izlemek için otomatik bir mikrobiyoreaktör kullanımını göstermektedir. Sekretör floresan protein ifade eden genetik olarak modifiye edilmiş bir bakteri, antibiyotik seçimi altında kültürlenir ve besin çeşitliliğindeki kuyulara...

Kaynak: Lea-Smith, D. J. ve diğerleri. Model siyanobakteriyel türlerde işaretli ve işaretsiz mutantların üretimi. J. Vis. Exp. (2016)Bu video, konsantre hücre süspansiyonlarını gliserol veya DMSO ile birleştirerek ve düşük sıcaklıklarda depolayarak siyanobakteriyel suşların kriyo-korumasını göstererek fotosentez ve genetik çalışmalar için canlı kültürlerin uzun vadeli korunmasını mümkün kılar.

Kaynak: Arias, S. L. ve diğerleri. Demir Oksit Nanopartikülleriyle Fonksiyonel Manyetik Bakteriyel Nanoselülozun Üretimi. J. Vis. Exp. (2016)Bu video, Gluconacetobacter xylinus tarafından üretilen bakteriyel nanoselüloz pellikülünde manyetit nanopartiküllerinin yerinde sentezini göstermektedir. Manyetik bakteriyel nanoselülozun demir iyonu infüzyonu, alkali çökeltme ve arıtma yoluyla nasıl üretildiğini açıklar.

Kaynak: Rufián, J. S. ve diğerleri, Bitki dokusunda Pseudomonas şıringae genlerinin İfadesinin Tek Hücreli Analizi. J. Vis. Exp. (2022)Bu video, bitki hücreleri arasındaki hücrelerarası boşluk olan apoplast içinde çoğalan ve mikrokoloniler oluşturan apoplastik bakterilerin çıkarılması için şırınga tabanlı bir basınç yöntemini gösteriyor. Bu yöntem, aşağı akış tek hücre analizi için uygun olan kalıntısız bakteriyel örnekler elde eder.

Kaynak: Becker, B. ve diğerleri. Mayada Risin Toksin A Zinciri (RTA) kaçakçılığı için gerekli hücresel bileşenleri belirlemek için basit bir floresans tabanlı raporlayıcı testi. J. Vis. Exp. (2017)Bu video, Escherichia coli'de His-etiketli risin toksin A zincirinin (RTA) indüklenebilir ifadesini göstermektedir. Rekombinant ekspresyon plazmidi ile dönüştürülmüş bakterilerin seçici kültürlenmesi, His-etiketli RTA ekspresyonunun indüksiyonu ve bakterinin daha ileri analiz için hazırlanması...

Kaynak: Pokhrel, A., et al. Bakterilerde İnorganik Polifosfat Deneyi. J. Vis. Uzm. (2019).Bu video, bakteri örneklerinde inorganik polifosfatı (poliP) ölçmek için bir kolorimetrik testi göstermektedir. Prosedür, poliP'nin enzimatik olarak serbest fosfata dönüştürülmesini içerir, bu daha sonra mavi renkli bir kompleks oluşturmak için molibdat ve askorbik asit ile reaksiyona girer. Bu kompleksin absorbansını bilinen fosfat konsantrasyonlarının standart bir eğrisi ile karşılaştırarak, bakteri...

Kaynak: Choi, H. J., et al. Aptamer Afinite Boncukları Kullanılarak Gram-Negatif Bakterilerin Akış Yoluyla Ayrılması için Mikroakışkan Akustoforez. J. Vis. Uzm. (2022)Bu video, bir mikroakışkan çip içinde aptamer kaplı mikro boncuklar ve akustik kuvvetler kullanılarak Gram-negatif bakterileri karışık bir bakteri örneğinden seçici olarak ayırma yöntemini göstermektedir.

Kaynak: Brodl, E., et al. Biyolüminesan bakterilerin hücre yoğunluğu ve ışık emisyonunun yerinde ölçümü ve korelasyonu. J. Vis. Uzm. (2018).Bu video, dönüştürülmüş bakterilerde biyolüminesansın hücre yoğunluğu ile ölçümünü ve korelasyonunu göstermektedir. Sıvı bir kültürü başlatmak için tek bir bakteri kolonisi kullanılır. Kültür, istenen hücre konsantrasyonunda bir kuyuya yerleştirilir. Bakteriyel biyolüminesans için gerekli geni ifade etmek için bir antibiyotik ve indükleyici eklenir.

Kaynak: Koeth, LM, et. al., Aerobik Olarak Büyüyen Bakterilerin Dalbavancin İn Vitro Duyarlılık Testi için Bir Referans Et Suyu Mikroseyreltme Yöntemi. J. Vis. Uzm. (2015).Bu video, Gram pozitif bakterilere karşı bir lipoglikopeptid antibiyotiğin minimum inhibitör konsantrasyonunu (MIC) belirlemek için et suyu mikroseyreltme yöntemini göstermektedir. Bakteri kolonisi izolasyonu, seyreltme, değişen antibiyotik konsantrasyonları ile mikroplaka kuyularının aşılanması ve kültür saflığının ve hücre...

Kaynak: Zhang, X. ve diğerleri, Biyomateryalle ilişkili Staphylococcus aureus Enfeksiyonunun İn Vivo Görselleştirmesi ve İntravital Analizi için Bir Zebra Balığı Embriyo Modeli. J. Vis. Uzm. (2019)Bu video, implante edilmiş biyomateryallerle bağlantılı enfeksiyonları incelemek için bir zebra balığı embriyo modelini göstermektedir. Staphylococcus aureus'un polistiren mikrokürelerle enjekte edilmesi, implante edilen materyallerin enfeksiyonu teşvik edici rolünü doğrulayarak bakterilerin hayatta...

Kaynak: Yeung, M., ve diğerleri. Vibrio parahaemolyticus ve diğer vibrio türlerinin tespiti için daha hassas ve spesifik bir kromojenik agar ortamının geliştirilmesi. J. Vis. Uzm. (2016)Bu video, Vibrio türlerini tanımlamak için kültüre dayalı bir yöntemi göstermekte ve kromojenik agarın yaygın olarak kullanılan tiyosülfat-sitrat-safra tuzları-sakaroz veya TCBS agar'a daha doğru bir alternatif olduğunu vurgulamaktadır. Kromojenik agar, türe özgü enzimatik aktiviteleri tespit ederek Vibrio...

Kaynak: Al Ahmar, R., ve diğerleri. Pseudomonas aeruginosa'nın Küçük Koloni Varyantının Kültürü ve Aljinatının Miktar Tayini. J. Vis. Uzm. (2020)Bu video, asit hidrolizinden sonra üronik asitleri tespit etmek için karbazol kullanılarak Pseudomonas aeruginosa tarafından üretilen aljinatı ölçmek için kolorimetrik bir tahlili göstermektedir. Yöntem, araştırma ve klinik çalışmalarda bakteriyel biyokütleye normalize edilmiş aljinat üretiminin karşılaştırmalı analizini sağlar.

Kaynak: Al Ahmar, R., ve diğerleri. Pseudomonas aeruginosa'nın Küçük Koloni Varyantının Kültürü ve Aljinatının Miktar Tayini. J. Vis. Uzm. (2020)Bu video, Pseudomonas aeruginosa tarafından üretilen koruyucu bir ekzopolisakkarit olan aljinatı ölçmek için kolorimetrik bir immünolojik testi göstermektedir. Prosedür, bir mikroplakanın numune ile kaplanmasını, spesifik antikorların uygulanmasını ve ölçülebilir bir renk değişikliği oluşturmak için bir enzim-substrat reaksiyonunun kullanılmasını...

Kaynak: Hassan, J. A. ve diğerleri. Pseudomonas syringae pv'ye Direncin Yüksek Verimli Tanımlanması. Fide Taşkın Tahlili kullanılarak Domateste Domates. J. Vis. Uzm. (2020).Bu video, bakteri süspansiyonu ile aşılanmış on günlük fideler kullanılarak farklı domates türlerinde bakteri direncini taramak için bir yöntem göstermektedir. Bakterilerin stomaları nasıl istila ettiğini, bitki bağışıklığını baskılamak için efektör proteinleri nasıl ilettiğini ve bitki tepkilerinin duyarlı ve dirençli...

Kaynak: Anderson, Q. L. ve diğerleri. Yüksek verimli, Yüksek içerikli, Sıvı bazlı bir C. elegans Patosystem. J. Vis. Uzm. (2018)Bu video, konakçı-patojen etkileşimleri sırasında gen yıkımlarını incelemek için Caenorhabditis elegans kullanan yüksek verimli bir tarama yöntemini göstermektedir. Patojen kaynaklı solucan öldürmenin etkilerini değerlendirmek için devrilme solucanlarının hazırlanması ve bunların tahlil plakalarına aktarılması prosedürünü özetlemektedir.

Kaynak: Cayron, J. ve Lesterlin, C. Stres Tedavileri Altında Bakteri Büyümesinin Çok Ölçekli Analizi. J. Vis. Uzm. (2019)Bu video, canlılığı ölçmek için kaplama ve hücre boyutunu ve DNA içeriğini analiz etmek için akış sitometrisi kullanarak hücre bölünmesini inhibe eden antibiyotik tedavisi altında E. coli filamentasyonunu ve DNA replikasyonunu değerlendirme prosedürünü göstermektedir.

Kaynak: Cheng, C., ve diğerleri. riboflavin-5′-fosfatın görünür ışık fotolizi yoluyla patojenlerin inaktivasyonu. J. Vis. Uzm. (2022).Bu videoda, L-metiyonin, nitro mavi tetrazolyum (NBT) ve flavin mononükleotidi (FMN) içeren tamponlu bir reaksiyon karışımı, reaktif oksijen türlerinin (ROS) üretimini indüklemek için mor ışıkla ışınlanır. Bu, bakteriyel inaktivasyona ve spektrometrik olarak saptanabilir formazan oluşumuna yol açar.

Kaynak: Weber, N. ve diğerleri, İpliksi Siyanobakteri Phormidium lacuna'nın Doğal Dönüşümü, Protein Ekspresyonu ve Kriyopkonservasyonu. J. Vis. Uzm. (2022)Bu video, filamentli siyanobakterilerde fototaksiyi incelemek için odaklanmış bir LED tabanlı testi göstermektedir. Bakteriler ışık kaynağına doğru göç ederek, aydınlatılan merkezde, yakalanan görüntünün piksel yoğunluğu analizi yoluyla görselleştirilen ve ölçülen yoğun bir birikim oluşturur.

Kaynak: Balczon, R., ve diğerleri. Pulmoner Endotel Hücrelerinin Pseudomonas aeruginosa Tarafından Enfeksiyonunu Takiben Sitotoksik Amiloidleri Saptama Yöntemleri. J. Vis. Uzm. (2018)Bu video, amiloid beta tabaka yapılarına bağlanan bir floresan boya olan tiyoflavin T kullanılarak, virülan bakterilerle enfekte olmuş pulmoner endotel hücrelerinden alınan kültür süpernatantlarındaki amiloidleri ölçmek için protokolü göstermektedir. Başlangıca kıyasla floresandaki bir artış, kültür süpernatanında...

Kaynak: Speare, L., ve diğerleri. Vibrio fischeri İzolatları Arasındaki Rekabetçi Etkileşimleri Ölçmek için Coincubation Asword. J. Vis. Uzm. (2019)Bu video, bakteri suşlarının ortak bir ortamda nasıl rekabet ettiğini incelemek için kullanılan bir ortak inkübasyon testini göstermektedir. Bu etkileşimleri yönlendiren temasa bağlı veya temastan bağımsız öldürme gibi mekanizmaları tanımlamak için mikrobiyolojide yaygın olarak uygulanır.

Kaynak: Venkateswaran, S., ve diğerleri. Tıbbi Cihazlar için Bakteri Kovucu Polimerlerin Yüksek Verimli Tanımlanması. J. Vis. Uzm. (2016)Bu video, karışık bakteri kültürlerine maruz bırakılan bir mikrodizi slaytı kullanarak bakteri kovucu polimerleri tanımlamak için yüksek verimli bir yöntemi göstermektedir. Bakteriyel bağlanma, azaltılmış sinyalin minimum yüzey ekine sahip polimerleri gösterdiği DAPI floresansı ile değerlendirilir.

Kaynak: Barber, A. E., ve diğerleri. Ateşli silah kalıntısının varsayımsal tespiti için yeni bir bakteriyel biyosensörün hazırlanması ve uygulanması. J. Vis. Uzm. (2019).Bu video, bakteriyel bir biyosensör kullanılarak spesifik analitlerin tespitini göstermektedir. Analite duyarlı bir promotör altında kırmızı floresan protein (RFP) genine sahip bir plazmit taşıyan bir bakteri kültürü alınır. Test yüzeyi iyice silindikten sonra, mendilin küçük bir bölümü kültüre daldırılır ve inkübe edilir.

Kaynak: Augimeri, R. V. ve diğerleri, Bakterilerde Etilen Tepkisini İncelemek İçin Bir Araç Olarak Etilen Salan Bileşik 2-Kloroetilfosfonik Asitin Kullanılması. J. Vis. Uzm. (2016)Bu video, 2-kloroetilfosfonik asit (CEPA) tarafından üretilen etilenin bakteri üremesi ve selüloz üretimi üzerindeki etkisini göstermektedir. Etilen, selüloz sentezini uyaran sinyal yollarını aktive ederek pelikül oluşumunun artmasına neden olur. Bu sonuçlar, etilene bakteriyel tepkiyi vurgulamaktadır.

Kaynak: Cayron, J., ve diğerleri. Stres Tedavileri Altında Bakteriyel Büyümenin Çok Ölçekli Analizi. J. Vis. Uzm. (2019).Bu video, stres koşulları altında bakteri hücrelerini görüntülemek için mikroakışkan bir plakanın nasıl hazırlanacağını ve kullanılacağını gösterir. Bir bakteri kültürü ve strese neden olan bir antibiyotik ortamının tanıtılması, ardından hücre yüklemesi ve mikroskobik kurulum sürecini ana hatlarıyla belirtir. Faz kontrast modunda hızlandırılmış görüntüleme daha sonra, inhibe...

Kaynak: Sekar, A., vd. al., İlaç Salınımlı Malzemelerin Uzunlamasına Antibakteriyel Aktivitesini Belirlemek İçin Yeni Bir Yöntem. J. Vis. Uzm. (2023)Bu video, antibiyotiğe maruz kalan bakteri kültürlerinde azalan ATP güdümlü lüminesansı ölçerek antibiyotik yüklü bir polimerik şeridin antibakteriyel etkinliğini değerlendirmek için lüminesans bazlı bir tahlili göstermektedir.

Kaynak: Zhu, W., & Chu, W. Hidrojen Sülfür Üreten Bakterilerin Tespiti için Hassas Görsel Yöntem. J. Vis. Uzm. (2022)Bu video, hidrojen sülfür üreten bakterilerin hızlı tespiti için hassas bir görsel yöntemi göstermektedir. Sarıdan siyaha renk değişimi, bizmut sülfür oluşumu yoluyla bakteriyel aktiviteyi gösterir.

Kaynak: Bennett, J.A., ve diğerleri. Streptomyces Gelişimsel Mutantlarının Görsel ve Mikroskobik Değerlendirmesi. J. Vis. Uzm. (2018)Bu video, vahşi tip ve mutant Streptomyces coelicolor suşlarının yetiştirilmesini ve fenotipik karşılaştırmasını göstermektedir. Spontan mutasyonları en aza indirmek, çapraz kontaminasyonu önlemek ve uygun kaplama teknikleri yoluyla bakteri üremesini teşvik etmek için prosedürleri özetlemektedir. Son olarak video, bakteri suşlarındaki mutasyonların gelişimsel...

Kaynak: Francis, M. B., ve diğerleri. Bakteriyel spor çimlenmesi sırasında korteks fragmanlarının tespiti. J. Vis. Uzm. (2016).Bu video, zaman içinde indirgeyici şekerlerin salınımını ölçerek bakteri sporu çimlenmesi sırasında korteks bozulmasını tespit etmek için kolorimetrik bir yöntem göstermektedir. N-asetilglukozamin standartlarını ve zaman noktası örneklerini kullanan tahlil, korteks hidrolizinin derecesini gösteren mor bir kromojenik reaksiyon yoluyla şeker konsantrasyonunu ölçer.

Kaynak: Stenzler, BR ve diğerleri, Cıva ve Kadmiyumun Tespiti için Anaerobik Biyosensör Testi. J. Vis. Uzm. (2018)Bu video, anaerobik koşullar altında cıva iyonlarının biyolojik olarak kullanılabilir fraksiyonunu doğru bir şekilde ölçmek için genetiği değiştirilmiş bakteriyel biyosensörlerin kullanımını göstermektedir. Test, magnezyum sülfat konsantrasyonunu değiştirerek, floresan yoğunluğundaki değişikliklerle gösterildiği gibi, biyosensörün serbest cıva iyonlarına seçici olarak yanıt...

Kaynak: Vidilaseris, K., ve diğerleri. Thermotoga maritima Membrana Bağlı Pirofosfataz İnhibitörlerinin taranması. J. Vis. Uzm. (2019)Bu video, ortofosfat salınımını ölçerek bakteriyel membrana bağlı pirofosfataz (mPPaz) inhibitörlerini taramak için kolorimetrik bir tahlil göstermektedir. Yöntem, potansiyel bir antimikrobiyal ilaç hedefi olan Thermotoga maritima'dan mPPaz'ı inhibe eden bileşiklerin tanımlanmasını sağlar.

Kaynak: Sarathy, J. P. ve diğerleri. Tüberküloz Lezyonlarında İlaç Penetrasyonunu Tahmin Eden Bir İn Vitro Caseum Bağlanma Testi. J. Vis. Uzm. (2017)Bu video, hızlı denge diyalizi kullanılarak tüberküloz lezyonlarından kazeuma ilaç bağlanmasını ölçmek için bir in vitro testi göstermektedir. Kazeum süspansiyonlarının hazırlanması, diyaliz yapılması ve kazeuma ilaç penetrasyonunu tahmin etmek için bağlanmamış ilaç fraksiyonunun hesaplanması için adımları özetlemektedir.

Kaynak: Rugjee, K. N. ve diğerleri, Pseudomonas aeruginosa'da c-di-GMP Sinyalini Modüle Eden Küçük Moleküllerin Taranması için Yüksek Verimli Bir Kurulumun Kurulması. J. Vis. Uzm. (2016)Bu video, elektroporasyon kullanılarak Pseudomonas aeruginosa'da siklik-di-GMP'ye duyarlı bir raportör suşunun oluşumunu göstermektedir. Başarılı dönüşüm, antibiyotik seçimi ve floresan bazlı analiz ile...

Kaynak: Rugjee, K. N., ve diğerleri. Pseudomonas aeruginosa'da c-di-GMP Sinyalini Modüle Eden Küçük Moleküllerin Taranması için Yüksek Verimli Bir Kurulumun Kurulması. J. Vis. Uzm. (2016).Bu video, c-di-GMP'ye duyarlı bir promotörün kontrolü altında yeşil floresan proteini (GFP) eksprese eden genetiği değiştirilmiş bakteriler kullanılarak siklik di-GMP modülatörlerinin taranmasını göstermektedir. Floresan, farklı test bileşikleri içeren çok kuyulu bir plakada ölçülür. C-di-GMP üretimini...

Kaynak: Chapman, I.J., ve diğerleri, Akış Sitometrisi Kullanarak Fotosentetik Bir Organizmada (Microcystis aeruginosa) Hücre Ölümünü Belirlemek için Moleküler Prob Optimizasyonu. J. Vis. Uzm. (2016)Bu video, floresan prob etiketlemesini fikosiyanin otofloresan ve prob sinyalinin akış sitometrik analizi ile birleştirerek canlı ve ölü Microcystis aeruginosa hücrelerini ayırt etme yöntemini göstermektedir.

Kaynak: Nickling, J.H., et.al. Kanonik olmayan amino asitlerin seçici basınçla birleştirilmesiyle üretilen antimikrobiyal peptitler. J. Vis. Uzm. (2018)Bu video, nisin varyantlarının antimikrobiyal aktivitesini değerlendirmek için kullanılan bir agar kuyusu difüzyon testini göstermektedir. Membrana bağlı peptidaz NisP'yi eksprese eden Lactococcus lactis'in , E. coli'de üretilen nisin öncüllerini nasıl aktive ettiğini ve bunun sonucunda büyüme inhibisyon halelerine neden olduğunu gösterir. Bu...

Kaynak: Tokunou, Y., ve diğerleri, Shewanella oneidensis MR-1'de Hücre Dışı Elektron Taşınması Üzerindeki Döteryum Kinetik İzotop Etkisinin Elektrokimyasal Tespiti. J. Vis. Uzm. (2018)Bu video, proton transferinin elektroaktif bakterilerde hücre dışı elektron taşınmasını (EET) nasıl etkilediğini değerlendirmek için tam hücre elektrokimyasal yöntemini göstermektedir. Yöntem, döteryum oksit kullanarak protonları döteronlarla değiştirerek, kinetik bir izotop etkisini ortaya çıkarmak için akımdaki...

Kaynak: Dodge, R., ve diğerleri. Drosophila mikrobiyomuna uygulanan 96 oyuklu plaka formatında hızlı koloni oluşturan birim sayımı. J. Vis. Uzm. (2023)Bu video, seri seyreltme ve kaplama yaklaşımı kullanılarak Drosophila sineklerinde bağırsakla ilişkili bakterilerin koloni oluşturan birimlerinin (CFU'lar) miktarının belirlenmesini göstermektedir. Bağırsak bakterileri içeren homojenize sinek örnekleri seri olarak seyreltilir, agar üzerine kaplanır ve koloni büyümesine izin vermek için inkübe...

Kaynak: Maurakis, S., ve diğerleri. Metale Duyarlı Genlerin Karakterizasyonu ve Konakçı Ligandlardan Metal Edinimi için Neisseria gonorrhoeae'nin Metal Sınırlı Büyümesi. J. Vis. Uzm. (2020).Bu video, metale duyarlı genlerin rolünü incelemek için metal sınırlı bir bakteri büyüme testini göstermektedir. Metalden yoksun ortamda yetiştirilen vahşi tip ve mutant bakteriler, metal ligandı ile inkübe edilir ve büyümeleri bir plaka okuyucu kullanılarak izlenir. Metalin tükendiği koşullar altında, vahşi...

Kaynak: Maurakis, S. ve Cornelissen, C. N. Metale Duyarlı Genlerin Karakterizasyonu ve Konakçı Ligandlardan Metal Edinimi için Neisseria gonorrhoeae'nin Metalle Sınırlı Büyümesi. J. Vis. Uzm. (2020)Bu video, ligand bağlanması, antikor tespiti ve kolorimetrik görselleştirmeyi içeren bir nokta leke tahlili kullanılarak metal sınırlı koşullar altında yetiştirilen Neisseria gonorrhoeae'de yüzey metal taşıyıcılarını tespit etme prosedürünü göstermektedir.

Kaynak: Chen, Y., ve diğerleri, Fonksiyon Kazanımı Raportör Sistemleri ile Spesifik Mikobakteriyel Yanlış Çeviri Oranlarının Ölçümü. J. Vis. Uzm. (2019)Bu video, indüklenebilir bir GFP ve salgılanan mutant lusiferaz raportör sistemi kullanarak Mycobacterium smegmatis'teki yanlış çeviriyi ölçmek için bir yöntem göstermektedir. Yanlış çeviriden kaynaklanan lüminesansın nasıl ölçüldüğünü ve bir test molekülünün çeviri doğruluğu üzerindeki etkisini değerlendirmek için GFP floresansı ile nasıl...

Kaynak: Gilmore, S. F. ve diğerleri. Aşı Geliştirme için Chlamydia muridarum'dan Rekombinant Majör Dış Membran Proteinine Hücresiz Ölçekli Üretim ve Adjuvan İlavesi. J. Vis. Uzm. (2022)Bu video, nanopartikül bazlı aşı kompleksleri içindeki ana dış zar proteininin (MOMP) yapısal bütünlüğünü değerlendirmek için Western blotlamanın kullanımını göstermektedir. Protein transferi, antikor etiketleme ve floresan görüntüleme ile ilgili temel adımları özetlemektedir.

Kaynak: Stefan, A., ve diğerleri. Escherichia coli'de Protein Birlikte Ekspresyonunun Çok Yönlü Faydaları. J. Vis. Uzm. (96), (2015).Bu video, bir beta-glukozidaz testi kullanılarak bakterilerde mutasyon sıklığının değerlendirilmesini göstermektedir. Düzeltme okuması eksik bir DNA polimeraz eksprese eden bakteri kültürleri, ardışık nesiller boyunca toplanır. Azaltılmış düzeltme okumasının neden olduğu replikasyon hataları, bastırılmış bir beta-glukozidaz genini aktive edebilir. Santrifüjleme ve...

Kaynak: Jian, X. ve diğerleri, Mikrobiyal Mikrodamlacık Kültür Sistemi (MMC) Kullanılarak Otomatik Mikrobiyal Yetiştirme ve Uyarlanabilir Evrim. J. Vis. Uzm. (2022)Bu video, bakteri üremesinin gerçek zamanlı izlenmesi için mikroakışkan damlacık tabanlı bir platformun kullanımını göstermektedir. Sistem, bakteriyel süspansiyonlar içeren tekdüze damlacıklar üreterek ve bunları bir algılama yolu boyunca yönlendirerek, bir büyüme eğrisi oluşturmak için hücre yoğunluğunun sürekli optik ölçümüne...

Çok kuyulu bir plakada, ribonükleik asit anti-terminatörünün veya RAT dizisinin akış aşağısında bir floresan raportör geni taşıyan bir plazmit ile dönüştürülmüş bir Corynebacterium glutamicum kültürü alın.Transkripsiyon sırasında, RAT-RNA, RNA polimerazı bloke eden ve raportör gen ekspresyonunu durduran bir kök ilmek yapısı oluşturur.Plazmit ayrıca, RAT-RNA bağlayıcı protein, LicT ve mavi ışığa duyarlı VVD alanını içeren bir füzyon proteini olan LicV'yi yapısal olarak eksprese eder.Karanlıkta,...

Bir ekzopolisakkarit matrisi içinde süspanse edilmiş gümüş nanopartiküllerle işlenmiş bakteri hücrelerini içeren bir bulamaçla başlayın.Sabit bir pH'ı korumak için bulamaca bir fosfat tamponu ekleyin.Daha sonra, glikoz ve çözünür redoks indikatörü içeren bir çözelti ekleyin, ardından karışımı inkübe edin. Redoks göstergesi bir elektron alıcısı görevi görür.İnkübasyon sırasında, glikoz ve redoks göstergesi metabolik olarak aktif bakteri hücrelerine girer.Hücreler solunum sırasında glikozu...

Bir bakteri kültürünün seri seyreltmelerini alın ve büyüme ortamı içeren kalorimetrik şişelere alikotlar ekleyin.Metabolik ısı üretimini ölçmek için kapalı şişeleri izotermal mikrokalorimetrenin çok kuyulu plakasına yükleyin.Cihaz, tespit edilen ısının yalnızca bakteri metabolizmasından kaynaklandığından emin olmak için sabit bir sıcaklıkta tutulur.Bakteriler besinleri metabolize edip çoğaldıkça, sensörlerin gerçek zamanlı olarak algıladığı ısıyı serbest bırakırlar.Paralel olarak, aynı şişeleri...

Kaynak: Ali, I. ve diğerleri. Caenorhabditis elegans sağlığına etkisi olan mikrobiyal izolatların yüksek verimli taraması. J. Vis. Exp. (2022)Bu video, Caenorhabditis elegans'ta bağırsak bakterilerinin stres direncini nasıl etkilediğini değerlendirmek için yüksek verimli bir floresan testi göstermektedir. Patlamış bağırsak granüllerinden mavi floresansı takip ederek, test bakterilerine maruz kalan solucanlarda daha erken ölüm sinyallerini ortaya çıkarıyor.

Kaynak: Sutlief, A. L. ve diğerleri. Pseudomonas aeruginosa üzerindeki kayma stresinin otomatik yüksek verimli mikrofluidik sistem kullanılarak canlı hücre analizi. J. Vis. Exp. (2019).Bu video, bakteriyel kültürlerde kesme stresi çalışmaları için mikrofluidik bir plakanın hazırlanmasını göstermektedir. Kanallar ortamla astarlandıktan sonra, bakteri hücreleri deneysel kanala getirilir ve bağlanmak üzere kuluçka yapılır. Kalıntı ortam ve kültür çıkarılarak sistem sonraki kesme stresi...

Kaynak: Brumfield, K. D. ve diğerleri. Vibrio cholerae biyotiplerinin klinik ve çevresel izolatlarının korunması ve ayırt edilmesi için kullanılan laboratuvar teknikleri. J. Vis. Exp. (2017)Bu video, aktif göç eden hücreler etrafında kırmızı bölge oluşumu yoluyla metabolik aktiviteyi görselleştirerek trifeniltetrazolyum klorür kullanılarak Vibrio cholerae suşlarının hareketliliğini değerlendirip karşılaştırmak için yumuşak bir agar testini göstermektedir.

Kaynak: Brumfield, K. D. ve diğerleri, Vibrio cholerae Klinik ve Çevresel İzolatlarının Biyotiplerini Korumak ve Ayırt Etmek İçin Laboratuvar Teknikleri. J. Vis. Exp. (2017).Bu video, Vibrio cholerae'nin üç biyotipini ayırt etmek için yapılan Voges-Proskauer (VP) testini gösteriyor: klasik, vahşi tip El Tor ve El Tor varyantı. Her kültür, glikoz içeren bir ortama aşılanır, inkubasyon edilir ve asetoin varlığını tespit etmek için α-naftal ve potasyum hidroksit ile muamele edilir.

Kaynak: Mettrick, K. A., Lawrence ve diğerleri, Floresan Repressör Operatör Sistemi Kullanarak E. coli'de Site-Specific Replikasyon Tıkanıklığının İndüksiyonu. J. Vis. Exp. (2016)Bu video, kromozom tetO dizilerine bağlanan sarı floresan protein etiketli TetR'nin arabinoz kaynaklı ekspresyonu kullanarak Escherichia coli'de siteye özgü replikasyon çatal tıkanıklığını göstermektedir.

Kaynak: Domesle, K. J. ve diğerleri. Hayvansal Gıda Salmonella'yı Taramak ve Kültür İzolasyonundan Salmonella'yı Doğrulamak için Döngü Aracılı İzotermal Amplifikasyon. J. Vis. Exp. (2020).Bu video, hedef bakteri genini sabit sıcaklıkta amplifikasyonla tespit etmek için döngü aracılı izotermal amplifikasyon (LAMP) tekniğini göstermektedir. Reaksiyon karışımı, izotermal ana karışım, hedef gen için özel primerler ve DNA şablonları içeren örnekler eklenerek hazırlanır. Amplifikasyon bir LAMP...

Kaynak: Aigrain, L. ve diğerleri. Elektroporasyon yoluyla canlı mikroorganizmalarda floresan biyomoleküllerin içselleştirilmesi ve gözlemlenmesi. J. Vis. Exp. (2015)Video, elektroporasyon kullanılarak floresan biyomoleküllerin elektro yetkili mikrobiyal hücrelere nasıl teslim edildiğini gösteriyor. Süreç, florofor etiketli DNA veya proteinlerin soğutulmuş hücre süspansiyonuna eklenmesiyle başlar. Daha sonra yüksek voltajlı bir darbe uygulanarak geçici membran gözenekleri oluşturulur ve...

Kaynak: Kurokawa, M. ve diğerleri. Bakteriyel Büyümenin Kesin, Yüksek Verimli Analizi. J. Vis. Exp. (2017)Bu video, mikroplaka okuyucu kullanılarak bakteri büyümesinin yüksek verimli niceliklendirilmesini gösteriyor. Kültür hazırlığı, optik yoğunluk ölçümü ve büyüme dinamiklerinin analizi aşamalarını özetler.

Kaynak: Dahl, J. ve ark. Escherichia coli Chaperone HdeB'nin pH-Bağımlı Aktivitesinin Tespiti In Vitro ve In Vivo. J. Vis. Exp. (2016)Bu video, asit ve ısı stresi altında bir substrat proteininde çaperon aktivitesini değerlendirmek için floresans spektrofotometre tabanlı bir testi göstermektedir. Işık saçılması yoluyla substratın açılması ve toplanmasının izlenmesi adımlarını, eşlikçi ile ve olmadan koşulları karşılaştırarak açıklar.

Kaynak: Dahl, J. ve diğerleri. Escherichia coli Chaperone HdeB'nin pH-Bağımlı Aktivitesinin Tespiti In Vitro ve In Vivo. J. Vis. Exp. (2016)Bu video, asit stresi sırasında asitle aktive edilmiş bir şaperonun koruyucu etkisini değerlendirmek için rekombinant E. coli kültürlerinin kullanımını göstermektedir. Bakteriyel büyüme izleme, kontrol koşullarına kıyasla şaperon eksprese eden kültürlerde daha iyi hayatta kalma oranını ortaya koymakta olup, stres koşullarında protein stabilizasyonunda...

Kaynak: Stenum, T. S. ve diğerleri. Escherichia coli'de transfer RNA'larının bolluğu ve şarj seviyelerinin nicelendirilmesi. J. Vis. Exp. (2017)Bu video, E. coli'de transfer RNA'larının şarj seviyelerini tespit etmek ve karşılaştırmak için jel elektroforezi ve kuzey blotlama kullanımını göstermektedir; aminoasillenmiş ve deasillenmiş formları ayırarak karşılaştırılır.

Kaynak: Gulla, S. ve diğerleri. Çoklu lokus değişken sayı Tandem tekrarı Balık patojenik bakteri Yersinia ruckeri'nin Multiplex PCR ve Kapiller Elektroforez ile analizi. J. Vis. Exp. (2019).Bu video, balık-patojenik bakteriden türetilen floresan etiketli değişken sayı tandem tekrarı (VNTR) amplikonlarının ayrılma prosedürünü göstermekte, bakteriyel tanımlama için boyuta özgü elektroferogram profilleri oluşturmak amacıyla kapiller elektroforez kullanılarak sunulmaktadır.

Kaynak: Hockett, K. L. ve Baltrus, D. A. Bakteriyel üretilen inhibitör bileşikleri taramak için yumuşak agar kaplama tekniğinin kullanımı. J. Vis. Exp. (2017)Bu video, antibiyotikle indüklenen donör suşundan süpernatantın test sürünü içeren yumuşak agar kaplamasına yerleştirilerek bakteriyosin kaynaklı öldürme yöntemini göstermektedir. Kuluçka sonrası oluşan net bölgeler bakteriyel inhibisyonu gösterir.

Kaynak: Cabeen, M. T. ve diğerleri. Bacillus subtilis'in Tek Hücreli Mikrofluidik Analizi. J. Vis. Exp. (2018)Video, tek hücre düzeyinde bakteri büyümesini gözlemlemek için mikrofluidik bir cihazın kullanıldığını gösteriyor. Mikro ölçekli hendeklerde hapsedilmiş hareketsiz bakteriyel hücrelerin sürekli olarak floresan mikroskobu altında nasıl görüntülendiğini ve beslendiğini gösteriyor. Bu kurulum, hücre bölünmesi ve soy takibinin birden fazla nesil boyunca gerçek zamanlı görselleştirilmesini...

Kaynak: Scheidweiler, D. ve diğerleri. Akışkan Cihazların Mikroskopi ve Akış Sitometrisi ile Birleştirilerek Gözenekli Ortamlarda Mikrobiyal Taşınımı Mekansal Ölçeklerde İncelemek. J. Vis. Exp. (2020).Bu video, rastgele düzenlenmiş sütunlardan oluşan gözenekli bir matriks aracılığıyla bakteri hareketliliğini ölçmek için mikrofluidik bir cihazın kullanıldığını gösteriyor. Fluoresan etiketli bakteriler cihaza dahil edilir, gözenekli matriksin içinden gözlem kanalına ilerlerken mikroskopi ile...

Kaynak: Kim, H. ve ark., Yüksek verimli Genetik Enzim Tarama Sistemi Kullanarak Çok Enzimli Tarama. J. Vis. Exp. (2016)Bu video, metagenomik fosmid kütüphaneleri ve kromojenik substratlar kullanılarak enzim ifadesini tespit etmek için genetik tarama yöntemini göstermektedir. Akış sitometrisi, renkli ürünler üreten tek hücreleri tanımlar ve izole eder; böylece aktif enzim eksprese eden hücrelerin yüksek verimlilikte seçimini sağlar.

Kaynak: Samuels, D. J. ve diğerleri. Staphylococcus aureus'un metabolit analizi için Tandem Sıvı Kromatografi–Kütle Spektrometrisi Tabanlı Yaklaşım. J. Vis. Exp. (2017)Bu video, S. aureus'tan hücre içi metabolitleri tanımlamak ve nicelendirmek için sıvı kromatografi-kütle spektrometrisinin kullanımını göstermektedir. Metabolit ekstraksiyonu, peptid normalizasyonu, sıvı kromatografi ve kütle spektrometrik analizinde yer alan adımları özetlemektedir.