Patojenik Bakteriden Termal Liz Temelli Genomik DNA Ekstraksiyonu

Özet

Kaynak: Gulla, S. ve diğerleri. Çoklu lokus değişken sayı Tandem tekrarı Balık patojenik bakteri Yersinia ruckeri'nin Multiplex PCR ve Kapiller Elektroforez ile analizi. J. Vis. Exp. (2019).

Bu protokol, izole kolonileri ultra saf suda askıya alarak ve hücreleri lizlemek için ısı uygulayarak Yersinia ruckeri'den genomik DNA çıkarır. Santrifüjleme, DNA içeren süpernatantı hücre kalıntılarından ayırır ve PCR tabanlı genotipleme ve epidemiyolojik analiz için uygun şablon DNA elde eder.

Protokol

1. Genomik DNA'nın Bakteriyel Yetiştirilmesi ve Ekstraksiyonu

1. Uygun herhangi bir agar türüne Y. ruckeri saf kültürleri ekin (yazarlar %5 sığır kan agari kullandı) ve 22 °C'de 1-2 gün, 15 °C'de 3-4 gün kuluçka yapın.
2. Her agar plakasından, aşılama döngüsü olan tek bir temsilci koloni seçin ve 50 μL ultra saflaştırılmış su içeren 1,5 mL santrifüj tüplerine aktarın. Askıya alın, kısa bir girdap oluşturun ve 100 °C'de bir ısıtma bloğunda 7 dakika kuluçka yapın.
3. 16.000 x g hassasiyetinde 3 dakika santrifüj yapın ve bir pipet kullanarak süpernatantı dikkatlice boş 1,5 mL santrifüj tüpüne aktarın. Üst DNA olarak bir sonraki adıma geçin veya o zamana kadar -20 °C'de depolayın.

Malzemeler

Bu makalede kullanılan malzemelerin listesi

Ad	Şirket	Katalog numarası	Yorumlar
22°C/15°C kuluçka makinesi	Tercihine göre.	NA
Santrifüj(ler)	Tercihine göre.	NA
Eppendorf Güvenli Kilitli Tüpler, 1.5 mL	Eppendorf	30120086	DNA çıkarımı sırasında kullanılan santrifüj tüpleri.
Dondurucu	Tercihine göre.	NA
Isıtma bloğu	Tercihine göre.	NA
Milli-Q su	NA	NA	PCR ve kapiler elektroforezi sırasında kullanılan saf su. Standart tarif; Şirket içinde üretildi.
Yersinia ruckeri'nin saf kültürü	NA	NA	Örneğin, kriyokonserve veya taze olarak.
Vortexer	Tercihine göre.	NA