Yöntem makalesi

Bir Hedef Proteine Yüksek Afiniteye Sahip Proteinleri Seçmek için Faj Ekranını Kullanma

8 Temmuz 2025

Bu makalede

Özet

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Kaynak: Zhang, W., et al., E3 Ligazları için Ubiquitin Varyant Modülatörleri Geliştirmek için Faj Ekranını Kullanma. J. Vis. Uzm. (2021)

Bu videoda, hedef proteine yüksek afiniteye sahip proteinleri ifade eden önceden tasarlanmış fajları izole etmek için faj görüntüleme tekniğini gösteriyoruz.

Protokol

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. Faj kitaplığını hazırlayın

  1. Faj kütüphanesini buz üzerinde çözün ve PBS'deki kütüphane çeşitliliğinin 100 katına kadar seyreltin. Örneğin, kitaplık çeşitliliği 1 x 1010 ve kitaplık konsantrasyonu 1 x 1013 ise, kitaplığı 1 x 1012 olacak şekilde seyreltin. Burada kullanılan kütüphaneler için, kütüphanenin 1 mL'sini 9 mL PBS ile birleştirerek PBS'de 10 kat seyreltin.
    not: Kütüphane çeşitliliği, kütüphane oluşturulurken belirlenmelidir ve başka türlü kolayca değerlendirilemez. Kütüphane konsantrasyonu, E. coli hücrelerinin orta log fazında aşılanmasıyla (OD600

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Açıklamalar

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
Herhangi bir çıkar çatışması beyan edilmedi.

Malzemeler

Bu makalede kullanılan malzemelerin listesi
AdŞirketKatalog numarasıYorumlar
Axygen Mini Tüp Sistemi (0,65 mL, steril, 96/Raf, 10 Raf/paket)Balıkçı Bilimsel14-222-198Plastik eşya
BD Difco Susuz Kültür Ortamı: LB Broth, Miller (Luria-Bertani)Balıkçı BilimselDF0446-17-3Titre için plakaların hazırlanması
Sığır Serum Albümini (BSA), Fraksiyon VBioShop KanadaALB001Tampon bileşeni
Karbenisilin disodyum tuzu% 89.0-100.5 susuzMillipore-SigmaC1389-5GFagemid ile enfekte olmuş hücrelerin kültürlenmesi
Kompakt Dijital Mikroplaka ÇalkalayıcıBalıkçı Bilimsel11-676-337aygıt
Corning Mikroplaka Alüminyum Sızdırmazlık BandıBalıkçı Bilimsel07-200-684Faj gliserol stoklarının sızdırmazlığı
Susuz AgarBalıkçı BilimselDF0140-01-0Titre için plakaların hazırlanması
DS-11 Spektrofotometre/FlorometreDeNovix TeknolojisiDS-11 FX+aygıt
Greiner Bio-One CellStar 96 kuyulu, işlem görmemiş, U şeklinde tabanlı mikroplakaBalıkçı Bilimsel7000133Plastik eşya
hidroklorik asitBalıkçı BilimselA144-500kimyasal
Invitrogen One Shot OmniMAX 2 T1R Kimyasal Olarak Yetkin E. coliBalıkçı BilimselC854003Faj enfeksiyonu için bakteri suşu
Kanamisin SülfatBalıkçı BilimselAAJ1792406M13K07 yardımcı faj ile enfekte olmuş hücrelerin kültürlenmesi
M13KO7 Yardımcı FajNew England Biyolojik LaboratuvarlarıN0315SPhagemid paketleme ve salgısına izin verin
MaxQ 4000 Tezgah Üstü Orbital ÇalkalayıcıBalıkçı Bilimsel11-676-076aygıt
Nunc MaxiSorp 96 oyuklu mikroplaka, düz tabanlıYaşam Teknolojileri44-2404-21Plastik eşya
Fosfat Tamponlu Tuzlu Su (PBS) 10X ÇözeltisiBalıkçı BilimselBP3994Tampon bileşeni/faj yeniden süspansiyon ortamı
ELISA ve Kuluçka için Polyester FilmlerVWR (VWR)60941-120İnkübasyon sırasında mikroplakaların örtülmesi
Polietilen Glikol 8000 (PEG)Balıkçı BilimselBP233-1Faj çökeltme
Sodyum klorürMillipore-SigmaS3014 SerisiFaj çökeltme
Steril Plastik Kültür Tüpleri: Yarı Saydam PolipropilenBalıkçı Bilimsel14-956-1DFaj girdilerinin kültürlenmesi
Tetrasiklin HidroklorürBalıkçı BilimselBP912-100E. coli OmniMax hücrelerinin kültürlenmesi
Tris TabanıBalıkçı BilimselBP1525Ayrıştırılmış faj çözeltisinin nötralize edilmesi
Tripton TozuBalıkçı BilimselBP1421-2Hücre büyüme ortamı bileşeni
Ara 20Balıkçı BilimselBP337500Tampon bileşeni
Maya ÖzüBalıkçı BilimselBP1422-2Hücre büyüme ortamı bileşeni
Serisi Serisi Serisi Serisi Serisi Serisi Serisi Serisi Serisi Serisi

Yeniden basım ve izinler

Bu JoVE makalesinin metnini veya şekillerini yeniden kullanmak için izin iste

İzin iste

Etiketler

Protein Ba lanmasFaj K t phanesiE coli EnfeksiyonuYard mc FajSantrif jlemeFaj AmplifikasyonuBa lanma AnaliziFaj El syonu

İlgili makaleler