Caenorhabditis elegans'ta Yumurtlama Davranışını Düzenleyen Bireysel Nöronlarda Kalsiyum Görüntüleme

Özet

Kaynak: Ravi, B. et al., Davranan Caenorhabditis Elegans'ta Bireysel Nöronların Oransal Kalsiyum Görüntülemesi. J. Vis. Uzm. (2018).

Bu video, genetik olarak kodlanmış floresan raportör proteinleri kullanarak Caenorhabditis elegans gibi davranan bireysel nöronlarda kalsiyum görüntüleme tekniğini göstermektedir. Hücre içi kalsiyum seviyelerini nöronal aktivite ve yumurtlama sırasındaki davranış değişiklikleri ile ilişkilendirmek için solucan hareketinin görüntülenmesinde ve nöronlardan gelen raportör floresan oranlarının ölçülmesinde yer alan adımları ana hatlarıyla belirtir.

Protokol

1. Suşlar, Kültür Ortamları ve Hayvanların Montajı

1. OP50 E. coli bakteriyel gıda ile tohumlanmış standart 60 mm Nematod Büyüme Ortamı (NGM) agar plakalarında 20 °C'de C. elegans solucanları yetiştirin.
2. İlgilenilen her hücreye özgü promotör için iki plazmit hazırlayın: biri, hücre içi Ca²⁺'yı kaydetmek için GCaMP5'in sürüş ifadesi ve ikincisi, GCaMP5 floresan değişikliklerinin oransal nicelliğine izin vermek ve nesne bulma ve ölçümü basitleştirmek için mCherry'nin sürüş ifadesi.
   not: GCaMP5:mCherry oranlı görüntüleme, hücre içi Ca²⁺'daki gerçek değişikliklerden değil, odak ve hayvan hareketindeki değişikliklerden kaynaklanan GCaMP5 floresansındaki dalgalanmaları düzeltir.
3. LX1832 lite-1 (ce314), lin-15 (n765ts) X mutant hayvanların gonadlarına pL15EK görünür kurtarma işaretleyici plazmidi ile birlikte GCaMP5 ve mCherry eksprese eden plazmitleri enjekte edin ve yüksek kopyalı bir transgenden GCaMP5 ve mCherry eksprese eden Muv olmayan lin-15 (+) hayvanları geri kazanın. Mavi ışıktan kaçınma davranışını azaltmak için lite-1 mutant arka planı kullanın.
4. Mozaikliği azaltmak ve bileşik mutant suşların oluşumunu basitleştirmek için transgenleri kromozomlara entegre edin.
   not: Burada tarif edilen LX2004 suşu, nlp-3 promotöründen HSN'lerde GCaMP5 ve mCherry'yi eksprese eden entegre bir yüksek kopya transgeni taşır (bkz. Nlp-3 promotörünün, test edilen diğer promotörlere kıyasla HSN gelişiminde veya yumurtlama davranışında önemli kusurlara neden olmadan geç L4 ve yetişkin hayvanların HSN'lerinde güçlü bir ekspresyon sağladığı bulundu (ör., tph-1, egl-6 ve unc-86). Bu suş ve ventral kord (VC) motor nöronlarında, vulva kaslarında ve uv1 nöroendokrin hücrelerinde GCaMP5 ve mCherry eksprese eden diğerleri, Caenorhabditis Genetik Merkezi'nden temin edilebilir ve yapımlarının ayrıntıları açıklanmıştır.
5. Tohumlanmış bir NGM agar plakasından OP50 bakteriyel gıdayı bir platin solucan penasının dibine uygulayın ve nlp-3 promotöründen HSN'lerde GCaMP5 ve mCherry eksprese eden ~ 20 geç L4 LX2004 hayvanını aktarmak için kullanın. Gelişmekte olan vulvanın stereomikroskopta beyaz bir hilal ile çevrili net bir karanlık nokta olarak göründüğünden emin olun. Hayvanları 20 °C'de 24-40 saat kuluçkaya yatırın.
6. Kuluçkadan sonra, OP50'yi toplamaya uygulayın ve solucanların ~ 3'ünü tohumlanmamış bir NGM plakasına aktarın ve solucanların görüntüleme sırasında beslenmesi için geride az miktarda yiyecek bırakın. Yeterli yiyecek olduğundan emin olun, çünkü çok az bakteri yiyeceği solucanları tabağın merkezinden uzaklaşmaya teşvik ederken, çok fazla yiyecek arka plan floresansını artıracak ve hipoksiye neden olacaktır.
7. Solucanları taşıyan plakadan ~ 20 mm x 20 mm'lik bir parça kesmek için düz yuvarlak bir spatula kullanın ve parçayı yüzü aşağı bakacak şekilde temiz bir 24 mm x 60 mm #1.5 lamel merkezine aktarın (Şekil 1). Kabarcıkların lamel altında sıkışmasını ve görüntülemeyi engellemesini önlemek için uygulamayı bir taraftan başlatın. Yapışmayı ve buharlaşmayı azaltmak için yığının üstüne 22 mm x 22 mm #1 lamel uygulayın.

2. Donanım ve Enstrümantasyon Kurulumu

1. Aşamalı, transgenik solucanları, ≥ 0.7 Sayısal Açıklık Plan-Apochromat 20x objektif, bir joystick ile kontrol edilebilen motorlu XY aşaması, bir görüntü ayırıcı ve eşzamanlı GCaMP5 ve mCherry uyarması ve emisyonu için floresan filtreleri, floresan ve kızılötesi parlak alan görüntüleme için kameralar ve tetiklenebilir bir Işık Yayan Diyot (LED) aydınlatma sistemi ile ters çevrilmiş bir mikroskop sahnesine yerleştirin (Şekil 2A).
   NOT: 80/20 ışın ayırıcı, görüntü sinyalinin %80'ini floresan kameraya ve %20'sini parlak alan kamerasına gönderir. Dik bir mikroskop da kullanılabilir, ancak bu durumda NGM parçası bir cam slayt ile büyük lamel arasına yerleştirilmelidir.
   1. Görüntüleme için bir solucan seçmek için dürbün göz merceklerini kullanın. Bir hayvan seçildiğinde, kızılötesi filtreyi kondansatörün üzerindeki yerine kaydırın.
2. Transistör-transistör mantığı (TTL) tetikleyicileri
   1. Floresan kameradaki üç TTL tetik çıkış hattının her birinden koaksiyel kabloları bağlayın. İlk çıkışı LED aydınlatma sisteminin BNC girişi #3'e bağlayın.
   2. İkinci çıkışı, kızılötesi kameranın sırasıyla GPIO girişi #8 (pim 3) ve toprakla (pim 4) çalışan 4 pinli GPIO konektöründen gelen yeşil ve kahverengi kablolarla bir BNC 'muz' adaptörüne bağlayın.
   3. Üçüncü çıkışı, dijital alım cihazında #8 dijital girişe ve toprağa giden jumper kabloları ile bir BNC 'muz' adaptörüne bağlayın (Şekil 2B).
3. Dijital edinim cihazı (DAQ)
   1. DAQ mikrodenetleyici kartını (Malzeme Tablosuna bakın) bir USB kablosuyla PC'ye bağlayın. Ürün yazılımını standart Firmata protokolüyle güncelleyin (Malzeme Tablosuna bakın) ve USB bağlantı noktasını 57600 baud'da iletişim kuracak şekilde yapılandırın.
4. Led
   1. LED Denetleyici yazılımını çalıştırın (Malzeme Tablosuna bakın). Tetikleme Modunu 'Sürekli'den 'Geçitli'ye değiştirin ve hem 3 hem de 470 nm LED'ler için Tetikleme Kanalı '590'ü seçin.
   2. Her LED için LED gücünü açın ve girin (örneğin, 470 nm LED'i %20'ye ve 590 nm LED'i %40'a ayarlayın).
5. Bonsai'de 'XY-stage-final' seri aşaması iletişim betiğini çalıştırın (bkz. Gri 'CsvWriter' düğümüne tıklayın ve kaydedilen X ve Y aşama bilgilerini kaydetmek için bir klasör seçin (Şekil 3). DAQ.
   başlatmak için araç çubuğundaki yeşil ok ucuna basın not: Komut dosyası, floresan kamera bir TTL sinyali gönderdiğinde X ve Y aşaması konumunu kaydetmeye başlayacaktır. Bu komut dosyası dört veri sütunu çıktısı verir: çerçeve numarası, X konumu (μm), Y konumu (μm) ve çerçeveler arasındaki aralık (s).
6. Kızılötesi kamera kayıt yazılımında (Malzeme Tablosuna bakın), 'Özel Video Modları' altında "Mod 1" (2 x 2 gruplama; 1.024 x 1.024 piksel) ve "Pixel Format Raw 8"i seçin. 'Tetik / Flaş' altında, tetik giriş hattını (GPIO) "3", polariteyi "Yüksek" ve 'Mod'u "14" olarak ayarlayın. Bir TTL tetikleme sinyali alınana kadar çerçeve alımını durdurmak için 'Etkinleştir' düğmesini değiştirin.
   1. Bu pencereyi açık bırakarak, ana kamera görünümü araç çubuğundaki kırmızı "Kaydet" düğmesini tıklayın. Kaydedilecek görüntü dizileri için klasörü seçin. 'Arabelleğe Alınmış' Kayıt modunu seçin ve 'Görüntüleri' JPEG formatında kaydedin. Edinmeyi başlatmak için "Kaydı Başlat" ı tıklayın.
7. Floresan kamera ve görüntü ayırıcı
   not: GCaMP5 ve mCherry floresan kanalları, oransal niceleme için uygun görüntü kaydını sağlamak için aynı anda toplanmalıdır. Bir görüntü ayırıcı, GCaMP5 ve mCherry floresansının tek bir sensörde iki kanallı olarak alınmasına olanak tanır.
   1. Görüntü alma yazılımının 'Yakalama' sekmesinde (Malzeme Tablosuna bakın), pozlama süresini 10 ms, gruplamayı 4x ve görüntü derinliğini 16 bit olarak ayarlayın. 512 piksel genişliğinde ve 256 piksel yüksekliğinde ortalanmış bir kamera alt dizisi seçin. 'Çıkış Tetikleme Seçeneklerini Göster'i tıklayın ve tüm Tetikleyicileri 'Pozitif' olarak ayarlayın.
      NOT: DAQ, 10 ms veya daha kısa olmaları durumunda zaman zaman TTL tetikleyicilerini kaçırabilir.
   2. 'Tetik 1' ve 'Tetik 2'nin 'Pozlama' olarak ayarlandığından, 'Tetik 3'ün ise 25 ms'lik bir 'Dönem' ile 'Programlanabilir' olarak ayarlandığından emin olun. 'Sıra' sekmesi altında, görüntüleri 20 Hz'de toplamak için 50 ms'lik bir 'Alan Gecikmesi1' ile 'Hızlandırılmış Çekim'i seçin. 'Geçici Arabelleğe Kaydet'i seçin.
8. Üç kanallı konfokal görüntüleme sırasında PMT kazancı ve lazer yoğunluğu
   1. PMT kazancını, arka plan floresansı minimumun hemen üzerinde bir seviyede (siyah seviye) olacak şekilde ayarlayın. mCherry kanalındaki presinaptik terminalde tek bir doymuş 12 bit veya 16 bit piksel gözlenene kadar 561 nm (yeşil) lazer gücünü artırın.
   2. 488 nm (mavi) lazer yoğunluğunu, GCaMP5 floresansı yalnızca arka planın üzerindeki presinaptik terminalde görünecek şekilde ayarlayın. Bu düşük ayar, güçlü Ca²⁺ geçici akımlarına yanıt olarak floresan arttığında GCaMP5 piksellerinin doygunluğunu önler. Işık yakalamayı en üst düzeye çıkarmak için konfokal iğne deliğini sonuna kadar açın.

3. Oransal Ca²⁺ Görüntüleme ve Davranış Kaydı

1. Floresan toplama yazılımındaki 'Sıra' sekmesi altında, kayda başlamak için "Başlat"a tıklayın. Solucanı joystick ile takip edin, ilgilenilen hücreleri ve sinapsları odakta ve görüş alanının merkezinde (FOV) tutun. Her kanalın piksel istatistiklerini göstermek için histogram penceresindeki 'İstatistikler' düğmesini tıklayın.
2. LED gücünü, ≥ 8.000 sayımlık (~ 4.000 fotoelektron) presinaptik terminalde maksimum tek pikselli mCherry floresan sağlayacak şekilde ayarlayın ve arka planın üzerinde ~ 12 bitlik bir dinamik aralık (~ 100 fotoelektron) verin. Dinlenme (düşük) Ca²⁺ sırasında presinaptik terminaldeki GCaMP5 sinyalleri yaklaşık ~ 2.500 sayım olmalıdır - sadece arka planın üzerinde görülebilir.
3. Bir yumurtlama aktif durumuna ulaşılana kadar kaydedin; tipik olarak, bu vahşi tip bir solucanda her 20-30 dakikada bir gerçekleşir. 10 dakikalık bir alt küme (12.001 kare), ilk yumurtlama olayından önce ve sonra 6.000 kare (kare 6.001) kaydedin. Solucan davranışının parlak alan görüntülerinin ve XY aşama konumunun zaman noktalarının aynı alt kümesini tuttuğunuzdan emin olun, aksi takdirde veri akışlarının kesin senkronizasyonu kaybolur.
4. Görüntü dizilerini Görüntü Sitometri Standardı (.ics) formatına dönüştürmek için ImageJ ve BioFormats eklentisini (Malzeme Tablosuna bakın) kullanın, böylece Ratiometric Quantitation yazılımına aktarılabilir.

Sonuçlar

Şekil 1. Yumurtlama devresi aktivitesinin ve davranışının yüksek çözünürlüklü görüntülenmesi için C. elegans montaj tekniği.Üst, yandan son montaj. Altta, büyük lamel altından görüldüğü gibi son montaj. Oklar, NGM agar yığını ile 24 mm x 60 mm'lik büyük lamel arasına sıkıştırılmış OP50 bakteriyel gıdasını, C. elegans solucanlarını ve yumurtaları gösterir.

Malzemeler

Bu makalede kullanılan malzemelerin listesi

Ad	Şirket	Katalog numarası	Yorumlar
C. elegans büyüme, yetiştirme ve montaj
Escherichia coli bakteri türü, OP50	Caenorhabditis Genetik Merkezi	OP50	C. elegans için yiyecek. Urasil oksotrof. E. coli B. Biyogüvenlik Seviyesi 1
HSN GCaMP5+mKiraz kurdu türü	Caenorhabditis Genetik Merkezi	LX2004	HSN'de GCaMP5 ve mCherry ekspresyonunu sürmek için nlp-3 promotörü kullanan entegre transgen. Tam genotip: vsIs183 [nlp-3p::GCaMP5::nlp-3 3'UTR + nlp-3p::mKiraz::nlp-3 3'UTR + lin-15(+)], lite-1(ce314), lin-15(n765ts) X
Transgen Hazırlama için Lite-1 (CE314), LIN-15 (N765TS) mutant suşu	yaratıcı	LX1832	pL15EK lin-15 (n765ts) kurtarma plazmidi ile mikroenjeksiyon sonrası yüksek kopyalı transgenlerin geri kazanımı için suş. Ayrıca mavi ışık hassasiyetini azaltan bağlantılı lite-1 (ce314) mutasyonunu da taşır. İstek üzerine yazardan temin edilebilir
pL15EK lin-15a/b genomik kurtarma plazmidi	yaratıcı	pL15EK	LX1832 'ye enjeksiyondan sonra transgenik hayvanların geri kazanılması için kurtarma plazmidi lite-1 (ce314), lin-15 (n765ts) X suşu. İstek üzerine yazardan temin edilebilir
pKMC299 plazmit	yaratıcı	pKMC299	nlp-3 promotöründen HSN'lerde mCherry ekspresyonu için plazmid. nlp-3 3 3' çevrilmemiş bölgesi vardır
pKMC300 plazmit	yaratıcı	pKMC300	nlp-3 promotöründen HSN'lerde GCaMP5 ekspresyonu için plazmit. nlp-3 3 3' çevrilmemiş bölgesi vardır
Potasyum Fosfat Monobazik	Sigma	P8281	NGM plakalarının hazırlanması için
Potasyum Fosfat Dibazik	Sigma	P5655 Serisi	NGM plakalarının hazırlanması için
Magnezyum Sülfat Heptahidrat	Amresco Belediyesi	662	NGM plakalarının hazırlanması için
Kalsiyum Klorür Dihidrat	Alfa Aesar	12312	NGM plakalarının hazırlanması için
Pepton	Becton Dickinson'ın fotoğrafı.	211820	NGM plakalarının hazırlanması için
Sodyum Klorür	Amresco Belediyesi	241	NGM plakalarının hazırlanması için
kolesterol	Alfa Aesar	A11470	NGM plakalarının hazırlanması için
Agar, Bakteriyolojik Tip A, Ultra Saf	Affymetrix (Affymetrix)	10906	NGM plakalarının hazırlanması için
60 mm Petri kapları	VWR (VWR)	25384-164	NGM plakalarının hazırlanması için
24 x 60 mm mikro kapaklı camlar, #1.5	VWR (VWR)	48393-251	Solucanların görüntülendiği kapak camı
22 x 22 mm mikro kapaklı camlar, #1	VWR (VWR)	48366-067	Agar parçasının üstünü kaplayan camı örtün
İletilen ışık tabanlı stereomikroskop	Leica Belediyesi	M50	Solucan suşu bakımı, evrelemesi ve montajı için diseksiyon mikroskobu
Platin iridyum tel, (80:20), 0,2 mm	ALFA AESAR	AA39526-Siyah Beyaz	Solucan transferi için
Kalsiyum görüntüleme mikroskobu
Titreşim önleyici hava tablası	TMC (Türkçe)	63-544	Micro-g' Lab Masası 30" x 48" titreşim önleyici masa, 25 mm üstte 4" CleanTop M6
Ters bileşik mikroskop	Zeiss	431007-9902-000	Axio Observer.Z1 ters mikroskop
Yan bağlantı noktası L80/R100 (3 konumlu)	Zeiss	425165-0000-000	Çıkışın %20'sini parlak alan (CMOS) kameraya, %80'ini floresan (sCMOS) kameraya yönlendirmek için
Arkaya Yatırılabilir Aydınlatma Taşıyıcısı	Zeiss	423920-0000-000	Kızılötesi/davranış görüntüleme için
Lamba muhafazası 12V / 100W, Kollektörlü	Zeiss	423000-9901-000	Kızılötesi/davranış görüntüleme için
Halojen lamba 12V/100W	Zeiss	380059-1660-000	Kızılötesi/davranış görüntüleme için. Beyaz ışıklı LED'ler önemli ölçüde kızılötesi ışık yaymazlar, bu nedenle kızılötesi bant geçiren filtreden sonra parlak alan görüntülemesine izin vermezler
Halojen lamba için 32 mm Kızılötesi bant geçiren filtre (750-790 nm)	Zeiss	447958-9000-000	BP 750-790; DMR 32mm, parlak alan ve davranış için kızılötesi aydınlatma için
6 filtreli Kondenser Taret (LD 0,55 H/DIC/Ph), Motorlu	Zeiss	424244-0000-000	Kızılötesi/davranış görüntüleme için
Kondenser ve Panjur	Zeiss	423921-0000-000	Kızılötesi/davranış görüntüleme için
Kızılötesi CMOS kamera için fototüplü dürbün merceği	Zeiss	425536-0000-000	Kızılötesi/davranış görüntüleme için
Mercek 10x, 23mm	Zeiss	444036-9000-000	Agar yığınında solucan lokalizasyonu için
C-Mount Adaptör 2/3" 0.63x Büyütücü	Zeiss	426113-0000-000	Kızılötesi CMOS kamera için montaj aparatı
Kızılötesi parlak alan ve davranış için CMOS kamera (1" sensör)	FLIR (eski adıyla Point Grey Research)	GS3-U3-41C6NIR-C	Parlak alan görüntüleme için kamera
USB 3.0 Ana Bilgisayar Denetleyici Kartı	FLIR (eski adıyla Point Grey Research)	ACC-01-1202 Serisi	Fresco FL1100, 4 Bağlantı Noktası
8 pin, 1m GPIO Kablosu, Hirose HR25 Dairesel Konnektör	FLIR (eski adıyla Point Grey Research)	ACC-01-3000 Serisi	TTL tetikleme kablosu. Yeşil kablo GPIO3 / Pin 4'e bağlanır ve kahverengi kablo Toprak / Pin 5'e bağlanır
Plan-apokromat 20x/0.8 WD=0.55 M27	Zeiss	420650-9901-000	Büyütme, sayısal diyafram açıklığı ve çalışma mesafesinin en iyi kombinasyonu
6 küp Reflektörlü Taret, Motorlu	Zeiss	424947-0000-000	Floresan görüntüleme için
Floresan Işık Treni, Motorlu	Zeiss	423607-0000-000	Floresan görüntüleme için
Floresan Deklanşör	Zeiss	423625-0000-000	Floresan görüntüleme için
GFP ve mCherry ikili uyarma ve emisyon filtre kabı (mikroskop için)	Zeiss	489062-9901-000	FL Filtre Seti 62 HE BFP+GFP+HcRed floresan görüntüleme için
LED aydınlatma sistemi	Zeiss	423052-9501-000	Floresan aydınlatma için tetiklenebilir Colibri.2 LED sistemi
GFP LED modülü (470 nm)	Zeiss	423052-9052-000	GFP floresan uyarımı için Colibri.2 LED
mCherry LED modülü (590 nm)	Zeiss	423052-9082-000	mCherry floresan uyarımı için Colibri.2 LED
Gelen ışık ekipmanı için iris durdurma kaydırıcısı	Zeiss	000000-1062-360	LED aydınlatmasını kamera görüş alanıyla sınırlamak için alan açıklığı irisi
C-Yuvalı Adaptör 1" 1.0x	Zeiss	426114-0000-000	Görüntü ayırıcı ve sCMOS floresan kamera için adaptör
Görüntü ayırıcı	Hamamatsu	A12801-01	Gemini W-View, diğer görüntü ayırıcılar kullanılabilir, ancak bunlar sCMOS kameraların büyük sensör boyutu için optimize edilemeyebilir
GFP / mCherry dikroik ayna (görüntü ayırıcı)	Semrock Belediyesi	Di02-R594-25x36	GCaMP5'i mCherry ve kızılötesi sinyallerden ayırma
GFP emisyon filtresi (görüntü ayırıcı)	Semrock Belediyesi	FF01-525/30-25	GCaMP5 floresansını yakalama
mCherry/ emisyon filtresi (görüntü ayırıcı)	Semrock Belediyesi	FF01-647/57-25	Bu filtre, parlak alan görüntülemesi için kullanılan kızılötesi ışığı dışlamak için gereklidir
Floresan için sCMOS kamera (1" sensör)	Hamamatsu	A12802-01 / C11440-22CU	Orca FLAŞ 4.0 V2. Daha yeni modeller, sensörün ayrı yarısında ayrı görüntü alma ayarlarına izin vererek, bir görüntü ayırıcı ile birlikte iki kanallı görüntülerin elde edilmesine olanak tanır
Motorlu XY Aşaması	Märzhäuser	TARAMA IM 130 x 100	Aşama hareketi; bu aşamanın XY çözünürlüğü adım başına 0.2μm'dir
Joystick ile XY Sahne kontrolörü	LUDL (LUDL Türkçesi)	MAC6000, XY joystick	Solucanların manuel olarak izlenmesi. MAC6000 denetleyicisi, 115200 baud'a yapılandırılmış seri (RS-232) bağlantı noktası üzerinden PC'ye bağlanmalıdır
Dijital Satın Alma kartı (DAQ)	Arduino	Uno	sCMOS kameradan TTL tetikleyicileri alma. Uno, standart Firmata paketi ile yüklenmeli ve bilgisayarın USB bağlantı noktası 57600 baud olarak yapılandırılmalıdır
BNC Erkek - BNC Erkek Kablo - 6 ft	Hosa Teknoloji	HOBB6	TTL tetikleme için BNC konektörleri
Altın Kaplama BNC Erkek - SMA erkek koaksiyel kablo (8,8 inç)	Kullanıcı Hücresi	6.08642E+11	Floresan kamera tetik çıkışlarını bağlamak için
BNC döner kafa adaptörü	Hantek	RRBNCTH21	BNC - Banana Fiş Adaptörü (4mm)
BNC dişi - dişi konnektör	Diageng (Dillendirme)	20130530009	Kameradan gelen BNC çıkışını Banana Plug'a bağlamak için dişi - dişi BNC adaptörü
Lehimsiz esnek breadboard jumper telleri	Z & T	GK1212827	BNC tetik çıkışlarını Arduiono DAQ'a bağlamak için. Erkekten erkeğe.
Yüksek performanslı iş istasyonu	Hp	Z820	Windows 7, 64 GB RAM, Çift Xeon işlemci, katı hal C: sürücü, seri (RS-232) bağlantı noktası, ethernet bağlantısı için birden fazla PCIe3 yuvası, USB 3.0 kartları ve ek katı hal sürücüleri
M.2 Katı hal sürücüsü	Samsung Belediyesi	MZ-V5P512BW	Görüntü verilerinin yüksek hızlı akışı ve analizi
İş istasyonları için M.2 Katı hal sürücü adaptörü	Lycom (İngilizce)	DT-120	M.2 - PCIe 3.0 4 şeritli adaptör
Ağa bağlı depolama	Synology (Türkçe)	DS-2415+	Görüntüleme verilerinin depolanması ve analizi
Sabit disk sürücüleri	Batı Dijital	WD80EFZX	KIRMIZI 8 TB, 5400 RPM Sınıfı SATA 6 Gb/sn 128MB Önbellek 3,5 İnç. Görüntüleme verilerinin depolanması (10 sürücü + 2 sürücü yedekliliği)
yazılım
Floresan Alımı	Hamamatsu	HCImage ÇAPI	20 fps'de iki kanallı (GCaMP5 ve mCherry) floresan görüntü dizilerinin kaydı
Brightfield Satın Alımı	FLIR (eski adıyla Point Grey Research)	Uçma	Parlak alan JPEG görüntü dizilerinin kaydedilmesi
Stage Seri Bağlantı Noktası Okuyucu	bonsai	https://bitbucket.org/horizongir/bonsai	Davranış sırasında solucanların izlenmesini kolaylaştırır
LED denetleyici yazılımı	Zeiss	Mikro Araç Kutusu Testi 2011	Colibri.2 ünitesindeki farklı LED'ler için yoğunluk ve tetikleme girişlerini ayarlamak için
ResimJ	Nıh	https://imagej.net/Fiji/Downloads	Ratiometric Quantitation yazılımına içe aktarma için görüntü dizilerinin ve biçimlendirme değişikliklerinin basit incelemesi
Excel	Microsoft Bilişim Sistemleri	2002984-001-000001	MATLAB analizi için Volocity'den virgülle ayrılmış değer verilerinin alt kümelerini oluşturmak için
Zirve Bulma	MATLAB (MATEMAT)	R2017a	Oran tepe özelliği hesaplamaları için kullanılan komut dosyası
Oransal Kantitasyon	Perkin Elmer	Volosite 6.3	Oransal görüntü kanallarının hesaplanmasını, nesne bulma için görüntü segmentasyonunu ve bulunan nesnelerin oran ölçümünü kolaylaştırır
Komut dosyaları
AnalyzeGCaMP_2017	MATLAB (MATEMAT)	Ortalama Oran ve XY centroid komut dosyası	Nesneleri ve merkez konumlarını konsolide ederek, oran değişikliklerini (ΔR/R) hesaplayarak, tepe noktalarını ve tepe özelliklerini tanımlayarak ve postscript formatında grafikler (açıklamalı tepeler olsun ve olmasın) yazarak .csv biçiminde bir oran çıktısını analiz eder. Matris dosyasını içe aktarmak için, komut dosyası verileri üç klasöre çıkarır: analiz edilen, tepeler ve izlemeler. 'Analiz edilen' çıktı, altı sütunlu (birim) birleştirilmiş nesnelerin bir matris dosyasıdır: zaman (s), alan (kare mikron), oran, X centroid (mikron), Y centroid (mikron) ve ΔR/R. 'Tepeler' çıktısı, bulunan tepe noktalarının zaman noktalarının, genliğin (ΔR/R cinsinden), tepe genişliğinin (s), ve zirvenin önemi. 'İzler' çıktısı, kalsiyum izlerinin postscript dosyalarıdır.
XY-aşama-finali.bonsai	bonsai	TTL ile tetiklenen DAQ ve aşama konumu seri port okuyucu	Bağlı Arduino, çerçeve pozlaması sırasında sCMOS kameradan pozitif bir TTL sinyali aldığında X ve Y aşama konumunu (mikron cinsinden) kaydeder. Komut dosyası, dört sütunlu bir .csv dosyası yazar: kare numarası, X konumu (mikron), Y konumu (mikron) ve kareler arasında geçen süre (20 fps'de kayıt yaparken genellikle ~50 milisaniye). Bu çıktıdan X ve Y aşaması konumu (sırasıyla sütun 2 ve 3), AnalyzeGCaM'den X ve Y merkez konumu konumuna eklenir