İnsan papilloma virüsü (HPV) gibi lokalize enfeksiyonlara neden olan patojenlere özgü nadir T hücrelerinin izole edilmesi ve karakterize edilmesindeki zorlukların üstesinden gelmek için bir protokol geliştirilmiştir. İşlem basamakları; bir denekten T hücresi epitopu (epitopları) içeren HPV protein bölgelerinin belirlenmesi, interferon-γ (IFN-γ) sekresyonuna dayalı olarak peptit spesifik T hücrelerinin seçilmesi ve T hücresi klonlarının büyütülüp karakterize edilmesi şeklindedir (Şekil 1). Denek 1, yakın zamanda biyopsi ile yüksek dereceli skuamöz intraepitelyal lezyon tanısı konmuş ve T hücrelerinin toplandığı gün tedavi amacıyla loop elektriksel eksizyon prosedürüne tabi tutulmuş bir hastadır1. Örtüşen sentetik peptitler ile gerçekleştirilen bir IFN- γ enzimle bağlantılı immünospot (ELISPOT) analizi kullanılarak, insan papilloma virüsü tip 16 (HPV 16) E6 ve E7 proteinleri içerisinde bir T hücresi epitopu içeren bir bölge belirlenmiştir (Şekil 2). Bu analizden elde edilen veriler, yalnızca bir T hücresi epitopu içeren bölgeyi belirlemek için değil, aynı zamanda epitop spesifik T hücrelerinin sayısını tahmin etmek ve ticari olarak mevcut manyetik boncuklar (CD8 T hücresi izolasyon kiti, Miltenyi Biotec, Auburn CA) kullanarak bunları IFN- γ sekresyonu temelinde izole etmek için kullanılmıştır. Seçilen IFN-γ salgılayan T hücreleri, her kuyukta tek bir T hücresinin büyümesini desteklemek amacıyla, ışınlanmış bir besleyici hücre karışımı varlığında seyreltilmiş ve tek tek büyütülmüştür. Gereken T hücresi klon hücresi sayısını minimize etmek amacıyla, bu T hücresi klonları, belirlenen bölgeyi kapsayan peptitlerin ve otolog Epstein-Barr virüsü transformasyonlu B-lenfoblastoid hücrelerin (Walls ve Crawford tarafından tarif edildiği şekilde elde edilen LCL'ler)2 varlığında bir IFN- γ ELISPOT analizi kullanılarak taranmıştır. ELISPOT analizlerinde tipik olarak kullanılan kuyuk başına 1 x 105 hücre yerine1,3, 1 x 105 otolog LCL varlığında 1.000 T hücresi klon hücresi kullanılmış, böylece ihtiyaç duyulan T hücresi klon hücresi sayısı önemli ölçüde azaltılmıştır. Otolog LCL'ler, sadece peptit antijenlerini T hücresi klon hücrelerine sunmakla kalmamış, aynı zamanda kuyuklarda yüksek bir hücre yoğunluğu sağlayarak epitop spesifik T hücresi klon hücrelerinin IFN-γ salgılamasına olanak tanımıştır. Bu durum, IFN-γ ELISPOT analizinin başarılı bir şekilde gerçekleştirilmesini sağlar. Benzer şekilde, CD8 T hücresi epitopunun (HPV 16 E6 52-61 FAFRDLCIVY) minimal ve optimal amino asit dizisini ve HLA sınıf I kısıtlama elementini (B58) karakterize etmek için IFN- γ ELISPOT analizleri kullanılmıştır. IFN- γ ELISPOT analizi ayrıca, HPV 16 E6 veya E7 proteinini eksprese eden vaccinia virüsü ile enfekte edilmiş otolog LCL'ler kullanılarak da gerçekleştirilmiştir. Sonuç, E6 T hücresi epitopunun endojen olarak işlendiğini göstermiştir. Diğer yüksek riskli HPV tiplerinin homolog T hücresi epitoplarının çapraz tanınması gösterilmiştir. Bu yöntem CD4 T hücresi epitoplarını tanımlamak için de kullanılabilir4.