Metisiline dirençli Staphylococcus aureus için Staphylococcal Cassette Chromosome mec (SCCmec) tip I-V'nin hızlı taraması ve tiplendirilmesi için basit bir multipleks PCR testi gösteriyoruz ve bu testi bireysel laboratuvarlara uyarlamak için başarılı kılan bazı hayati adımları ve prosedürel nüansları sağlıyoruz.
Bu içeriği görüntülemek için JoVE aboneliğiniz gereklidir. Giriş yapın veya ücretsiz denemenizi bugün başlatın.
Bu makalede
Düzeltme bildirimi
Important: There has been an erratum issued for this article. View Erratum Notice
Özet
Özet
Stafilokok Kaset Kromozom mec (SCC mec) yazarak
Giriş
Metisiline diren
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Protokol
Bu islemler sertifikali biyog
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Sonuçlar
Güncellenmiş olan bu M-PCR, SCCmec tip I-V'yi ve SCCmec IV'ün ana alt tiplerini belirleyebilmekte (sınıflandırabilmekte)dir. Analiz, mecA geni saptamasıyla eş zamanlı olarak SCCmec I, II, III, IVa, IVb, IVc, IVd, IVE ve V'in benzersiz ve spesifik lokuslarını hedeflemektedir. SCCmec VI ve VIII'in geçici olarak tanımlanması da mümkündür, ancak bu durum onay için ek testler gerektirecektir. Şekil 3, temsili SCCmec I-VI ve VIII'i ve her bir hedefin elemen...
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Tartışma
Burada açıklanan multipleks PCR testi, MRSA'nın MSSA'dan eşzamanlı ayrımı ile Stafilokoklarda SCCmec IV'nin tiplerini ve ana alt tiplerini sınıflandırmak için basit, güvenilir bir yöntem sağlar. Test sağlamdır, tek bir PCR reaksiyonunda rahatlıkla yapılır ve sonuçların yorumlanması kolaydır. Testin, her SCCmec tipi içindeki bireysel lokusları hedeflemesi nedeniyle sınırlamaları vardır, ancak kapsamlı ccr ve mec kompleks tiplemesi sunmaz ve bu nedenle altın standart olarak kabul edileme...
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Açıklamalar
Herhangi bir çıkar çatışması beyan edilmemiştir.
Teşekkürler
T. Ito, K. Hiramatsu, R. Daum, H. de Lencastre ve D. Coleman'a bu çalışmada kullanılan bazı referans suşların nazik armağanı için teşekkür ederiz. Bu çalışma kısmen Antimikrobiyal Direnç Merkezi (CAR), Alberta Sağlık Hizmetleri-Calgary / Calgary Laboratuvar Hizmetleri / Calgary Üniversitesi tarafından finansal olarak desteklenmiştir.
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Malzemeler
| Ad | Şirket | Katalog numarası | Yorumlar |
|---|---|---|---|
| Triptik Soya Agar | Fisher (BD) | CA90002-700 (236920) | |
| Steril damıtılmış su | Yaşam Teknolojileri | 10977-015 | |
| Platin Tak: 10x PCR tamponu ve 50 mM MgCl dahil 2< / sub> | Life Technologies | 10966-034 | |
| 100 mM dNTP | Yaşam Teknolojileri | 10297-018 | |
| Tris tabanı | Sigma-Aldrich | T6066 | |
| Borik asit | Sigma-Aldrich | B7901 | |
| EDTA | Yaşam Teknolojileri | 15576-028 | |
| Agaroz | Yaşam Teknolojileri | 16500-500 | |
| Gliserol | Yaşam Teknolojileri | 15514-011 | |
| Bromofenol mavisi | Sigma-Aldrich | B8026 | |
| 1Kb+ DNA merdiven | Ömrü Teknolojiler | 10787-026 | |
| Etidyum bromür | Sigma-Aldrich | E7637 | |
| 1.5ml Mikrosantrifüj tüpleri | VWR (Axygen Scientific) | 10011-700 | |
| Kültür çubukları | VWR | CA10805-018 | |
| PCR tüpleri | Diamed | AD0210-FCN (yeni #: DIATEC420-1250) | |
| Santrifüj | Eppendorf | 5417c | |
| Isı bloğu | VWR | 13259-030 / 13259-286 | |
| Thermalcycler | Uygulamalı Biyosistemler (2720) | 4359659 | |
| Jel kalıplı yatay, dalgıç jel elektroforez odası | BioRad | 170-4469 | |
| Güç kaynağı | BioRad | 164-5050 | |
| Rocker çalkalayıcı | VWR | 40000-300 | |
| Moleküler Görüntüleyici Jel Doc Sistemi | BioRad | 1708170 |
Kaynaklar
- IWG-SCC. Classification of staphylococcal cassette chromosome mec (SCCmec): guidelines for reporting novel SCCmec elements. Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 53 (12), 4961-4967 (2009).
- Ito, T., Hiramatsu, K., Tomasz, A., de Lencastre, H., Perreten, V., Holden, M., et al. Guidelines for Reporting Novel mecA Gene Homologues. Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 56 (10), 4997-4999 (2012).
- Okuma, K., Iwakawa, K., Turnidge, J. D., Grubb, W. B., Bell, J. M., O'Brien, F. G., et al. Dissemination of new methicillin-resistant Staphylococcus aureus clones in the community. Journal of Clinical Microbiology. 40 (11), 4289-4294 (2002).
- Kondo, Y., Ito, T., Ma, X. X., Watanabe, S., Kreiswirth, B. N., Etienne, J., et al. Combination of multiplex PCRs for staphylococcal cassette chromosome mec type assignment: rapid identification system for mec, ccr, and major differences in junkyard regions. Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 51 (1), 264-274 (2007).
- Oliveira, D. C., de Lencastre, H. Multiplex PCR strategy for rapid identification of structural types and variants of the mec element in methicillin-resistant Staphylococcus aureus. Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 46 (7), 2155-2161 (2002).
- Milheirico, C., Oliveira, D. C., de Lencastre, H. Update to the multiplex PCR strategy for assignment of mec element types in Staphylococcus aureus. Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 51 (9), 3374-3377 (2007).
- Milheirico, C., Oliveira, D. C., de Lencastre, H. Multiplex PCR strategy for subtyping the staphylococcal cassette chromosome mec type IV in methicillin-resistant Staphylococcus aureus: 'SCCmec IV multiplex'. Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 60 (1), 42-48 (2007).
- Zhang, K., McClure, J. A., Elsayed, S., Louie, T., Conly, J. M. Novel multiplex PCR assay for characterization and concomitant subtyping of staphylococcal cassette chromosome mec types I to V in methicillin-resistant Staphylococcus aureus. Journal of Clinical Microbiology. 43 (10), 5026-5033 (2005).
- Zhang, K., McClure, J. A., Conly, J. M. Enhanced multiplex PCR assay for typing of staphylococcal cassette chromosome mec types I to V in methicillin-resistant Staphylococcus aureus. Molecular and Cellular Probes. 26 (5), 218-221 (2012).
- de Lamballerie, X., Zandotti, C., Vignoli, C., Bollet, C., de Micco, P. A one-step microbial DNA extraction method using "Chelex 100" suitable for gene amplification. Research in Microbiology. 143 (8), 785-790 (1992).
- Lee, P. Y., Costumbrado, J., Hsu, C. Y., Kim, Y. H. Agarose gel electrophoresis for the separation of DNA fragments. J. Vis. Exp. (62), e3923(2012).
- McClure, J. A., Conly, J. M., Elsayed, S., Zhang, K. Multiplex PCR assay to facilitate identification of the recently described Staphylococcal cassette chromosome mec type VIII. Molecular and Cellular Probes. 24 (4), 229-232 (2010).
- Zhang, K., McClure, J. A., Elsayed, S., Conly, J. M. Novel staphylococcal cassette chromosome mec type, tentatively designated type VIII, harboring class A mec and type 4 ccr gene complexes in a Canadian epidemic strain of methicillin-resistant Staphylococcus aureus. Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 53 (2), 531-540 (2009).
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Yeniden basım ve izinler
Düzeltme
Formal Correction: Erratum: Multiplex PCR Assay for Typing of Staphylococcal Cassette Chromosome Mec Types I to V in Methicillin-resistant Staphylococcus aureus
Posted by JoVE Editors on 3/19/2019. Citeable Link.
An erratum was issued for: Multiplex PCR Assay for Typing of Staphylococcal Cassette Chromosome Mec Types I to V in Methicillin-resistant Staphylococcus aureus. There was a typo in Table 1.
In Table 1, the Oligonucleotide sequence for Type III-F5 was updated from:
TTCTCATTGATGCTGAAGCC
To:
GAAACTAGTTATTTCCAACGG
