Yöntem makalesi

Modlu Optik Mikroskopi Yöntemleri Caribbean Reef Yapı Mercanlar içinde Polip Doku Morfoloji ve Yapı Göstermektedir

DOI:

10.3791/51824

⸱

5 Eylül 2014

 ,  ,  , 
1Institute for Genomic Biology, University of Illinois at Urbana-Champaign, 2Department of Geology, University of Illinois at Urbana-Champaign, 3Department of Microbiology, University of Illinois at Urbana-Champaign

Bu makalede

Özet

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Görüntüleme tekniklerinin entegre bir takımdır Karayip mercan Montastraea annularis ve M. polip morfolojisi ve doku yapısını belirlemek için uygulanan olmuştur faveolata. Floresan, seri blok yüz ve iki foton odaklı lazer tarama mikroskopisi lobate yapısı, polip duvarlar ve tahmini chromatophore ve zooxanthellae yoğunluklarını ve dağılımlarını belirledik.

Özet

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Görüntüleme tekniklerinin entegre bir takımdır Karayip resif bina mercanlar Montastraea annularis ve M. oluşan üç boyutlu (3D) morfoloji ve polip dokuların hücre yapısını belirlemek için uygulanan olmuştur faveolata. Bu yaklaşımlar, floresan mikroskobu (FM), seri blok yüz görüntüleme (SBFI) ve iki-fotonlu lazer konfokal tarama mikroskobu (TPLSM) içerir. SBFI fiziksel kestileme sonra derin doku görüntüleme sağlar; fazla 2 mm doku derinliklerine doku yüzey dokusu ve 3D görselleştirme ayrıntıları. Doku hücresel yapının Tamamlayıcı FM ve TPLSM verim ultra-yüksek çözünürlüklü görüntüler. Sonuçlar: (1) dış bireysel mercan poliplerinin duvar ve daha önce bildirilmemiştir loblu doku morfolojileri tanımlanan (2) kromatoforların ve algler gibi dinoflagellat zooxanthellae endosimbiyont 3D dağılımı ve doku yoğunluğunun birinci yüzeyi haritaları hazırlandı. Spektral soğurma bezelye500 nm ve 675 nm ks, sırasıyla öneririz M. annularis ve M. faveolata klorofil ve kromatoforların benzer türlerini içerir. Ancak, M. annularis ve M. doku yoğunluğu ve bu anahtar hücresel bileşenlerin 3D dağılımında önemli farklılıklar sergilerler faveolata. Görüntüleme yöntemleri odaklanarak bu çalışma SBFI dekalsifiye mercan dokuların büyük mm çaplı numune analiz için son derece yararlı olduğunu gösterir. Ücretsiz FM ve TPLSM nondecalcified mercan doku örneklerinde hücresel dağılımı ve yoğunluğu ince milimetreden ölçek değişikliklerini ortaya koymaktadır. TPLSM tekniği verir: (1) minimal invaziv numune hazırlama, (2) üstün optik kesit yeteneği, ve (3) minimum ışık emme ve saçılması, hala derin doku görüntüleme izin verirken.

Giriş

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Küresel ısınma ve eşlik eden çevresel değişim, doğrudan tropik deniz mercanlar 1-4 sağlığını ve dağıtımını etkiliyor. Birden etkiler Mercan ağarması ve bulaşıcı hastalıkların 5-6 ortaya çıkması gibi, izlenmektedir. Ancak, bu çevresel tehditlere gelecek mercan yanıtı daha doğru tahmin histolojik "temel" "görünüşte sağlıklı" mercanlar için doku morfolojisi ve hücre yapısını ve dağılımını tanımlayan, kurulacak gerektirecektir. Buna karşılık, mercanlar ardından nicel mukayese edilebilir "etkiledi". "Sağlıklı yanıtı" Ayrıca çevresel geçişlerini karşısında teraziye böylece Ayrıca, bu temel, çevre koşulları altında çeşitli görünüşte sağlıklı mercanlar için kurulmalıdır. Bu temel oluşturma yönünde bir ilk adım olarak, yüksek çözünürlüklü 3D çalışma ne kadar görünüşte sağlıklı mercan polip dokusunun üstlenilmiştirmorfolojisi ve hücresel kompozisyon güneş ışığı parlaklığındaki su derinliği arttıkça (WD) ve eşlik eden düşüşler yanıt verir. Sonuçlar daha sonra mercan adaptasyon daha kapsamlı bir mekanistik anlayış kurmak için, yanı sıra mercan-symbiont evrim içgörü ve hafif hasat geliştirme kazanmak için kullanılabilir.

Stony mercanlar (Scleractinia) toplu mercan 7-10 holobiont olarak anılacaktır diğer mikroorganizmaların karmaşık bir montaj, ev sahipliği sömürge deniz omurgasız hayvanlardır. Bu çalışmada gerçekleştirilen araştırma eş zamanlı doku pigmentlerin artan su derinliği ve görünüşte sağlıklı konak mercan simbiyotik zooxanthellae ile değişiklikleri izlemek için üstün görüntüleme teknolojileri paketini kullanmak istiyor. Bu mercan İşitme göstergeleri olarak, görünüşte sağlıklı mercanlar ve eylem için bir batimetrik degrade boyunca gerekli karşılaştırmalı doku hücresi "dayanak" kuracaklth 10. Mercan pigmentler denilen Kromatofor, absorbe yansıtmak, dağılım, kırmak, kırabilen, ya da başka güneş radyasyonunun 11 ile müdahale hareket. Zooxanthellae-chromatophore endosimbiyotik ilişkisi mercan hayvan 12 stratejik avantajlı ışık hasat optimizasyonu ve iskelet büyüme stratejileri Birlikte evrimin varlığını, yanı sıra besinsel plastisite (vites besleme stratejilerini autotrophy heterotrophy kadar geri ve ileri-) sağladı.

Curaçao güney Karayip ada ülkesi (Hollanda Antilleri eskiden parçası) Aruba La Blanquilla takımada (Şekil 1A) uzanımlı doğu-batı içinde yaklaşık 65 km kuzeyinde Venezuela yatıyor. Curaçao 70 km uzunluğundaki güney sahili modern bir sürekli ve Miyosen-Pliyosen-Pleistosen-Holosen antik saçak mercan kayalığı yollarını 13,14 içerir. Curaçao yaklaşık 3 ° C Bir değişir yıllık SST ortalamanually, 27.5 ± 0.5 ° C arasında bir yıllık ortalama sıcaklık, erken Eylül ayında 29 ° C maksimum Ocak ayı sonlarında 26 ° C minimum değişen (NOAA SST Veri 2000-2010, ayarlar). Daha önce iyi çalışılmış ve olmuştur çünkü Curaçao (Şekil 1A) kuzeybatı ucuna yakın yalan Playa Kalki de mercan kayalığı (12 ° 22'31.63 "N, 69 ° 09'29.62" W), örnekleme için seçildi Bu konumda deniz ekosistemi taze kirlenmemiş deniz suyu 7,15-19 yıkanıyor. . İki yakından ilgili scleractinian mercan türlerinin, M. annularis ve M faveolata, bu çalışmada deney ve analiz için seçildi her türün çünkü: (1) raf tatili ve bakımından resif sistem üzerinde sergileyen belirgin bir biçimde farklı ve örtüşmeyen batimetrik dağılımları ilişkili karbonat çökel çökelme ortamları (M. annularis aralık = 0-10 m WD M. faveolataaralık = 10-20 m, WD 20, Şekil 1B, 2A ve 2B); (2) Karayip Denizi 21 genelinde yaygın bir mercan resif çatısı kurucusudur; ve (3) iyi çalışılmış ekolojik, fizyolojik ve evrimsel ilişkileri 22 sahiptir.

Bu çalışma için alan örnekleme deniz Curaçao'da Playa Kalki standart Dalış teknikleri kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Bir sığ-to-derin su batimetrik transekt raf tatili boyunca rafta koştu kuruldu ve derin su ön resif ortamlara edildi. (1) üç ayrı M. ~ 1 m çap mercan başkanları: Görünüşe sağlıklı mercan başkanları sonra da dahil olmak üzere, bu batimetrik transect boyunca örnekleme için tespit edildi 5 m su derinliğine (WD) idi hepsi annularis; M. ve (2) üç ayrı ~ 1 m çap mercan kafaları faveolata, her biri 12 m WD vardı. Fotosentez için aktif radyasyon (PAR) 33-36% P olarak ölçüldü5 m WD'nin en AR ve 10 m WD 18-22% PAR. SST 5 m ve 12 m hem derinliklerdeki 26 ° C iken Örnekleme Ocak ayında yapılmıştır. Bu altı mercan başkanları Her (yani. Altı yarım küre mercan başkanları her birinde yaklaşık 45 ° N enlemi) eşdeğer mekansal konumlarda üç nüsha örnekleri alındı. Her bir numune, bir temizlenmiş zımba ile toplandı, 2.5 cm çapında bir mercan doku iskelet biyopsiye oluşuyordu. Üç mercan doku-iskelet biyopsileri mercan başkanları her birinden eldivenli elleriyle standart SCUBA örneklenmiştir (M. 9 5 m WD koloniler annularis ve M. 9 ila 12 m WD de faveolata). Hemen derinlikte toplanarak her bir biyopsi örneği çekirdek, steril bir 50 ml polipropilen santrifüj tüpüne yerleştirilmiş, vidalı kapaklı kapalı ve yüzeyin geri döndü. Deniz suyu, her santrifüj tüpüne dekante edildi ve her bir çekirdek biyopsisi daha sonra, daldırma, depolanması ve% 4 paraformaldehid içinde taşınmıştır.

SBFI görüntüleme daha önce, tüm beyin ve bütün kalp insan dokularıyla sağlam fare embriyoları, zebra balığı embriyolar ve sağlam kemikleri 23-30 hayvansal örneklerin çok sayıda türleri dahil olmak üzere biyolojik numunelerde geniş bir yelpazesi üzerinde gerçekleştirilmiştir. Floresan veya parlak bir alan teknikleri ile ya optik / ışık mikroskobu kullanılan bu çalışmaların çoğu. Ancak, çalışmalar son 31 tarama elektron seri blok yüz görüntüleme kullanarak ultra-yüksek büyütme yapılmıştır. Bu çalışmada, bir tadil edilmiş SBFI protokolü geliştirilmiştir ve ilk kez mercan uygulanır. M. Çünkü annularis ve M. faveolata mercan polipleri kalınlığı 1-2 mm olan, ışık mikroskobu rutin tekniklerden herhangi birinin mercan polip dokusunun bütün kalınlığı içinden geçebilme kabiliyetine sahip olacaktır. Bu nedenle, özellikle mercan örnekleri için tasarlanmış SBFI numune hazırlama protokolü var. Ayrıca, özel bir stereomikroskopta tutucu tasarladık, X ve y doğrultularında hareket motorlu hangi. Bu cihaz, oldukça mikroskop önünde düzenli mikrotom kullanılarak bölümleri toplama daha numunenin blok yüz görüntülerini alır. Ayrıca mercan dokuların bütün kalınlığı boyunca görüntü aynı mercan polip bir doğrusal olmayan optik iki-fotonlu mikroskopik tekniği sundu. Bu yumuşatma açısından ve numune hazırlama (dehidratasyon) ve işleme protokolleri tarafından uyarılan olabilir doku morfolojisi ve hacim (büzüşmesi) değişim olasılığı SBFI tarafından dayatılan sınırlamaların üstesinden gelir. Ayrıca, mercan emisyon profilleri spektral kromatoforların ve fotosentetik zooxanthellae arasındaki tepe emisyonlarını ve varyasyonları belirlemek için çözüldü. Bu sonuçlar, kullanılan yöntemin bağlamında elde etme süresi ile ilgili bireysel avantajları, süre ve str ödün vermeden ince yapı ayrıntıları çözmek için yeteneği değerlendirilmiştirmercan dokusu uctural bütünlüğü.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Protokol

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

NOT: Reaktifler Mercan Örneklerinin Seri Blok Yüz Görüntüleme için hazırlanacak

1. Preinfiltration Wax

  1. , Bir cam beher içinde, STEARINI pullarının 3.6 g eritin. Sıcak bir plaka (60-70 ° C) için iyice karıştırın.
  2. Sudan IV 400 mg ekleyin (balmumu arka floresan en aza indirmek için). İyice karıştırın ve bir kırmızı saydam solüsyon elde edilene kadar bekleyin.
  3. 96 ml sıcak erimiş parafin (% 100) ekleyin ve iyice karıştırın.

1.2) Gömme Wax

  1. , Bir cam beher içinde, STEARINI pullarının 7.2 g eritin ve sıcak bir plaka üzerinde iyice karıştırılır (60-70 ° C).
  2. Sudan IV 0.8 g ekleyin. İyice karıştırın ve bir kırmızı saydam solüsyon elde edilene kadar bekleyin.
  3. Parafin granülleri (162 gr) ekleyin ve parafin, tamamen eriyene kadar karıştırın.
  4. Beyaz granül yapısında bir Vybar 30 gr eklemek ve aynı beher içinde tamamen eritmek; Ergitildikten sonra karıştırılır.
  5. Gevşek bir kapak ile cam şişe kapatın. 60 ° C'lik bir konveksiyon ov cam şişe yerleştirintr sıvı halde tutmak için maddeler. Bu fırında bütün sızmaları yürütmek.
  6. 100 ml her biri iki cam şişe içinde 200 ml kırmızı mum toplam hacmi bölün. Bir sızıntı için alikosunu ve nihai gömme için diğer kullanın.

1.3) Seri Blok Yüz Görüntüleme için gömülmesi Mercan Dokular

  1. Fosfat tamponlu tuzlu su (3 x 5 dk) (paraformaldehid içinde 4-5 ° C de 3-6 ay) mercan alana (SI video 1) içinde toplanır ve saklanan polipleri yıkayın ve hazır yansıması zaman kirecini. 24 saat boyunca ya da polipler CaCO 3 tamamen yoksun olarak Excal kadar çözelti içinde polipler kirecini. Örnekleri kurutmak için 1x iksilen yerine, ardından bir 25, 50, 75, ve% 100 etanol serileri içerisinde, tek bir blok olarak birkaç polipler kireçlenmiş mercan inkübe edin.
  2. % 100 ksilen yedeği içeren önceden ısıtılmış 65 ° C fırında işlenmiş polipler yerleştirin. Changi ile iki kere 30 dakika süre ile inkübetaze çözelti kadar değişmektedir. Poliplerin yukarıdan aşağıya bakan üst yüzeyi mümkün olduğu kadar düz olduğu şekilde polipler döndürün.
  3. 1: 1: 1 ve 1: 2 solüsyonlar yapmak yerine 2 ksilen ve 50 ml Falcon tüpleri içerisinde preinfiltration balmumu (adım 1.1).
  4. 30-60 dakika, her seferinde 100% preinfiltration mum 3x inkübasyon takip preinfiltration balmumunun bu üç artan konsantrasyonları ile mercan polipler inkübe edin.
  5. Not: numunelerin kalınlığına bağlı olarak, basamak 1.3.1-1.3.5 daha uzun bir süre ile arttırılabilir.
  6. Balmumu gömme örnekleri taşı 100% preinfiltration mum 3x inkübasyondan sonra (adım 1.2.6 bakınız).
  7. 30 dakika sonra gömme balmumu çıkarın. Taze gömme balmumu ile değiştirin ve 65 ° C'de 4 saatlik bir inkübasyon en az devam etmektedir.

1.4) Kırmızı Wax katıştırma

  1. Bloğu (beyaz mum yerleştirilir ve üstüne bir paslanmaz çelik tepsiyi fotoğraflamak hangi sample) yerleştirilir. Bir kez balmumu içine alınır, bu gereklidir, numunenin yer gömülü kırmızı mum opak olarak görünmez hale gelecektir.
  2. Yeni ısıtılmış paslanmaz çelik gömme kalıp etrafında yüksek erime noktası balmumu küçük damla koyun ve soğumasını bekleyin. Adım 1.2.6 belirtildiği gibi ikinci konteyner taze erimiş gömme balmumu küçük bir hacim dökün.
  3. Beyaz mum nokta üzerine hızlı bir şekilde bakacak mercan polip yerleştirin, daha sonra paslanmaz çelik tepsi üzerine plastik bir numune tutucu yerleştirmek ve balmumu plastik kalıp yüzeyine kadar gelir ve böylece daha fazla balmumu gömme dökün.
  4. 65 ° C fırında dışarı tüm kurulum alın ve mumu tamamen sertleşir kadar bir tezgah ya da serin bir yüzey üzerinde soğumasını bekleyin.
  5. Bu gün ya da iki 6 saat kadar sürebilir. Uzun süreli depolama için ışıktan korumalı 4 ° C 'de bir buzdolabında kurutulmuş blok, koyun.

1.5) Seri Blok Yüz Kur at Kesit

  1. Trblok im ve mikrotomu ile 1 mikron bölümleri kesti. Onlar tozu gibi olacak gibi bölümleri toplamak etmeyin. Biz sadece blok yüzünü görüntüleme vardır, unutmayın. Beyaz mum yok başladığı zaman örnek görüntülenir.
  2. Örneklemin bir bölümü kaldırıldı her zaman içeren düzgün blok yüz görüntüleri yakalayın. Mercan polip SI Videolu 2 olarak kaybolana kadar devam edin.
  3. Tutanak / Kromatofor / mercan polip otomatik floresan almak için bir FITC floresan filtre kullanarak siyah beyaz kamera ile görüntüleri yakalayın. Görüntü her türün 3-4 dekalsifiye çekirdekler.

2. Görüntüleme Mercanlar altında İki foton Floresan Mikroskopi

  1. Kısa sürede su altında hasat gibi her toplama (deniz kıyısında) yerinde% 4 paraformaldehitte, çapı yaklaşık bir inç etrafında 10-12 polipleri içeren, mercan polip çekirdekleri Fix.
  2. Görüntüleme kadar 4 ° C 'de örnekleri tutun. Yıkanmış çekirdek inci yerleştirilirbaş aşağı bir kapak cam alt çanak e aynı solüsyonu (0.17 mm kalınlığında).
  3. 10X (0.3 NA) objektif kullanılarak 780 nm uyarma, görüntü iki farklı büyütme (dijital zoom) 3-4 polipler bir iki foton lazer kullanılarak. Mercan polip şekli ve yüksekliği de görüntüleme objektif çalışma mesafesi ile sınırlıdır numuneler (genellikle 1-2 mm) ve görüntüleme derinliği arasında değişmektedir.
  4. Etrafında 5.000-10.000 görüntüleri, toplamda 10 veya 20 mikron aralığında z ekseni boyunca xy odak düzlemi başına görüntüleri ve 50-100 görüntüleri yaklaşık 25-100 (5 x 5 veya 10 x 10 fayans) toplamak için karo tarama modunu kullanın / mercan polip.
  5. Dört polip alanlara Görüntü üç çekirdek ve mercan türleri temsil etmek. NOT: Görüntü alma süresi 2-5 saat / polip alanı arasında değişir.
  6. LSM 5. 3D görüntü analizi ve rendering yazılımları 3D Render gibi sistemin sabit diskine ham veri formatında tüm görüntüleri saklayın.

3. 3D Volume Rendering ve VisualizatioSBFI n ve İki foton spektral Floresan Veri

  1. Programda kare kırpma aracını kullanarak tek bir polip üzerinde odaklanarak dosya boyutunu azaltmak ve derleme bir tek tiff dosyası olarak toplama yazılımı (8 bit formatında kaydederek de dosya boyutunu azaltmak) için 2D verileri kırpın.
  2. Imaris hacim algoritması altında modülünü Aşan programında SBFI verilerin monte dosyaları (adım 1.5.1 toplanan) veya (adım 2.1.4 toplanan) iki foton optik bölümden kiremitli çoklu z yığınları açın.
  3. Bir gölge projeksiyon kullanarak 3D render SBFI verileri yansıtın. Vokselden bir katı yüzey deseni (SI Video 3) oluşturmak için eşiklenir olduğunuz bir isosurface modu oluşturun.
  4. Mercan 3D yapısı ve şekli ortaya çıkarmak için xz, xy bir kırpma düzlem algoritması kullanarak 3D projeksiyonları ve yz dik modları gözünüzde canlandırın.
  5. Aynı Imaris programda bir anahtar kare animasyon modülünü kullanarak projeksiyonlar animasyon (SI ViDEOS 3-7).
  6. 5% sıkıştırmada video dosyalarını oluşturmak ve hacim kullanarak avi formatında bir film klipleri oluşturmak (SI Videolar 4 ve 6), 3D ve Isosurface modaliteleri (SI Video 5 ve 7).

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Sonuçlar

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

(Bu çalışma için özel olarak üretilmiş; Şekil 3) Bir özel tasarlanmış SBFI cihaz M. dış yüzey dokusu ve morfolojisi ilk detaylı 3D sayısal yükseklik haritaları (DEM) üretildi annularis ve M. faveolature mercan polipleri (Şekil 4 ve SI Videolar 1-2). Bu eş, her polip (Şekil 4B, 4D ve 4E) merkezinden dışa doğru yayılan mercan dokusu daha önce tanımlanmamış yığılmış lob görüntüleri vermiştir. Bu loblar radyal dış ve alt yükseklik...

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Tartışma

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Mercan resif araştırma deniz ortamında faaliyet eşzamanlı fiziksel, kimyasal analizi ve biyolojik olayları içeren, son derece disiplinler arası araştırma çabası. Karmaşık mercan kayalığı ekosistemlerin çalışma bu nedenle en iyi bağlamsal çerçeve (Şekil 10) bir 'Ten Selahiyet' içinde tamamlanır. Bu grafik derleme mercan ekosistem mekansal boyutları geniş bir yelpazede (10 -9 10 5 m) kapsadığını göstermektedir. Ayrıca, bu egzersiz geobiological alanını birleştirmek ve laborat...

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Açıklamalar

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Yazarlar herhangi bir çıkar çatışması beyan etmemektedir.

Teşekkürler

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Illinois Urbana-Champaign Üniversitesi (UIUC) Genomik Biyoloji Enstitüsü'nde histolog olan Donna Epps'e numune hazırlama ve kesit alma konusundaki yetenekli teknik yardımı için teşekkür ederiz. Bu çalışma, Deniz Araştırmaları Ofisi'nden (N00014-00-1-0609) B.W. Fouke'ye verilen bir araştırma bursu ile desteklenmiştir. Buna ek olarak, C.A.H. Miller, UIUC Jeoloji Bölümü Wanless Bursu, UIUC Jeoloji Bölümü Leighton fonu ve UIUC Jeoloji Bölümü Roscoe Jackson saha çalışması fonundan hibe aldı. Bu yazıda sunulan yorumlar yazarlara aittir ve bağışta bulunan kurumların yorumlarını temsil etmeyebilir. Ayrıca Curaçao'daki Karayip Biyoçeşitlilik Araştırma ve Yönetimi (Carmabi) laboratuvarına mercan dokusu biyopsi örneklerinin toplanmasındaki destekleri ve işbirlikleri için teşekkür ederiz. IGB Medya İletişim Uzmanı Claudia Lutz'a dil düzeltmesi için teşekkür ederiz.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Malzemeler

Bu makalede kullanılan malzemelerin listesi
AdŞirketKatalog numarasıYorumlar
Mercan Doku İskeleti2.5 cm Doğal yaşam alanından biyopsi
Arch Punch Karot CihazıC.S. Osborne ve ŞirketNo. 149Mercan biyopsisi alımı için
ParaformaldehitElektron Mikroskobu BilimleriRT 15700%16 Önceden Seyreltilmiş
Histoclear/Safeclear IIElektron Mikroskobu BilimleriRT 64111-04Ksilen, Dehidrasyon ve Deparafinizasyona Toksik Olmayan Alternatif
Ksilen ve EtanolFisher BilimselDehidrasyon
Parafin BalmumuRichard Allen BilimselTip H REF 8338Sızma çözeltisi
VybarMum YapıcıKırmızı Balmumu
Bileşeni StearinMum YapıcıKırmızı Balmumu
Bileşeni Sudan IVFisher ChemicalS667-25Kırmızı Balmumu-Opak arka plan
Buğday RuJumu Aglütininin (WGA)Life TechnologiesW32466Etiketleme için  Mercan Mukus
Altın Ömrünü UzatırTeknolojilerP36095Solmaya karşı dayanıklı montaj ortamı
Floro ÇanakDünyası Hassas AletlerFD-35-100İki fotonlu görüntüleme için
XY Motor, Sürücü ve KontrolörLin Mühendislik211-13-01R0, R325, R256-ROXY Translasyon Hareketi
Sıcak PlakaCorningDC-220Tüm balmumu
eritmeKonveksiyonlu FırınYamatoDX-600Sızma ve Gömme
Doku İşlemcisiLeicaASP 300Dehidrasyon, Sızma
MikrotomuLeicaRM2055Tek kullanımlık bıçaklar
Stereo MikroskopCarl ZeissStereolumar V 121.5x (30 mm WD)
Carl Zeissile Objektif Floresan Mikroskobu, ApoTome I SistemiBir polipin ince kesitini görüntüleme: Zooxanthellae
Axiocam kameraCarl ZeissMRmMonokrom kamera 1388x1040 piksel
Axiovision YazılımıCarl ZeissSürüm 4.8Görüntü elde etme programı
İki Fotonlu LazerSpektrafizikMaitai eHP, darbeli lazer (70 fs)DeepSee modülü ile
Lazer Tarama MikroskobuCarl ZeissSpektral Dedektörlü LSM 71034 kanal PMT algılama
foton ve spektral görüntü elde etmek içinZen YazılımıCarl Zeiss2010 veya üzeri
Imaris Suite SoftwareBitplane, Inc.,Sürüm 7.0 veya üzeri3D Hacim, Iso-yüzey Oluşturma, Görselleştirme
ApoTome Axiovert M 200İki

Kaynaklar

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Climate Change 2013: The Physical Science Basis. Contribution of Working Group I to the Fifth Assessment Report of the Intergovernmental Panel on Climate Change. Stocker, T. F., Qin, D., Plattner, G. -K., Tignor, M., Allen, S. K., Boschung, J., Nauels, A., Xia, Y., Bex, V., Midgley, P. M. , Cambridge University Press. 1535(2013).
  2. Buddemeir, R. W., Kleypas, J. A., Aronson, R. B. Coral Reefs & Global Climate Change: Potential Contributions of Climate Change to Stresses on Coral Reef Ecosystems). 46, Pew Center on Global Climate Change. (2004).
  3. Wilkinson, C. Status of coral reefs of the world. , Australian Institute of Marine Science. Townsville. 1-2 (2004).
  4. Lough, J. M. Climate records from corals. WIREs Clim. Chang. 1, 318-331 (2010).
  5. Harvell, C. D., et al. Tropical Archaea: diversity associated with the surface microlayer of corals. Mar. Ecol. Prog. Ser. 273, 81-88 (2004).
  6. Coral Health and Disease. Rosenberg, E., Loya, Y. , Springer. (2004).
  7. Rohwer, F., Breitbart, M., Jara, J., Azam, F., Knowlton, N. Diversity of bacteria associated with the Caribbean coral Montastrea franksi. Coral Reefs. 20, 85-91 (2001).
  8. Frias-Lopez, J., Zerkle, A. L., Bonheyo, G. T., Fouke, B. W. Partitioning of bacterial communities between seawater and healthy, black band diseased, and dead coral surfaces. Appl. Environ. Microbiol. 68, 2214-2228 (2002).
  9. Stanley, G. D. Jr The evolution of modern corals and their early history. Earth Sci. Rev. 60, 195-225 (2003).
  10. Piggot, A. M., Fouke, B. W., Sivaguru, M., Sanford, R., Gaskins, H. R. Change in zooxanthellae and mucocyte tissue density as an adaptive response to environmental stress by the coral Montastraea annularis. Mar. Biol. 156, 2379-2389 (2009).
  11. Stanley, G. D. Jr Photosymbiosis and the evolution of modern coral reefs. Evolution. 1, 3(2006).
  12. Gordon, B. R., Leggat, W. Symbiodinium—Invertebrate Symbioses and the Role of Metabolomics. Mar. Drugs. 8, 2546-2568 (2010).
  13. Schlichter, D., Weber, W., Fricke, H. W. A chromatophore system in the hermatypic, deep-water coral Leptoseris fragilis (Anthozoa: Hexacorallia). Marine Biology. 89, 143-147 (1994).
  14. Fouke, B. W., Meyers, W. J., Hanson, G. N., Beets, C. J. Chronostratigraphy and dolomitization of the Seroe Domi Formation, Curacao, Netherlands Antilles. Facies. 35, 293-320 (1996).
  15. Frias-Lopez, J., Bonheyo, G. T., Jin, Q., Fouke, B. W. Cyanobacteria associated with coral black band disease in Caribbean and Indo-Pacific reefs. Appl. Environ. Microbiol. 69, 2409-2413 (2003).
  16. Frias-Lopez, J., Klaus, J., Bonheyo, G. T., Fouke, B. W. The bacterial community associated with black band disease in corals. Appl. Environ. Microbiol. 70, 5055-5062 (2004).
  17. Frias-Lopez, J., Bonheyo, G. T., Fouke, B. W. Identification of differential gene expression in bacteria associated with coral black band disease using RNA-arbitrarily primed PCR. Appl. Environ. Microbiol. 70, 3687-3694 (2004).
  18. Klaus, J. S., Frias-Lopez, J., Bonheyo, G. T., Heikoop, J. M., Fouke, B. W. Bacterial communities inhabiting the healthy tissues of two Caribbean reef corals: interspecific and spatial variation. Coral Reefs. 24, 129-137 (2005).
  19. Klaus, J., Janse, I., Sandford, R., Fouke, B. W. Coral microbial communities, zooxanthellae, and mucus along gradients of seawater depth and coastal pollution. Environ. Microbiol. 9, 1291-1305 (2007).
  20. van Duyl, F. C. Atlas of the living reefs of Curacao and Bonaire (Netherlands Antilles). , Diss. Vrije Universiteit. Amsterdam. (1985).
  21. Carricart-Ganivet, J. P. Sea surface temperature and the growth of the West Atlantic reef building coral Montastraea annularis. J. Exp. Mar. Biol. Ecol. 302, 249-260 (2004).
  22. Barnes, D. J., Lough, J. M. Coral skeletons: Storage and recovery of environmental information. Global Chang. Biol. 2, 569-582 (1996).
  23. Mohun, T. J., Weninger, W. J. Generation of volume data by episcopic three-dimensional imaging of embryos. Cold Spring Harbor Protocols. 6, 069591(2012).
  24. Mohun, T. J., Weninger, W. J. Imaging heart development using high-resolution episcopic microscopy. Curr. Opin. Genet. Dev. 21, 573-578 (2011).
  25. Mohun, T. J., Weninger, W. J. Embedding embryos for episcopic fluorescence image capturing (EFIC). Cold Spring Harb. Protoc. 6, 069575(2012).
  26. Rosenthal, J., et al. Rapid high resolution three dimensional reconstruction of embryos with episcopic fluorescence image capture. Birth Defects Res. C: Embryo Today: Rev. 72, 213-223 (2004).
  27. Slyfield, C. R., et al. Three-dimensional surface texture visualization of bone tissue through epifluorescence-based serial block face imaging. J. Microsc. 236, 52-59 (2009).
  28. Weninger, W., Mohun, T. Phenotyping transgenic embryos: a rapid 3-D screening method based on episcopic fluorescence image capturing. Nat. Genet. 30, 59-65 (2001).
  29. Weninger, W., Mohun, T. Three-dimensional analysis of molecular signals with episcopic imaging techniques. Reporter Genes. , Humana Press. 35-46 (2007).
  30. Gerneke, D. A., et al. Surface imaging microscopy using an ultramiller for large volume 3D reconstruction of wax-and resin-embedded tissues. Microsc. Res. Tech. 70, 886-894 (2007).
  31. Denk, W., Horstmann, H. Serial block-face scanning electron microscopy to reconstruct three-dimensional tissue nanostructure. PLoS Biol. 2, e329(2004).
  32. Salih, A., Larkum, A., Cox, G., Kühl, M., Hoegh-Guldberg, O. Fluorescent pigments in corals are photoprotective. Nature. 408, 850-853 (2000).
  33. Sivaguru, M., Mander, L., Fried, G., Punyasena, S. W. Capturing the surface texture and shape of pollen: A comparison of microscopy techniques. PloS one. 7 (6), (2012).
  34. Helmchen, F., Denk, W. Deep tissue two-photon microscopy. Nat. Methods. 2, 932-940 (2005).

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Yeniden basım ve izinler

Bu JoVE makalesinin metnini veya şekillerini yeniden kullanmak için izin iste

İzin iste

Etiketler

Coral Polyp ImagingSerial Block Face ImagingTwo Photon MicroscopyFluorescence MicroscopyTissue Morphology AnalysisChromatophore DistributionZooxanthellae LocalizationDecalcified Coral TissueWax Embedding TechniqueMicrotome Sectioning

İlgili makaleler