Yöntem makalesi

Yüksek çözünürlük İn Vivo 3T Manyetik Rezonans Görüntüleme kullanma İnsan hipokampal alanlar için Manuel Segmentasyon Protokolü

DOI:

10.3791/51861

⸱

10 Kasım 2015

 ,  ,  ,  ,  ,  , 
1Institute of Biomaterials and Biomedical Engineering, University of Toronto, 2Computational Brain Anatomy Laboratory, Douglas Institute, McGill University, 3McGill Centre for Studies in Aging, McGill University, 4MRI Unit, Research Imaging Centre, Campbell Family Mental Health Research Institute, Centre for Addiction and Mental Health, 5Department of Psychiatry, University of Toronto, 6School of Psychology, University of Wollongong, 7Neuroscience Research Australia, 8Department of Medicine, University of Toronto, 9Kimel Family Translational Imaging Genetics Research Laboratory, Research Imaging Centre, Campbell Family Mental Health Research Institute, Centre for Addiction and Mental Health

Bu makalede

Özet

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Bu makalenin amacı, MRI kullanarak hipokampus ve hipokampal alt alanları incelemektir. El yazması, hipokampusu ve beş hipokampal alt yapıyı segmentlere ayırmak için bir protokolü tanımlar: cornu ammonis (CA) 1, CA2/CA3, CA4/dentate gyrus, strata radiatum/lacunosum/moleculare ve subiculum.

Özet

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Insan hippocampusu genel olarak, bellek ve normal beyin fonksiyonu ve farklı nöropsikiyatrik rolü bağlamında incelenmiştir yoğun olarak araştırılmıştır. Birçok görüntüleme çalışmaları, tek bir yekpare nöro anatomik yapı olarak hipokampus tedavi olsa da, karmaşık bir üç boyutlu geometriye sahip birçok alt alanlardan oluşan aslında,. Bu nedenle, bu alt alanlar özel işlevleri yerine getirmek ve diferansiyel olarak, farklı hastalık durumlarının kurs boyunca etkilendiği bilinmektedir. Manyetik rezonans (MR) görüntüleme hipokampus ve alt alanlardan morfoloji sorgulamak için güçlü bir araç olarak kullanılabilir. Birçok grup altbaşlıklarla görüntü gelişmiş görüntüleme yazılım ve donanım (> 3T) kullanın; ancak teknolojinin bu tip en araştırma ve klinik görüntüleme merkezlerinde hazır olmayabilir. Bu ihtiyacı karşılamak için, bu yazının tam ön-arka uzunluğu segmentlere yönelik ayrıntılı bir adım-adım protokolü sağlarCornu ammonis (CA) 1, CA2 / CA3, CA4 / dentat girus (DG), tabakalar radiatum / lacunosum / moleculare (SR / SL / SM) ve subiculum: hipokampus ve alt alanlardan. Bu protokol, beş olgu (; yaş 29-57, ort 37. 3F, 2M) uygulanmıştır. Protokol güvenilirliği Dice kappa metrik kullanarak üst üste sağ ya da her konunun sol hipokampus ya resegmenting ve bilgisayar tarafından değerlendirilir. Beş konular arasında Dice Kappa (aralık) ortalama şunlardır: Bütün hipokampus, 0.91 (0,90-0,92); CA1, 0.78 (0,77-0,79); CA2 / CA3, 0.64 (0,56-0,73); CA4 / dentat girus, 0.83 (0,81-0,85); tabakalar radiatum / lacunosum / moleculare, 0.71 (0,68-0,73); 0.75 (0.72-0.78) subiculum. Burada sunulan segmentasyon protokolü yaygın olarak bulunan MR araçlarını kullanarak in vivo hipokampus ve hipokampal dalından incelemek için güvenilir bir yöntem ile diğer laboratuvarlar sağlar.

Giriş

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Hipokampus epizodik bellek, mekansal navigasyon ve diğer bilişsel işlevler 10,31 ile ilişkili yaygın olarak çalışılan medial temporal lob yapıdır. Alzheimer hastalığı, şizofreni, bipolar bozukluk ve nörodejeneratif ve nöropsikiyatrik rahatsızlıklarda rolü 4,5,18,24,30 iyi belgelenmiştir. Bu yazının amacı 3T edinilen yüksek çözünürlüklü manyetik rezonans (MR) görüntüleri insan hipokampal alanlar için daha önce 34 yayınlanmış manuel segmentasyon protokolüne ek ayrıntı sağlamaktır. Ayrıca, bu yazının eşlik video bileşeni kendi veri setlerinde protokolü uygulamak isteyen araştırmacılara daha fazla yardım sağlayacaktır.

Hipokampus histolojik olarak hazırlanmış otopsi gözlenen sitoarkitektonik farklılıklara dayalı altbaşlıklarla ayrılabilir 12,22 numune. Böyle otopsi örnekleri grou tanımlamaknd belirlenmesi ve hipokampal alanlar çalışması için gerçeği; Bu nitelikteki hazırlıklar boyama beceri ve donanım uzman gerektirir ve özellikle hastalıklı toplumlarda, sabit doku durumu ile sınırlıdır, ancak. in vivo görüntüleme konularda çok daha büyük bir havuz avantajı vardır, ve de izlenmek için fırsat sunuyor çalışmalar ve toplumlarda gözlemleyerek değişiklikleri kadar. O T2 ağırlıklı ex vivo MR görüntülerde bu sinyal yoğunlukları gösterilmiş olmasına rağmen hücresel yoğunluk 13, bu sadece MR sinyal şiddetlerini kullanarak altbaşlıklarla arasında tartışmasız sınırları belirlemek hala zor yansıtmaktadır. Bunun gibi, MR görüntülerinde histoloji düzeyinde detay belirlenmesi için farklı yaklaşımlar bir dizi geliştirilmiştir.

Bazı gruplar hipokampal alt alan neuroanat yerelleştirilmesine yeniden ve histolojik veri kümeleri dijital ortama aktarmak ve daha sonra görüntü kaydı teknikleri ile birlikte bu rekonstrüksiyon kullanmak için çabalarin vivo MR 1,2,8,9,14,15,17,32 üzerinde omy. Bu doğrudan MR görüntüleri üzerine histolojik zemin gerçeğin bir versiyonunu haritalama için etkili bir tekniktir olmakla birlikte, bu nitelikteki rekonstrüksiyon tamamlamak zordur. Bu gibi projeler bozulmamış medial temporal lob örneklerinde, histolojik teknikler, histolojik işleme sırasında veri kaybı, sabit ve in vivo beyinleri arasındaki temel morfolojik tutarsızlıklar durumu ile sınırlıdır. Diğer gruplar, in vivo olarak elde etmek için bir çaba yüksek alan tarayıcılar (7T ya 9.4T) kullandık ya da ex bir yeterince küçük olması (0,20-0,35 mm izotropik) voksel boyutu ile in vivo ve görüntüler mekansal için kullanılan görüntü kontrastında farklılıkları lokalize görselleştirilme altbaşlıklarla 35,37 arasındaki sınırları anlaması. Hatta 7T-9.4T de ve bu tür küçük voksel boyutu ile hipokampal alt alanlardan sitoarkitektonik özellikleri görünmez. Bu nedenle, manüel bölütleme protokolleri geliştirilmiştirMR görüntülerinde bilinen histolojik sınırlarını pproximate. Bu protokoller, yerel görüntü kontrastı farklılıkları yorumlama ve görünür yapılara göre (örneğin düz çizgiler ve açılar gibi) geometrik kurallar tanımlayarak alt alan sınırları belirler. Yüksek alan gücüne çekilen görüntüler hipokampal alanlar içine ayrıntılı fikir sunabiliyoruz rağmen 7T ve 9.4T protokolleri şu anda uygulanabilirliği sınırlıdır, bu yüzden yüksek alan tarayıcıları, henüz klinik veya araştırma ortamlarında yaygın değildir. Benzer protokolleri 3T ve 4T tarayıcıları 11,20,21,23,24,25,28,33 toplanan görüntüler için geliştirilmiştir. Bu protokollerin çoğu koronal planda alt 1mm vokselleri voksel boyutlu görüntüler dayalı, ancak büyük dilim kalınlıkları (0,8-3 mm) 11,20,21,23,25,28,33 veya büyük dilim içi mesafeler sahiptir Bireysel alt alanlardan hacimlerinin tahmininde önemli bir ölçüm önyargı neden her ikisi de 20,28. Buna ek olarak, mevcut 3T protokoller çokhipokampus baş ve kuyruk 20,23,25,33 tamamı veya bir kısmı alt alanlarını dışlamak ya da önemli altyapılar (yani, CA2 / CA3 ile DG birleştirmek veya tabakalar radiatum / lacunosum / moleculare arasında dahil değildir detaylı segmentasyonlar vermeyin CA) 11,20,21,23,24,25,28,33. Güvenilir klinik ve araştırma ortamlarında yaygın olarak bulunan bir tarayıcı dayanmaktadır hipokampus baş, gövde ve kuyruk boyunca ilgili dalından belirleyebilir bir protokol ayrıntılı bilgi için alanda bir ihtiyaç duyulmaktadır. Çabaları laboratuarlar arasında hipokampal alt alan bölümleme işlemini uyumlaştırılması Hipokampal Alt Dallar Grubu (www.hippocampalsubfields.com) tarafından halen devam etmekte olup, tüm hipokampal segmentasyon 6 varolan uyum çabası ve 21 mevcut protokolleri karşılaştıran bir başlangıç ​​kağıda benzer geçenlerde 38 yayınlandı . Bu gruptan eser daha uygun segmentasyon proce açıklamak olacakDURES.

Bu yazının güvenilir yüksek çözünürlüklü 3T MR görüntülerinde Winterburn ve arkadaşları 34 tarafından daha önce açıklanan hipokampus alt alan segmentasyon protokolünü uygulamak için ayrıntılı yazılı ve video yönergeler sağlar. Protokol bütün hipokampus için sağlıklı kontrollerin beş görüntü ve beş hipokampal alanlar (CA1, CA2 / CA3, CA4 / dentat girus, tabakalar radiatum / lacunosum / moleculare ve subiculum) üzerine uygulanmıştır. Bunlar parçalı görüntüler kamu çevrimiçi (cobralab.ca/atlases/Hippocampus) mevcuttur. Protokol ve parçalı görüntüleri MR görüntülerinde ayrıntılı hipokampal nöroanatomisini eğitim almak isteyen gruplar için yararlı olacaktır.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Protokol

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Çalışma Katılımcılar

Nörolojik ve nöropsikiyatrik bozukluklar ve ağır kafa travması vakalarının özgürdü (yaş 29-57, ort 37. 3F, 2M) bu yazının protokol sağlıklı gönüllüler toplanan beş temsilci yüksek çözünürlüklü görüntüler için geliştirilmiştir. Tüm denekler Bağımlılık ve Ruh Sağlığı Merkezi'nde (CAMH) de alındı. Çalışma CAMH Araştırma Etik Kurulu tarafından onaylanmış ve Helsinki Bildirgesi doğrultusunda gerçekleştirilmiştir. Yazılı sağlanan tüm denekler, veri toplama ve paylaşımı için aydınlatılmış onam. Bu görüntüleri toplamak için kullanılan satın alma dizisi hakkında ayrıntılar için, Winterburn ve diğ., 2013 ve Park ve ark., Beş konular için 2014 26,34 Görüntüler kalite kontrol ve muhafaza edildi başvurun. Hipokampus bu görüntüleri 118 koronal dilim ortalama yayılmış.

1. Yazılım Set-up

  1. Açık Ekran:

2. Tüm Hippocampus Manuel Segmentasyon

  1. Set-up: Bir T1 ağırlıklı görüntü kullanarak, hipokampus ön-en koronal dilim ilerleyin. Anterior yönde dilimleri ilerletmek için '+' tuşunu kullanın; posterior yönde hareket ettirmek için anahtar - '' kullanın.
  2. 12,22 karşılayan üstün sınırında, yardımcı olmak için. Sınırları içinde etikete doldurmak için navigasyon penceresinin segmentasyon menüsünden E (Etiket Fill) tuşunu kullanın. Anterior hipokampus baş boyunca bu sınırları uygulamak devam edin.
  3. Dilim B: Hipokampal Kafa 1 (Şekil 1B):
    1. Üstün, alt, yan, medial sınırları: Adım 2.2 anlatıldığı gibi bir rehber olarak temporal lob ve Alveus beyaz madde kullanılarak, sınırları çizmek için devam edin.
    2. Supero-medial sınırı: Bunun için, eksenel görünümünü kullanarak, yanal hipokampus 29 ön kenarından yatay bir çizgi çizin ve hipokampus gibi bu çizginin altına hiçbir şey içerir.NOT: supero-medial sınır hipokampusun gri cevher amigdala gri madde ile harmanlayarak bu dilimleri, daha belirsiz hale gelir.
  4. Dilim C: Hipokampal Başkanı 2 Dentations ile: Konuyla ilgili olarak, hipokampusun dentations 3-4 dilim görebilir olabilir (genellikle onlar T2 ağırlıklı T1 ağırlıklı görüntülerde karşı daha görünür). Bu dilim, sınır segmentasyon 12,22 rehberlik Alveus ve temporal lobun beyaz maddeyi kullanmaya devam edin. Daha fazla bilgi için, aşağıdaki adımları izleyin 2.5.1-2.5.2.
  5. Dilim D: Hipokampal Kafa 3:
    1. Üstün, alt, yan, medial sınırları: at, dentations eğrisi takip, temporal lob lateral ventrikül, üst sınırın alt boynuz lateral sınırının beyaz cevherde de hipokampusun alt sınır çizin alveus / fimbrial beyaz cevher ve hipointens Regio de medial sınırıOrtam sarnıç 12,22 n.
    2. Supero-medial ve infero-medial sınırları: Adım 2.3.2 de açıklandığı gibi supero-medial sınırını tanımlamak için devam edin. Hipokampus hafifçe incelir ve entorinal korteks 12,22 arasında hafif hiperintens gri madde içine uzanan medial sınırın alt kısmını çizin.
  6. Dilim E: uncus ile Hipokampal Başkanı 4: 2.5.1-2.5.2 adımlarda açıklanan, alt lateral ve üstün sınırları çizmek için devam edin. Hipokampal (hipokampüsün ana gövdeye madalya bulunur ve düşük yoğunluklu CSF ile çevrelenmiştir) uncus 12,2 2 bölümleme içerir.
  7. Dilim F: Hipokampal Gövde: 2.5.1-2.5.2 adımlarda açıklanan, alt lateral, medial ve üstün sınırları çizmek için devam edin. Hipokampus o entorinal korteks / para-hipokampal girus 12,22 ile geçişler olarak incelir noktada infero-medial sınırını çizin.Segmentasyon körelmiş hipokampal sulkus düşük yoğunluklu CSF dahil etmeyin.
  8. Dilim G: Hipokampal Kuyruk 1: forniksin crus ilk görünür olduğunda hipokampal kuyruk tipi dilimleri segmentlere başlayın. Daha fazla ön dilimleri 12,22 hipokampal kuyruk içine fasikül girus şeklini ekstrapolasyonuyla segmentasyon fasikül girus (hipokampal kuyruk bölgelerinde hipokampus ile harmanlayarak bir gri cevher yapısı) hariç. Bu ekstrapolasyon iki yapı doğru ayırt olamaz bundan sonra 2-3 dilim için mümkündür; Bu noktada, hipokampus gibi bu alandaki tüm görünür gri madde davranın.
  9. Dilim H: Hipokampal Tail 2: Segment çevreleyen yüksek yoğunluklu beyaz maddeden posterior hipokampal kuyruğu düşük yoğunluklu gri madde.
  10. Dilim I: Posterior-En Dilim: Segment hipokampal gri maddenin küçük kalan alanındantemporal lobun çevreleyen beyaz madde.

3. Hipokampal alt alan Manuel Segmentasyon

  1. Set-up: Bir T2 ağırlıklı görüntü kullanarak, (adım 2.1 gibi) hipokampusun anterior-en koronal dilim ilerleyin. Fırça rengini değiştirmek için, D (Set navigasyon penceresindeki bölümleme menüsünde :) LBL boyayın. "Geçerli boya etiketini girin:" komut terminali isteyecektir. Her sayı farklı bir etiket rengine karşılık 1 ila 255 bir numara girin.
  2. Dilim A: Ön-En Dilim: alt alan bölümler ön-çoğu dilim henüz görünür olduğundan, içine (mutlaka kardinal eksenlerin herhangi paralel değildir) en uzun görünür ekseni boyunca görülebilir hipokampal gri madde bölen bir çizgi çizin iki eşit bölümler gerçek anatomi 12,22 yaklaştığı. CA1 olarak bu iki bölümden üstün ve choosi tarafından subiculum olarak alt bölümü EtiketHer subfield 23,35 için farklı renkte etiket ng.
  3. Dilim B: Hipokampal Başkanı 1: SR / SL / SM 13,37 olarak hipokampal oluşumun ortasında düşük yoğunluklu alan etiketleyin. Hipokampus alt kenarı boyunca viraj açık olduğunda, CA1 12,22 den subiculum ayıran yanal sınır olarak bu dönüm kullanın. Supero-medial ucunda 37 CA1-subiculum sınırını çizmek için hipokampus uzun ekseni takip etmeye devam edin.
  4. Dilim C: Dentations ile hipokampus Kafa 2:
    1. SR / S / SM, CA4 / DG ve subiculum SR / S / SM, CA4 / DG ve dilim D için tarif edildiği gibi subiculum (adım 3.5.1) etiketleyin.
    2. CA2 / CA3 ve CA1: SR / SL / SM 12,22 en supero lateral kenarından supero-yanal yönde uzanan bir 45º açı hattı olarak CA1 ve CA2 / CA3 arasındaki sınırı tanımlar. Denta arasındaki çukur üstün kenarı boyunca mediale CA2 / KF3 uzatınleri 12,22. CA1 12,22 üstün kenar kalanını Etiket.
  5. Dilim D: Hipokampal Başkanı 3
    1. SR / SL / SM, CA4 / DG ve subiculum: CA1 37 eğrisini takip edecek olan, ilk karanlık SR / SL / SM bandı etiketleyin. SR / CA4 / DG 12,22,23,35,37 olarak SL / SM içinde herhangi bir yüksek yoğunluklu gri madde etiketleyin. Bu durum, Şekil 2C'deki şekilde, sürekli bir bölge olabilir. Alt hipokampus 12,22 yılında viraj kullanarak subiculum-CA1 sınırını tanımlamak için devam edin.
    2. CA2 / CA3 ve CA1: Adım 3.4.2 olarak CA1 ve CA2 / CA3 sınırını tanımlamak için devam edin. Hipokampus 12,22 üstün kenarı boyunca mediale yarıya CA2 / KF3 uzatın ve CA1 12,22 üstün kenarın diğer yarısını etiket.
    3. Supero-medial hipokampal başkanı: Bu dilim olarak ikiye dikey supero-medial hipokampal kafa bölün. SR / SL / SM 12 olarak medial yarısı etiketleyin. Yanal Bölyarısında yarım yine bu sefer yatay. CA4 / DG üstün bölümü ve CA2 / CA3 12 olarak alt kısmını etiketleyin.
  6. Dilim E: uncus ile Hipokampal Başkanı 4
    1. Yanal hipokampal kafası (subiculum): bu dilimlerin yan kısmında, / DG 12,22 KF4 en medial kenarından aşağı yönde uzanan dikey bir çizgi olarak subiculum-CA1 sınırını tanımlar.
    2. Yanal hipokampal kafa (CA1, CA2 / CA3, CA4 / DG, SR / SL / SM.): Adım 3.4.2 ile aynı şekilde CA1-CA2 / CA3 sınır tanımlayın. CA bölgelerin eğri aşağıdaki düşük yoğunluklu bölge olarak SR / SL / SM etiketlemek devam edin. Adım 3.5.1 deki gibi, SR / SL / SM içindeki merkez boşluğunun olarak CA4 / DG etiketleyin.
    3. Uncal hipokampal kafa (SR / SL / SM): hipokampal vücuda hipokampal baş geçişler yaklaşık olarak 10 dilim için hipokampus uncus etiketleyin. Uncus olarak, (SR / SL / SM olarak merkezi düşük yoğunluklu bölge etiketBunu görmek zor olduğunda, uncus merkezi) 12 kadar 2-3 vokselden genişliğinde bir çizgi segmentlere göre anatomisini yaklaşmaktadır.
    4. Uncal hipokampal kafa (CA2 / CA3, CA4 / DG): uncus ve infero-yanal / supero-medial ekseni boyunca SR / SL / SM bölümünün üstün kenarında bir çizgi çizin. CA2 / CA3 12 olarak bu hat üzerindeki tüm gri madde etiketleyin. CA4 / DG 12 olarak (SR / SL / SM her iki tarafında) bu çizginin altında herhangi etiketsiz gri madde etiketleyin.
  7. Dilim F: Hipokampal Gövde: Adım 3.6.1-3.6.2 açıklanan sınırları uygulamak için devam edin.
  8. Dilim G: Hipokampal Kuyruk 1: Adım 3.6.1-3.6.2 açıklanan kuralları uygulamak için devam edin. Subiculum-CA1 sınır CA4 / DG 12,22 medial kenarından infero-medial yönde uzanan bir 45 ° açı hattı olur.
  9. Dilim H: Hipokampal Tail 2: fasikül girus artık hipokampal Formatio ayırt edilebilir bir kezn, CA1, bu kadar SR / SL içinde düşük yoğunluklu alanı olarak tüm dış katmanı etiket / (önceki dilimleri gibi) SM ve CA4 / DG 12,22 olarak ortada kalan gri madde.
  10. Dilim I: Posterior-En Dilim: koyu SR / SL kez / SM CA1 12,22 olarak tüm yapıyı etiket, hipokampal formasyon merkezinde artık görülebilir.

4. Protokol Güvenilirlik

  1. Orijinal segmentasyon yapmadan yaklaşık bir ay bekledikten sonra sağ ya da her konunun sol hipokampus ya tekrar segment- leyin. Segment olarak sürekli mümkün olduğu gibi protokol kurallarını takip etmeye çalışıyorum hipokampus tüm ön-arka uzunluğu boyunca alt alanlardan tüm.
  2. Özgün ve resegmented hacimleri arasında Dice en kappa hesaplayın:
    figure-protocol-1
    k = Dice kappa ve A ve B etiket hacimleri nerede.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Sonuçlar

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

. Protokol güvenilirlik testi sonuçları Tablo 2'de özetlenmiştir bütün ikili hipokampus için, mekansal örtüşme ortalama Dice en kappa ile ölçülen 0.91 ve 0.90 arasında değişmektedir - 0.92. Alt alan Kappa değerleri 0.64 (CA2 / CA3) den 0.83 (CA4 / dentat girus) arasında değişir. Tüm altbaşlıklarla ve bütün hipokampus ortalama hacimleri Tablo 3'de rapor edilmektedir. Bütün hipokampus aralığı için Ciltler 2.456,72-3325,02 mm 3 den. CA1 857,46 mm 3'te büyük ise CA2 / ...

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Tartışma

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

MR görüntülerinde Hipokampal alt alan segmentasyonu literatürde iyi temsil edilmektedir. Ancak mevcut protokoller hipokampus 20,23,33,35 bölümlerini hariç, sabit görüntülerin 37 için geçerlidir, ya da görüntü elde 35,37 ultra-yüksek alan tarayıcıları gerektirir. Bu yazının hipokampus beş ana alt bölümleri (CA1, CA2 / CA3, CA4 / dentat girus, SR / SL / SM ve subiculum) içerir ve yapının tüm ön-arka uzunluğu yayılan bir segmentasyon protokolü sunuyor. Tam parçalı atlaslar kamu çevrimiçi (c...

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Açıklamalar

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Yazarların beyan edecekleri herhangi bir çıkar çatışması yoktur.

Teşekkürler

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Yazarlar, CAMH Vakfı destek kabul etmek Michael ve Sonja Koerner, Kimel Aile ve Paul E. Garfinkel Yeni Araştırmacı Ödülü Catalyst sayesinde istiyorum. Bu proje Fonds de Recherches Santé Québec, Kanada Sağlık Araştırma Enstitüleri (CIHR), Doğa Bilimleri ve Kanada'nın, Weston Beyin Enstitüsü, Kanada Alzheimer Derneği Mühendislik Araştırma Konseyi ve Micheal J. Fox Vakfı tarafından finanse edildi Parkinson Araştırma (MMC), yanı sıra CIHR, Ontario Ruh Sağlığı Vakfı, NARSAD ve Ulusal Akıl Sağlığı Enstitüsü (R01MH099167) (ANV) için. Yazarlar ayrıca görüntüleri elde yardım için Anusha Ravichandran teşekkür etmek istiyorum.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Malzemeler

Bu makalede kullanılan malzemelerin listesi
AdŞirketKatalog numarasıYorumlar
Discovery MR750 3TGEVeya eşdeğeri 3T tarayıcı
Minc Araç KitiMcConnell Beyin Görüntüleme Merkezi, Montreal Nöroloji EnstitüsüAçık kaynak: http://www.bic.mni.mcgill.ca/ServicesSoftware/ServicesSoftwareMincToolKit

Kaynaklar

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Adler, D. H., et al. Reconstruction of the human hippocampus in 3D from histology and high-resolution ex-vivo MRI. IEEE Intl. Symp. on Biomed. Img. , 294-297 (2012).
  2. Adler, D. H., et al. Histology-derived volumetric annotation of the human hippocampal subfields in postmortem MRI. NeuroImage. 84 (1), 505-523 (2014).
  3. Amaral, D. G. A golgi study of cell types in the hilar region of the hippocampus in the rat. J. Comp. Neurol. 182 (4 Pt 2), 851-914 (1978).
  4. Blumberg, H. P., et al. Amygdala and Hippocampal Volumes in Adolescents and Adults With Bipolar Disorder. Arch Gen Psychiatry. 60 (12), 1201-1208 (2003).
  5. Braak, H., Braak, E. Neuropathological stageing of Alzheimer-related changes. Acta Neuropathol . 82 (4), 239-259 (1991).
  6. Boccardi, M., et al. Survey of protocols for the manual segmentation of the hippocampus: preparatory steps towards a joint EADC-ADNI harmonized protocol. J. Alzheimer's Dis. 26 (3), 61-75 (2011).
  7. Chakravarty, M. M., et al. Performing label-fusion-based segmentation using multiple automatically generated templates. Hum. Brain Mapp. 34 (10), 2635-2654 (2013).
  8. Chakravarty, M. M., Bertrand, G., Hodge, C. P., Sadikot, A. F., Collins, D. L. The creation of a brain atlas for image guided neurosurgery using serial histological data. NeuroImage. 30 (2), 359-376 (2006).
  9. Collins, D. L., Neelin, P., Peters, T. M., Evans, A. C. Automatic 3D intersubject registration of MR volumetric data in standardized Talairach space. J. Comput. Assist. Tomogr. 18 (2), 192-205 (1994).
  10. Heijer, F. V., et al. Structural and diffusion MRI measures of the hippocampus and memory performance. NeuroImage. 63 (4), 1782-1789 (2012).
  11. Duncan, K., Tompary, A., Davachi, L. Associative encoding and retrieval are predicted by functional connectivity in distinct hippocampal area ca1 pathways. The Journal of Neuroscience. 34 (34), 11188-11198 (2014).
  12. Duvernoy, H. M. The Human Hippocampus: Functional Anatomy Vascularization, and Serial Sections with MRI. , Springer Verlag. (2005).
  13. Fatterpekar, G. M., et al. Cytoarchitecture of the human cerebral cortex: MR microscopy of excised specimens at 9.4 Tesla. Am. J. Neuroradiol. 23 (8), 1313-1321 (2002).
  14. Frey, S., Pandya, D. N., Chakravarty, M. M., Bailey, L., Petrides, M., Collins, D. L. An MRI based average macaque monkey stereotaxic atlas and space (MNI monkey space). NeuroImage. 55 (4), 1435-1442 (2011).
  15. Goubran, M., Crukley, C., de Ribaupierre, S., Peters, T. M., Khan, A. R. Image registration of ex-vivo. MRI to sparsely sectioned histology of hippocampal and neocortical temporal lobe specimens. NeuroImage. 83, 770-781 (2013).
  16. Heckemann, R. A., Hajnal, J. V., Aljabar, P., Rueckert, D., Hammers, A. Automatic anatomical brain MRI segmentation combining label propagation and decision fusion. NeuroImage. 33 (1), 115-126 (2006).
  17. Holmes, C. J., Hoge, R., Collins, L., Woods, R., Toga, A. W., Evans, A. C. Enhancement of MR images using registration for signal averaging. J. Comput. Assist. Tomogr. 22 (2), 324-333 (1998).
  18. Karnik-Henry, M. S., Wang, L., Barch, D. M., Harms, M. P., Campanella, C., Csernansky, J. G. Medial temporal lobe structure and cognition in individuals with schizophrenia and in their non-psychotic siblings. Schizophrenia Research. 138 (2-3), 128-135 (2012).
  19. Kim, J. S., et al. Automated 3-D extraction and evaluation of the inner and outer cortical surfaces using a Laplacian map and partial volume effect classification. NeuroImage. 27 (1), 210-221 (2005).
  20. La Joie, R., et al. Differential effect of age on hippocampal subfields assessed using a new high-resolution 3T MR sequence. NeuroImage. 53 (2), 506-514 (2010).
  21. Libby, L. A., Ekstrom, A. D., Ragland, J. D., Ranganath, C. Differential connectivity of perirhinal and parahippocampal cortices within human hippocampal subregions revealed by high-resolution functional imaging. The Journal of Neuroscience. 32 (19), 6550-6560 (2012).
  22. Atlas of the Human Brain. Mai, J. K., Paxinos, G., Voss, T. , 3rd ed, (2008).
  23. Mueller, S. G., et al. Measurement of hippocampal subfields and age-related changes with high resolution MRI at 4T. Neurobiol Aging. 28 (5), 719-726 (2006).
  24. Narr, K. L., et al. Regional specificity of hippocampal volume reductions in first-episode schizophrenia. NeuroImage. 21 (4), 1563-1575 (2004).
  25. Olsen, R. K., Palombo, D. J., Rabin, J. S., Levine, B., Ryan, J. D., Rosenbaum, R. S. Volumetric Analysis of Medial Temporal Lobe Subregions in Development Amnesia using High-Resolution Magnetic Resonance Imaging. Hippocampus. 23 (10), 855-860 (2013).
  26. Park, M. T. M., et al. Derivation of high-resolution MRI atlases of the human cerebellum at 3T and segmentation using multiple automatically generated templates. NeuroImage. 95, 217-231 (2014).
  27. Pipitone, J., et al. Multi-atlas Segmentation of the Whole Hippocampus and Subfields Using Multiple Automatically Generated Templates. NeuroImage. 101, 494-512 (2014).
  28. Pluta, J., Yushkevich, P., Das, S., Wolk, D. In vivo analysis of hippocampal subfield atrophy in mild cognitive impairment via semi-automatic segmentation of T2-weighted MRI.Journal of Alzheimer's Disease. 31 (1), 85-99 (2012).
  29. Pruessner, J. C., et al. Volumetry of hippocampus and amygdala with high-resolution MRI and three- dimensional analysis software: minimizing the discrepancies between laboratories. Cereb Cortex. 10 (4), 433-442 (2000).
  30. Sabuncu, M. R., et al. The dynamics of cortical and hippocampal atrophy in Alzheimer disease. Archives of Neurology. 68 (8), 1040-1048 (2011).
  31. Scoville, W. B., Milner, B. Loss of recent memory after bilateral hippocampal lesions. J. Neuropsych. and Clin. Neurosci. 12 (1), 103-113 (1957).
  32. Toga, A. W., Thompson, P. M., Mori, S., Amunts, K., Zilles, K. Towards multimodal atlases of the human brain. Nat. Rev. Neurosci. 7 (12), 952-966 (2006).
  33. van Leemput, K., et al. Automated segmentation of hippocampal subfields from ultra-high resolution in vivo. MRI. Hippocampus. 19 (6), 549-557 (2009).
  34. Winterburn, J. L., et al. A novel in vivo atlas of human hippocampal subfields using high-resolution 3 T magnetic resonance imaging. NeuroImage. 74, 254-265 (2013).
  35. Wisse, L. E. M., Gerritsen, L., Zwanenburg, J. J. M., Kuijf, H. J. Subfields of the hippocampal formation at 7 T MRI: in vivo. volumetric assessment. NeuroImage. 61 (4), 1043-1049 (2012).
  36. Yelnik, J., et al. A three-dimensional, histological and deformable atlas of the human basal ganglia. I. Atlas construction based on immunohistochemical and MRI data. NeuroImage. 34 (2), 618-638 (2007).
  37. Yushkevich, P. A., et al. A high-resolution computational atlas of the human hippocampus from postmortem magnetic resonance imaging at 9.4 T. NeuroImage. 44 (2), 385-398 (2009).
  38. Yushkevich, P. A., et al. Quantitative Comparison of 21 Protocols for Labeling Hippocampal Subfields and Parahippocampal Subregions in In Vivo MRI: Towards a Harmonized Segmentation Protocol. NeuroImage. , (2015).

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Yeniden basım ve izinler

Bu JoVE makalesinin metnini veya şekillerini yeniden kullanmak için izin iste

İzin iste

Etiketler

Hipokampal Alt Alan Segmentasyonu3T Manyetik Rezonans G r nt lemensan Hipokampus AnatomisiCornu Ammonis Alt AlanlarDentate Gyrus SegmentasyonuStrata Radiatum Lacunosum MoleculareSubiculum SegmentasyonuDice Kappa G venilirli iAnterior Posterior Hipokampus

İlgili makaleler