Son zamanlarda enfeksiyon biyologları, konakçı-patojen etkileşimlerini incelemek için yeni ve daha iyi modellere duyulan ihtiyacı karşılamak için kök hücre türevi kültürler kullandılar. Üç hücresel kaynak kullanılmıştır: Embriyonik kök hücreler (ESC), indüklenmiş pluripotent kök hücreler (iPSC) veya yetişkin kök hücreler. Burada, yetişkin kök hücrelerden türetilen fare ve insan mide organoidlerinin kültürü tarif edilmekte ve mide patojeni Helicobacter pylori ile enfeksiyon için kullanılmaktadır. İnsan mide bezleri rezeksiyon materyalinden izole edilir, bir bazal matriks içine ekilir ve epidermal büyüme faktörü (EGF), R-spondin, Noggin, Wnt, fibroblast büyüme faktörü (FGF) 10, gastrin ve transforme edici büyüme faktörü (TGF) beta inhibitörü içeren besiyerine gömülür. Bu koşullarda, mide bezleri midenin 4 soyunu içeren 3 boyutlu organoidlere dönüşür. Organoidler süresiz olarak genişler ve hücre dizilerine benzer şekilde dondurulabilir ve çözülebilir. Enfeksiyon çalışmaları için, bakteriler organoidlerin lümenine mikroenjekte edilir. Enfekte organoidler görüntüleme için işlenir. Açıklanan yöntemler, diğer organoidlere ve diğer bakteri, virüs veya parazitlerle olan enfeksiyonlara uyarlanabilir. Bu, birincil hücrelerde enfeksiyonun neden olduğu değişikliklerin incelenmesine izin verir.