Mikrodalga Radyasyon Kullanımı Potansiyel Antiparazitik Therapeutics gibi omurga Siklik Peptit Kütüphanesi Gelişimi

Summary

Mikrodalga ışınlaması kullanılarak siklik peptitlerin sentezi için basit ve genel bir yöntem özetlenmiştir. Bu prosedür, yan zincirleri ve farmakoforik kısımları korurken farklı konformasyonların bir koleksiyonu ile omurga siklik peptitlerinin sentezini sağlar ve bu nedenle biyoaktif konformasyonun taranmasına izin verir.

Abstract

Protein-protein etkileşimleri (PPIs) hemen hemen tüm biyolojik süreçlerin neden olduklarına ve birçok insan hastalıkları ile bağlantılıdır. Bu nedenle, temel araştırma ve ilaç sektöründe PPIs hedef büyük bir çaba var. Protein-protein arayüzleri düz, genellikle büyük ve genellikle bu tür siteleri hedeflemek küçük moleküllerin keşfi zorlaştıran, cepler yoksundur. Antikorlar kullanılarak alternatif hedefleme yaklaşımları kötü oral biyoyararlanım, düşük hücre geçirgenliği ve üretim verimsizliği nedeniyle sınırlamaları vardır.

PPI arayüzleri hedef peptidleri kullanma birçok avantajı vardır. Peptitler daha şekilsel esnekliğe, artan seçiciliğe sahip ve genellikle daha ucuzdur. Ancak, peptidler yoksul istikrar ve verimsizlik geçen hücre zarları da dahil olmak üzere, kendi sınırlamaları vardır. Bu tür kısıtlamaların üstesinden gelebilmek için, peptit siklizasyon yapılabilir. Siklizasyon peptid seçimliliği arttırmak için ortaya konmuşturMetabolik stabilitesi ve biyo. Bununla birlikte, bir siklik peptid konformasyonunu biyoaktif tahmin önemsiz değildir. Bu sorunun üstesinden gelebilmek için, bir çekici bir yaklaşım tüm omurga siklik peptitler aynı birincil sekansına sahiptir, ancak bu tür bir halka boyutu ve konumu olarak yapısını etkileyen parametrelerin, farklı olan ekrana odaklanmış bir kütüphanenin taranması için.

Spesifik parazit PPIs hedefleme omurgası siklik peptidlerin bir kütüphane sentezi için detaylı bir protokol açıklar. Rasyonel bir tasarım yaklaşımı kullanarak, aktive C-kinaz (EKSİKLİĞİ) için iskele protein L eishmania reseptörü türetilen peptidler geliştirdi. Biz ancak memeli konak homolog olarak, parazitler korunan LACK diziler, parazitlerin canlılığı açısından kritik olan proteinler için etkileşim siteleri temsil edebilir varsaydık. Halkalı peptidler reaksiyon sürelerini azaltmak ve artırmak için mikrodalga ışıması kullanılarak sentezlendiverimlilik. Farklı halka boyutları ile omurgası halkalı peptidler bir kütüphane geliştirilmesi en Biyolojik aktif konformasyon için sistematik bir ekran kolaylaştırır. Bu yöntem, döngüsel peptitler sentezlemek için bir genel, hızlı ve kolay bir yol sağlar.

Introduction

Protein-protein etkileşimleri (PPIs), hücre içi sinyal iletimine hücre ölümüne ^1, en ​​çok biyolojik süreçlerde önemli bir rol oynamaktadır. Bu nedenle, PPIs hedefleyen temel araştırma ve tedavi uygulamaları temel bir öneme sahiptir. PPI'lar özel ve stabil antikor ile düzenlenir, ancak antikorlar üretmek ve zayıf biyoyararlanıma sahip pahalı ve zordur edilebilir. Alternatif olarak, PPIs küçük moleküller ile hedeflenebilir. Küçük moleküller, antikorlar ile karşılaştırıldığında sentezlenmesi daha kolay ve ucuzdur; ancak, görece daha az esnek ve geniş protein-protein arayüzleri ^2,3 daha küçük boşluklara daha iyi uyum. Çeşitli çalışmalar, basit ve u....

Protocol

1. Ekipman ve Reaktifler Hazırlık

1. Hazırlama ekipmanları
   1. Uygun kişisel koruyucu ekipman kullanarak bir davlumbaz içindeki tüm adımları uygulayın.
   2. Kimyasal olarak (a cam bir sır ile 30 ml), bir Teflon bir reaksiyon kabı içinde, mikrodalga güç iletimi kontrol etmek için bir fiber optik ısı algılayıcı ile teçhiz Discover bir ek modül ile bir mikrodalga Peptid Sentezleyicisi kullanılarak katı destek üzerinde veya tek polipropilen peptidleri sentezler Kartuş (kaba frit ile 12 mi).
   3. Uygun karıştırma için, reaksiyon kabına, azot kaynağı bağlamak, ya da seçenek olarak polipropilen kartuşun her iki ucu mühürlenir, döner bir karıştırıcı üz....

Results

Burada özellikle Leishmania parazitinin hayati PPIs hedef ve (antiparaziter ajanlar ⁸⁷ olarak PPIs hedef peptidler hakkında inceleme için) antiparaziter ajanlar gibi hareket omurga halkalı peptidler odaklanmış küçük bir kütüphane gelişimini açıklar. Yeni bir omurga siklik peptit sentezi yoluyla farmakoforlar, uzatılabilir büyüklükte bir iskele halinde muhafaza edilmektedir. Burada önerilen odaklanmış kütüphanenin gücü siklizasyonu yoluyla yapısal serbestlik kısıtlı bir derecede izin verirken peptid i.......

Discussion

Tam otomatik bir sentezleyici kullanılarak mikrodalga Layişmanya parazitin LACK proteini elde edilen omurgası, siklik peptitlerin odaklanmış bir kütüphane sentezi tarif edilmektedir. Siklik peptidlerin bir odaklanmış kütüphanesi korunmuş pharmacophores ve çeşitli bağlayıcılar ile geliştirilmiştir. Örneğin glutarik anhidrit, süksinik anhidrit, adipik asit, pimelik asit, lizin, ornitin, ve diğer yapı blokları gibi çeşitli bağlayıcıların eklenmesi siklik peptidlerin konformasyonal alan çeşitliliğini artırmak için .......

Materials

List of materials used in this article

Name	Company	Catalog Number	Comments
< güçlü > REAKTİFLER< / güçlü >
Katı destek, Rink Amid reçine ML	CBL	BR-1330	yükleme: 0.49 mmol / g
Fmoc-Ala-OH	Gelişmiş Chemtech	FA2100
Fmoc-Arg (Pbf) -OH	Gelişmiş Chemtech	FR2136
Fmoc-ASN (Trt) -OH	Gelişmiş Chemtech	FN2152
Fmoc-ASP (OBut) -OH	Gelişmiş Chemtech	FD2192
Fmoc-Cys (Trt) -OH	Gelişmiş Chemtech	FC2214
Fmoc-Gln (Trt) -OH	İleri Chemtech	FQ2251
Fmoc-Glu (OtBu) -OH	İleri Chemtech	FE2237
Fmoc-Gly-OH	Gelişmiş Chemtech	FG2275
Fmoc-His(Trt)-OH	Gelişmiş Chemtech	FH2316
Fmoc-Ile-OH	Gelişmiş Chemtech	FI2326
Fmoc-Leu-OH	İleri Chemtech	FL2350
Fmoc-Lys(Boc)-OH	İleri Chemtech	FK2390
Fmoc-Met-OH	Gelişmiş Chemtech	FM2400
Fmoc-Phe-OH	Gelişmiş Chemtech	FF2425
Fmoc-Pro-OH	Gelişmiş Chemtech	FP2450
Fmoc-Ser-(tBu)-OH	Gelişmiş Chemtech	FS2476
Fmoc-Thr(tBu)-OH	Gelişmiş Chemtech	FT2518
Fmoc-Trp(Boc)-OH	İleri Chemtech	FW2527
Fmoc-Tyr(Ama)-OH	Gelişmiş Chemtech	FY2563
Fmoc-Val-OH	Gelişmiş Chemtech	FV2575
1-Metil-2-pirolidinon (NMP)	Sigma	328634	Dikkat< / güçlü> Toksik / Son derece yanıcı / Tahriş edici.
N, N< / em>-Dimetilformamid (DMF)	Alfa Aesar	43465	< güçlü > Dikkat< / güçlü> Toksik. DMF ayrışmasından kaynaklanan dimetilamin izlerinin bir sonucu olarak Fmoc çıkarılması gibi yan reaksiyonları ortadan kaldırmak için yüksek kaliteli DMF kullanın.
Diklorometan (DCM)	Sigma	D65100	Dikkat< / güçlü> Zararlı
Dibromometan (DBM)	Sigma	D41868	Dikkat< / güçlü > Zararlı
Trifloroasetik asit (TFA)	Sigma	T62200	Dikkat< / güçlü> Aşındırıcı / Toksik
Trifloroasetik asit, HPLC sınıfı (TFA)	Sigma	91707	Dikkat< / güçlü> Aşındırıcı / Toksik
Dietileter	Sigma	31690	Dikkat< / güçlü> Son derece yanıcı / Zararlı
Triizopropilsilan (TIS)	Sigma	233781	Dikkat< / güçlü> Tahriş Edici / Yanıcı
Su, HPLC sınıfı	Sigma	270733
Asetonitroil, HPLC sınıfı (ACN)	Fisher Bilimsel	A998-4	< güçlü > Dikkat< / güçlü> Yanıcı / Tahriş Edici / Zararlı
< >N, N< / em >-Diizopropetilamin (DIEA)	Sigma	3440	Dikkat< / güçlü> Aşındırıcı / Yüksek yanıcı
Piperidin	Sigma	W290807	Dikkat< / güçlü> Toksik / Yüksek derecede yanıcı
Piridin	Sigma	270970	Dikkat< / güçlü> Son derece yanıcı / Zararlı
Etanol (EtOH)	Sigma	459844	Dikkat< / güçlü> Son derece yanıcı / Tahriş edici
1-Hidroksibenzotriazol hidrat (HOBt)	Sigma	157260	Dikkat< / güçlü> Son derece yanıcı / Tahriş edici / Zararlı
O-(Benzotriazol-1-il)-N,N,N′,N′ - tetrametiluronyum hekzaflorofosfat (HBTU)	Sigma	12804	Dikkat Tahriş Edici/Zararlı
Benzotriazol-1-ly-oksi-tris-pirolidinfosfonyum hekzaflorfosfat (PyBOP)	Gelişmiş Chemtech	RC8602	Dikkat Tahriş Edici
Ninhidrin	Sigma	454044	Dikkat Zararlı
Fenol	Sigma	P3653	Dikkat< / güçlü> Aşındırıcı / Toksik
Potasyum siyanür (KCN)	Sigma	11813	Dikkat< / güçlü> Çok Toksik
Potasyum hidroksit (KOH)	Sigma	221473	Dikkat< / güçlü> Toksik
N, N' < / em>-Diizopropilkarbodiimid (DIC)	Sigma	38370	Dikkat< / güçlü> Yanıcı / Toksik
4-Dimetilaminopiridin (DMAP)	Sigma	522805	Dikkat< / güçlü> Toksik / Tahriş
Edici Glutarik anhidrit	Sigma	G3806	Dikkat< / güçlü> Yanıcı / Tahriş Edici / Zararlı
Süksinik anhidrit	Sigma	239690	Dikkat Tahriş edici/Zararlı
Adipik asit	Sigma	A26357	Dikkat Toksik / Tahriş edici
Pimelic asit	Sigma	P45001	Dikkat Toksik / Tahriş Edici
Kloranil	Sigma	23290	Dikkat< / güçlü> Toksik / Tahriş Edici
Asetaldehit	Sigma	402788	Dikkat< / güçlü> Yanıcı / Toksik
EKİPMANLAR< / güçlü>
Santrifüj	Beckman Coulter	Allegra 6R santrifüj
Liyofilizatör	Labconco	serbest bölge 4.5
Vakum pompası	Franklin Electric	model 1101101416, 3/4 HP	Alcatel ile Franklin Motorlu pompa
Polipropilen kartuş 12 ml	Uygulamalı Ayırma	2419
12 ml polipropilen kartuş için kapak tapası	Uygulamalı Ayırma	8157
Polipropilen kartuş 3 ml	Uygulamalı Ayırma	2413
3 ml polipropilen kartuş için kapak tapası	Uygulamalı Ayırma	8054
Durdurma muslukları PTFE	Uygulamalı Ayırma	2406
Düz tüpler, 50 ml	VWR	21008-240
Ekstraksiyon manifoldu, 20 kutup, 16 x 100 mm tüpler	Sular	WAT200609
Çalkalayıcı, BD adams nutator karıştırıcı	Fisher scientific	22363152
Nalgene HDPE dar ağızlı IP2 şişeler, 125  ml	Fisher scientific	03-312-8
Erlenmeyer şişesi	Fisher Scientific	FB-501, 500 ml
Isıtma bloğu	Thermolyne	1760 dri banyosu
Düz uçlu tek kullanımlık borosilikat cam tüpler	Fisher Scientific	14-961-25
Mikropipetler ve uçlar Finnpipette	Thermo	20– 200 ve 100– 1.000 μ l
HPLC şişeleri - mikro vl pp 400 ve mikro; l PK100	VWR	69400-124
HPLC şişesi- Mavi Geçmeli Kapak	VWR	66030-600
Analitik HPLC sütunu	Peeke Scientific	U1-5C18Q-JJ	ultro 120 5 & m C18Q, 4,6 mm İç Çap 150 mm
Hazırlık HPLC kolonu, XBridge	Sular	OBD C18 5 & mikro; m sütun	19 mm ve zamanlar; 150 mm
Kütle spektrometresi	Uygulamalı Biyosistemler	Voyager DE-RP
Azot silindiri
Kurutucu
Analitik RP-HPLC sistemi Shimadzu LC-20			aşağıdakilerle donatılmıştır: CBM-20A sistem kontrolörü, SPD-20A dedektörü, CTO-20A kolonlu fırın, 2 x LC-20AD solvent dağıtım ünitesi, SIL-20AC otomatik numune alma cihazı, DGU-20A5 gaz giderici (Shimadzu, MD, ABD).
Hazırlayıcı RP-HPLC sistemi Shimadzu LC-20			aşağıdakilerle donatılmıştır: CBM-20A sistem denetleyicisi, SPD-20A dedektörü, CTO-20A kolon fırını, 2 x LC-6AD solvent dağıtım ünitesi ve FRC-10A fraksiyon toplayıcı (Shimadzu, MD, ABD).