in-toprak kökenli X-ışını bilgisayarlı tomografi verileri görsel ve kantitatif kök yapısı bilgi edinme için bir metodoloji sunulmuştur.
Bu içeriği görüntülemek için JoVE aboneliğiniz gereklidir. Giriş yapın veya ücretsiz denemenizi bugün başlatın.
Yöntem makalesi
Üç boyutlu Kök Sistemleri Metrikleri ayıklanıyor: Hacim ve Yüzey Analizi In-toprak X-ışını Bilgisayarlı Tomografi Data
Bu makalede
Özet
Özet
Bitki kökleri iklim değişikliği ve ürün yönetimi için önemli sonuçları olan kritik rizosferde meydana bitki toprak mikrobu etkileşimlerinde rol gibi işlemleri görüntülemektedir. kendi doğal ortamında kökleri üzerinde nicel boyutu bilgileri kök gelişimini ve bitkileri içeren çevresel süreçleri incelemek için paha biçilmezdir. X-ışını bilgisayarlı tomografi (XCT) in situ kök tarama ve analiz için etkili bir araç olduğu kanıtlanmıştır. Biz üç boyutlu (3D) tomografi verilerinden olursa olsun şekli kök alan ve hacim yaklaşan bir maliyetsiz ve verimli bir araç geliştirmeyi amaçladık. Bir Prairie dropseed kök yapısı (Sporobolus heterolepis) örnek XCT kullanılarak görüntülendi. Kök yeniden inşa edildi ve birincil kök yapısı lisanslı ve açık kaynak yazılım bir arada kullanarak veri elde edildi. Bir isosurface çokgen ağ daha sonra analiz kolaylığı için oluşturuldu. Biz t geliştirdiko örgü kök hacmi ve yüzey alanı hesaplamak için MATLAB 1 oluşturulan uygulama imeshJ, standalone. ImeshJ çıkışları yüzey (mm 2) alanı ve (mm 3) hacim vardır. Kantitatif kökü analiz görüntüleme araçlarından benzersiz bir kombinasyonunu kullanan proses, tarif edilmektedir. ispat Bir XBT kombinasyonu ve açık kaynak kodlu yazılım noninvaziv görüntü bitki kök örnekleri, bölüm kök verileri ve 3D veri kantitatif bilgileri ayıklamak için güçlü bir kombinasyon olmak. 3B verileri işleme Bu metodoloji segmentasyonu ile ortaya çıkan benzer X-ışını zayıflama bileşenleri ve zorluklar arasında bağlantı olduğu diğer malzeme / numune sistemlerine uygulanabilir olmalıdır.
Giriş
Toprak non-invaziv görüntü kökleri 6, 7 zorlaştırmaktadır çünkü kökleri, rizosfer 2-5 parçası olarak, bitki biyolojisi bir "görünmez" bir bölümünü oluşturmaktadır. Ancak, toprak ortamında kök gelişimini ve etkileşim okuyan anlayış önemlidir root / bitki büyüme ve sırayla ağaçlandırma, gıda güvenliği ve iklim etkiler besin döngüsü. X-ışını bilgisayarlı tomografi (XCT) yerel çevrelerine 8 bitki kök örneklerinin noninvaziv görüntüleme için değerli bir araç olduğunu kanıtlamıştır. Farklı koşullarda kök gelişimi ve boyutsal değişiklikleri ölçmek ve farklı veri setleri / örneklerden verileri karşılaştırmak mümkün olabilmesi için, bir tomogr....
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Protokol
Dikkat: bir X-ışını tomografi çalışması genel radyasyon eğitimi ve araca özgü radyasyon güvenliği eğitimi gerektirir. deneycinin laboratuarına ilgili tüm ilgili prosedürleri takip edilmelidir.
1. Kök Görüntüleme
Not: Bu kademe, bir boru şekilli plastik bir kap içinde orijinal toprağın içinde tutulan bir çim numunenin görüntüleme (40 mm çapında, 210 mm yüksekliğinde ve yaklaşık olarak 2 mm duvar kalınlığı olan bir plastik boru) tarif etmektedir.
- Hedef büyütme için istenen bir mesafede aletin örnek manipülatör üzerine saksı bitki yerleştirin. 2 inç çaplı bir tutucunun bir bitki, kaynak mesafe örnek yaklaşık 3 inç (7 cm) olmalıdır.
- O....
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Sonuçlar
İki oluşan numune yerli çim Prairie dropseed (Sporobolus heterolepis) ve bir yerleşim alanı alınan ve Şekil 1'de görülen küçük bir tüp şeklindeki tutucu yerleştirildi etrafında orijinal toprak kaynaklanıyor. Yeniden veri voksel boyutu yaklaşık 31 oldu mm x 31 mm x 31 mm. Yeniden hacim dosyası açık kaynak görüntü işleme programı ImageJ 1.6 11 kullanılarak seçilen oryantasyon (üst görünüm) görüntülerin bir yığın oluşturmak için kullanıldı. hacmi ver.......
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Tartışma
X-ışını bilgisayarlı tomografi ve ispat çeşitli açık kaynak program bir arada noninvaziv görüntü bitki kök örnekleri, bölüm kök verileri ve 3D veri kantitatif bilgiler (yüzey alanı ve hacmi) ayıklamak için güçlü bir kombinasyon olmak. özellikleri görselleştirmek ve ölçmek için yeteneğimizi her zaman tarama çözünürlüğü yanı sıra tarafından RooTrak yazılım sınırlamaları ile sınırlıdır. Bununla birlikte, tarama çözünürlüğü bu çalışmada numunenin özelliklerinin çoğunluğu yakalamak için yeterli ve RooTrak başarılı kademeli b.......
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Açıklamalar
Açıklayacak hiçbir şeyimiz yok.
Teşekkürler
Bu çalışma, Enerji Bakanlığı Biyolojik ve Çevresel Araştırma Ofisi tarafından desteklenen ve Pasifik Kuzeybatı Ulusal Laboratuvarı'nda bulunan ulusal bir bilimsel kullanıcı tesisi olan Çevresel Moleküler Bilimler Laboratuvarı'nda gerçekleştirilmiştir.
....Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Malzemeler
| Ad | Şirket | Katalog numarası | Yorumlar |
|---|---|---|---|
| X-Tek/Metris XTH 320/225 kV | Nikon Metroloji | X-ray tomografi tarayıcısı | |
| Inspect X | Nikon Metroloji | Enstrüman kontrol yazılımı | |
| CT Pro 3D | Nikon Metroloji | Yeniden yapılandırma yazılımı, sürüm XT 2.2 | |
| VG Studio MAX | Visual Graphics GmbH | 3D ciltler için görselleştirme yazılımı, sürüm 2.1.5 | |
| ImageJ | Açık kaynak | Görüntü işleme ve analiz yazılımı, sürüm 1.6 | |
| RooTrak | Açık kaynaklı | Kök segmentasyon yazılımı, sürüm 0.3.1-b1 beta | |
| imeshJ | EMSL | MATLAB komut dosyası yazarlar tarafından geliştirilmiştir | |
| Prairie damla tohumu çimi örneği | Yerleşim bölgesinde yerden elde edilen örnek |
Kaynaklar
- MATLAB. , The Mathworks, Inc. Available from: http://www.mathworks.com/products/matlab (2015).
- McKenzie, B. M. The Rhizosphere: An Ecological Perspective. Eur. J. Soil Sci. 59 (2), 416-417 (2008).
- Farrar, J., Hawes, M., Jones, D., Lindow, S.
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Yeniden basım ve izinler
