Genom çapında dizileme deneylerinden ve metabolomik deneylerden elde edilen verilerin entegrasyonu zorlu bir iştir. Bu yazıda, ilk kez, estradiol ile tedavi edilen meme kanseri hücrelerinden transkriptom, sistrom ve metabolom verilerinin üretilmesi, analizi ve entegrasyonu bildirilmiştir.
Bu içeriği görüntülemek için JoVE aboneliğiniz gereklidir. Giriş yapın veya ücretsiz denemenizi bugün başlatın.
Yöntem makalesi
Meme Kanserinde Östrojen Reseptör Sinyali tarafından Metabolik Yönetmelik Sistem Biyolojisi
Bu makalede
Özet
Özet
-omics gelişine kanser ve metabolik sendrom gibi kronik hastalıkların anlayışımız geliştirdi yaklaşır. Ancak, gen ifade mikroarrayler, derin sıralama deneyleri veya metabolik profil elde edilen büyük ölçekli veri kümelerinde bilginin etkin madencilik ortaya çıkarmak önemlidir ve daha sonra etkili bir şekilde hastalıklı hücre fenotipleri kritik düzenleyiciler hedef. Östrojen Reseptör α (ÖRa) östrojen duyarlı meme kanseri için önemli olan gen programları düzenleyen ana transkripsiyon faktörlerinin biri. ÖRa meme kanseri metabolizmasında sinyalleme rolünü anlamak için, biz estradiol ile tedavi edilmiş MCF-7 hücrelerinden, transkriptomik cistromic ve metabolomic verilerini kullanarak. Bu yazıda RNA Sek, ChIP-Sek ve metabolomikler deneyleri ve elde edilen verilerin bütünleştirici hesaplama analizi için numune nesil nitelendirdi. Bu yaklaşım, yeni köstebek ortaya koymaya yararlıdırnormal veya hastalıklı hücrelerin etkileri metabolizması, belirli bir transkripsiyon faktörü ile düzenlenmiştir vasküler mekanizmaları ve gen düzenleyici devre.
Giriş
Östrojenler, üreme organı dokularında metabolik dokular, beyin ve kemik 1 de dahil olmak üzere, her iki kadın ve erkeklerde çok sayıda fizyolojik süreçte önemli regülatörleridir. bu dokularda yararlı etkilerine ek olarak, östrojenler meme ve yeniden üretici dokulara ortaya çıkan kanserlerin sürücü. Östrojenler esas hücre tipi özel etkilere neden Erler ile çalışmak. ChIP-Seq kullanarak RNA Seq ve genom ÖRa DNA bağlayıcı siteleri analizi kullanılarak ÖRa tarafından düzenlenen transkript derin sıralama ÖRa bunlardan kaynaklanan farklı dokularda ve kanserlerde nasıl çalıştığını anlamak için yararlı olduğunu kanıtladı. Biz ve diğerleri gen ifadesi (ÖRP vs ÖRa) ....
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Protokol
RNA-Seq Örneklerin hazırlanması 1.
- Hücre Kültürü ve İşlem
- Kültür Geliştirilmiş MEM (IMEM) artı% 10 ısıl aktif olmayan FBS,% 1 penisilin / nemlendirilmiş% 5 CO2 atmosferinde 37 ° C 'de streptomisin ile fenol-kırmızısı bir ortam içinde MCF7 hücreleri.
Not: Aynı hücre dizisi ve hücre kültürü durum çalışma boyunca kullanılır. - 6-delikli plakalardaki oyuk başına tohum 100,000 MCF7 hücreleri. Her tedavi için triplicates var. 3 gün, orta kaldırmak ve ya her kuyuya 10 -8 M E2 olmadan 2 ml taze orta ekleyin. Nemlendirilmiş bir% 5 CO2 atmosferinde 37 ° C'de 24 saat boyunca inkübe edin.
- hücre....
- Kültür Geliştirilmiş MEM (IMEM) artı% 10 ısıl aktif olmayan FBS,% 1 penisilin / nemlendirilmiş% 5 CO2 atmosferinde 37 ° C 'de streptomisin ile fenol-kırmızısı bir ortam içinde MCF7 hücreleri.
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Sonuçlar
transkriptomik
E2 tedavisi ile farklı ifade genleri analiz etmek, biz bir RNA-Seq deney gerçekleştirmek için seçti. mRNA seviyeleri ile ilgili bilgilerin yanı sıra, RNA-Seq veriler, kodlayıcı olmayan RNA (uzun kodlayıcı olmayan RNA'lar, mikroRNAlar) ve alternatif bağlayıcı olayları değişiklikleri izlemek için de kullanılabilir. Çalışmamızın kapsamı metabolik düzenlenmesi için önemli olan protein kodlama genleri tanımlamak için olduğundan biz, RNA kodlama olmayan veya alternati.......
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Tartışma
Bu yazıda, E2 ile tedavi edilir MCF-7 hücrelerinden üretimini ve RNA-Sek, ChIP-Sek ve metabolomikler verilerinin bütünleştirici analizini nitelendirdi. Biz biyolojik ilgili keşif üretmek en etkin yöntem ve kullanıcı dostu yumuşak mallar kullanmak için strateji protokoller bir dizi geliştirdi. Bildiğimiz kadarıyla, bizim üç farklı analiz ve ÖRa doğrudan meme kanseri hücrelerinde düzenlenmiş belirlenen yeni metabolik yollar dan -omics verileri entegre etmek ilk çalışmadır.
transkriptomik
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Açıklamalar
Illinois Üniversitesi Pfizer Inc. ZME bir Araştırmacı başlatılan hibe aldı ve YCZ bu hibe maaş destek aldı.
Teşekkürler
Bu çalışma, Ulusal Gıda ve Tarım Enstitüsü, ABD Tarım Bakanlığı, ödül Illu-698-909 (ZME) ve Pfizer, Inc (ZME) hibe tarafından desteklenmiştir. Içeriği sadece yazarların sorumluluğundadır ve mutlaka ABD Tarım Bakanlığı resmi görüşlerini temsil etmemektedir.
....Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Malzemeler
| Ad | Şirket | Katalog numarası | Yorumlar |
|---|---|---|---|
| Trigliserit Karışımı | Sigma | 17810-1AMP-S | |
| Oleik asit | Sigma | O1257-10MG | Oleik Asit-Suda Çözünür toz |
| TRIzol Reaktif | Yaşam teknolojileri | 15596-026 | |
| Dynabeads Protein A | Life teknolojileri | 10006D | |
| Dynabeads Protein G | Life teknolojileri | 10007D | |
| QIAquick PCR Saflaştırma Kiti | QIAGEN | 28106 | Giriş örneğinin DNA izolasyonu |
| ZYMO ChIP-DNA İzolasyon kiti | Zymo Araştırma | D5205 | ChIP DNA Temiz & Yoğunlaştırıcı |
| Quant-iTª PicoGreen¨ dsDNA Test Kiti | Invitrogen | P7589 | DNA Kantitasyonu |
| RNaz İçermeyen DNaz Seti | QIAGEN | 79254 | RNA saflaştırma |
| DEPC Arıtılmış Su | LIFE TECH | 462224 | Dnase/Rnase Ücretsiz |
| Model 120 Sonic Dismembrator | Fisher Scientific | FB120110 | 1/8 prob ile |
| Fisher Scientific Ses Muhafazası | Fisher Scientific | FB-432-A Ses | azaltma için |
| Eppendorf Tüpleri 5.0 ml | Eppendorf | 0030 119.401 | 200 tüp (100 adetlik 2 torba) |
| Rastgele Astar Karışımı | NEB | S1330S | |
| DNTP KARIŞIMI | NEB | N0447S | |
| M-MuLV Ters Transkriptaz | NEB | M0253S | |
| FastStart SYBR Green Master | ROCHE | 4673484001 | |
| Agaroz | Fisher | BP160100 | %1.5 agaroz jel& |
| Qubit RNA HS Test Kiti | Yaşam teknolojileri | Q32852 | RNA miktar tayini (100 tahlil) |
| Formaldehit | Sigma | F8775 | |
| Proteaz İnhibitörü tabletleri | Roche | 4693116001 | Her tablet 10 ml lizis tamponu için yeterlidir |
| PhosSTOP Fosfataz İnhibitörü Kokteyl Tabletleri | Roche | 4906845001 | Her tablet 10 ml lizis tamponu için yeterlidir |
| Qubit Test Kitleri | Yaşam teknolojileri | Q32850 | 100 tahlil için |
| Otomatik hücre sayacı | ORFLO | MXZ000 | |
| tüp Döndürücü | VWR | 10136-084 | |
| Victor X5 Çoklu plaka okuyucu | PerkinElmer | 2030-0050 | |
| Mikrosantrifüj 5417R | Eppendorf | 22621807 | |
| Manyetik Stand | Diagenode | B04000001 | |
| Hızlı Gerçek Zamanlı PCR sistemi | Uygulamalı Bilimler |
Kaynaklar
- Hamilton, K. J., Arao, Y., Korach, K. S. Estrogen hormone physiology: reproductive findings from estrogen receptor mutant mice. Reprod Biol. 14 (1), 3-8 (2014).
- Madak-Erdogan, Z., et al. Integrative genomi....
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Yeniden basım ve izinler
