$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
Birçok hücresel süreç, 2 boyutta kapsamlı bir şekilde incelenmiştir, böylece temel hücre sinyal mekanizmaları hakkında kolektif bir bilgi oluşturulmuştur. Bununla birlikte, bu çalışmalar, yerel hücresel mikro çevrenin ve hücre dışı matrisin (ECM) yapısal ve mekanik özelliklerinden alınan önemli hücresel ipuçlarını ihmal etmektedir. Hücrelerin fizyolojik bir bağlamda nasıl etkileşime girdiğini daha iyi anlamak için, onları 3 boyutlu (3D) tahlillerde incelemek önemlidir. Bu 3D tahliller için ECM, hücre kaynaklı olabilir veya saflaştırılmış proteinlerden yeniden yapılandırılabilir. ECM'nin kaynağı ne olursa olsun, 3D matris tahlillerinin, hücrelerin fizyolojik dünyada nasıl gezindiğini ve etkileşime girdiğini anlamak için paha biçilmez olduğu kanıtlanmıştır. Örneğin, 3D matrislerde büyütülen hücreler, 2D deneyleri4-6'da gözlemlenmeyen, çevrelerindeki ECM'nin mekanik doğasına bağlı olarak farklı hareket modları gösterir. Ayrıca, 3D olarak kültürlenen hücreler, cam veya plastik gibi sert yüzeylerde yetiştirilen muadillerine göre daha az ve daha az belirgin stres liflerine ve fokal yapışmalara sahiptir7.
Bununla birlikte, bağlamsal 3D tahlillerin önemi hücre göçü ile sınırlı değildir. Diğer bazı hücre sinyalleme olayları yalnızca 3D tahliller kullanılarak araştırılabilir. Doku ve hücre farklılaşması sırasında, hücre dışı ortamın sertliği ve ECM, morfojenik olayları etkileyebilecek sinyaller sağlar. Örneğin, meme epitelyal tubulogenezi yalnızca düşük sertlikteki 3D matrislerde meydana gelir, ancak sert matrislerde veya 2D substrata8,9'da meydana gelmez. Sert 3D matrisler içinde kültürlendiğinde, bu aynı epitel hücreleri, değiştirilmiş FAK ve ERK sinyali10 boyunca sürülen artan proliferasyon ve hücre zarı çıkıntıları ile anormal bir fenotip alır. Diğer birçok sinyalleşme yolunun ve hücresel sürecin, yerel hücresel ortamın sertliğinden benzer şekilde etkilendiği bilinmektedir ve bu sinyal kaskadları, bir 3D ECM'nin uygun yerel mekanik özellikleri bağlamında sinyalleme olaylarının ve hücresel fenotipin araştırılmasının önemini vurgulamaktadır.
Kollajen I, ECM'nin en bol bulunan bileşeni olduğu ve hücresel mikro çevrenin mekanik özelliklerinin çoğundan sorumlu olduğu için in vitro çalışmalar için özellikle ilgili bir proteindir. Başlangıçta sadece yapısal bir protein olarak düşünülürken, rolünün şimdi çok daha karmaşık olduğu bilinmektedir. Kollajen lifi bileşimi, mimarisi, oryantasyonu, yoğunluğu ve sertliğinin tümü konsantre bir sinyal bilgisi ortamı sağlar5. Kronik inflamasyon ve tümör oluşumu gibi bazı hastalıkların ilerlemesi sırasında, kollajen ağı önemli ölçüde yeniden şekillenir2,11. Daha spesifik olarak meme kanserlerinde, artmış kollajen birikimi ve doku sertliği eşlik eder ve muhtemelen tümör ilerlemesine katkıda bulunur. Bu erken tümörlerde, sertleşmiş kollajen ağı gergin ve daha hizalı görünür, öyle ki liflerin çoğu büyüyen tümörü kapsar2. Tümör ilerledikçe, kollajen yeniden organize olmaya devam eder ve fibriller ağın bölgeleri tümör sınırına dik olarak yönlendirilir2,12. Dikey hizalama, bu hastaların hastalıksız progresyonunun ve genel sağkalımının daha kötü olduğu durumlarda prognostik bir biyobelirteç görevi görür1. Bu korelasyonun bir açıklaması, kötü sonuçların, hizalanmış kollajen ağlarında kalıcı hücre göçü yoluyla tümör hücrelerinin artan yayılmasının bir sonucu olmasıdır3.
Hücrelerin, tümör ilerlemesinde gözlenen hizalama ve organizasyona spesifik olarak nasıl tepki verdiğini anlamak için, deney için hem rastgele hem de hizalanmış 3D kollajen matrisleri oluşturmak gerekir. Fibriller ağlar içinde hizalamayı indüklemek için üç temel metodoloji vardır. İlk teknik, hizalama oluşturmak için iki nokta arasındaki kolajenin büzüldüğü veya gerildiği bir gerilme indükleyici cihaz kullanır. Kuvvet eksenine paralel lifler gergin olarak çekilirken, eksene dik olan lifler sıkıştırılır ve burkulur. Zorlanma kaynaklı teknikler tipik olarak mükemmel hizalama sunarken, bu yaklaşım birçok platforma kolayca uyarlanamayan hantal ekipman gerektirir3,13. Alternatif olarak, hücre kaynaklı suş, daha sonra kollajeni kasılan ve hizalayan lokalize hücre tıkaçları yerleştirilerek oluşturulabilir13. Bu yöntem, birçok parametrenin değişebileceği için değişken olma sorununa sahiptir. İkinci yöntem, kollajen hizalamasını indüklemek için polimerizasyon sırasında manyetik boncuklar ve bir manyetik alan kullanır13,14. Karmaşık olmayan ekipmanlarla bu yöntemden iyi sonuçlar elde edilebilir, ancak polimeri manyetize etmek için antikorların veya başka bir yöntemin kullanılmasını gerektirir. Bu nedenle, kullanımı biraz pahalı olabilir ve kollajen jelinin sertliği, ağdaki artan bağlantılar tarafından potansiyel olarak değiştirilir. Ayrıca, bu işlemde kullanılan manyetik boncuklar genellikle otofloresandır ve bu da görüntüleme deneyleri için sorunludur. Son olarak, hizalama PDMS mikroakışkan kanalları3,15,16 tarafından oluşturulabilir. Bu yöntemde kollajen hizalaması, polimerize kollajenin küçük mikroakışkan kanallardan akıtılmasıyla sağlanır. Bu mikroakışkan kanallar çok sayıda tasarımda yapılabilir ve birçok platforma kolayca uyarlanabilir. Ayrıca, küçük boyutları nedeniyle çok küçük miktarlarda kollajen ve diğer reaktifler kullanıldığından çok ekonomiktirler.
Burada, hücreleri 3 boyutlu, fibriller kollajen hidrojel içine gömmek için basit bir protokol verilmiştir. Ek olarak, kollajen matrisinin organizasyonunu ve hizalamasını kontrol etmek için PDMS mikroakışkan kanallarının kullanıldığı daha gelişmiş bir teknik de sağlanır. Bu protokol birçok platforma kolayca uyarlanabilir ve 3 boyutlu, fizyolojik bir mikro ortamda hücre göçü, hücre bölünmesi ve diğer hücresel süreçlerin araştırılması için hem hizalanmış hem de rastgele kollajen matrislerini tekrarlanabilir şekilde üretebilir.