Bakteriyel Spor Filizlenmesinin sırasında Cortex Fragments algılama

Özet

Burada, bakteri sporu çimlenmesi sırasında indirgeyici şekerlerin varlığını tespit etmek için kolorimetrik bir testi açıklıyoruz.

Özet

Clostridium difficile ve diğer Clostridia'daki endospor çimlenme sürecinin, model spor oluşturan bakteri Bacillus subtilis'ten giderek daha farklı olduğu bulunmuştur. Çimlenme, küçük moleküllü çimlenmeler tarafından tetiklenir ve makromoleküler senteze ihtiyaç duymadan gerçekleşir. Bacillus ve Clostridium türlerinde spor çimlenme mekanizmaları arasında farklılıklar olmasına rağmen, ortak bir gereklilik, spor çekirdeğinin şişmesine ve yeniden sulanmasına izin veren peptidoglikan benzeri korteksin hidrolizidir. Rehidrasyondan sonra metabolizma başlayabilir ve bu, sonunda, vejetatif bir hücrenin büyümesine yol açar. Spor çimlenmesi sırasında hidrolize korteks fragmanlarının tespiti zor olabilir ve daha önce açıklanan tahlillerde yapılan değişiklikler kafa karıştırıcı veya yeniden üretilmesi zor olabilir. Bu nedenle, bu testi kullanan son raporumuza dayanarak, bakteri sporu çimlenmesi sırasında korteks parçalarının kolorimetrik tespiti için adım adım bir protokolü detaylandırıyoruz.

Giriş

Endosporlar metabolik bakteriler olumsuz ortamlarda devam izin bakterilerin uyuyan biçimleridir. Birçok spor oluşturan Bakterilerde Spor Oluşumu besin maddesinde yoksun kalma ile indüklenen, ancak bu işlem, oksijen ve diğer streslere ¹ pH, maruz değişiklikleri ile kontrol edilebilir. Onların metabolik dormant spor formunda iken, bakteri, UV radyasyonu, kuruma, yüksek sıcaklıklarda ve ² dondurma karşı. Sporlanma sürecine bilginin çoğu model organizma çalışmalarda, Bacillus geliyor. Sporlanma süreci DNA replikasyonu ve eksenel flamanlı ^3,4 oluşumu ile başlar. Asimetrik septum daha sonra iki eşitsiz boyutlu bölmeye hücreyi böler. Daha büyük bölme, ana hücresi, küçük bölmesini, forespore engulfs. anne hücresi ve Dorman bırakmadan, sporu ve sonunda lyses anne hücreyi olgun gen ifadesini koordine forespore Hemçevreye ¹ içine t spor.

spor yapısı ve bileşimi birçok bakteri türleri boyunca muhafaza edilir. Spor çekirdek vejetatif hücrenin daha düşük bir su içeriğine sahiptir ve dipikolinik asit (DPA) ^1,2 ile zengindir. spor oluşumu sırasında, DPA su karşılığında spor iç kısım içine pompalanır. Çekirdeği çevreleyen en sporlu bakterilerin, çimlenme (germinants) uyaran küçük moleküller tanıyan reseptörleri ² bulunduğu, bir iç spor bir zardır. Sadece spor iç zarının dışında bulunan hücre duvarı peptidoglikan bir tabakadır. Bir uzman peptidoglikan tabakanın (korteks) hücre duvarı peptidoglikan çevreleyen ve [N-asetilglukosamin (NAG) ve N-asetilmuramik asit (NAM) alternatif] hücre duvarı peptidoglikan aynı bileşenlerin çoğu oluşmaktadır. Bununla birlikte, korteks NAM tortularının yaklaşık olarak% 50 muramic-δ-laktam ^5,6 dönüştürülmüş Yukarı. spor çimlenme sırasında bu muramic-δ-laktam artıkları böylece korteks değil hücre duvarı (çimlenme tamamlamak için gerekli bir süreç) bozulmuş sağlayan, spor korteks parçalayıcı enzimlerin (SCLEs) tarafından kabul edilmektedir. Korteksi çevreleyen bir dış zar ve kaplama proteinlerinin ² birkaç kat olduğunu.

çimlenme sürecini kontrol sporlu bakteriler için büyük önem taşımaktadır. Filizlenen reseptörler kendi germinants ² etkileşimde bulunduğunuzda Çimlenme başlatılır. Birçok spor oluşturan bakteri, bu germinants ² olan amino asitler, şekerler, nükleotid, iyon ya da bunların kombinasyonları bulunmaktadır. C difficile spor çimlenmesi bazı safra asitleri [örneğin, taurokolik asit (TA)] ve amino asitler (örneğin, glisin) ^7-10 kombinasyonları ile başlatılır. C arasında farklılıklar olmasına rağmen difficile çimlenme yolu ve okudu yolların diğer sporluörneğin B. bakteriler, subtilis, tüm ortak bir vejetatif hücre çimlenmiş sporun ^2,8 büyümeye izin spor korteksi düşmesine mutlak bir gerekliliktir. Ya SLEC (B. subtilis içinde bulunduğu gibi) (birçok Clostridia bulunduğu gibi) Korteks bozunma SCLEs CwlJ / SleB ile gerçekleştirilebilir. Korteks hidroliz hücre duvarı ve sporun üzerinde kısıtlama azaltır. Bu, tam çekirdek rehidrasyon, hücre metabolizması ² için gerekli olan proteinlerin birçok yeniden aktive gerekli bir adım için izin verir.

Sporların filiz olduğunda, bir faz-karanlık durumu ve bu işlem için bir faz parlak durumundan atıl spor değişiklikleri 600 optik yoğunluk (OD) bir değişiklik ile ölçülebilir nm ^11. Bir önceki raporda OD bu değişimin çok sporla ¹² DPA salınımına bağlı olduğunu göstermektedir. Bizim son çalışma sırasında, biz C. zamanlamasını karşılaştırmak için çalıştı difficile spor çimlenmesi ve izlenenDPA ve korteks parçalarının ⁹ sürümü. Onlar sporlar çimlenme tarafından piyasaya sürülecek başladı bu çalışma için korteks parçalarının serbest bırakılmasını izlemek için önemliydi.

Burada kullanılan kolorimetrik deney indirgeyici uçları olan şekerleri tespit etmek için bir yöntem dayanmaktaydı Ghuysen ve ark., ¹³ geliştirilmiştir. Diğerleri indirgen şekerlerin ¹⁴ tespiti için protokoller tarif etmişlerdir ya da bu protokolleri ¹⁵ modifiye Çünkü, bu konuda literatür kafa karıştırıcı olabilir. Burada, C çimlenme kurtuldu indirgeyici şekerlerin kolorimetrik tespiti için detay bir adım-adım yöntemi biz difficile sporlarının. Bu çalışmada C kullanır rağmen difficile sporları, diğer sporlu bakterilerden sporların çimlenmesi sırasında salınan indirgeyici şekerler bu protokol ^9,16,17 ile tespit edebiliyoruz.

Protokol

1. Yaratma Örnekleri

1. Isı C etkinleştirmek difficile buz üzerinde 30 dakika ve mağaza 65 ° C sıcaklıkta sporlar.
   Not: C Daha önce tarif edildiği gibi ^7,9,10 difficile sporlarının üretilir ve saflaştırılabilir.
2. X, numune sayısı deneyi sırasında alınması gereken x + 1 ml çimlenme çözeltisi hazırlayın.
   Not: bakteri türlerinin çalışılan spor için çimlenme çözüm özgüdür. C içlin difficile spor çimlenmesi biz, 10 mM Tris (pH 7.5), 150 mM NaCI, deiyonize su içinde 100 mM glisin, 10 mM taurokolik asidin bir çözeltisi kullanılır.
3. tahlili başlamadan önce, korteks fragmanı tespiti için bir boş olarak hizmet etmek için sporların filizlenmeyi çözeltisi bir 1.0 mi bir numune alın.
4. Bir OD hızla çimlenme çözüm ve vorteks ~ 3,0 ₆₀₀ sporlar ekleyin.
   Not: B bizim çimlenme araştırmalar için subtilis aynı OD kullanılan ₆C gibi 00 sporlar difficile.
   Not: sporların Bu miktar C sırasında izleme korteks fragmanı serbest bırakılması için çalıştı difficile spor çimlenmesi. Bu tahlilde kullanılan sporların miktarı, her bir bakteri ya da bir suş için deneysel olarak tespit edilmelidir.
5. Hemen 14,000 x g'de 1 dakika için oda sıcaklığında sporlar ve santrifüj ilave edildikten sonra 1.2 ml lik bir numuneyi çıkarın. Bu sıfır zaman noktasıdır.
6. daha sonra korteks fragmanı analizleri için yeni bir tüpe için santrifüj numuneden süpernatan 1.0 mL aktarın.
   Not:, terbium floresan ^9,18,19 dayanan bir deney kullanılarak çözelti içinde DPA tespiti için ayrı bir 100 ul numuneyi çıkar DPA izlenecek gerekirse.
7. -80 ° C'de toplanan örnek dondurun.
8. Tüm zaman noktalarında tamamlanana kadar tekrarlayın düzenli aralıklarla 1.4 ve 1.5 adımları tekrarlayın.
   Not: Zaman santrifüj ve örnekleme, zaman noktaları daha az inci için gerekli olduğundanBir 2 dk dışında bizim işlem sırasında mümkün değildi, bu yüzden bizim örnekleme aralıkları kez 14 dakika boyunca her 2 dk.
9. 0, 12.5, 25, 50, 100, 250, 500 ve 5000: Şeker saptanması ve nicelenmesi azaltmak için pozitif bir kontrol olarak, N -acetylglucosamine (nmol) aşağıdaki miktarlarda bulunur. korteks örneklerinde olduğu gibi aynı zamanda bu örnekleri hazırlamak ve standart eğri sporlarını çimlenme tarafından oluşturulan verilere uygun olacak şekilde korteks örnekleri ile birlikte çalışacak.
10. her zaman nokta örnekleri toplandıktan sonra, numune liyofilize.
    Not: 2 ml vidalı kapaklı tüplerde bizim örnekleri dondurularak.

2. Cortex Fragments Ölçme

1. % 1 fenol ve% 0.5 β-merkaptoetanol ile takviye edilmiş, 3 N HCI, 120 ul Liyofilize edilen numuneler, yeniden süspanse edin.
2. 2 ml'lik vidalı kapaklı tüplere yeniden süspanse örnekleri aktarın.
   Not: tekrarlanabilirlik için, tüm liyofilize numune yeniden süspanse ve transfer edildiğinden emin olun.
3. 4 saat 95 ° C de bir devri daim su banyosu içinde inkübe edin.
4. serin kadar inkübasyondan sonra, buz üzerinde örnekleri yerleştirin.
5. 3 M NaOH 120 ul örnekleri nötralize eder.
6. doymuş sodyum bikarbonat çözeltisi 80 ul her bir örnek ve vorteks bir% 5 asetik anhidrid çözeltisi 80 ul ekle.
7. 10 dakika oda sıcaklığında inkübe edin.
8. TAM 3 dakika boyunca geri 95 ° C su banyosunda örnekleri aktarın.
   Not: Bu adım hassas ve daha uzun süreler aşağı sinyal gelişimini etkileyebilir zamanıdır.
9. su banyosu örnekleri çıkarın ve buz üzerinde soğutun.
10. Her bir tüp ve vorteks 6.54% K ₂ B ₄ O ₇ · 4H ₂ O 400 ul ekleyin.
11. Tam olarak, 7 dakika boyunca 95 ° C de bir devri daim su banyosu içinde inkübe edin.
    Not: Bu adım hassas ve daha uzun süreler aşağı sinyal gelişimini etkileyebilir zamanıdır.
12. Kaldır5 dakika boyunca buz üzerinde örnekleri ve yer.

3. Renk reaktifi

1. Numuneler buz (Adım 2.12) üzerinde iken, renk reaktifi hazırlamak. (; Ehrlich reaktifi DMAB) buzlu asetik asit, 1.9 ml p -dimethylaminobenzaldehyde 0.320 gr eritin.
   Not: reaktif zaman, sıcaklık ve ışığa karşı hassastır ve önceden yapılmamalıdır.
2. DMAB tamamen erir sonra, 10 N HCI ve vorteks 100 ul ekleyin.
3. buzlu asetik asit ve girdap 5 ml.

4. kolorimetrik reaksiyon

1. Aktarım, her 100 ul yeni bir 1.5 ml mikrosantrifüj tüpüne korteks numunenin soğutuldu.
2. Her bir numune için taze hazırlanmış renk çözeltisi 700 ul ekleyin.
3. Derhal bir 37 ° C su banyosuna örnekleri transferi ve tam olarak 20 dakika süreyle inkübe edin.
4. berrak bir 96 oyuklu plakaya her bir numune 200 ul aktarın.
5. bir plaka üzerinde 585 nm'de numune sayısal olarakokuyucu. Numuneler bir sarı renk başlamalıdır ve pozitif bir reaksiyon mor kayacak. Daha fazla korteks mevcut, derin mor renk.

Sonuçlar

Tablo 1 NAG standartlarını kullanarak tipik sonuçları göstermektedir. Veriler, standart bir eğri oluşturmak için kullanılmaktadır. Tablo 2, 100 mM glisin, 10 mM TA (çimlenme arttıran koşullarda) ya da 100 mM glisin, sadece (non-çimlenen koşullar) ile takviye edilmiş tampon çimlenme bir çimlenme deneyinde tipik sonuçlan göstermektedir. Ta, C. yokluğunda difficile sporlar çimlenir yoktur ve çözeltide korteks parçalarının varlığında küçük ...

Tartışma

stimülasyon üzerine çimlenme süreci geçiren sporları makromoleküler sentez için gerek kalmadan kendi direnç özelliklerini kaybederler. Spor çimlenmesi tetiklendiğinde, spor çekirdek su ² karşılığında DPA serbest bırakır. Nedeniyle atıl sporun yüksek DPA içeriğine, spor çekirdek genişleme ² önünde bir engel olarak, muhtemelen, hareket ederek şişme çekirdek engeller yoğun olarak ozmotik basınç ile özel bir peptidoglikan, korteks altındadır.

Yukarıda tarif edilen yöntem, m...

Malzemeler

Bu makalede kullanılan malzemelerin listesi

Ad	Şirket	Katalog numarası	Yorumlar
2.0 ml vidalı kapaklı tüp	ABD bilimsel	1420-3700
p1000 Eppendorf pipeti	Eppendorf
p200 Eppendorf pipeti	Eppendorf
p20 Eppendorf pipeti	Eppendorf
100 - 1.250 &# 956; l pipet uçları	VWR	89079-486
1 - 200 &# 956; ll pipet uçları	VWR	89079-458
N-asetil-D-glukozamin	Sigma	A3286-25G
Hidroklorik Asit - 10 N	BDH-Aristar	BDH3032-3.8LP
Asetik Anhidrit	Alfa Aesar	L04295
Sodyum Bikarbonat	BDH	BDH0280-500G
Potasyum Tetraborat tetrahidrat	Alfa Aesar	39435
Sodyum Hidroksit	BDH	BDH8019-500G
4- (Dimetilamino) benzaldehit	Sigma	156477-100G
Doymuş Fenol	Fisher	BP1750-400
2-Merkaptoetanol	Aldrich	M6250-100ML
SpectraMax M3	Moleküler Cihazlar
Asetik Asit, Buzul	BDH	BDH3098-3.8LP
Isıtmalı, Sirkülasyonlu Su Banyosu	VWR Bilimsel	Model 1136
Microtest 96	Falcon	353072	96 iyi berrak doku kültürü
plakaları Kültür tüpleri	VWR	89000-506
Liyofilizatör
Isı Blokları
Vorteks Makinesi