Bu içeriği görüntülemek için JoVE aboneliğiniz gereklidir. Giriş yapın veya ücretsiz denemenizi bugün başlatın.

Yöntem makalesi

Sentez ve kütle spektrometresi analizleri Oligo-peptoids

10.2K görüntülenme

⸱

DOI:

10.3791/56652

⸱

21 Şubat 2018

 ,  ,  , 
1Department of Chemistry, University of the Pacific

Bu makalede

Özet

Bir iletişim kuralı oligo-peptoids dizi analizi tarafından takip manuel sentezi için kütle spektrometresi tarafından açıklanmıştır.

Özet

Peptoids sıra tarafından denetlenen peptit taklit eden reaksiyonlar N alkylated glisin birimlerinin oluşan vardır. Birçok potansiyel uygulamalar arasında peptoids, moleküler bilgi depolama türü düşünülmüştür. Kütle spektrometresi analiz yönteminin seçimi için sıralama peptoids olarak kabul edilmiştir. Peptoids yolu ile yinelenen bir iki aşamalı reaksiyon döngüsü kullanılarak katı faz kimya sentez. Burada el ile oligo-peptoids sentez ve tandem kütle spektrometresi (MS/MS) yöntemlerle peptoids dizisini analiz etmek için bir yöntem mevcut. Örnek peptoid N-(2-methyloxyethyl) glisin (Nme) ve N-(2-Feniletil) glisin (Npe) yanı sıra bir N-(2-aminoethyl) glisin (Nae) N-terminus adlı alternatif oluşan bir nonamer var. Peptoid dizi formülü Ac asetil grup nerede Ac-Nae-(Npe-Nme)4-NH2' dir. Sentez bir piyasada bulunan katı faz yanıtı gemi içinde yer alır. Pisti Amid reçine sağlam destek C-terminus adlı bir Amid grubu ile peptoid verim için kullanılır. Peptoid çarpım dizi analizi bir electrospray iyonlaşma kaynağına birleştiğinde bir triple quadrupole Kütle Spektrometre kullanılarak tabi tutulur. MS/MS ölçüm parçası iyonları şarj edilmiş peptoid ayrılma kaynaklanan bir spektrum üretir. Parça iyonları onların kitle ücret oranı (m/z) değerlere göre sıralanır. M/z değerleri parçası iyonlar karşı teorik olarak tahmin edilen parça iyonlar, kitleler nominal peptoid parçalanma şemasına göre karşılaştırılır. Analiz şarj edilmiş peptoid bir parçalanma desen oluşturur. Parçalanma desen tarafsız peptoid monomer dizi ilişkilidir. Bu bağlamda, MS analizi peptoids sırası bilgi okur.

Giriş

Peptoids bir sıra kontrollü polimerler peptidler yapısını taklit omurga yapıları ile sınıfıdır. Peptoids çeşitli aminler, peptoids son derece ayarlanabilir özellikleri1,2sergilemek sağlayan sentez. Peptoids moleküler modelleri olarak terapötik ajanlar kabul ve ligandlar proteinler3,4,5,6olarak tasarlanmış biyofiziksel araştırma için kullanılmaktadır. Peptoids anti-fouling ve antikor mimetic malzemeleri, antimikrobiyal ajanlar ve enzim inhibitörleri7,8,9gibi biyolojik olarak aktif bileşikler çeşitli içine geliştirilmiştir. Son derece düzenli ve akort doğa ile peptoids Ayrıca, moleküler bilgi depolama10bir türü olarak düşünülmüştür. Bu farklı uygulamaların keşfi sırası karakterize etmek için verimli analitik yöntem geliştirme ve peptoids yapısı için çağırır. Tandem kütle spektrometresi tabanlı teknikleri söz peptoids11,12,13de dahil olmak üzere polimerler, sıra kontrollü sıra özelliklerini analiz etmek için seçtiğiniz yöntemi olarak göstermiştir, 14,15. Ancak, sistematik çalışmalar kaynaklanan peptoid iyon parçalanma desenleri birleştiriliyor kütle spektrometresi çalışmaları ve peptoids yapısal bilgi çok sınırlıdır.

Peptoids kolayca bir katı faz yöntemiyle sentez. İyi gelişmiş yöntem bir yineleme bir iki adım monomer ek döngüsü16,17içerir. Her ek döngüsünde bir reçine bağlı Amin haloacetic asit (genellikle Bromoasetik asit, BMA) tarafından acetylated ve bu birincil Amin ile yer değiştirme reaksiyonu tarafından takip ediyor. Her ne kadar otomatik sentez protokolleri peptoid sentezi için rutin olarak uygulanan, peptoids el ile mükemmel verimleri bir standart Kimya Laboratuvarı16,18,19, ile sentezlenmiş 20.

Laboratuarımızın manuel peptoid sentez yöntemi kabul ve varolan yöntemleri kullanılan aparat Basitleştirilmiş. Daha önce bir dizi kullanarak MS/MS teknikleri21,22,23peptoids parçalanma şekillerinin inceledik. Onlar çarpışma kaynaklı ayrılma (CID)21,23 için tabi olan veya elektron-ayrılma (ECD)22 deneyler yakalama peptoids karakteristik fragmentations üretmek bizim sonuçlar gösterir. Bu makalede, biz nasıl oligo-peptoids standart kimya laboratuarında sentez, nasıl bir triple quadrupole Kütle Spektrometre kullanılarak CID deneyler ve spektral verileri çözümlemek nasıl göstermek. Sentez ve karakterize için peptoid N-terminal asetilasyon ve C-terminal amidation, Ac-Nae-(Npe-Nme)4-NH2ile bir nonamer var. Peptoid yapısı şekil 1' de gösterilen.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Protokol

1. Peptoid sentezi

Not: Bir sentez reçine şişme ve koruma grubunu kaldırarak reçine etkinleştirme ile başlar. Bu yinelenen monomer ek döngüler aracılığıyla reçine üzerine peptoid zinciri büyüyen tarafından takip ediyor. Reçine birleştiğinde ilk monomer C-terminal kalıntı olduğunu. Peptoid C-terminus N-terminus için uzamış. İstenen peptoid sıra elde sonra reçine kapalı i ciddi ve peptoid ürün arıtılmış.

  1. Reaktifler hazırlanması
    Not: Bir micropipette kullanarak sıvı reaktifler ölçülür ve katı reaktifler bir analitik denge kullanılarak ölçülür.
    1. N, N 6.2 mL karışımı '-diisopropylcarbodiimide (DIC) ve 43.8 mL n, N-dimethylformamide (DMF) 0, 8 M DIC/DMF çözüm hazırlamak için.
    2. BMA 5.56 g 0.8 M BMA/DMF çözüm hazırlamak için DMF 50.0 mL içine geçiyoruz.
    3. 2 mL Piperodin (PIP) ve % 20 Pip/DMF çözümü elde etmek DMF 8 mL karıştırın.
    4. Npe 1,9 mL 1.0 ulaşmak için DMF 13.1 mL içine dissolve M Npe/DMF.
    5. Nme 1.3 mL 13,7 mL DMF 1.0 ulaşmak için içine dissolve M Nme/DMF.
    6. Nae 0,32 mL DMF 1.0 ulaşmak için 2 mL içine dissolve M Nae/DMF.
      Dikkat: Sentezinde kullanılan kimyasalların tehlikeli çoğu. Trifluoroacetic asit (TFA), DIC, Pip ve BMA cilt, gözleri ve solunum yolu tehlikeli. DMF ve diklorometan (DCM) kanserojen şüphelisiniz. Bütün tepkiler-meli var olmak kılınmak duman kukuIeta ve uygun kişisel koruyucu ekipman kullanılmalıdır. Malzeme güvenlik veri sayfaları (MSDS) sentezinde kullanılan tüm kimyasalların kontrol edin.
  2. Reçine etkinleştirme
    1. Rink Amid reçine (reçine, 0,56 mmol/g yükleme 0,047 mmol) 84 mg ölçmek ve 10 mL polipropilen katı faz yanıtı gemi ekleyin. Pistonu geminin yerleştirin.
    2. DMF 2 mL tepki taşıyıcıyı ekleyin ve gemi ile bir basınçlı kap kap. Bir shaker taşıyıcıyı yerleştirin ve kapağı kaldırma ve reaksiyon teknesinin pistonu iterek gemi atık bir kapsayıcı hareket yaklaşık 12 derece ve 385 salınımlarını/dk 30 dk. drenaj çözüm için bir açıyla oda sıcaklığında kışkırtmak.
    3. Gemi 2 mL % 20 Pip/DMF çözeltisi ekleyin ve gemi kap. Shaker 2 min için üzerinde tahrik ve drenaj atık konteyner çözüm.
    4. Gemi 2 mL % 20 Pip/DMF çözeltisi ekleyin, gemi, kap ve kap, oda sıcaklığında 12 dk. Kaldır için kışkırtmak ve drenaj atık konteyner çözüm.
    5. DMF gemi, kapatma, 1 mL ekleyerek reçine yıkama ve gemi Tantanacı 1 dk. kapağını çıkarın ve pistonu iterek çözüm drenaj. Reçine ile DMF için 4 ek kez yıkayın.
  3. Monomer toplama ve N-terminal asetilasyon
    Not: Her monomer ek döngüsü iki reaksiyon adımları, bromoacetylation ve yer değiştirme içerir.
    1. Form Nme-reçine ilk monomer ek döngüsüne yerine getirir.
    2. Bromoacetylation reaksiyon gerçekleştirin. 1 mL 0.8 M BMA/DMF çözüm ve 0.8 M DIC/DMF çözüm bir ölçek 1 mL karıştırın. Karışım reçine içeren bir reaksiyon gemi aktarmak ve gemi kap. Taşıyıcıyı shaker yerleştirin ve kapağı, oda sıcaklığında 20 dk. Kaldır için kışkırtmak ve atık konteyner çözüm drenaj.
    3. DMF 1 mL ekleyerek, gemi kapatma, 1 dk. için Tantanacı ve pistonu iterek çözüm boşaltma reçine yıkayın. Reçine DCM 1 mL ekleme, 1 dk. için gemi Tantanacı ve çözüm boşaltma yıkayın. Bir kez daha reçine DCM ile yıkama ve sonra iki kez DMF ile yıkayın.
    4. Bir yer değiştirme reaksiyonu gerçekleştirmek. 1 mL 1.0 M Nme/DMF çözeltisi ekleyin, gemi kap, gemi 60 dk. Kaldır için oda sıcaklığında kap kışkırtmak ve pistonu iterek çözüm drenaj.
    5. 1 mL DMF ekleyerek, 1 dk. için gemi Tantanacı ve pistonu iterek çözüm boşaltma reçine yıkayın. Reçine 1 ml DCM, 1 dk. için ajitasyon çizim ve çözüm boşaltılmasına yıkayın. DMF ile iki kez yıkayarak takip DCM bir kez daha, yıkayın.
    6. Monomer ek döngüsü 1.3.2-1.3.5 Nae-(Npe-Nme)4oluşturmak için adımları yineleyin-reçine. Yer değiştirme reaksiyonu (1.3.4) adım yinelenen peptoid sırasına göre belirli Amin çözüm kullanın.
      Not: Peptoid zinciri için reçine bağlı C-terminal kalıntı ile N-terminus için C-terminus elongated.
    7. Ac-Nae-(Npe-Nme)4oluşturmak için N-terminal asetilasyon gerçekleştirmek-reçine.
    8. Mix 92 µL of asetik anhidrit, N, N-diisopropylethylamine (DIPEA) ve 2 mL DMF bir ölçek yaklaşık 2 mL asetilasyon kokteyl yapmak için 43,5 µL.
    9. Asetilasyon kokteyl 2 mL reçine içeren kap ekleyin, gemi kap ve 60 dk. kapağını çıkarın ve pistonu iterek çözüm drenaj için oda sıcaklığında kışkırtmak.
    10. DMF 1 mL ekleyerek, 1 dk. için gemi Tantanacı ve pistonu iterek çözüm boşaltma reçine yıkayın. Reçine DCM 1 mL ekleme, 1 dk. için gemi Tantanacı ve çözüm boşaltma yıkayın. Tekrar yıkama reçine DCM ile bir kez daha, sonra yıkayın DMF ile iki kez daha.
    11. DCM 1 mL ekleyerek, 1 dk. için gemi Tantanacı ve pistonu iterek çözüm boşaltma reçine yıkayın. Yıkama DCM ile iki kez tekrarlayın. Kapağını çıkarın ve izin reçine kuruması tepki gemi 10 dk içinde.
  4. Bölünme ve arıtma
    1. 3.8 mL, TFA, triisopropylsilane (ipuçları) 100 µL ve HPLC sınıf H2O bir ölçek 100 µL 4 mL dekolte kokteyl yapmak için karıştırın.
    2. 4 mL taze bölünme reçine içeren gemi kokteyl yapılmış eklemek, gemi kap ve 2 h için oda sıcaklığında kışkırtmak.
    3. Kapağını çıkarın ve filtrate çözüm bir 50 mL polipropilen santrifüj tüpüne toplamak. TFA 1 mL gemi ekleyin, o kap ve 1 dk. toplamak filtrate çözüm aynı santrifüj tüpü içine kışkırtmak.
    4. TFA yaklaşık 1 mL viskoz çözüm terk edene kadar azot gazı akışında hafifçe esen buharlaşır.
    5. 15 mL Dietil eter kalan ekleyin, santrifüj tüpü kap ve bir gecede 2 h için-20 ° C dondurucuda kuluçkaya. Ham peptoid gibi beyaz katı precipitates.
    6. Bir santrifüj 4,427 x g 10 dk. Kaldır kullanarak katı santrifüj tüpü kap cips ve Dietil eter bir ölçek dikkatle katı kaybetmeden dikkatle boşaltmak.
      Dikkat: yanıcı organik çözücü Dietil eter var. Dietil eter güvenli santrifüj kullanınız.
    7. Tüp kapatma ve santrifüje yerleştirerek buz gibi Dietil eter 10 mL santrifüj ekleyerek katı tüp katı içeren yıkama. Santrifüjü 4,427 x g, 10 dk santrifüj santrifüj tüp ve Dietil eter bir ölçek dikkatle katı kaybetmeden dikkatle boşaltmak Kaldır gerçekleştirir.
    8. Katı azot gazı akışında hafifçe esen kuru.
    9. Kurutulmuş katı çözülmeye HPLC sınıf H2O 10 mL ekleyin. Naylon şırınga filtrenin gözenek boyutu 0,45 µm ile çözüm geçmesine ve filtrate önceden ağırlıklı 50 mL polipropilen santrifüj tüpüne toplamak.
    10. Kabuk yerleştirip santrifüj tüpü içeren bir 12-ons, Çift yığılmış genişletilmiş polistiren bardak 1/3 peptoid çözüm sıvı azot ile dolu döner çözüm dondur. Donmuş çözüm gecede katı peptoid vermeye lyophilize.
    11. Katı peptoid HPLC sınıf H2O 10 mL çözülerek lyophilization bir kez daha tekrarlıyorum, kabuk sıvı azot içinde buz gibi ve bir gecede lyophilizing. Elde edilen peptoid kütle spektrometresi tarafından dizi analizi için yeterince saf.

2. MS ölçümleri ve dizi analizi

Not: MS/MS deney bir electrospray iyonlaşma (ESI) kaynağına birleştiğinde bir triple quadrupole Kütle Spektrometre içinde gerçekleştirilir. Veri toplama araç ile birlikte veri toplama yazılımı kullanılarak denetlenir. 1) tam tarama kütle spektrometresi deneme gerçekleştirme genel yordamı içerir ve kütle spektrumu kayıt, deneme 2) gerçekleştirme CID MS/MS MS/MS spektrum kayıt ve 3) MS/MS spektral verileri teorik ile karşılaştırma parçalanma düzeni tahmin dayalı peptoid yapısal özelliği.

  1. Örnek çözüm hazırlanması
    1. 1.0-2.0 mg katı peptoid 3-5 mL cam şişe içinde dışarı tartın. Peptoid çözülmeye karışık 1 mL çözücü Asetonitril ve su (ACN/H2O, 1:1, v/v) ekleyin. Bu yaklaşık 10-3 M bir konsantrasyon ile hisse senedi örnek çözümü sağlar.
    2. Hisse senedi çözüm 20 µL 1,5 mL santrifüj tüpüne nakletmek ve yaklaşık 10-5 M seyreltilmiş örnek çözeltisi vermeye ACN/H2O karışık 1 mL çözücü eklemek.
    3. Başka bir 1,5 mL santrifüj çözüm üst kısmı yaklaşık 700 µL 3 dk. aktarmak için aralıklarla 4,427 x g de gerçekleştirerek seyreltilmiş örnek çözüm herhangi bir olası erimeyen parçacıklar tüp peptoid MS çalışma çözümü ile yapmak için Kaldır yaklaşık 10-5 M konsantrasyon.
    4. Kütle spektrometresi ölçümler sırasında gözlenen sinyal yoğunluğu dayalı MS çalışma çözüm konsantrasyonu ayarlayın.
    5. Örnek çözüm 0.20 µm şırınga filtreden geçmek ve filtrate çalışan çözüm yaklaşık 10-5 MS peptoid yapmak bir 1,5 mL santrifüj tüpüne toplamak mümkün herhangi bir erimeyen parçacıklar seyreltilmiş örnek çözümü kaldırmak için alternatif bir yol olduğunu M.
  2. Kitle spectra kayıt
    1. ACN/H2O (1:1, v/v) karışık solvent electrospray iyonlaşma (ESI) kaynak aracılığıyla çalıştırın ve standart bir pozitif iyon araç, tam tarama kütle spektrometresi modu bir kitle ücret oranı (m/z) aralığı 100-1500 ayarlayın.
      Not:
      Tipik işletim parametreleri:
      ESI iğne gerilim, 5 kV
      Kapiller gerilim, 40 V
      Gaz (azot gazı) sıcaklık, 200 ° c kurutma
    2. Peptoid MS çalışma çözüm (yaklaşık 10-5 M) yaklaşık 300 µL 500 µL veya 1 mL şırınga eklemek ve şırınga ESI koya kapiller polieter eter keton (göz) boru kullanarak bağlanın. Şırınga şırınga pompa üzerine yerleştirin ve örnek çözümü ESI giriş demleyin 10 µL/dk akış oranını ayarlamak.
    3. ESI işlemi etkinleştirmek için ESI iğne gerilim ve belgili tanımlık bulmak açın. Ekran tercihi modundan ve 100-1500 m/z aralığını ayarlayın. Profil penceresinde gösterilen bir kütle spektrumu profili görüntüleyin. M/z (m/z 1,264.6 görüntülenir) 1,265 zirve peptoid iyon veya protonated peptoid karşılık gelir.
    4. MS spektrum 2 min için kaydedin. İçinde "penceresi" yöntemi 2 dk "çalışma zamanı" kullanılır. Kayıt penceresini açın ve uygun dosya adı alanına doldurun ve spektrum kaydetmeye başlayın.
      Not: Elde edilen kitle spektrum şekil 3' te gösterilmiştir.
    5. M/z 1,265 zirvesinde yoğunluğunu en iyi duruma getirme. 1150-1350 için m/z aralığı ayarlayın ve kapiller gerilim mV profil penceresinde gösterilen en yüksek yoğunluk görüntülerken ayarlayın. Örneğin, 50 V kapiller voltajı yükseltin veya daha yüksek ve en yüksek yoğunluk değişikliği görüntülemek. En iyi en yüksek yoğunluk civarındadır 150-200 mV.
      Not: kılcal gerilim ayarlama önemli ölçüde bazı iyonların bereket değiştirebilirsiniz. Kapiller gerilim artan peptoid iyon yoğunluğu artırabilir. Ancak, yüksek kapiller gerilim da ayrılma peptoid ION İyon kaynağı, ikna etmek ve gözlenen yoğunluğu azaltmak. Gaz kurutma sıcaklığı ayarlama m/z 1,265 zirvesinde yoğunluğu artırabilir ama kapiller gerilim ayarlama daha az etkilidir. M/z 1,265 zirvesinde en uygun yoğunluk ulaşmazsa, numune konsantrasyon (veya örnek, çift MS çalışma çözüm konsantrasyonu) ayarlayın.
    6. Araç MS/MS moduna geçin. MS/MS aralığı 100-1400 m/z, kütle ve öncü iyon m/z 1,265 ayarlayın. Penceredeki"yöntemi," m/z 1,265 "Q1 ilk Mass" kullanmak ve "Q1 Son kitle" boş bırakın. M/z 100 m/z 1400 ve "Q3 ilk Mass" "Q3 son Mass" kullanın
      Not: MS/MS modunda, ilk quadrupole birimi (Q1) işlevleri peptoid iyon habercisi iyon olarak izole etmek için toplu bir filtre olarak ikinci quadrupole (S2) bir çarpışma hücre ve üçüncü quadrupole birimi (Q3) işlevleri toplu bir Çözümleyicisi birimidir.
    7. 1,5 mTorr basınç çarpışma enerji, 40 eV ve çarpışma gaz (argon, bu durumda) küme.
    8. Profil penceresinde görüntülenen bir kütle spektrumu profili görüntüleyin. M/z 1,265 zirve peptoid iyon için karşılık gelen ve daha düşük m/z değerleri ile doruklarına peptoid iyon parçaları temsil eder.
    9. Parçalanma spektrum görüntüsünü optimize etmek için çarpışma enerji ayarlayın. Örneğin, 45 eV için çarpışma enerji artırmak ve spektrum profil değişikliği görüntüleyin.
      Not: genel olarak, çarpışma enerji artan parçası iyonları bolluğu arttırmak ve peptoid iyon bolluğu azaltmak. Çarpışma gaz basıncı artırarak parçası iyonları bolluğu da artıracaktır.
      Dikkat: çarpışma gaz basıncı 2 mTorr ötesinde artırmayın.
    10. MS/MS spektrum 2 min için kaydedin. "Yöntemi penceresi içinde" 2 dk "çalışma zamanı" kullanılır. Kayıt penceresini açın ve uygun dosya adı alanına doldurun ve spektrum kaydetmeye başlayın.
    11. 1 - 2 kez kayıt yineleyin.
  3. Peptoid dizi analizi
    Not: CID koşul altında peptoid iyon Amid Tahvil B-iyonları denilen N-terminal parçaları bir dizi ve Y-iyonları denilen C-terminal parçaları bir dizi üretmek için peptoid omurga boyunca, parçalara ayırması
    1. Acetylated peptoid kimyasal yapısı sol tarafında ve C-terminus sağ tarafında N-terminus yerleştirerek çizmek ve şekil 2agösterildiği gibi bir parçalanma düzeni oluşturmak için her Amid bağı, kesikli çizgi çizin. Bir proton şarj taşıyıcı belirtmek için kesik bir daire çizin. Yapısı sol taraftan başlayarak, B1, B2, B8olarak N-terminal parçaları göstermek için kesik çizgiler etiketleri yerleştirin. Sağ taraftan başlayarak, etiketleri Y olarak1Y2, Y8C-terminal parçaları göstermek için kesik çizgiler üzerine yerleştirin.
      Not: Kimyasal bir çizim yazılımı peptoid yapısı çizmek için yararlı olabilir.
    2. Parçalanma 4th Amid bağı sol tarafta, hayal ve N-terminal parçası ve C-terminal parçası şekil 2bgösterildiği gibi uygun resmi suçlama yapılar çizin. Etiket B4 N-terminal parçası üzerinde yerleştirin ve etiketin Y5 C-terminal parçasını yerleştirin. 580 değeri vermeye yapı elemanlarında nominal kitlelerin özetliyor tarafından B4 m/z değeri hesaplamak ve m/z 580 N-terminal parçasını yerleştirin. Y5 m/z değerini hesaplamak ve m/z 685 C-terminal parçasını yerleştirin.
    3. Bütün sekiz B iyonları ve tüm sekiz Y iyonları m/z değerlerini hesaplamak ve bunları bir tabloda, Tablo 1' de gösterildiği gibi monte.
      Not: M/z değerleri parçalar yazılım çizim bir kimyasal kullanılarak hesaplanabilir.
    4. Araç ile birlikte veri inceleme yazılımı kullanarak peptoid kayıtlı MS/MS spektrumu açın. "İyon etiketlerini göster" için etiketleme tercihleri ve etiket eşik % 3'e ayarlayın. Bu tepeler üzerinde etiketli m/z değerleri ile MS/MS spektrum oluşturur.
    5. MS/MS spektral verileri CSV metin dosyasında olarak biçimlendirmek ve veri işleme yazılımı kullanarak spektrum yeniden dışa aktarın. M/z değerlerini tepeler üzerinde yerleştirin. Elde edilen MS/MS spektrum şekil 4' te gösterilmiştir.
      Not: Bazı Kütle Spektrometreleri MS/MS spektrum oluşturmak için veri işleme yazılımı kapasitesine sahiptir ile donatılmıştır. Bu durumda, MS/MS spektral verileri verme gerekli değildir.
    6. MS/MS spektrum bu karşılık gelen B - ve Y-iyonları tanımlamak için Tablo 1 ' de gösterilen gösterilen m/z değerleri atayın. Örneğin, m/z 580 zirvesinde B4olarak tanımlanır-iyon ve m/z 685 Y5olarak tanımlanan-iyon. Tepeler spektrum üzerinde karşılık gelen B ile Y simgeleri ile şekil 4' te gösterildiği gibi etiketleyin.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Sonuçlar

9-mer peptoid ile N-terminal asetilasyon, Ac-Nae-(Npe-Nme)4-NH2, yapısı şekil 1' de gösterilen. Peptoid el ile fritted polipropilen tepki damar yolu ile katı faz yaklaşım sentez. Pisti Amid reçine (0,047 mmol, 0,56 mmol/g yükleme ile 84 mg) bir amidated C-terminus ile peptoid verim için sağlam destek kullanılır. Peptoid zinciri monomer yanı sıra birden çok döngüsü tarafından inşa edilmiştir. Her monomer ek döngüsü iki reaksiyonlar adımla...

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Tartışma

Bir nonamer peptoid, Ac-Nae-(Npe-Nme)4-NH2, sunulan protokolü kullanılarak sentez. Sentez aparatı bir şırınga benzeri polipropilen katı faz yanıtı gemi ve mekanik bir shaker içerir. Reaksiyon damarları ticari olarak kullanılabilir ve düşük maliyetli. Mekanik bir shaker kimya laboratuvarları ortak bir cihaz var. Bir şırınga benzeri reaksiyon gemi kullanımıyla, çözüm içine çizilmiş ve pistonu el ile hareket ettirerek geminin dışına itti. Bu teknik bir tek tepki gemi içinde gerçekleşmesi toplama ve reç...

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Açıklamalar

Yazarlar ifşa gerek yok.

Teşekkürler

Yazarlar Bay Michael Connolly ve Dr. Ronald Zuckermann (moleküler dökümhane, Lawrence Berkeley National Laboratory) peptoid sentez teknik desteği için teşekkür etmek istiyorum. Ulusal Bilim Vakfı (CHE-1301505) desteğinden anıyoruz. Tüm kütle spektrometresi deneyler Pasifik Üniversitesi'nde kimya kütle spektrometresi tesisinde yapılmıştır.

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Malzemeler

Bu makalede kullanılan malzemelerin listesi
AdŞirketKatalog numarasıYorumlar
ESI-üçlü dörtlü kütle spektrometresi, Varian 320LAgilent Technologies Inc.Kütle spektrometresi Varian, Inc.'den alındı.
Varian MS iş istasyonu, Sürüm 6.9.2, veri toplama ve veri inceleme yazılımıVarian Inc.Yazılım, Varian 320L paketinin bir parçasıdır
Burrell Scientific Bilek-hareketli sallayıcı, Model 75 DDFisher Scientific International Inc.14-400-126
Hermle Santrifüj, Model Z 206 AHermle Labortechnik GmbH
Katı faz reaksiyon kapı, 10 mLTorviqSF-1000
Reaksiyon kapları için basınç kapaklarıTorviqPC-SF
Şırınga filtreleri, gözenek boyutu 0.2 μ mFisher Scientific Inc.03-391-3B
Şırınga filtreleri, gözenek boyutu 0.45 μ mFisher Scientific Inc.03-391-3A
Polipropilen santrifüj çekicileri, 50 mLVWR International, LLC.490001-626
Polipropilen santrifüj çekişmeleri, 15 mLVWR International, LLC.490001-620
ChemBioDraw, Ultra, Sürüm 12.0CambridgeSoft ŞirketiCambridgeSoft artık PerkinElmer Inc.'in bir parçasıdır.
Strafor bardak, 12 ozOrtak Süpermarket
Rink amide reçinesiChem-Impex International, Inc.10619
PiperidinChem-Impex International, Inc.02351Çok toksik
N, N'-diisopropilkarbodiimitChem-Impex International, Inc.00110Çok toksik
Bromoasetik asitChem-Impex International, Inc.26843Çok toksik
2-FeniletilaminVWR International, LLC.EM8.07334.0250
2-MethyoxyethylamineSigma-Aldrich Co. LLC.241067
N-Boc-etilen diaminVWR International, LLC.AAAL19947-06
Asetik anhidritSigma-Aldrich Co. LLC.252845
N, N-dimetilformamidVWR International, LLC.BDH1117-4LGKullanımdan önce daha fazla damıtma
N, N-diisopropiletilaminChem-Impex International, Inc.00141
TriisopropilsilanChem-Impex International, Inc.01966
Trifluoroasetik asitChem-Impex International, Inc.00289Çok toksik
Millipore MILLI-Q Akademik Su Arıtma SistemiMillipore ŞirketiZMQP60001HPLC kalitesinde su üretmek için
HPLC dereceli SuProduced from Millipore MILLI-Q® Akademik Su Arıtma Sistemi
MetanolPharmco-Aaper339USP/NFHPLC derecesi
AsetonitrilFisher Scientific International, Inc.A998-4HPLC derecesi
Dietil eterVWR International, LLC.BDH1121-19LKullanımdan önce daha fazla damıtma
DiklorometanVWR International, LLC.BDH1113-19LKullanımdan önce daha fazla damıtma
Azot gazıFresno Oksijen/Barnes TedarikiNIT 50-C-FUltra yüksek saflık, %99,9995
Argon gazıFresno Oksijen/Barnes TedarikiARG 50-C-FUltra yüksek saflık, %99,9995

Kaynaklar

  1. Sun, J., Zuckermann, R. N. Peptoid Polymers: A Highly Designable Bioinspired Material. ACS Nano. 7 (6), 4715-4732 (2013).
  2. Fowler, S. A., Blackwell, H. E. Structure-function relationships in peptoids: Recent advances toward deciphering the structural requirements for biological function. Org. Biomol. Chem. 7 (8), 1508-1524 (2009).
  3. Chongsiriwatana, N. P., Patch, J. A., Czyzewski, A. M., Dohm, M. T., Ivankin, A., Gidalevitz, D., Zuckermann, R. N., Barron, A. E. Peptoids that mimic the structure, function, and mechanism of helical antimicrobial peptides. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 105 (8), 2794-2799 (2008).
  4. Kruijtzer, J. A., Nijenhuis, W. A., Wanders, N., Gispen, W. H., Liskamp, R. M., Adan, R. A. Peptoid-Peptide Hybrids as Potent Novel Melanocortin Receptor. J. Med. Chem. 48 (13), 4224-4230 (2005).
  5. Liu, B., Alluri, P. G., Yu, P., Kodadek, T. A Potent Transactivation Domain Mimic with Activity in Living Cells. J. Am. Chem. Soc. 127 (23), 8254-8255 (2005).
  6. Patch, J. A., Barron, A. E. Helical Peptoid Mimics of Magainin-2 Amide. J. Am. Chem. Soc. 125 (40), 12092-12093 (2003).
  7. Ham, H. O., Park, S. H., Kurutz, J. W., Szleifer, I. G., Messersmith, P. B. Antifouling Glycocalyx-Mimetic Peptoids. J. Am. Chem. Soc. 135 (35), 13015-13022 (2013).
  8. Olivier, G. K., Cho, A., Sanii, B., Connolly, M. D., Tran, H., Zuckermann, R. N. Antibody-Mimetic Peptoid Nanosheets for Molecular Recognition. ACS Nano. 7 (10), 9276-9286 (2013).
  9. Olsen, C. A., Ziegler, H. L., Nielsen, H. M., Frimodt-Moeller, N., Jaroszewski, J. W., Franzyk, H. Antimicrobial, Hemolytic, and Cytotoxic Activities of β-Peptoid-Peptide Hybrid Oligomers: Improved Properties Compared to Natural AMPs. ChemBioChem. 11 (10), 1356-1360 (2010).
  10. Lutz, J. -F., Ouchi, M., Liu, D. R., Sawamoto, M. Sequence-Controlled Polymers. Science. 341 (6146), Washington, DC. 628(2013).
  11. Altuntas, E., Schubert, U. S. "Polymeromics": Mass spectrometry based strategies in polymer science toward complete sequencing approaches: A review. Anal. Chim. Acta. 808, 56-69 (2014).
  12. Paulick, M. G., Hart, K. M., Brinner, K. M., Tjandra, M., Charych, D. H., Zuckermann, R. N. Cleavable Hydrophilic Linker for One-Bead-One-Compound Sequencing of Oligomer Libraries by Tandem Mass Spectrometry. J. Comb. Chem. 8 (3), 417-426 (2006).
  13. Thakkar, A., Cohen, A. S., Connolly, M. D., Zuckermann, R. N., Pei, D. High-Throughput Sequencing of Peptoids and Peptide-Peptoid Hybrids by Partial Edman Degradation and Mass Spectrometry. J. Comb. Chem. 11 (2), 294-302 (2009).
  14. Sarma, B. K., Kodadek, T. Submonomer Synthesis of A Hybrid Peptoid-Azapeptoid Library. ACS Comb Sci. 14 (10), 558-564 (2012).
  15. Li, X., Guo, L., Casiano-Maldonado, M., Zhang, D., Wesdemiotis, C. Top-Down Multidimensional Mass Spectrometry Methods for Synthetic Polymer Analysis. Macromolecules. 44 (12), 4555-4564 (2011).
  16. Figliozzi, G. M., Goldsmith, R., Ng, S. C., Banville, S. C., Zuckermann, R. N. Synthesis of N-substituted glycine peptoid libraries. Methods Enzymol. 267, 437-447 (1996).
  17. Zuckermann, R. N., Kerr, J. M., Kent, S. B. H., Moos, W. H. Efficient method for the preparation of peptoids [oligo(N-substituted glycines)] by submonomer solid-phase synthesis. J. Am. Chem. Soc. 114 (26), 10646-10647 (1992).
  18. Utku, Y., Rohatgi, A., Yoo, B., Kirshenbaum, K., Zuckermann, R. N., Pohl, N. L. Rapid Multistep Synthesis of a Bioactive Peptidomimetic Oligomer for the Undergraduate Laboratory. J. Chem. Educ. 87 (6), 637-639 (2010).
  19. Tran, H., Gael, S. L., Connolly, M. D., Zuckermann, R. N. Solid-phase submonomer synthesis of peptoid Polymers and their self-assembly into highly-ordered nanosheets. J. Visualized Exp. (57), e3373(2011).
  20. Bolt, H. L., Cobb, S. L., Denny, P. W. An Efficient Method for the Synthesis of Peptoids with Mixed Lysine-type/Arginine-type Monomers and Evaluation of Their Anti-leishmanial Activity. J Vis Exp. (117), (2016).
  21. Morishetti, K. K., Russell, S. C., Zhao, X., Robinson, D. B., Ren, J. Tandem mass spectrometry studies of protonated and alkali metalated peptoids: Enhanced sequence coverage by metal cation addition. Int. J. Mass Spectrom. 308 (1), 98-108 (2011).
  22. Bogdanov, B., Zhao, X., Robinson, D. B., Ren, J. Electron Capture Dissociation Studies of the Fragmentation Patterns of Doubly Protonated and Mixed Protonated-Sodiated Peptoids. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 25 (7), 1202-1216 (2014).
  23. Ren, J., Tian, Y., Hossain, E., Connolly, M. D. Fragmentation Patterns and Mechanisms of Singly and Doubly Protonated Peptoids Studied by Collision Induced Dissociation. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 27 (4), 646-661 (2016).

Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.

Yeniden basım ve izinler

Daha fazla makale keşfet

Peptoid SenteziKatı Faz KimyasıTandem Kütle SpektrometrisiElektrospray İyonizasyonuFragmantasyon Paterni AnaliziOligopeptoid DizilemeRink Amid ReçinesiAsetilasyon KokteyliAyrıştırma Kokteyli
Sentez ve kütle spektrometresi analizleri Oligo-peptoids
Bize Ulaşın
Kütüphaneye Öner

Gizlilik

Kullanım Koşulları

Politikalar

Telif Hakkı © 2026 MyJoVE Corporation. Tüm hakları saklıdır.