Method Article

Segmentasyon ve Trabeküler kemik bir Imagej Plugin tarafından miktar sınırı dış destekli

DOI:

10.3791/57178

⸱

March 14th, 2018

 , 
1The State Key Laboratory Breeding Base of Basic Science of Stomatology (Hubei-MOST), School & Hospital of Stomatology, Wuhan University, 2Key Laboratory of Oral Biomedicine Ministry of Education, School & Hospital of Stomatology, Wuhan University

In This Article

Summary

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Biz segmentlere ve bir ImageJ eklentisi kullanarak kemik'ın dış sınırında göre 2D ve 3D görüntü için Trabeküler kemik miktarının için bir iş akışı mevcut. Bu yaklaşım daha verimli ve geçerli el ile yaklaşım el şekillendirmenin daha doğru ve geçerli ticari yazılım kullanılamaz katman katman quantifications sağlar.

Abstract

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Mikro Bilgisayarlı Tomografi (mikro-CT) düzenli olarak kemik miktar ve farklı kemik kaybı koşullar altında küçük hayvanlarda Trabeküler microstructural özellikleri değerlendirmek için kullanılır. Ancak, standart mikro-CT görüntülerin Trabeküler analiz için dilim dilim yarı otomatik el-şekillendirme, emek yoğun ve hata eğilimli olan yaklaşımdır. Burada açıklanan Trabeküler kemik kemik'ın dış sınırları nerede Trabeküler kemik tespit edilebilir ve otomatik olarak uygun olduğunda daha az işleç önyargı ile doğruluk ile parçalara göre otomatik bölümleme için verimli bir yöntemdir segment oluşturma parametrelerini ayarlamak. Tatmin edici segmentasyon parametreleri profilini çıkarmak görüntü yığını segmentasyon sonuçlarının, nerede tüm olası birleşimlerini segmentasyon parametreleri değişen tek tek sırayla, ve segmentasyon sonuçları ile ilişkili parametreleri olabilir görüntülenir kolayca görsel olarak kontrol edilebilir. Eklenti bir kalite kontrol özelliği olarak, benzetimli standart nesneler nerede ölçülen miktarlarda teorik değerlerle karşılaştırılabilir sayısal. Katman katman miktar Trabeküler özellikleri ve Trabeküler kalınlıkları böyle bir eklenti tarafından bildirilir ve gibi özellikleri seçili bölgeler içinde dağılımları kolayca profilli. Katman katman miktar Trabeküler kemik hakkında daha fazla bilgi korur ve daha fazla yapısal değişiklikler istatistiksel analizi kolaylaştırır, ancak bu tür önlemler geçerli ticari yazılım, çıktısı yalnızca tek bir yerde kullanılamaz her parametre için quantified değer her örnek için bildirilmektedir. Bu nedenle, açıklanan iş akışları Trabeküler kemik doğruluk ve verimlilik ile analiz etmek için daha iyi yaklaşımlar vardır.

Introduction

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Trabeküler kemik mikro-CT analizidir nerede birçok değişken ile ilgili farklı kemik kaybı koşulları1,2,altında3, küçük hayvanlarda kemiklerin morfolojik değişiklikleri izlemek için standart yaklaşım kemikleri bildirilen4yapılardır. Ancak, bu tür parametreleri eşit olarak uzun kemiklerde5metaphysis içinde dağıtılmış değildir ve yalnızca özetlenmiş veya ortalama değeri her örnek her yapısal değişkeni için geçerli ticari mikro-CT makineleri6tarafından,7 bildirilmektedir , t....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Protocol

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Hayvan konular içeren yordamlar uygun olarak Kılavuzu bakım ve kullanım of Laboratory Animals (NIH yayını, 8 edition, 2011) için yapılmıştır ve gözden geçirilmiş ve kurumsal hayvan bakım ve kullanım Wuhan Komitesi tarafından onaylanmış Üniversitesi.

1. yazılım yükleme

  1. ImageJ yazılımını yükleyin. Https://imagej.nih.gov/ij/ gelen 64 bit Java ile birlikte ImageJ (yorum 1,51 p) yazılım Windows sürümünü indirin. Karşıdan yüklenen yazılım daha sonra "ImageJ dizini" olarak sevk edilecek bir klasöre ayıklayın.
    Not: Trabeküler analiz eklentileri 64 bit Java yazılımını çalıştırmak zaman (sürüm 1.8) ve bir 64-bit windows işletim sistemi, ....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Results

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Trabeküler analiz eklenti otomatik olarak segment ve Trabeküler kemik ile doğruluk ölçmek için tasarlanmıştır. Başlangıçta, dış sınır tespit ve belirlenen kemik kemik dış kortikal kabukları içinde herhangi bir delik nerede dolu bir delik doldurma işlemi tarafından takip ettim. O zaman bir erozyon işlem dış kortikal kemik dışlamak ve parçalı Trabeküler kemik almak için gerçekleştirilir. Son olarak, Trabeküler kemik parçalı bölgedeki önlemler sayılabilir.

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Discussion

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Bu çalışmada otomatik, verimli, Trabeküler kemik ve kullanıcı dostu analiz etmek için bir ImageJ plugin anlatır. Eklenti herhangi bir 2D veya 3D nesnesi katman katman önlemler alanlar, birimler ve kalınlıkları için ölçmek için kullanılabilir. Şu anda, sadece tek bir ölçülen değer Trabeküler her parametre için her örnek için tam olarak seçilen çözümlenirken bölgesinde ölçülen varlık özelliklerini temsil olamaz standart mikro-CT analiz tarafından bildirilir. Her parametre tam olarak ölçülen parametresinin seçili çözümlenir.......

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Disclosures

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Patent nesne kalınlığı miktarının temel algoritma için dava açtı. Yazarlar ile işbirliği diğerleri nerede danışmanlık ve görüntü Analiz Hizmetleri miktarının istek üzerine sağlanmaktadır özgür yorum Eklentiler barındırma bomomics.com Web sitesi kayıtlı.

Acknowledgements

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Bu eser kısmen grant NFSC 81170806 tarafından desteklenmiştir. Yazarlar mikro-CT çekirdek tesis Stomatology okul, Wuhan Üniversitesi inceden inceye gözden geçirmek ve sıçan kemiklerine analiz yardımcı olduğunuz için teşekkür etmek istiyorum.

....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Materials

List of materials used in this article
NameCompanyCatalog NumberComments
ImageJNIHimagejJava 1.8 çalışma süresi
trabeküler analiz eklentisiBomomicsbomomicsücretsiz veya ticari sürüm
Mikro CT tarayıcıScancoμ-50herhangi bir satıcıdan mikro CT
Bilgisayar SistemiLenovoherhangi bir marka
Windows İşletim SistemiMicrosoftWindows 7 x64herhangi bir 64 bit Windows işletim sistemi 
Ofis YazılımıMicrosoftOffice 2010xy grafik işlevine sahip herhangi bir özel sayfa yazılımı
olan herhangi bir sürüm

References

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Ruegsegger, P., Koller, B., Muller, R. A microtomographic system for the nondestructive evaluation of bone architecture. Calcif Tissue Int. 58 (1), 24-29 (1996).
  2. Muller, R., Ruegsegger, P. Micro-tomographic imaging for the nond....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Reprints and Permissions

Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article

Request Permission

Tags

Trabecular Bone AnalysisImageJ PluginMicro CT SegmentationTrabecular SegmentationTrabecular QuantificationParameter ProfilingLayer by Layer AnalysisTrabecular ThicknessBone Volume FractionSimulated Objects

Related Articles