Burada, hızlı bir şekilde yüksek kaliteli çekirdekleri aşağı akım kitlesel paralel RNA sıralama için taze veya dondurulmuş dokusundan izole etmek için bir iletişim kuralı mevcut. İkisi de çekirdek yalıtımı için kullanılan deterjan-mekanik ve mekanik hipotonik doku bozulma ve hücre lizis seçenekleri, içerir.
Bu içeriği görüntülemek için JoVE aboneliğiniz gereklidir. Giriş yapın veya ücretsiz denemenizi bugün başlatın.
Yöntem makalesi
Yetişkin omurilik çekirdeği yalıtım kitlesel paralel tek-çekirdek RNA sıralama için
Bu makalede
Düzeltme bildirimi
Important: There has been an erratum issued for this article. View Erratum Notice
Özet
Özet
Tek bir hücre'nın gen ekspresyonu sondalama hücre tipi ve hücre devlet sağlar. Tek hücreli RNA sıralama transkripsiyon profilleri hücrelerinin, merkezi sinir sistemi gibi heterojen dokuları özellikle eğitim için güçlü bir araç olarak ortaya çıkmıştır. Ancak, tek hücre sıralama için gereken ayrılma yöntemleri gen ifade ve hücre ölümünde deneysel değişikliklere yol açabilir. Ayrıca, bu yöntemler genellikle böylece arşivleme üzerine çalışmalar ve biyo-banka malzeme sınırlama taze doku için kısıtlanır. Tek çekirdek RNA sıralama (snRNA-Seq) transkripsiyon çalışmaları, verilen bu doğru hücre tipleri tanımlar, donmuş ya da ayırmak zor doku çalışma ruhsatı için çekici bir alternatifi ve ayrılma kaynaklı azaltır Transkripsiyon. Burada, yüksek üretilen iş iletişim kuralı çekirdeği aşağı akım snRNA-devamı için hızlı yalıtım için mevcut Bu yöntem çekirdeği taze veya dondurulmuş omurilik örneklerinden yalıtım sağlar ve iki kitlesel paralel damlacık kapsülleme platformları ile kombine edilebilir.
Giriş
Sinir sistemi hànzú morfolojik, biyokimyasal ve elektrofizyolojik özellikleri çeşitli bir dizi görüntüleyen hücreler kümesinden oluşur. Süre toplu RNA sıralama gen ekspresyonu farklı koşullar altında doku genelindeki değişiklikleri belirlemek için yararlı olmuştur, transkripsiyon değişiklikleri tek hücre düzeyinde algılanması engellemektedir. Tek hücreli transkripsiyon analiz son gelişmeler hànzú hücreleri sınıflandırması moleküler kendi repertuar göre fonksiyonel gruplara etkinleştirdiyseniz ve hatta son zamanlarda aktif nöron kümeleri bulmak için kullanılacak olabilir. 1 , 2 , 3 , 4 son on yıl içinde gen ifadesinde bir görünüme hücre tipi çeşitlilik sağlayan tek tek hücreler, çalışma tek hücre RNA (scRNA-Seq) sıralama gelişimini sağlamıştır. 5
Gibi kitlesel paralel scRNA-Seq, ölçeklenebilir yaklaşımlar ortaya çıkması sıra heterojen dokulara, merkezi sinir sistemine sahip pek çok bölge de dahil olmak üzere platformlar sağlamıştır. 6 , 7 , 8 , 9 , 10 , 11 , 12 , 13 , 14 , 15 ancak, tek hücre ayrılma yöntemleri gen ifadesinde deneysel değişikliklerin yanı sıra hücre ölümüne yol açabilir. 16 tek hücre sıralama yöntemleri endojen transkripsiyon profilleri korunması etkinleştirmek için son çalışmasını benimsemiştir. 1 , 3 , 4 , 17 , 18 , 19 bu stratejileri hemen erken gen (IEG) ifade duyusal uyarıcı veya davranış aşağıdaki algılamak için özellikle uygun olmuştur. 3 , 4 gelecekte, bu strateji de dokularda hastalık durumlarında veya strese yanıt dinamik değişiklikleri incelemek için kullanılabilir. Bu yöntemleri, tek çekirdek RNA sıralama (snRNA-Seq) hücre ayrılma stres-inducing içermeyen ve zor doku (örneğin, spinal kord) ayırmak için yanı sıra dondurulmuş kullanılabilir bir umut verici yaklaşımdır doku. 4 , 17 , 18 , 19 uyarlama önceki çekirdek izolasyon yöntemleri,20,21,22,23,25 snRNA-Seq genellikle hızlı doku bozulması ve hücre kullanır lizis soğuk koşulları, Santrifüjü ve ayrılık çekirdeği, hücresel enkaz altında. 4 çekirdek çoklu mikrosıvısal damlacık kapsülleme platformlarda aşağı akım nesil sıralama için ayrılmış olabilir. 4 , 7 , 24 , 25 bu yöntem bir anda zaman içinde binlerce hücre transkripsiyon etkinliği bir anlık görüntü için izin verir.
Çekirdeklerin hücrelerden yalıtım ve sıralama, her biri kendi avantajları ve dezavantajları önce serbest bırakmak için birden çok strateji vardır. Burada, biz tanımlamak ve aşağı akım kitlesel paralel snRNA Seq için yetişkin omurilik üzerinden çekirdek yalıtım etkinleştirmek için iki protokol karşılaştırın: deterjan-mekanik lizis ve mekanik hipotonik lizis. Deterjan-mekanik lizis tam doku bozulması ve çekirdekleri daha yüksek bir son verim sağlar. Hipotonik mekanik-lysis doku bozulması, miktar ve saflık son nükleer verim arasında bir denge seçmek için bir fırsat sağlayan kontrol edilebilir bir ölçüde içerir. Bu yaklaşımlar karşılaştırılabilir RNA verim, çekirdek ve hücre tipi profil başına genlerin algılanan numaraları sağlar ve aynı zamanda her ikisi de başarılı bir şekilde snRNA-devamı için kullanılabilir
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Protokol
Sinir hastalıkları Ulusal Enstitüsü ve kontur hayvan bakım ve kullanım Komitesi tarafından onaylanmış bir protokol uyarınca gerçekleştirilmiş tüm hayvan işleri. Erkek ve dişi ICR/CD-1 yaban-farelerde tip, 8 arasında örnekleri dengeli ve 12 hafta yaşlı, tüm deneyler için kullanılmıştır. Fareler yerel kurumsal hayvan bakım ve kullanım Komitesi kılavuzlarınıza uygun olarak ele alınmalıdır.
1. malzeme ve arabellekleri hazırlanması
- Tüm arabellekleri kullanımı gün hazırlamak ve önceden buza chill (bkz. Tablo 1).
- Deterjan-mekanik lizis kullanıyorsanız, deterjan lizis arabellek (> 500 μL örnek başına), düşük sükroz arabellek (> 6 mL örnek başına), sukroz yoğunluğu arabellek (> 12,5 mL örnek başına) ve resuspension çözüm (> 1 mL) hazırlayın.
- Hipotonik-mekanik lizis kullanıyorsanız, hazırlamak hipotonik lizis tampon (> 5 mL örnek başına), HEB Orta (> 5 mL örnek başına), düşük sükroz arabellek (> 3 mL örnek başına), sukroz yoğunluğu arabellek (> örnek başına 12.5 mL) ve resuspension çözüm (> 1 mL).
- Dithiothreitol (DTT) 25 μL düşük sükroz arabelleği 25 mL ve DTT başka bir 25 μL 25 mL sukroz yoğunluk gradient arabelleği için protokol başlatmadan önce ekleyin.
- Örnek kağıt havlu veya tek hücre çekirdeği yakalamak için kullanılan mikrosıvısal kanalları tıkayabilir tezgah koruyucular lifleri ile kirlenme en aza indirmek için alüminyum folyo ile parçalanmış yüzeyi kapsamaktadır.
- Parçalanmış araçlar ve tezgah alanı RNase dekontaminasyon çözümünü ile sprey. Ayrıca, (deterjan-mekanik hücre lizis kullanıyorsanız) Dounce homogenizer tüp ve Oak Ridge tüp içine RNase dekontaminasyon çözümünü ile sprey. Dounce ve Oak Ridge tüp ultrasaf, RNase free su ile durulayın.
- Önceden tüm koleksiyon tüpler (50 mL konik, Oak Ridge) ve buz üzerine Dounce homogenizer boruları, sakin ol.
- Yangın Lehçe Pasteur pipetler bir dizi (hipotonik-mekanik hücre lizis kullanıyorsanız).
2. omurilik hazırlanması
- Taze doku kullanıyorsanız, fare CO2 inhalasyon tarafından ötenazi. Ötenazi, sprey fare kat saç kirlenme örnek en aza indirmek için % 70 etanol ile.
- Fare ile keskin, RNase free cerrahi makas başını kesmek. Sonra yavaşça karın kaldırma forseps ile deri ve iç organlar ortaya çıkarmak için vücut uzunluğu boyunca bir kesi yapmak.
- Fare forseps kullanarak vücut boşluğu üzerinden iç organları çekerek içini. Alanı temizlemek için veya bu kirletici tanıştırabilir miyim gibi organları kaldırmak için kağıt havlu kullanmayın. Makas kullanılarak, vertebral sütunun L2 ve L3 omurilik omurga arasında kesme.
Not: uygulama ile bu adımı 30 saniyeden az bir sürede elde edilebilir.- Spinal kord dışarı atmak için 25 G ¼ inch iğne ile buz gibi PBS içeren bir 3 mL şırınga uygun. İğne ucu sakral vertebral sütunun sonuna yerleştirin. İğne ucu etrafında sıkı bir mühür oluşturmak ve aşağı pistonu üzerinde spinal kord rostrally çıkarmak için basın için omurga çimdik için iki parmağınızı kullanın. Spinal kord buz gibi PBS ile petri kabına yerleştirin.
- Bu noktada, doku dondurma ve-80 ° C'de depolayın veya hemen deterjan-mekanik (adım 3) veya hipotonik-mekanik (adım 4) lizis için kullanın.
- Donmuş doku, kullanarak korumak, doku Kuru buz üzerinde deterjan-mekanik (adım 3) veya hipotonik-mekanik (adım 4) lizis için devam edin.
3. deterjan-mekanik hücre lizis
- Lomber spinal kord bir önceden soğutulmuş Dounce homogenizer yerleştirin ve 500 mL deterjan lizis arabellek önceden soğutulmuş ekleyin.
Not: Bir fare lomber spinal kord 325.5 mg ± 63.9 mg standart değerlerin ortalamasının hatadır (SEM, N = 4). 50 mg-1.5 g doku başarıyla kullanılabilir. - Havan tokmağı ('gevşek' havaneli) 5 vuruş sonra 5-10 vuruş havaneli B ('sıkı' havaneli) ile Dounce. Homogenizer lizis çözüm vuruşları arasında dışarı kaldırma önlemek ve kabarcıklar tanıtan kaçının.
- Bir 40 mm süzgeç önceden soğutulmuş 50 mL konik tüp ve prewet ile 1 mL düşük sükroz arabelleği yerleştirin.
- Ham çekirdeklerin lizis arabellek içeren Dounce homogenizer için düşük sükroz arabellek 1 mL ekleyin ve karışımı yavaşça 2-3 kez pipetting.
- Ham çekirdeği hazırlık 40 mm süzgeç üzerinde önceden soğutulmuş 50 mL konik tüp içine geçmek.
- Bir ek 1 mL düşük sükroz arabellek son hacim 3 mL düşük sükroz arabellek ve 500 mL lizis arabelleği getiren 40 mm süzgeç üzerinden geçmek.
- Birden çok kordonlar, aynı konik tüp havuzu birleştirme adımları 3.1 – 3,6 yineleyin.
- 3200 x g 4 ° C'de 10 dakika için de örnek santrifüj kapasitesi Santrifüjü tamamlandıktan sonra süpernatant dikkatle boşaltmak. Adım 5'e geçin.
4. hipotonik-mekanik hücre lizis
- Lomber spinal kord 5 mL de bir doku kültürü yemek hipotonik lizis arabellekte yerleştirin. Bahar makas künt sonu omurilik bisect, sonra 3-4 mm parçalar halinde göbek bağını kes için bahar makas kullanın kullanın, ancak değil kıyma.
Not: 50 mg-1.5 g doku başarıyla kullanılabilir. - 2-3 kez dönen 15dk için buz üzerinde kuluçkaya.
- Hipotonik lizis arabellek sulandırmak için HEB orta 5 mL ekleyin.
- 5 mL serolojik pipet ile 10 kat veya tüm doku adet pipet açıklıktan ahenkli kadar doku triturate.
- Triturate bir dizi üç yangın cilalı Pasteur pipetler giderek daha dar fan çapı (~ 900-600 mm).
- Her pipet triturate 5 - 15 kat, doku yerleşmek, 1-2 mL Disosiye çekirdek içeren süpernatant kaldırmak ve bir 40 mm süzgeç üzerinde önceden soğutulmuş 50 mL konik tüp içine geçmek izin.
- En küçük ölçekli Pasteur pipet ile toz sonra emin olun homogenate sorunsuz pipet ucu akar. Kalan çözüm üzerinde 40 mm süzgeç 50 mL konik tüp içine geçmek.
Not: Triturations toplam sayısı ayarlanabilir istediğiniz gibi. Fare spinal kord meninkslerde kalır, ancak spinal kord görünür herhangi bir boyutta triturate önemlidir. Kalan homogenate 40 m süzgeç geçmek. Kabarcıklar sırasında toz tanıtan kaçının.
- Filtre uygulanmış örneği ' 1000 x g 4 ° C'de 10 dakika santrifüj kapasitesi Santrifüjü tamamlandıktan sonra dikkatle boşaltmak ve süpernatant atın. Adım 5'e geçin.
5. homojenizasyon ve sukroz yoğunluk Gradient
- Adım 3 veya 4 sonra 3 mL düşük sükroz arabellek kullanarak Pelet resuspend. Yavaşça resuspension kolaylaştırmak için duvardan Pelet kaldırmak için girdap. Buz 2 min için oturmak ve süspansiyon bir Oak Ridge tüp transfer örnek ver.
- Homogenizer, kullanarak 1 olarak ayarlayarak, homojenize çekirdekleri düşük sükroz arabelleği 15 – 30 s, örnek buz üzerinde tutmak için.
Not: Eğer bir lomber spinal kord veya 30 kullanarak kullanım 15 s kullanıyorsanız s havuza alınmış örnekleri ya da bütün bir omurilik. - Serolojik pipet, katman yoğunluğu sükroz arabelleği yoğunluğu katmanları bozan bir kabarcık yaratmak değil dikkat çekici düşük sükroz arabellek homogenate altında 12,5 mL kullanarak.
- 3200 x g 4 ° C'de 20 dk için de tüpler santrifüj kapasitesi
- Santrifüjü tamamlandıktan sonra hemen süpernatant flicking bir hareketle dikkatle boşaltmak.
Not: Sükroz arabellek kalan hacmi (daha az 400 mL) düşük ses ve son örnek temiz üretmek için isterseniz atılır, ama artık bu birimi çekirdek içerir ve çekirdekleri verimi en üst düzeye çıkarmak için korunmuş. - 100 mL - 1 mL resuspension çözeltisi kullanarak, duvardaki kalan çekirdeği resuspend. 'Deterjan tabanlı hazırlıkla kalır miyelin kaşlarını' kaçının.
- Çekirdeklerin 30-35 mm gözenek boyutu süzgeç aracılığıyla filtre ve önceden soğutulmuş bir tüp içinde toplamak.
- Çekirdek çekirdek 10 X amaç altında saymak için bir hemasitometre kullanma verim belirlemek.
Not: Trypan mavi mavi görünmesi gereken çekirdek görselleştirmek için eklenebilir. Hücresel enkaz miktarını Not. - Adım 6 veya 7 için devam edin.
6. ağır snRNA-sıralama paralel: Akademik Platform7
- Kitlesel paralel snRNA sıralama (Örneğin, damla-Seq) gerçekleştirin yöntemi daha önce açıklandığı gibi7 aşağıdaki değişiklikler ile:4
- Çekirdeklerin mL başına 225 çekirdeği son bir konsantrasyon için ayarlayın.
- Barkodlu boncuk mL başına 250 boncuk bir konsantrasyon, hazır olun.
- % 0.7 sarkosyl lizis önbellekle hazırlayın.
- Akış oranları min boncuk, min için çekirdek başına 35 mL ve petrol için min başına 200 mL başına 35 mL için ayarlayın.
7. kitlesel paralel snRNA-sıralama: ticari Platform26
- Kitlesel paralel snRNA-sıralama (Örneğin, krom tek hücre gen ifade çözümü) ticari platformu kullanarak gerçekleştirmek aşağıdaki değişiklik ile üreticinin yönergeleri26 uygun ürünler:
- Ters-transkripsiyon ek PCR çevriminin hücrelere kıyasla çekirdekleri dan azalmış cDNA telafi etmek için hedeflenen hücre kurtarma temel cDNA amplifikasyon devredir hesaplanan sayısını ekleyin.
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Sonuçlar
Burada, çekirdeği olan yetişkin fare lomber spinal kord aşağı akım kitlesel paralel RNA sıralama için üzerinden gerçekleştirilen. Protokol üç ana bileşenini dahil: doku bozulması ve hücresel lizis, homojenizasyon ve sukroz yoğunluğu Santrifüjü (Şekil 1). Saniye içinde çok sayıda çekirdeği hem de hücresel ve doku artıkları (Şekil 2ATablo 2) ham çekirdeği hazırlıkla deterjan-mekanik lizis vermiştir. On beş dakika s...
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Tartışma
Bu iletişim kuralı, nihai hedefi aşağı akım transkripsiyon analiz için yüksek kaliteli RNA içeren çekirdeklerin izole etmektir. SnRNA-Seq yöntemleri tüm hücre tiplerinin spinal kord profil için uyarlanmış. Başlangıçta, biz omurilik sinir hücreleri hücre ölümü için özellikle savunmasız olduğu gibi tipik hücre ayrılma yöntemleri tek hücre RNA sıralama için etkisiz bulundu. Ayrıca, hücre ayrılma yöntemleri hundred-fold kadar birçok çeşitli etkinlik ve stres tepkisi genler tarafından ifade ikna etmek. 3
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Açıklamalar
Hiçbir ifşa etmek çıkar çatışması var.
Teşekkürler
Bu eser NINDS Intramural programı tarafından desteklenmiştir (1 ZIA NS003153 02) ve NIDCD (1 ZIA DC000059 18). Biz L. Li ve onların teknik destek ve yararlı tartışmalar için CI Dobrott ve C. Kathe el yazması gözden geçirme için teşekkür ederim.
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Malzemeler
| Ad | Şirket | Katalog numarası | Yorumlar |
|---|---|---|---|
| Sükroz | Invitrogen | 15503-022 | |
| 1 M HEPES (pH = 8.0) | Gibco | 15630-080 | |
| CaCl2 | Sigma Aldrich | C1016-100G | |
| MgAc | Sigma Aldrich | M5661-50G | |
| 0.5 M EDTA (pH = 8.0) | Corning | MT-46034CI | |
| Dithiothreitol (DTT) | Sigma Aldrich | 10197777001 | |
| Nükleaz içermeyen su | Crystalgen | 221-238-10 | |
| 1 M Tris-HCl (pH = 7.4) | Sigma Aldrich | T2194 | |
| 5 M NaCl | Sigma Aldrich | 59222C | |
| 1 M MgCl2 | Sigma Aldrich | M1028 | |
| Nonidet P40 | Sigma Aldrich | 74385 | |
| Hazırda Bekletme-A | Gibco | A12475-01 | |
| Glutamax (100x) | Gibco | 35050-061 | |
| B27 (50x) | Gibco | 17504-044 | |
| 1x PBS | Kristalgen | 221-133-10 | |
| %0,04 BSA | New England Biolabs | B9000S | |
| 0,2 U/ μ L RNAse İnhibitörü | Lucigen | 30281-1 | |
| Meşe Sırtı Santrifüj Tüpü | Thermo Scientific | 3118-0050 | |
| Tek Kullanımlık Pamuk Tıkalı Borosilikat-Cam Pastör Pipetleri | Fisher Scientific | 13-678-8B | |
| Cam Doku Dounce (2 mL) | Kimble | 885303-002 | |
| Cam büyük açıklıklı havaneli | Kimble | 885301-0002 | |
| Cam küçük boşluklu havaneli | Kimble | 885302-002 | |
| T 10 Temel Ultra Turrax Homojenizatör | IKA | 3737001 | |
| Dispersiyon aracı (S 10 N – 5G) | IKA | 3304000 | |
| Tripan Mavi Leke (%0,4) | Thermo Fisher Scientific | T10282 | |
| 40 μ m hücreli süzgeç | Falcon | 352340 | |
| MACS SmartStrainers, 30 μ m | Miltenyi Biotec | 130-098-458 | |
| Konik borular | Denville Scientific | 1000799 | |
| Sorvall Legend XTR Santrifüj | Thermo Fisher Scientific | 75004505 | |
| Fiberlite F15-6 x 100y Sabit Açılı Rotor | Thermo Fisher Scientific | 75003698 | |
| Sterolojik Pipetler: 5 mL, 10 mL | Denville Scientific | P7127 | |
| Hemositometre | Daigger Scientific | EF16034F | |
| Chemgenes Barkodlama Boncukları | Chemgenes | Macosko-2011-10 | |
| RNaseZap RNase Dekontaminasyon Solüsyonu | Invitrogen | AM9780 | |
| Hücre Süzgeç Kapaklı Falcon Test Tüpü (35 μ m) | Corning | 352235 | |
| MoFlo Astrios Hücre Sıralayıcı | Beckman Coulter | B25982 | |
| Krom i7 Multipleks Kiti, 96 rxns | 10X Genomik | 120262 | |
| Krom Tek Hücre 3 ' Kütüphane ve Jel Boncuk Kiti v2, 4 rxns | 10X Genomik | 120267 | |
| Krom Tek Hücreli A Çip Kiti, 16 rxns | 10X Genomik | ||
| Doku Kültürü Kabı (60 mm x 15 mm) | Corning | 353002 |
Kaynaklar
- Hrvatin, S., et al. Single-cell analysis of experience-dependent transcriptomic states in the mouse visual cortex. Nature Neuroscience. 21 (1), 120-129 (2018).
- Hu, P., et al. Dissecting Cell-Type Composition and Activity-Dependent Transcriptional State in Mammalian Brains by Massively Parallel Single-Nucleus RNA-Seq. Molecular Cell. 68 (5), 1006-1015 (2017).
- Wu, Y. E., Pan, L., Zuo, Y., Li, X., Hong, W. Detecting Activated Cell Populations Using Single-Cell RNA-Seq. Neuron. 96 (2), 313-329 (2017).
- Sathyamurthy, A., et al. Massively Parallel Single Nucleus Transcriptional Profiling Defines Spinal Cord Neurons and Their Activity during Behavior. Cell Reports. 22 (8), 2216-2225 (2018).
- Tang, F., et al. mRNA-Seq whole-transcriptome analysis of a single cell. Nature Methods. 6 (5), 377-382 (2009).
- Campbell, J. N., et al. A molecular census of arcuate hypothalamus and median eminence cell types. Nature Neuroscience. 20 (3), 484-496 (2017).
- Macosko, E. Z., et al. Highly Parallel Genome-wide Expression Profiling of Individual Cells Using Nanoliter Droplets. Cell. 161 (5), 1202-1214 (2015).
- Chen, R., Wu, X., Jiang, L., Zhang, Y. Single-Cell RNA-Seq Reveals Hypothalamic Cell Diversity. Cell Reports. 18 (13), 3227-3241 (2017).
- Jaitin, D. A., et al. Massively parallel single-cell RNA-seq for marker-free decomposition of tissues into cell types. Science. 343 (6172), 776-779 (2014).
- Li, C. L., et al. Somatosensory neuron types identified by high-coverage single-cell RNA-sequencing and functional heterogeneity. Cell Research. 26 (8), 967(2016).
- Shin, J., et al. Single-Cell RNA-Seq with Waterfall Reveals Molecular Cascades underlying Adult Neurogenesis. Cell Stem Cell. 17 (3), 360-372 (2015).
- Tasic, B., et al. Adult mouse cortical cell taxonomy revealed by single cell transcriptomics. Nature Neuroscience. 19 (2), 335-346 (2016).
- Usoskin, D., et al. Unbiased classification of sensory neuron types by large-scale single-cell RNA sequencing. Nature Neuroscience. 18 (1), 145-153 (2015).
- Villani, A. C., et al. Single-cell RNA-seq reveals new types of human blood dendritic cells, monocytes, and progenitors. Science. 356 (6335), (2017).
- Zeisel, A., et al. Brain structure. Cell types in the mouse cortex and hippocampus revealed by single-cell RNA-seq. Science. 347 (6226), 1138-1142 (2015).
- Lacar, B., et al. Nuclear RNA-seq of single neurons reveals molecular signatures of activation. Nature Communications. 7, 11022(2016).
- Lake, B. B., et al. Neuronal subtypes and diversity revealed by single-nucleus RNA sequencing of the human brain. Science. 352 (6293), 1586-1590 (2016).
- Grindberg, R. V., et al. RNA-sequencing from single nuclei. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 110 (49), 19802-19807 (2013).
- Krishnaswami, S. R., et al. Using single nuclei for RNA-seq to capture the transcriptome of postmortem neurons. Nature Protocols. 11 (3), 499-524 (2016).
- Matevossian, A., Akbarian, S. Neuronal nuclei isolation from human postmortem brain tissue. Journal of Visualized Experiments. (20), (2008).
- Bergmann, O., Jovinge, S. Isolation of cardiomyocyte nuclei from post-mortem tissue. Journal of Visualized Experiments. (65), (2012).
- Nohara, K., Chen, Z., Yoo, S. H. A Filtration-based Method of Preparing High-quality Nuclei from Cross-linked Skeletal Muscle for Chromatin Immunoprecipitation. Journal of Visualized Experiments. (125), (2017).
- Halder, R., et al. DNA methylation changes in plasticity genes accompany the formation and maintenance of memory. Nature Neuroscience. 19 (1), 102-110 (2016).
- Habib, N., et al. Massively parallel single-nucleus RNA-seq with DroNc-seq. Nature Methods. 14 (10), 955-958 (2017).
- 10X Genomics. Sample Preparation Demonstrated Protocols: Isolation of Nuclei for Single Cell RNA Sequencing. , Available from: https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/sample-prep/doc/demonstrated-protocol-isolation-of-nuclei-for-single-cell-rna-sequencing (2018).
- 10X Genomics. Single Cell 3' Reagent Kits v2 User Guide. , (2018).
- Fu, Y., Rusznak, Z., Herculano-Houzel, S., Watson, C., Paxinos, G. Cellular composition characterizing postnatal development and maturation of the mouse brain and spinal cord. Brain Structure and Function. 218 (5), 1337-1354 (2013).
- Lake, B. B., et al. A comparative strategy for single-nucleus and single-cell transcriptomes confirms accuracy in predicted cell-type expression from nuclear RNA. Scientific Reports. 7 (1), 6031(2017).
- Bakken, T. E. Equivalent high-resolution identification of neuronal cell types with single-nucleus and single-cell RNA-sequencing. bioRxiv. , (2018).
- Habib, N., et al. Div-Seq: Single-nucleus RNA-Seq reveals dynamics of rare adult newborn neurons. Science. 353 (6302), 925-928 (2016).
Erişim kısıtlı. Bu içeriği görüntülemek için lütfen giriş yapın veya deneme sürümünü başlatın.
Yeniden basım ve izinler
Düzeltme
Formal Correction: Erratum: Isolation of Adult Spinal Cord Nuclei for Massively Parallel Single-nucleus RNA Sequencing
Posted by JoVE Editors on 11/20/2018. Citeable Link.
An erratum was issued for: Isolation of Adult Spinal Cord Nuclei for Massively Parallel Single-nucleus RNA Sequencing. The Protocol section was updated.
Step 3.1 was updated from:
Place the lumbar spinal cord in a pre-chilled Dounce homogenizer and add 500 mL pre-chilled detergent lysis buffer.
to:
Place the lumbar spinal cord in a pre-chilled Dounce homogenizer and add 500 μL pre-chilled detergent lysis buffer.
Step 3.6 was updated from:
Pass an additional 1 mL low sucrose buffer over the 40 mm strainer, bringing the final volume to 3 mL of the low sucrose buffer and 500 mL of the lysis buffer.
to:
Pass an additional 1 mL low sucrose buffer over the 40 mm strainer, bringing the final volume to 3 mL of the low sucrose buffer and 500 μL of the lysis buffer.
Step 5.5 was updated from:
Once the centrifugation is complete, immediately decant the supernatant in a flicking motion.
NOTE: A residual volume (less than 400 mL) of sucrose buffer can be discarded if desired to produce a lower volume and cleaner final sample, but this residual volume does contain nuclei and can be preserved to maximize nuclei yield
to:
Once the centrifugation is complete, immediately decant the supernatant in a flicking motion.
NOTE: A residual volume (less than 400 μL) of sucrose buffer can be discarded if desired to produce a lower volume and cleaner final sample, but this residual volume does contain nuclei and can be preserved to maximize nuclei yield
Step 5.6 was updated from:
Using 100 mL - 1 mL of resuspension solution, resuspend the nuclei remaining on the wall. Avoid the myelin ‘frown’ that remains with the detergent-based preparation.
to:
Using 100 μL - 1 mL of resuspension solution, resuspend the nuclei remaining on the wall. Avoid the myelin ‘frown’ that remains with the detergent-based preparation.
Steps 6.1.1 - 6.1.4 were updated from:
- Adjust nuclei to a final concentration of 225 nuclei per mL.
- Prepare barcoded beads at a concentration of 250 beads per mL.
- Prepare the lysis buffer with 0.7% sarkosyl.
- Adjust the flow rates to 35 mL per min for beads, 35 mL per min for nuclei, and 200 mL per min for oil.
to:
- Adjust nuclei to a final concentration of 225 nuclei per μL.
- Prepare barcoded beads at a concentration of 250 beads per μL.
- Prepare the lysis buffer with 0.7% sarkosyl.
- Adjust the flow rates to 35 μL per min for beads, 35 μL per min for nuclei, and 200 μL per min for oil.
